# TARGET T0307 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.001 0.002 0.013 0.006 0.009 0.960 2 G 0.037 0.022 0.021 0.120 0.016 0.103 0.682 3 L 0.052 0.020 0.050 0.140 0.162 0.200 0.375 4 G 0.065 0.011 0.063 0.082 0.154 0.221 0.403 5 R 0.100 0.013 0.093 0.153 0.148 0.106 0.387 6 Q 0.189 0.013 0.053 0.091 0.163 0.071 0.420 7 S 0.330 0.020 0.045 0.091 0.105 0.067 0.342 8 L 0.476 0.021 0.027 0.046 0.093 0.054 0.283 9 N 0.645 0.009 0.015 0.027 0.061 0.044 0.200 10 I 0.769 0.010 0.015 0.044 0.035 0.022 0.105 11 M 0.800 0.009 0.012 0.042 0.028 0.017 0.092 12 T 0.722 0.009 0.011 0.060 0.029 0.034 0.136 13 F 0.481 0.017 0.014 0.091 0.072 0.060 0.264 14 S 0.212 0.010 0.009 0.103 0.142 0.182 0.343 15 G 0.063 0.002 0.017 0.215 0.256 0.310 0.138 16 Q 0.081 0.005 0.011 0.621 0.104 0.066 0.111 17 E 0.142 0.011 0.009 0.691 0.020 0.027 0.099 18 L 0.119 0.003 0.005 0.771 0.008 0.008 0.086 19 T 0.083 0.001 0.005 0.868 0.010 0.006 0.028 20 A 0.072 0.001 0.005 0.904 0.005 0.006 0.007 21 I 0.059 0.001 0.004 0.921 0.002 0.008 0.006 22 I 0.081 0.002 0.004 0.892 0.004 0.009 0.008 23 K 0.069 0.001 0.006 0.885 0.006 0.023 0.010 24 M 0.064 0.002 0.014 0.823 0.011 0.062 0.025 25 A 0.082 0.005 0.022 0.729 0.020 0.089 0.052 26 K 0.146 0.003 0.052 0.514 0.059 0.134 0.092 27 S 0.268 0.004 0.052 0.450 0.062 0.093 0.071 28 M 0.345 0.007 0.040 0.411 0.037 0.089 0.071 29 V 0.460 0.023 0.024 0.268 0.043 0.112 0.070 30 M 0.499 0.015 0.029 0.178 0.036 0.087 0.157 31 A 0.306 0.016 0.040 0.138 0.072 0.289 0.140 32 D 0.072 0.004 0.033 0.030 0.141 0.596 0.124 33 G 0.074 0.003 0.017 0.007 0.387 0.309 0.203 34 K 0.236 0.032 0.008 0.003 0.138 0.063 0.520 35 I 0.359 0.074 0.001 0.001 0.051 0.004 0.509 36 K 0.238 0.016 0.001 0.001 0.017 0.002 0.726 37 P 0.253 0.015 0.090 0.233 0.060 0.058 0.290 38 A 0.159 0.004 0.127 0.333 0.113 0.118 0.145 39 E 0.258 0.007 0.117 0.368 0.054 0.072 0.123 40 I 0.574 0.009 0.016 0.263 0.016 0.014 0.107 41 A 0.686 0.006 0.009 0.214 0.014 0.012 0.060 42 V 0.626 0.005 0.009 0.266 0.017 0.022 0.054 43 M 0.559 0.009 0.008 0.222 0.029 0.026 0.146 44 T 0.381 0.006 0.012 0.256 0.052 0.033 0.260 45 R 0.084 0.003 0.036 0.667 0.075 0.056 0.079 46 E 0.055 0.002 0.033 0.796 0.028 0.047 0.040 47 F 0.075 0.005 0.036 0.798 0.017 0.039 0.029 48 M 0.108 0.007 0.035 0.724 0.026 0.054 0.046 49 R 0.082 0.004 0.026 0.750 0.025 0.080 0.033 50 F 0.047 0.003 0.022 0.734 0.026 0.129 0.039 51 G 0.051 0.004 0.022 0.541 0.070 0.225 0.086 52 I 0.127 0.014 0.043 0.464 0.069 0.114 0.169 53 L 0.149 0.015 0.047 0.522 0.041 0.067 0.159 54 Q 0.072 0.006 0.064 0.574 0.076 0.096 0.113 55 D 0.063 0.005 0.046 0.491 0.132 0.141 0.122 56 Q 0.061 0.006 0.049 0.626 0.047 0.107 0.104 57 V 0.126 0.009 0.025 0.632 0.053 0.036 0.118 58 D 0.127 0.002 0.029 0.665 0.050 0.039 0.087 59 L 0.159 0.002 0.030 0.721 0.019 0.044 0.025 60 L 0.198 0.009 0.018 0.695 0.010 0.042 0.027 61 L 0.229 0.012 0.024 0.603 0.018 0.055 0.059 62 K 0.207 0.005 0.028 0.433 0.038 0.106 0.183 63 A 0.082 0.008 0.036 0.283 0.109 0.151 0.331 64 S 0.027 0.004 0.049 0.232 0.153 0.268 0.268 65 D 0.027 0.004 0.026 0.126 0.421 0.172 0.224 66 S 0.085 0.014 0.032 0.300 0.198 0.130 0.240 67 I 0.114 0.016 0.016 0.528 0.116 0.045 0.165 68 E 0.117 0.010 0.016 0.487 0.033 0.044 0.292 69 A 0.081 0.005 0.023 0.631 0.038 0.048 0.174 70 S 0.072 0.002 0.020 0.711 0.048 0.046 0.100 71 Q 0.147 0.003 0.019 0.640 0.069 0.049 0.072 72 A 0.179 0.003 0.009 0.692 0.021 0.026 0.069 73 V 0.292 0.005 0.006 0.624 0.013 0.010 0.049 74 A 0.259 0.003 0.010 0.675 0.013 0.014 0.027 75 L 0.129 0.002 0.017 0.795 0.010 0.031 0.016 76 I 0.104 0.005 0.030 0.757 0.012 0.065 0.027 77 A 0.143 0.005 0.037 0.563 0.034 0.155 0.063 78 R 0.106 0.008 0.033 0.414 0.057 0.182 0.199 79 M 0.039 0.012 0.007 0.217 0.178 0.041 0.506 80 D 0.012 0.005 0.004 0.194 0.099 0.019 0.668 81 E 0.001 0.001 0.013 0.934 0.009 0.036 0.007 82 E 0.001 0.001 0.030 0.914 0.005 0.042 0.008 83 R 0.002 0.001 0.039 0.919 0.003 0.022 0.016 84 K 0.003 0.001 0.010 0.963 0.003 0.013 0.008 85 K 0.003 0.001 0.006 0.955 0.007 0.022 0.006 86 Y 0.005 0.001 0.004 0.942 0.006 0.032 0.010 87 V 0.011 0.003 0.004 0.936 0.007 0.022 0.017 88 A 0.024 0.001 0.017 0.891 0.010 0.032 0.024 89 S 0.029 0.001 0.037 0.802 0.023 0.078 0.030 90 Y 0.039 0.003 0.042 0.767 0.029 0.096 0.024 91 L 0.148 0.008 0.028 0.588 0.039 0.123 0.066 92 G 0.355 0.004 0.030 0.234 0.093 0.146 0.139 93 V 0.686 0.007 0.019 0.137 0.036 0.029 0.087 94 I 0.829 0.012 0.008 0.083 0.014 0.016 0.039 95 M 0.809 0.021 0.008 0.059 0.015 0.023 0.066 96 A 0.554 0.011 0.015 0.044 0.061 0.052 0.263 97 S 0.268 0.015 0.026 0.039 0.172 0.242 0.239 98 D 0.072 0.008 0.028 0.017 0.246 0.456 0.173 99 G 0.056 0.007 0.012 0.006 0.526 0.152 0.240 100 D 0.120 0.048 0.007 0.004 0.145 0.041 0.634 101 I 0.143 0.107 0.011 0.013 0.173 0.078 0.476 102 D 0.068 0.020 0.011 0.023 0.086 0.072 0.720 103 D 0.012 0.004 0.076 0.406 0.113 0.328 0.060 104 N 0.016 0.002 0.044 0.486 0.075 0.297 0.080 105 E 0.052 0.010 0.032 0.667 0.064 0.064 0.111 106 L 0.081 0.012 0.007 0.796 0.028 0.014 0.063 107 A 0.125 0.007 0.008 0.766 0.015 0.018 0.060 108 L 0.098 0.002 0.011 0.843 0.005 0.012 0.029 109 W 0.123 0.001 0.011 0.832 0.007 0.007 0.019 110 T 0.142 0.002 0.014 0.804 0.006 0.015 0.017 111 L 0.073 0.002 0.009 0.870 0.006 0.025 0.015 112 I 0.054 0.003 0.011 0.889 0.008 0.018 0.017 113 S 0.038 0.001 0.026 0.869 0.015 0.037 0.015 114 T 0.018 0.001 0.030 0.859 0.010 0.070 0.012 115 L 0.017 0.005 0.047 0.730 0.024 0.153 0.024 116 C 0.021 0.007 0.033 0.347 0.055 0.485 0.053 117 G 0.025 0.004 0.023 0.106 0.184 0.496 0.161 118 L 0.035 0.006 0.014 0.089 0.263 0.039 0.555 119 P 0.073 0.013 0.021 0.133 0.095 0.066 0.600 120 T 0.209 0.018 0.022 0.289 0.081 0.067 0.314 121 M 0.322 0.010 0.010 0.417 0.055 0.014 0.172 122 T 0.305 0.010 0.006 0.562 0.020 0.009 0.090 123 V 0.115 0.002 0.006 0.826 0.008 0.009 0.034 124 M 0.064 0.001 0.008 0.882 0.010 0.008 0.026 125 E 0.061 0.001 0.015 0.882 0.008 0.012 0.021 126 A 0.043 0.002 0.021 0.878 0.007 0.023 0.025 127 I 0.025 0.003 0.020 0.879 0.009 0.035 0.028 128 N 0.023 0.002 0.027 0.746 0.019 0.155 0.027 129 N 0.022 0.002 0.030 0.601 0.038 0.247 0.060 130 M 0.025 0.006 0.081 0.446 0.095 0.143 0.204 131 K 0.021 0.010 0.077 0.260 0.142 0.299 0.191 132 N 0.019 0.014 0.031 0.108 0.024 0.183 0.622 133 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.994