# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8416 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.112 0.122 0.059 0.003 0.046 0.068 0.128 0.013 0.013 0.014 0.016 0.017 0.021 0.005 0.054 0.078 0.012 0.045 0.031 0.081 0.042 2 K 0.016 0.057 0.101 0.061 0.005 0.024 0.041 0.127 0.025 0.013 0.016 0.026 0.025 0.028 0.007 0.061 0.149 0.007 0.056 0.032 0.059 0.064 3 L 0.008 0.080 0.059 0.034 0.001 0.023 0.032 0.065 0.043 0.022 0.018 0.020 0.030 0.022 0.019 0.089 0.129 0.050 0.031 0.032 0.066 0.129 4 A 0.007 0.037 0.062 0.027 0.002 0.015 0.025 0.050 0.046 0.016 0.025 0.039 0.055 0.040 0.010 0.110 0.130 0.060 0.020 0.045 0.076 0.104 5 V 0.009 0.034 0.031 0.017 0.002 0.006 0.022 0.034 0.037 0.023 0.034 0.041 0.031 0.045 0.013 0.086 0.102 0.056 0.014 0.083 0.103 0.174 6 V 0.005 0.092 0.065 0.031 0.001 0.007 0.009 0.012 0.038 0.067 0.031 0.029 0.037 0.025 0.019 0.098 0.068 0.093 0.010 0.046 0.126 0.090 7 T 0.018 0.064 0.105 0.070 0.006 0.012 0.029 0.007 0.041 0.046 0.047 0.024 0.039 0.032 0.015 0.120 0.057 0.038 0.006 0.048 0.108 0.067 8 G 0.153 0.029 0.027 0.018 0.047 0.011 0.075 0.006 0.029 0.036 0.039 0.031 0.028 0.039 0.013 0.100 0.057 0.010 0.022 0.046 0.153 0.032 9 Q 0.015 0.053 0.031 0.024 0.002 0.011 0.016 0.010 0.046 0.040 0.038 0.026 0.042 0.043 0.027 0.119 0.118 0.006 0.118 0.035 0.066 0.116 10 I 0.003 0.048 0.012 0.014 0.001 0.004 0.003 0.005 0.035 0.038 0.033 0.033 0.056 0.026 0.010 0.169 0.212 0.005 0.018 0.055 0.122 0.100 11 V 0.005 0.042 0.017 0.021 0.001 0.005 0.004 0.006 0.041 0.033 0.039 0.019 0.037 0.053 0.039 0.147 0.120 0.005 0.047 0.044 0.109 0.166 12 C 0.003 0.025 0.010 0.014 0.002 0.004 0.005 0.008 0.030 0.055 0.046 0.041 0.033 0.034 0.010 0.102 0.186 0.015 0.028 0.125 0.187 0.038 13 T 0.003 0.036 0.015 0.023 0.001 0.007 0.007 0.012 0.039 0.016 0.016 0.018 0.031 0.027 0.023 0.107 0.058 0.034 0.010 0.190 0.083 0.244 14 V 0.003 0.046 0.018 0.023 0.002 0.006 0.007 0.018 0.017 0.025 0.023 0.017 0.019 0.022 0.009 0.076 0.053 0.192 0.005 0.218 0.148 0.051 15 R 0.008 0.075 0.077 0.066 0.005 0.011 0.018 0.029 0.016 0.013 0.014 0.019 0.014 0.017 0.014 0.062 0.044 0.037 0.005 0.128 0.126 0.201 16 H 0.010 0.199 0.143 0.106 0.008 0.021 0.023 0.032 0.008 0.015 0.019 0.013 0.010 0.008 0.008 0.039 0.028 0.158 0.004 0.059 0.065 0.024 17 H 0.051 0.033 0.413 0.138 0.037 0.041 0.131 0.035 0.004 0.002 0.006 0.006 0.004 0.005 0.003 0.013 0.008 0.015 0.005 0.014 0.018 0.017 18 G 0.182 0.042 0.045 0.018 0.046 0.014 0.552 0.026 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.002 0.007 0.004 0.009 0.010 0.007 0.011 0.011 19 L 0.018 0.255 0.158 0.163 0.006 0.056 0.045 0.021 0.005 0.003 0.004 0.005 0.004 0.005 0.002 0.020 0.012 0.019 0.126 0.013 0.027 0.033 20 A 0.021 0.191 0.202 0.224 0.019 0.016 0.053 0.024 0.005 0.002 0.003 0.008 0.006 0.005 0.002 0.027 0.027 0.032 0.022 0.012 0.024 0.077 21 H 0.024 0.182 0.191 0.098 0.015 0.049 0.147 0.016 0.008 0.004 0.003 0.009 0.008 0.006 0.006 0.038 0.012 0.015 0.075 0.009 0.039 0.046 22 D 0.011 0.124 0.148 0.164 0.009 0.019 0.140 0.019 0.016 0.013 0.008 0.019 0.020 0.016 0.004 0.058 0.040 0.015 0.059 0.019 0.054 0.027 23 K 0.023 0.048 0.042 0.045 0.009 0.008 0.079 0.015 0.040 0.015 0.016 0.044 0.042 0.029 0.012 0.123 0.113 0.004 0.041 0.094 0.086 0.073 24 L 0.003 0.059 0.008 0.017 0.001 0.003 0.007 0.003 0.047 0.051 0.024 0.015 0.058 0.035 0.062 0.175 0.221 0.003 0.022 0.023 0.094 0.072 25 L 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.063 0.046 0.056 0.059 0.052 0.010 0.130 0.223 0.003 0.015 0.085 0.180 0.026 26 M 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.076 0.089 0.055 0.089 0.061 0.026 0.173 0.139 0.003 0.013 0.062 0.087 0.047 27 V 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.109 0.101 0.040 0.089 0.062 0.035 0.076 0.305 0.005 0.002 0.030 0.059 0.033 28 E 0.001 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.102 0.065 0.069 0.072 0.042 0.035 0.126 0.052 0.014 0.002 0.150 0.164 0.029 29 M 0.001 0.021 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.071 0.046 0.010 0.040 0.016 0.073 0.042 0.022 0.516 0.001 0.022 0.027 0.058 30 I 0.003 0.088 0.032 0.028 0.003 0.003 0.006 0.001 0.024 0.055 0.045 0.081 0.039 0.037 0.009 0.107 0.046 0.076 0.003 0.133 0.123 0.060 31 D 0.003 0.299 0.008 0.160 0.018 0.004 0.002 0.002 0.004 0.015 0.011 0.004 0.006 0.003 0.014 0.010 0.015 0.389 0.002 0.004 0.013 0.015 32 P 0.003 0.005 0.832 0.021 0.006 0.081 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 0.001 0.002 0.002 0.006 33 Q 0.013 0.012 0.039 0.009 0.001 0.001 0.844 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.003 34 G 0.521 0.049 0.019 0.013 0.041 0.020 0.281 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.007 0.015 0.005 0.008 0.007 35 N 0.016 0.300 0.034 0.196 0.037 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.094 0.283 0.002 0.006 0.007 36 P 0.012 0.041 0.588 0.143 0.020 0.038 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.016 0.043 0.002 0.003 0.056 37 D 0.056 0.085 0.127 0.074 0.008 0.007 0.559 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.008 0.027 0.002 0.006 0.014 38 G 0.207 0.039 0.025 0.040 0.078 0.016 0.104 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.008 0.004 0.003 0.441 0.006 0.010 0.008 39 Q 0.014 0.124 0.039 0.142 0.007 0.012 0.025 0.006 0.008 0.003 0.005 0.009 0.009 0.007 0.005 0.034 0.023 0.001 0.428 0.033 0.023 0.044 40 C 0.008 0.127 0.026 0.071 0.002 0.006 0.012 0.006 0.025 0.010 0.007 0.013 0.023 0.023 0.016 0.074 0.056 0.003 0.122 0.072 0.080 0.218 41 A 0.002 0.025 0.008 0.010 0.001 0.002 0.003 0.003 0.025 0.010 0.011 0.013 0.015 0.018 0.005 0.173 0.122 0.001 0.169 0.127 0.201 0.057 42 V 0.001 0.022 0.007 0.010 0.001 0.002 0.003 0.003 0.041 0.027 0.031 0.020 0.029 0.053 0.018 0.119 0.091 0.004 0.077 0.163 0.152 0.127 43 A 0.001 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.028 0.022 0.040 0.020 0.026 0.003 0.084 0.055 0.009 0.005 0.477 0.164 0.015 44 I 0.002 0.015 0.014 0.019 0.001 0.004 0.004 0.005 0.080 0.031 0.043 0.019 0.047 0.055 0.032 0.108 0.067 0.013 0.002 0.181 0.096 0.162 45 D 0.001 0.020 0.009 0.009 0.002 0.002 0.003 0.004 0.047 0.042 0.037 0.030 0.025 0.030 0.006 0.098 0.087 0.052 0.001 0.300 0.176 0.017 46 N 0.013 0.056 0.115 0.063 0.009 0.014 0.021 0.025 0.042 0.037 0.070 0.019 0.039 0.030 0.039 0.066 0.070 0.060 0.003 0.043 0.056 0.109 47 I 0.013 0.105 0.132 0.050 0.005 0.010 0.075 0.016 0.023 0.031 0.030 0.025 0.017 0.021 0.010 0.093 0.027 0.153 0.005 0.042 0.073 0.044 48 G 0.073 0.102 0.092 0.066 0.073 0.019 0.110 0.017 0.007 0.007 0.022 0.009 0.008 0.011 0.006 0.026 0.011 0.241 0.009 0.011 0.034 0.046 49 A 0.022 0.160 0.232 0.183 0.010 0.014 0.064 0.006 0.010 0.009 0.009 0.011 0.004 0.009 0.005 0.050 0.016 0.036 0.024 0.018 0.050 0.056 50 G 0.069 0.215 0.114 0.109 0.114 0.008 0.081 0.006 0.006 0.004 0.004 0.008 0.005 0.004 0.003 0.020 0.008 0.143 0.015 0.006 0.027 0.031 51 T 0.016 0.095 0.402 0.239 0.008 0.032 0.046 0.002 0.009 0.004 0.006 0.005 0.005 0.005 0.002 0.033 0.010 0.006 0.032 0.008 0.021 0.013 52 G 0.160 0.069 0.037 0.060 0.144 0.006 0.307 0.004 0.014 0.006 0.006 0.009 0.013 0.018 0.004 0.035 0.015 0.003 0.033 0.007 0.029 0.021 53 E 0.003 0.150 0.030 0.085 0.001 0.006 0.009 0.002 0.036 0.027 0.020 0.011 0.020 0.028 0.018 0.111 0.036 0.001 0.286 0.026 0.077 0.017 54 W 0.003 0.047 0.012 0.019 0.001 0.001 0.006 0.002 0.087 0.078 0.044 0.042 0.117 0.081 0.027 0.147 0.050 0.001 0.014 0.033 0.100 0.087 55 V 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.072 0.085 0.027 0.027 0.108 0.029 0.155 0.045 0.003 0.060 0.085 0.175 0.025 56 L 0.001 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.123 0.109 0.047 0.106 0.118 0.019 0.112 0.033 0.007 0.015 0.028 0.080 0.028 57 L 0.001 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.096 0.117 0.053 0.059 0.143 0.045 0.088 0.018 0.009 0.003 0.101 0.095 0.031 58 V 0.001 0.027 0.018 0.029 0.004 0.004 0.002 0.002 0.138 0.100 0.134 0.067 0.096 0.103 0.024 0.080 0.020 0.019 0.001 0.051 0.065 0.013 59 S 0.009 0.080 0.063 0.269 0.013 0.013 0.014 0.004 0.054 0.061 0.072 0.026 0.037 0.050 0.029 0.067 0.011 0.006 0.001 0.037 0.064 0.018 60 G 0.069 0.098 0.061 0.170 0.274 0.043 0.047 0.014 0.012 0.028 0.020 0.020 0.015 0.032 0.008 0.022 0.004 0.004 0.002 0.011 0.041 0.004 61 S 0.013 0.098 0.234 0.133 0.023 0.324 0.035 0.065 0.005 0.006 0.005 0.003 0.004 0.005 0.003 0.014 0.003 0.001 0.008 0.003 0.011 0.005 62 S 0.011 0.116 0.162 0.057 0.010 0.103 0.181 0.308 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.011 0.004 0.001 0.003 0.003 0.009 0.007 63 A 0.008 0.023 0.078 0.024 0.002 0.093 0.093 0.651 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.005 0.001 0.004 0.003 64 R 0.004 0.014 0.080 0.007 0.001 0.031 0.126 0.710 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.005 0.003 0.004 0.004 65 Q 0.002 0.011 0.064 0.006 0.001 0.014 0.180 0.694 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.005 0.003 0.002 0.004 66 A 0.008 0.024 0.223 0.028 0.001 0.025 0.166 0.480 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.005 0.004 0.004 0.003 0.013 67 H 0.020 0.081 0.380 0.082 0.003 0.012 0.208 0.149 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.024 0.007 0.007 0.006 0.006 68 K 0.111 0.076 0.307 0.099 0.023 0.023 0.251 0.045 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.004 0.005 0.002 0.018 0.006 0.008 0.009 69 S 0.034 0.242 0.250 0.225 0.017 0.028 0.097 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.021 0.033 0.003 0.006 0.006 70 E 0.042 0.074 0.514 0.176 0.016 0.056 0.054 0.023 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.005 0.004 0.002 0.013 0.001 0.002 0.005 71 T 0.039 0.205 0.214 0.096 0.006 0.024 0.333 0.015 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.005 0.003 0.003 0.003 0.013 0.002 0.005 0.017 72 S 0.008 0.351 0.084 0.357 0.008 0.050 0.014 0.012 0.006 0.002 0.003 0.007 0.004 0.005 0.001 0.011 0.008 0.005 0.051 0.003 0.007 0.002 73 P 0.010 0.073 0.151 0.575 0.019 0.046 0.024 0.022 0.005 0.002 0.002 0.003 0.005 0.005 0.005 0.005 0.003 0.002 0.006 0.002 0.003 0.033 74 V 0.010 0.192 0.105 0.152 0.004 0.068 0.104 0.082 0.032 0.011 0.014 0.023 0.016 0.022 0.006 0.035 0.021 0.005 0.017 0.015 0.052 0.014 75 D 0.019 0.105 0.088 0.125 0.006 0.050 0.093 0.116 0.047 0.011 0.012 0.019 0.023 0.027 0.011 0.066 0.019 0.003 0.018 0.022 0.056 0.065 76 L 0.007 0.056 0.057 0.028 0.001 0.022 0.040 0.111 0.089 0.018 0.023 0.023 0.027 0.047 0.010 0.171 0.057 0.002 0.017 0.049 0.105 0.038 77 C 0.007 0.030 0.036 0.019 0.001 0.014 0.022 0.081 0.117 0.023 0.026 0.019 0.051 0.106 0.012 0.150 0.053 0.002 0.025 0.034 0.113 0.061 78 V 0.002 0.014 0.019 0.010 0.001 0.007 0.006 0.042 0.079 0.034 0.038 0.019 0.027 0.072 0.004 0.113 0.065 0.003 0.010 0.129 0.264 0.042 79 I 0.002 0.013 0.025 0.010 0.001 0.008 0.006 0.036 0.088 0.038 0.027 0.023 0.033 0.066 0.006 0.138 0.060 0.004 0.008 0.130 0.228 0.051 80 G 0.002 0.013 0.024 0.012 0.001 0.007 0.008 0.048 0.097 0.040 0.032 0.018 0.029 0.059 0.006 0.112 0.111 0.008 0.005 0.161 0.163 0.044 81 I 0.003 0.021 0.051 0.037 0.001 0.008 0.008 0.060 0.094 0.027 0.035 0.017 0.045 0.048 0.007 0.138 0.193 0.008 0.004 0.063 0.093 0.040 82 V 0.007 0.042 0.101 0.055 0.003 0.009 0.031 0.048 0.037 0.043 0.055 0.025 0.032 0.035 0.018 0.086 0.126 0.013 0.002 0.060 0.114 0.059 83 D 0.015 0.059 0.114 0.050 0.009 0.013 0.057 0.047 0.028 0.045 0.054 0.023 0.016 0.023 0.008 0.072 0.141 0.038 0.004 0.047 0.112 0.026 84 E 0.036 0.070 0.129 0.057 0.014 0.020 0.099 0.061 0.023 0.014 0.013 0.008 0.012 0.014 0.015 0.065 0.039 0.151 0.010 0.017 0.029 0.103 85 V 0.009 0.119 0.063 0.040 0.003 0.012 0.046 0.034 0.007 0.009 0.009 0.005 0.006 0.008 0.010 0.035 0.018 0.454 0.010 0.011 0.029 0.062 86 V 0.016 0.179 0.099 0.097 0.008 0.017 0.024 0.032 0.006 0.007 0.009 0.011 0.006 0.008 0.006 0.029 0.019 0.245 0.009 0.016 0.036 0.120 87 S 0.021 0.176 0.190 0.171 0.011 0.016 0.024 0.018 0.003 0.007 0.008 0.007 0.003 0.003 0.006 0.017 0.009 0.243 0.009 0.008 0.023 0.026 88 G 0.188 0.036 0.204 0.100 0.057 0.029 0.284 0.011 0.003 0.002 0.006 0.006 0.003 0.003 0.002 0.010 0.008 0.014 0.010 0.004 0.010 0.010 89 G 0.410 0.024 0.025 0.015 0.078 0.014 0.341 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.006 0.002 0.044 0.004 0.007 0.005 90 Q 0.040 0.085 0.041 0.063 0.008 0.021 0.030 0.014 0.004 0.002 0.006 0.006 0.006 0.007 0.005 0.019 0.028 0.003 0.553 0.009 0.012 0.038 91 V 0.014 0.122 0.044 0.056 0.003 0.012 0.017 0.022 0.006 0.004 0.009 0.016 0.014 0.011 0.007 0.038 0.058 0.006 0.219 0.030 0.041 0.251 92 I 0.006 0.101 0.037 0.036 0.002 0.008 0.012 0.016 0.007 0.004 0.007 0.011 0.010 0.011 0.008 0.046 0.040 0.013 0.402 0.030 0.046 0.148 93 F 0.009 0.091 0.058 0.064 0.005 0.009 0.026 0.020 0.011 0.007 0.010 0.027 0.015 0.014 0.008 0.058 0.050 0.026 0.199 0.105 0.083 0.104 94 H 0.014 0.127 0.057 0.083 0.011 0.018 0.042 0.019 0.010 0.006 0.009 0.022 0.011 0.013 0.013 0.043 0.031 0.028 0.028 0.253 0.075 0.086 95 K 0.015 0.123 0.139 0.142 0.016 0.045 0.030 0.026 0.010 0.006 0.007 0.015 0.012 0.013 0.007 0.044 0.028 0.021 0.015 0.179 0.066 0.040