# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8416 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.084 0.104 0.099 0.188 0.003 0.043 0.081 0.004 0.001 0.009 0.008 0.019 0.006 0.024 0.017 0.036 0.027 0.108 0.053 0.007 2 K 0.119 0.095 0.209 0.129 0.094 0.005 0.014 0.110 0.004 0.001 0.005 0.008 0.020 0.010 0.034 0.010 0.053 0.021 0.030 0.022 0.007 3 L 0.152 0.172 0.042 0.101 0.229 0.005 0.020 0.073 0.004 0.001 0.005 0.013 0.025 0.019 0.023 0.023 0.041 0.006 0.021 0.014 0.010 4 A 0.161 0.214 0.080 0.126 0.102 0.005 0.034 0.067 0.002 0.001 0.006 0.012 0.037 0.030 0.061 0.009 0.019 0.007 0.009 0.011 0.007 5 V 0.167 0.218 0.082 0.223 0.085 0.005 0.013 0.033 0.002 0.001 0.009 0.011 0.029 0.026 0.035 0.007 0.015 0.007 0.008 0.008 0.014 6 V 0.211 0.142 0.059 0.077 0.225 0.002 0.011 0.012 0.016 0.007 0.014 0.020 0.037 0.027 0.042 0.020 0.032 0.009 0.014 0.008 0.015 7 T 0.102 0.114 0.114 0.148 0.171 0.002 0.036 0.008 0.004 0.004 0.006 0.007 0.016 0.010 0.098 0.017 0.038 0.008 0.023 0.069 0.006 8 G 0.055 0.092 0.053 0.110 0.384 0.003 0.041 0.005 0.003 0.003 0.005 0.004 0.009 0.005 0.026 0.025 0.034 0.080 0.015 0.043 0.007 9 Q 0.106 0.178 0.111 0.127 0.178 0.002 0.021 0.003 0.001 0.001 0.012 0.009 0.029 0.019 0.063 0.033 0.027 0.014 0.021 0.033 0.012 10 I 0.185 0.318 0.046 0.088 0.176 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.013 0.015 0.044 0.019 0.022 0.013 0.006 0.006 0.014 0.008 0.015 11 V 0.296 0.288 0.068 0.056 0.139 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.019 0.017 0.034 0.012 0.022 0.012 0.004 0.004 0.006 0.004 0.014 12 C 0.248 0.306 0.058 0.117 0.060 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.019 0.021 0.064 0.012 0.035 0.006 0.004 0.003 0.007 0.005 0.030 13 T 0.211 0.279 0.023 0.029 0.217 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.032 0.022 0.057 0.014 0.029 0.024 0.004 0.004 0.008 0.005 0.032 14 V 0.254 0.239 0.158 0.159 0.028 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.019 0.014 0.044 0.007 0.029 0.004 0.005 0.002 0.008 0.005 0.017 15 R 0.122 0.186 0.017 0.034 0.491 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.005 0.006 0.016 0.005 0.012 0.028 0.022 0.012 0.012 0.011 0.006 16 H 0.067 0.072 0.157 0.202 0.054 0.002 0.023 0.016 0.003 0.002 0.005 0.006 0.009 0.004 0.178 0.006 0.042 0.009 0.064 0.073 0.005 17 H 0.010 0.009 0.015 0.019 0.244 0.008 0.038 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.013 0.506 0.026 0.013 0.043 0.001 18 G 0.005 0.005 0.023 0.021 0.040 0.017 0.609 0.062 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.089 0.054 0.022 0.028 0.001 19 L 0.011 0.010 0.066 0.053 0.064 0.007 0.100 0.047 0.007 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.018 0.014 0.143 0.103 0.171 0.172 0.001 20 A 0.006 0.007 0.061 0.044 0.060 0.009 0.112 0.039 0.007 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.021 0.015 0.379 0.048 0.047 0.135 0.001 21 H 0.010 0.017 0.036 0.057 0.144 0.007 0.297 0.012 0.009 0.006 0.002 0.003 0.005 0.003 0.011 0.029 0.067 0.068 0.120 0.094 0.003 22 D 0.023 0.025 0.194 0.076 0.150 0.004 0.116 0.016 0.003 0.001 0.004 0.004 0.006 0.004 0.033 0.024 0.084 0.067 0.077 0.084 0.004 23 K 0.054 0.077 0.174 0.143 0.084 0.004 0.037 0.007 0.003 0.002 0.006 0.010 0.030 0.032 0.116 0.032 0.078 0.028 0.024 0.042 0.016 24 L 0.058 0.151 0.017 0.027 0.274 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.019 0.025 0.050 0.111 0.049 0.142 0.004 0.004 0.017 0.012 0.023 25 L 0.191 0.211 0.114 0.082 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.027 0.119 0.117 0.082 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.011 26 M 0.190 0.156 0.024 0.039 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.064 0.071 0.093 0.021 0.021 0.001 0.001 0.004 0.001 0.137 27 V 0.152 0.182 0.020 0.025 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.052 0.188 0.147 0.120 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 28 E 0.156 0.198 0.074 0.138 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.035 0.084 0.086 0.060 0.015 0.002 0.002 0.003 0.006 0.032 29 M 0.118 0.121 0.034 0.059 0.381 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.021 0.031 0.028 0.025 0.090 0.010 0.010 0.017 0.018 0.018 30 I 0.056 0.083 0.073 0.084 0.131 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.006 0.007 0.026 0.018 0.316 0.036 0.040 0.025 0.025 0.046 0.004 31 D 0.012 0.007 0.077 0.110 0.059 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.041 0.014 0.011 0.015 0.280 0.350 0.002 32 P 0.001 0.001 0.006 0.004 0.053 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.837 0.015 0.019 0.035 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.020 0.845 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.054 0.011 0.011 0.028 0.001 34 G 0.001 0.002 0.019 0.013 0.042 0.004 0.268 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.066 0.414 0.062 0.086 0.001 35 N 0.002 0.002 0.095 0.036 0.061 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.016 0.052 0.038 0.194 0.475 0.001 36 P 0.002 0.003 0.044 0.028 0.159 0.002 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.012 0.451 0.042 0.044 0.168 0.001 37 D 0.002 0.004 0.038 0.048 0.078 0.008 0.339 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.020 0.159 0.045 0.049 0.166 0.001 38 G 0.006 0.016 0.045 0.039 0.135 0.004 0.311 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.003 0.026 0.025 0.061 0.133 0.062 0.110 0.002 39 Q 0.040 0.065 0.172 0.092 0.156 0.002 0.039 0.009 0.001 0.001 0.017 0.009 0.025 0.014 0.069 0.063 0.049 0.038 0.069 0.056 0.015 40 C 0.135 0.153 0.070 0.044 0.239 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.029 0.024 0.063 0.032 0.065 0.038 0.011 0.008 0.026 0.012 0.034 41 A 0.209 0.198 0.097 0.071 0.056 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.030 0.030 0.077 0.050 0.099 0.014 0.005 0.002 0.008 0.005 0.039 42 V 0.203 0.228 0.020 0.035 0.075 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.047 0.043 0.144 0.098 0.028 0.019 0.002 0.002 0.004 0.002 0.046 43 A 0.185 0.200 0.047 0.065 0.022 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.041 0.046 0.117 0.151 0.065 0.011 0.002 0.001 0.004 0.002 0.035 44 I 0.185 0.218 0.024 0.043 0.090 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.029 0.031 0.097 0.147 0.042 0.037 0.006 0.003 0.006 0.004 0.028 45 D 0.149 0.142 0.090 0.123 0.052 0.001 0.009 0.004 0.002 0.001 0.018 0.031 0.059 0.128 0.105 0.023 0.012 0.006 0.017 0.016 0.013 46 N 0.052 0.053 0.050 0.054 0.197 0.004 0.042 0.009 0.004 0.003 0.008 0.012 0.024 0.074 0.076 0.096 0.106 0.033 0.042 0.055 0.005 47 I 0.030 0.032 0.105 0.097 0.108 0.018 0.117 0.011 0.002 0.002 0.004 0.005 0.009 0.025 0.119 0.033 0.097 0.047 0.042 0.093 0.004 48 G 0.016 0.018 0.045 0.063 0.133 0.010 0.105 0.009 0.003 0.004 0.003 0.004 0.006 0.015 0.058 0.059 0.114 0.098 0.126 0.107 0.003 49 A 0.011 0.011 0.103 0.085 0.112 0.005 0.043 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.068 0.020 0.146 0.050 0.102 0.223 0.001 50 G 0.004 0.005 0.055 0.035 0.088 0.004 0.030 0.003 0.010 0.015 0.002 0.002 0.002 0.002 0.021 0.035 0.074 0.091 0.116 0.405 0.001 51 T 0.001 0.001 0.024 0.013 0.040 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.019 0.547 0.015 0.038 0.240 0.001 52 G 0.005 0.016 0.018 0.013 0.163 0.004 0.534 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.009 0.018 0.016 0.130 0.023 0.039 0.002 53 E 0.073 0.097 0.405 0.108 0.053 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.012 0.007 0.019 0.012 0.069 0.028 0.017 0.015 0.025 0.027 0.017 54 W 0.152 0.224 0.020 0.017 0.231 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.026 0.101 0.044 0.033 0.026 0.003 0.002 0.010 0.002 0.075 55 V 0.280 0.278 0.037 0.022 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.055 0.109 0.091 0.049 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 56 L 0.254 0.221 0.022 0.045 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.039 0.156 0.115 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 57 L 0.177 0.248 0.010 0.019 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.057 0.121 0.150 0.044 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 58 V 0.246 0.267 0.041 0.072 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 0.034 0.098 0.085 0.073 0.011 0.003 0.001 0.003 0.002 0.017 59 S 0.159 0.158 0.041 0.086 0.187 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.021 0.017 0.030 0.039 0.039 0.080 0.024 0.014 0.023 0.052 0.012 60 G 0.024 0.052 0.037 0.044 0.091 0.004 0.061 0.019 0.002 0.001 0.006 0.007 0.011 0.019 0.183 0.086 0.103 0.079 0.045 0.120 0.005 61 S 0.017 0.017 0.085 0.031 0.034 0.005 0.054 0.089 0.002 0.001 0.006 0.003 0.006 0.011 0.071 0.023 0.372 0.042 0.052 0.076 0.002 62 S 0.008 0.011 0.021 0.015 0.053 0.015 0.123 0.354 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.022 0.029 0.201 0.041 0.040 0.051 0.001 63 A 0.004 0.007 0.015 0.010 0.014 0.009 0.080 0.576 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.023 0.009 0.193 0.020 0.016 0.015 0.001 64 R 0.005 0.008 0.014 0.014 0.012 0.013 0.071 0.689 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.004 0.123 0.009 0.009 0.008 0.001 65 Q 0.006 0.011 0.013 0.025 0.024 0.028 0.164 0.509 0.014 0.007 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 0.008 0.119 0.019 0.014 0.015 0.001 66 A 0.009 0.012 0.017 0.038 0.037 0.013 0.228 0.241 0.018 0.009 0.001 0.002 0.003 0.004 0.024 0.009 0.240 0.031 0.029 0.038 0.001 67 H 0.003 0.003 0.021 0.021 0.033 0.012 0.179 0.137 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.013 0.251 0.092 0.074 0.112 0.001 68 K 0.001 0.001 0.010 0.010 0.036 0.011 0.219 0.046 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.018 0.223 0.134 0.069 0.186 0.001 69 S 0.001 0.001 0.024 0.010 0.016 0.007 0.129 0.015 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 0.208 0.094 0.193 0.261 0.001 70 E 0.001 0.001 0.014 0.008 0.028 0.011 0.170 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.252 0.096 0.166 0.215 0.001 71 T 0.001 0.001 0.022 0.015 0.038 0.007 0.195 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.026 0.074 0.184 0.228 0.177 0.001 72 S 0.001 0.001 0.044 0.024 0.021 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.022 0.029 0.026 0.229 0.545 0.001 73 P 0.002 0.003 0.038 0.023 0.140 0.002 0.011 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.060 0.060 0.108 0.054 0.179 0.303 0.002 74 V 0.007 0.008 0.139 0.069 0.051 0.005 0.043 0.014 0.002 0.001 0.013 0.005 0.008 0.012 0.159 0.069 0.141 0.034 0.083 0.131 0.006 75 D 0.029 0.034 0.081 0.055 0.117 0.010 0.099 0.034 0.002 0.001 0.017 0.015 0.033 0.065 0.117 0.079 0.055 0.020 0.060 0.062 0.015 76 L 0.082 0.109 0.040 0.062 0.060 0.003 0.026 0.009 0.001 0.001 0.015 0.030 0.101 0.254 0.070 0.079 0.011 0.009 0.015 0.007 0.015 77 C 0.217 0.132 0.044 0.040 0.020 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.024 0.039 0.110 0.294 0.031 0.012 0.002 0.001 0.004 0.001 0.023 78 V 0.220 0.136 0.020 0.022 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.058 0.094 0.362 0.021 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 79 I 0.111 0.177 0.008 0.027 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.038 0.106 0.439 0.040 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 80 G 0.148 0.198 0.014 0.036 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 0.038 0.088 0.324 0.046 0.015 0.001 0.002 0.002 0.002 0.025 81 I 0.162 0.149 0.030 0.037 0.028 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.039 0.048 0.083 0.290 0.057 0.025 0.004 0.003 0.005 0.002 0.035 82 V 0.149 0.153 0.032 0.048 0.053 0.001 0.007 0.004 0.003 0.001 0.022 0.043 0.075 0.222 0.089 0.040 0.012 0.005 0.010 0.008 0.023 83 D 0.070 0.077 0.057 0.060 0.101 0.005 0.028 0.012 0.004 0.002 0.015 0.021 0.036 0.115 0.193 0.062 0.035 0.018 0.023 0.052 0.015 84 E 0.041 0.039 0.062 0.065 0.182 0.007 0.039 0.017 0.003 0.001 0.010 0.009 0.016 0.040 0.125 0.066 0.097 0.051 0.044 0.074 0.011 85 V 0.047 0.044 0.069 0.067 0.187 0.006 0.065 0.014 0.003 0.002 0.008 0.009 0.019 0.031 0.086 0.065 0.079 0.064 0.069 0.059 0.007 86 V 0.044 0.038 0.137 0.150 0.121 0.004 0.035 0.010 0.003 0.003 0.006 0.007 0.012 0.017 0.065 0.025 0.068 0.043 0.100 0.107 0.003 87 S 0.013 0.012 0.047 0.071 0.199 0.004 0.031 0.007 0.009 0.008 0.002 0.002 0.004 0.004 0.038 0.034 0.244 0.050 0.063 0.157 0.001 88 G 0.005 0.008 0.026 0.036 0.147 0.004 0.193 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.040 0.021 0.215 0.037 0.046 0.203 0.001 89 G 0.013 0.028 0.044 0.047 0.177 0.004 0.264 0.010 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.019 0.021 0.054 0.189 0.042 0.071 0.002 90 Q 0.089 0.106 0.192 0.114 0.188 0.002 0.035 0.015 0.001 0.001 0.008 0.006 0.019 0.004 0.023 0.025 0.037 0.039 0.050 0.039 0.008 91 V 0.179 0.172 0.095 0.065 0.290 0.001 0.009 0.012 0.001 0.001 0.011 0.012 0.035 0.005 0.022 0.012 0.014 0.009 0.029 0.012 0.014 92 I 0.192 0.211 0.107 0.122 0.147 0.001 0.009 0.014 0.001 0.001 0.014 0.016 0.041 0.009 0.043 0.012 0.012 0.008 0.016 0.010 0.016 93 F 0.166 0.211 0.072 0.155 0.152 0.001 0.009 0.013 0.001 0.001 0.019 0.016 0.052 0.012 0.038 0.012 0.014 0.008 0.016 0.015 0.016 94 H 0.112 0.164 0.090 0.144 0.183 0.002 0.020 0.021 0.002 0.001 0.015 0.016 0.032 0.012 0.049 0.020 0.025 0.014 0.030 0.035 0.013 95 K 0.090 0.102 0.091 0.110 0.257 0.003 0.034 0.022 0.003 0.001 0.006 0.005 0.015 0.005 0.057 0.018 0.084 0.022 0.026 0.043 0.006