# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8416 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.070 0.028 0.165 0.294 0.058 0.099 0.259 2 K 0.051 0.036 0.013 0.322 0.321 0.035 0.047 0.175 3 L 0.005 0.008 0.021 0.157 0.384 0.048 0.081 0.296 4 A 0.001 0.001 0.030 0.187 0.702 0.015 0.036 0.029 5 V 0.005 0.001 0.044 0.380 0.428 0.014 0.065 0.062 6 V 0.056 0.008 0.049 0.405 0.202 0.030 0.055 0.196 7 T 0.021 0.011 0.061 0.095 0.239 0.064 0.028 0.480 8 G 0.012 0.008 0.066 0.081 0.287 0.079 0.027 0.442 9 Q 0.005 0.006 0.181 0.215 0.287 0.040 0.085 0.179 10 I 0.006 0.017 0.090 0.304 0.275 0.035 0.084 0.189 11 V 0.012 0.015 0.121 0.339 0.294 0.029 0.032 0.158 12 C 0.011 0.015 0.094 0.270 0.308 0.031 0.031 0.240 13 T 0.057 0.088 0.092 0.161 0.241 0.042 0.082 0.238 14 V 0.023 0.035 0.101 0.221 0.216 0.058 0.051 0.295 15 R 0.093 0.067 0.034 0.104 0.096 0.071 0.047 0.488 16 H 0.470 0.075 0.016 0.033 0.029 0.046 0.067 0.265 17 H 0.041 0.029 0.018 0.030 0.041 0.103 0.052 0.686 18 G 0.103 0.029 0.011 0.015 0.032 0.076 0.055 0.678 19 L 0.169 0.028 0.015 0.034 0.026 0.106 0.066 0.556 20 A 0.058 0.035 0.013 0.037 0.073 0.098 0.030 0.655 21 H 0.061 0.023 0.017 0.014 0.061 0.082 0.055 0.687 22 D 0.039 0.020 0.037 0.139 0.151 0.121 0.052 0.443 23 K 0.021 0.016 0.071 0.121 0.285 0.081 0.042 0.363 24 L 0.005 0.009 0.070 0.104 0.319 0.064 0.029 0.401 25 L 0.001 0.002 0.137 0.352 0.458 0.012 0.015 0.024 26 M 0.004 0.004 0.096 0.261 0.439 0.020 0.031 0.145 27 V 0.008 0.004 0.116 0.445 0.342 0.012 0.022 0.052 28 E 0.036 0.009 0.092 0.275 0.292 0.049 0.029 0.217 29 M 0.011 0.004 0.075 0.100 0.155 0.095 0.051 0.508 30 I 0.025 0.004 0.041 0.065 0.064 0.087 0.036 0.678 31 D 0.757 0.006 0.008 0.014 0.012 0.032 0.051 0.120 32 P 0.196 0.004 0.004 0.011 0.012 0.083 0.029 0.661 33 Q 0.008 0.001 0.004 0.006 0.018 0.090 0.009 0.864 34 G 0.013 0.001 0.006 0.008 0.019 0.117 0.019 0.816 35 N 0.235 0.004 0.010 0.031 0.022 0.132 0.043 0.522 36 P 0.167 0.006 0.009 0.010 0.017 0.084 0.022 0.685 37 D 0.029 0.008 0.014 0.010 0.034 0.111 0.017 0.777 38 G 0.029 0.015 0.057 0.050 0.130 0.119 0.048 0.553 39 Q 0.009 0.018 0.051 0.164 0.227 0.088 0.064 0.379 40 C 0.003 0.013 0.123 0.191 0.368 0.047 0.066 0.189 41 A 0.003 0.007 0.121 0.264 0.441 0.023 0.063 0.078 42 V 0.003 0.005 0.208 0.359 0.327 0.015 0.041 0.043 43 A 0.007 0.014 0.228 0.189 0.382 0.027 0.066 0.086 44 I 0.015 0.010 0.164 0.271 0.345 0.034 0.069 0.093 45 D 0.098 0.014 0.089 0.157 0.219 0.088 0.072 0.263 46 N 0.046 0.006 0.067 0.084 0.164 0.108 0.070 0.457 47 I 0.031 0.002 0.055 0.076 0.131 0.141 0.045 0.520 48 G 0.021 0.002 0.043 0.078 0.178 0.118 0.089 0.471 49 A 0.018 0.001 0.025 0.028 0.043 0.141 0.031 0.713 50 G 0.325 0.006 0.028 0.041 0.049 0.126 0.082 0.342 51 T 0.047 0.005 0.011 0.011 0.028 0.117 0.022 0.759 52 G 0.012 0.004 0.052 0.025 0.139 0.169 0.036 0.563 53 E 0.004 0.003 0.129 0.197 0.402 0.069 0.056 0.140 54 W 0.002 0.002 0.149 0.292 0.308 0.035 0.049 0.163 55 V 0.001 0.001 0.254 0.279 0.353 0.012 0.044 0.055 56 L 0.001 0.001 0.275 0.233 0.407 0.011 0.034 0.038 57 L 0.014 0.002 0.273 0.284 0.310 0.020 0.038 0.060 58 V 0.029 0.008 0.203 0.218 0.241 0.058 0.073 0.170 59 S 0.031 0.064 0.052 0.039 0.123 0.129 0.032 0.530 60 G 0.046 0.137 0.040 0.021 0.046 0.124 0.030 0.557 61 S 0.050 0.575 0.029 0.042 0.032 0.055 0.039 0.177 62 S 0.066 0.789 0.012 0.009 0.012 0.017 0.019 0.076 63 A 0.189 0.517 0.040 0.025 0.026 0.025 0.075 0.103 64 R 0.204 0.244 0.040 0.047 0.043 0.046 0.123 0.254 65 Q 0.122 0.060 0.030 0.031 0.039 0.063 0.113 0.541 66 A 0.077 0.027 0.025 0.028 0.043 0.108 0.100 0.593 67 H 0.070 0.007 0.017 0.023 0.029 0.085 0.075 0.693 68 K 0.100 0.004 0.004 0.008 0.013 0.072 0.033 0.767 69 S 0.092 0.003 0.005 0.008 0.010 0.078 0.043 0.760 70 E 0.024 0.003 0.009 0.009 0.020 0.158 0.022 0.754 71 T 0.010 0.002 0.011 0.006 0.013 0.095 0.025 0.837 72 S 0.036 0.014 0.043 0.042 0.035 0.189 0.060 0.580 73 P 0.033 0.027 0.066 0.020 0.033 0.125 0.129 0.567 74 V 0.051 0.060 0.088 0.056 0.066 0.149 0.175 0.355 75 D 0.016 0.045 0.260 0.059 0.116 0.085 0.149 0.271 76 L 0.004 0.022 0.292 0.084 0.179 0.087 0.121 0.211 77 C 0.003 0.010 0.559 0.093 0.143 0.031 0.097 0.063 78 V 0.007 0.020 0.480 0.135 0.149 0.035 0.107 0.067 79 I 0.008 0.016 0.593 0.084 0.127 0.030 0.069 0.073 80 G 0.009 0.022 0.538 0.087 0.153 0.046 0.072 0.072 81 I 0.028 0.050 0.272 0.080 0.156 0.091 0.115 0.208 82 V 0.078 0.061 0.164 0.065 0.105 0.112 0.137 0.277 83 D 0.069 0.058 0.070 0.062 0.101 0.129 0.173 0.337 84 E 0.030 0.030 0.081 0.038 0.079 0.145 0.152 0.445 85 V 0.043 0.018 0.076 0.066 0.087 0.138 0.089 0.482 86 V 0.339 0.014 0.040 0.029 0.036 0.096 0.064 0.382 87 S 0.207 0.016 0.009 0.014 0.020 0.083 0.028 0.622 88 G 0.026 0.011 0.007 0.007 0.026 0.091 0.011 0.821 89 G 0.036 0.021 0.017 0.038 0.112 0.108 0.042 0.626 90 Q 0.016 0.012 0.034 0.268 0.275 0.066 0.043 0.286 91 V 0.014 0.007 0.038 0.252 0.328 0.041 0.028 0.292 92 I 0.008 0.002 0.038 0.293 0.384 0.035 0.027 0.212 93 F 0.015 0.002 0.040 0.217 0.285 0.049 0.041 0.351 94 H 0.058 0.007 0.023 0.170 0.209 0.054 0.066 0.413 95 K 0.038 0.006 0.016 0.071 0.114 0.082 0.026 0.647