# TARGET T0306 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 K 0.428 0.019 0.004 0.068 0.012 0.015 0.452 3 L 0.763 0.017 0.005 0.042 0.030 0.011 0.133 4 A 0.857 0.003 0.006 0.021 0.007 0.007 0.098 5 V 0.913 0.001 0.004 0.014 0.020 0.009 0.039 6 V 0.898 0.007 0.004 0.013 0.011 0.011 0.057 7 T 0.789 0.004 0.005 0.010 0.049 0.020 0.124 8 G 0.612 0.003 0.009 0.018 0.174 0.032 0.152 9 Q 0.715 0.011 0.009 0.014 0.048 0.016 0.187 10 I 0.873 0.009 0.007 0.019 0.019 0.015 0.058 11 V 0.907 0.004 0.003 0.030 0.014 0.008 0.035 12 C 0.874 0.004 0.005 0.029 0.009 0.012 0.066 13 T 0.796 0.003 0.005 0.016 0.034 0.030 0.116 14 V 0.629 0.006 0.008 0.019 0.085 0.039 0.213 15 R 0.397 0.030 0.012 0.022 0.119 0.020 0.400 16 H 0.181 0.011 0.020 0.008 0.084 0.019 0.676 17 H 0.010 0.001 0.102 0.012 0.056 0.790 0.030 18 G 0.006 0.002 0.098 0.004 0.065 0.790 0.035 19 L 0.048 0.019 0.114 0.004 0.194 0.143 0.478 20 A 0.078 0.014 0.041 0.005 0.212 0.362 0.289 21 H 0.167 0.015 0.048 0.003 0.288 0.244 0.235 22 D 0.282 0.014 0.023 0.002 0.125 0.034 0.519 23 K 0.641 0.014 0.010 0.001 0.100 0.016 0.219 24 L 0.924 0.003 0.003 0.001 0.011 0.003 0.055 25 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 26 M 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 27 V 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 28 E 0.893 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.095 29 M 0.808 0.006 0.001 0.001 0.032 0.003 0.149 30 I 0.543 0.034 0.002 0.002 0.080 0.009 0.331 31 D 0.172 0.020 0.005 0.002 0.049 0.022 0.729 32 P 0.029 0.003 0.032 0.005 0.100 0.756 0.076 33 Q 0.010 0.003 0.035 0.005 0.121 0.795 0.031 34 G 0.033 0.009 0.036 0.007 0.510 0.204 0.202 35 N 0.062 0.033 0.016 0.007 0.222 0.085 0.575 36 P 0.150 0.109 0.024 0.010 0.169 0.162 0.377 37 D 0.138 0.024 0.021 0.009 0.256 0.257 0.294 38 G 0.190 0.014 0.011 0.003 0.264 0.114 0.404 39 Q 0.329 0.015 0.010 0.003 0.129 0.022 0.492 40 C 0.766 0.008 0.003 0.001 0.060 0.003 0.159 41 A 0.950 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.035 42 V 0.985 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 43 A 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 44 I 0.957 0.003 0.001 0.001 0.009 0.002 0.029 45 D 0.696 0.003 0.002 0.001 0.034 0.005 0.260 46 N 0.456 0.004 0.023 0.002 0.139 0.091 0.285 47 I 0.377 0.013 0.041 0.005 0.171 0.131 0.262 48 G 0.377 0.029 0.067 0.005 0.186 0.175 0.162 49 A 0.305 0.078 0.034 0.005 0.159 0.085 0.334 50 G 0.123 0.034 0.029 0.001 0.117 0.061 0.635 51 T 0.008 0.002 0.016 0.001 0.042 0.924 0.008 52 G 0.035 0.002 0.011 0.001 0.059 0.867 0.027 53 E 0.515 0.005 0.004 0.001 0.085 0.018 0.371 54 W 0.943 0.008 0.001 0.001 0.006 0.002 0.040 55 V 0.990 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 56 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 57 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 58 V 0.887 0.005 0.001 0.001 0.016 0.006 0.085 59 S 0.442 0.005 0.002 0.004 0.186 0.032 0.329 60 G 0.060 0.006 0.043 0.068 0.510 0.109 0.205 61 S 0.030 0.011 0.171 0.307 0.227 0.078 0.176 62 S 0.005 0.002 0.342 0.574 0.017 0.044 0.016 63 A 0.006 0.002 0.300 0.601 0.014 0.052 0.025 64 R 0.007 0.003 0.337 0.522 0.020 0.083 0.028 65 Q 0.013 0.005 0.222 0.600 0.034 0.091 0.036 66 A 0.012 0.005 0.150 0.557 0.060 0.155 0.061 67 H 0.014 0.013 0.080 0.242 0.136 0.401 0.114 68 K 0.010 0.011 0.029 0.044 0.232 0.403 0.270 69 S 0.010 0.012 0.034 0.019 0.275 0.189 0.461 70 E 0.015 0.016 0.035 0.018 0.300 0.213 0.403 71 T 0.015 0.008 0.020 0.008 0.385 0.140 0.426 72 S 0.028 0.014 0.007 0.011 0.503 0.019 0.418 73 P 0.143 0.055 0.006 0.015 0.070 0.017 0.694 74 V 0.352 0.011 0.005 0.011 0.047 0.007 0.566 75 D 0.679 0.006 0.007 0.013 0.129 0.006 0.160 76 L 0.938 0.010 0.003 0.005 0.007 0.002 0.034 77 C 0.972 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.014 78 V 0.981 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.010 79 I 0.933 0.001 0.002 0.003 0.009 0.004 0.048 80 G 0.882 0.003 0.004 0.003 0.041 0.010 0.057 81 I 0.791 0.008 0.008 0.006 0.035 0.016 0.135 82 V 0.679 0.025 0.022 0.010 0.067 0.046 0.151 83 D 0.733 0.008 0.017 0.011 0.050 0.050 0.131 84 E 0.733 0.006 0.013 0.005 0.068 0.059 0.116 85 V 0.803 0.034 0.003 0.004 0.030 0.011 0.115 86 V 0.682 0.024 0.002 0.001 0.028 0.015 0.248 87 S 0.454 0.018 0.007 0.003 0.058 0.098 0.362 88 G 0.051 0.007 0.015 0.002 0.147 0.732 0.045 89 G 0.019 0.001 0.021 0.004 0.243 0.671 0.041 90 Q 0.334 0.024 0.029 0.016 0.118 0.137 0.342 91 V 0.804 0.054 0.005 0.006 0.016 0.014 0.102 92 I 0.865 0.013 0.006 0.007 0.018 0.012 0.080 93 F 0.746 0.016 0.007 0.012 0.038 0.027 0.153 94 H 0.455 0.014 0.006 0.013 0.015 0.040 0.458 95 K 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.990