# TARGET T0306 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8416 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.230 0.303 0.055 0.193 0.011 0.070 0.041 0.025 0.022 0.001 2 K 0.042 0.431 0.398 0.007 0.036 0.049 0.009 0.001 0.025 0.001 0.002 3 L 0.048 0.399 0.464 0.011 0.005 0.056 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 4 A 0.039 0.574 0.169 0.024 0.154 0.016 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 5 V 0.008 0.621 0.308 0.002 0.025 0.024 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 6 V 0.011 0.556 0.311 0.002 0.010 0.080 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 7 T 0.142 0.385 0.143 0.243 0.022 0.029 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 8 G 0.011 0.057 0.043 0.006 0.742 0.001 0.020 0.047 0.001 0.072 0.001 9 Q 0.024 0.628 0.186 0.022 0.085 0.025 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 10 I 0.009 0.646 0.282 0.002 0.014 0.024 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 11 V 0.032 0.749 0.123 0.016 0.017 0.035 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 12 C 0.015 0.565 0.204 0.016 0.119 0.045 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 13 T 0.033 0.472 0.113 0.038 0.298 0.017 0.004 0.002 0.016 0.006 0.001 14 V 0.042 0.635 0.151 0.020 0.069 0.033 0.005 0.001 0.044 0.001 0.001 15 R 0.096 0.245 0.505 0.018 0.015 0.081 0.007 0.001 0.027 0.003 0.001 16 H 0.118 0.353 0.263 0.047 0.041 0.073 0.027 0.004 0.069 0.003 0.002 17 H 0.315 0.087 0.407 0.073 0.029 0.025 0.043 0.005 0.008 0.005 0.002 18 G 0.186 0.034 0.083 0.138 0.077 0.012 0.076 0.332 0.010 0.051 0.001 19 L 0.144 0.200 0.430 0.084 0.020 0.059 0.015 0.002 0.044 0.002 0.001 20 A 0.191 0.153 0.395 0.102 0.028 0.036 0.057 0.009 0.016 0.010 0.002 21 H 0.217 0.053 0.123 0.146 0.082 0.021 0.160 0.130 0.016 0.050 0.001 22 D 0.212 0.217 0.316 0.118 0.047 0.034 0.026 0.006 0.018 0.002 0.002 23 K 0.085 0.410 0.283 0.069 0.029 0.069 0.021 0.001 0.032 0.001 0.001 24 L 0.022 0.477 0.409 0.014 0.041 0.019 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 25 L 0.010 0.743 0.170 0.003 0.043 0.013 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 26 M 0.008 0.580 0.357 0.002 0.008 0.036 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 27 V 0.019 0.737 0.132 0.014 0.034 0.025 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 28 E 0.005 0.651 0.227 0.001 0.050 0.028 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 29 M 0.022 0.200 0.662 0.008 0.007 0.076 0.002 0.001 0.018 0.001 0.005 30 I 0.057 0.447 0.293 0.076 0.052 0.051 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 31 D 0.002 0.159 0.630 0.001 0.065 0.050 0.002 0.001 0.088 0.002 0.001 32 P 0.911 0.003 0.023 0.055 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.262 0.011 0.036 0.670 0.004 0.003 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 34 G 0.049 0.006 0.069 0.134 0.027 0.005 0.068 0.542 0.002 0.099 0.001 35 N 0.014 0.090 0.732 0.005 0.018 0.029 0.011 0.001 0.096 0.004 0.001 36 P 0.742 0.003 0.169 0.049 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 37 D 0.182 0.038 0.175 0.525 0.012 0.012 0.041 0.004 0.008 0.001 0.001 38 G 0.024 0.005 0.041 0.025 0.063 0.001 0.028 0.576 0.001 0.236 0.001 39 Q 0.078 0.214 0.504 0.072 0.078 0.022 0.013 0.004 0.010 0.003 0.002 40 C 0.024 0.458 0.397 0.022 0.029 0.034 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 41 A 0.012 0.642 0.275 0.003 0.026 0.029 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 42 V 0.012 0.861 0.058 0.006 0.019 0.016 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 43 A 0.010 0.577 0.273 0.004 0.076 0.041 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 44 I 0.030 0.730 0.070 0.016 0.059 0.030 0.002 0.001 0.061 0.001 0.001 45 D 0.040 0.258 0.277 0.021 0.127 0.106 0.037 0.001 0.118 0.012 0.002 46 N 0.330 0.044 0.240 0.181 0.013 0.107 0.029 0.009 0.017 0.004 0.027 47 I 0.198 0.177 0.280 0.247 0.035 0.020 0.020 0.005 0.015 0.002 0.001 48 G 0.047 0.011 0.030 0.025 0.055 0.003 0.134 0.455 0.003 0.236 0.001 49 A 0.116 0.119 0.451 0.145 0.078 0.025 0.026 0.012 0.013 0.011 0.004 50 G 0.096 0.065 0.156 0.040 0.204 0.006 0.046 0.150 0.006 0.229 0.001 51 T 0.214 0.111 0.384 0.217 0.028 0.016 0.015 0.002 0.007 0.003 0.002 52 G 0.036 0.012 0.060 0.051 0.089 0.001 0.036 0.573 0.002 0.138 0.001 53 E 0.017 0.321 0.558 0.016 0.032 0.032 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 54 W 0.005 0.363 0.590 0.002 0.005 0.026 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 55 V 0.003 0.896 0.054 0.002 0.015 0.009 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 56 L 0.002 0.681 0.250 0.001 0.007 0.040 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 57 L 0.006 0.651 0.215 0.003 0.014 0.086 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 58 V 0.023 0.680 0.118 0.021 0.062 0.049 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 59 S 0.024 0.366 0.199 0.049 0.286 0.022 0.015 0.002 0.024 0.012 0.001 60 G 0.070 0.054 0.152 0.025 0.395 0.011 0.039 0.079 0.006 0.167 0.002 61 S 0.571 0.058 0.153 0.130 0.046 0.012 0.007 0.008 0.006 0.008 0.002 62 S 0.727 0.056 0.071 0.060 0.042 0.007 0.008 0.010 0.008 0.010 0.001 63 A 0.840 0.033 0.039 0.065 0.010 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 64 R 0.849 0.040 0.040 0.049 0.008 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 65 Q 0.695 0.076 0.100 0.074 0.020 0.012 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 66 A 0.656 0.049 0.154 0.095 0.008 0.020 0.006 0.002 0.008 0.001 0.001 67 H 0.309 0.170 0.148 0.294 0.029 0.020 0.010 0.003 0.016 0.002 0.001 68 K 0.240 0.072 0.153 0.233 0.037 0.032 0.163 0.026 0.028 0.017 0.001 69 S 0.155 0.152 0.312 0.155 0.091 0.031 0.042 0.022 0.024 0.017 0.001 70 E 0.459 0.064 0.143 0.236 0.018 0.030 0.031 0.009 0.007 0.004 0.001 71 T 0.213 0.219 0.223 0.244 0.030 0.027 0.015 0.003 0.024 0.002 0.001 72 S 0.036 0.244 0.515 0.002 0.038 0.016 0.008 0.001 0.137 0.003 0.001 73 P 0.218 0.006 0.620 0.013 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 74 V 0.239 0.446 0.146 0.049 0.062 0.023 0.004 0.002 0.027 0.002 0.001 75 D 0.180 0.252 0.292 0.062 0.028 0.120 0.015 0.001 0.045 0.001 0.003 76 L 0.137 0.354 0.281 0.075 0.102 0.024 0.009 0.004 0.012 0.001 0.002 77 C 0.036 0.674 0.145 0.013 0.102 0.015 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 78 V 0.021 0.764 0.143 0.004 0.023 0.030 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 79 I 0.044 0.740 0.071 0.034 0.036 0.029 0.003 0.001 0.043 0.001 0.001 80 G 0.015 0.555 0.161 0.002 0.236 0.011 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 81 I 0.040 0.574 0.281 0.007 0.012 0.052 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 82 V 0.075 0.380 0.395 0.013 0.010 0.085 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 83 D 0.427 0.099 0.071 0.288 0.037 0.036 0.015 0.002 0.022 0.003 0.001 84 E 0.085 0.368 0.164 0.137 0.160 0.028 0.028 0.003 0.023 0.002 0.001 85 V 0.057 0.553 0.274 0.026 0.034 0.031 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 86 V 0.060 0.466 0.297 0.022 0.026 0.053 0.005 0.001 0.069 0.001 0.001 87 S 0.114 0.165 0.532 0.068 0.022 0.039 0.016 0.004 0.029 0.008 0.002 88 G 0.049 0.012 0.119 0.045 0.061 0.003 0.189 0.229 0.004 0.287 0.001 89 G 0.041 0.011 0.067 0.039 0.060 0.003 0.122 0.524 0.001 0.130 0.002 90 Q 0.052 0.320 0.470 0.051 0.051 0.028 0.010 0.002 0.014 0.001 0.001 91 V 0.022 0.574 0.339 0.005 0.019 0.026 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 92 I 0.060 0.725 0.117 0.022 0.024 0.029 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 93 F 0.041 0.589 0.219 0.024 0.066 0.033 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 94 H 0.034 0.373 0.356 0.030 0.064 0.067 0.014 0.003 0.057 0.002 0.001 95 K 0.192 0.241 0.287 0.048 0.107 0.019 0.026 0.023 0.019 0.035 0.001