# TARGET T0306 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5341 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.125 0.040 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.029 0.120 0.627 2 K 0.040 0.023 0.008 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.142 0.009 0.201 0.557 3 L 0.023 0.009 0.002 0.001 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.094 0.003 0.083 0.765 4 A 0.027 0.023 0.001 0.001 0.016 0.033 0.041 0.011 0.001 0.001 0.024 0.005 0.054 0.035 0.003 0.001 0.382 0.004 0.052 0.287 5 V 0.036 0.026 0.001 0.001 0.005 0.002 0.008 0.016 0.001 0.004 0.003 0.002 0.190 0.012 0.002 0.001 0.173 0.005 0.077 0.436 6 V 0.027 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.011 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.461 0.008 0.059 0.348 7 T 0.012 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.332 0.007 0.043 0.330 8 G 0.020 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.348 0.015 0.046 0.514 9 Q 0.087 0.009 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.011 0.195 0.514 10 I 0.086 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.441 0.011 0.056 0.383 11 V 0.004 0.017 0.003 0.003 0.036 0.008 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.733 0.002 0.027 0.125 12 C 0.001 0.009 0.001 0.001 0.119 0.006 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.619 0.001 0.022 0.200 13 T 0.004 0.010 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.633 0.006 0.044 0.277 14 V 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.012 0.042 0.042 0.543 0.004 0.036 0.279 15 R 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.279 0.003 0.116 0.561 16 H 0.012 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.023 0.015 0.006 0.017 0.010 0.008 0.348 0.004 0.104 0.414 17 H 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.048 0.911 18 G 0.059 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.052 0.010 0.112 0.743 19 L 0.653 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.014 0.028 0.247 20 A 0.191 0.094 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.015 0.083 0.530 21 H 0.051 0.045 0.023 0.001 0.009 0.003 0.003 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.008 0.076 0.689 22 D 0.280 0.032 0.019 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.011 0.078 0.478 23 K 0.059 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.010 0.198 0.498 24 L 0.082 0.030 0.016 0.003 0.019 0.004 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.392 0.014 0.068 0.355 25 L 0.006 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.002 0.018 0.036 26 M 0.005 0.004 0.001 0.001 0.010 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.820 0.002 0.034 0.118 27 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.001 0.005 0.029 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.001 0.008 0.043 29 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.146 0.018 0.030 0.369 0.006 0.042 0.356 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.018 0.849 0.002 0.026 0.089 31 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.574 0.003 0.009 0.001 0.002 0.003 0.004 0.053 0.003 0.043 0.207 32 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.008 0.043 0.878 33 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.001 0.004 0.004 0.800 0.176 34 G 0.683 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.172 0.041 0.093 35 N 0.239 0.032 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.011 0.275 0.360 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 37 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.571 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.117 0.287 38 G 0.130 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.025 0.070 0.633 39 Q 0.178 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.014 0.120 0.519 40 C 0.033 0.003 0.004 0.001 0.008 0.004 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.349 0.004 0.163 0.399 41 A 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.727 0.002 0.062 0.185 42 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.015 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.840 0.001 0.027 0.097 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.008 0.912 0.001 0.011 0.051 44 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.914 0.001 0.013 0.062 45 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.011 0.003 0.003 0.004 0.003 0.004 0.818 0.004 0.019 0.111 46 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.450 0.013 0.221 0.296 47 I 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.018 0.024 0.009 0.121 0.018 0.575 0.211 48 G 0.167 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.005 0.006 0.012 0.002 0.001 0.113 0.104 0.181 0.395 49 A 0.090 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.049 0.018 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.204 0.010 0.168 0.399 50 G 0.015 0.006 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.051 0.003 0.601 0.295 51 T 0.072 0.006 0.011 0.003 0.002 0.017 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.004 0.111 0.702 52 G 0.132 0.008 0.002 0.002 0.006 0.005 0.020 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.333 0.013 0.058 0.411 53 E 0.710 0.004 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.014 0.038 0.169 54 W 0.030 0.007 0.005 0.002 0.013 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.333 0.006 0.123 0.478 55 V 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.898 0.001 0.013 0.056 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.001 0.012 0.040 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.945 0.001 0.006 0.039 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.901 0.001 0.011 0.076 59 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.524 0.009 0.111 0.350 60 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.254 0.018 0.151 0.569 61 S 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.006 0.215 0.669 62 S 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.005 0.136 0.785 63 A 0.097 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.004 0.310 0.492 64 R 0.124 0.439 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.005 0.091 0.306 65 Q 0.145 0.620 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.017 0.189 66 A 0.096 0.701 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.018 0.011 0.156 67 H 0.115 0.633 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.041 0.025 0.153 68 K 0.162 0.388 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.068 0.045 0.295 69 S 0.115 0.227 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.037 0.047 0.531 70 E 0.054 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.020 0.041 0.826 71 T 0.071 0.020 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.018 0.220 0.614 72 S 0.109 0.015 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.011 0.202 0.596 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 74 V 0.014 0.007 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.005 0.164 0.682 75 D 0.131 0.059 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.007 0.125 0.476 76 L 0.040 0.135 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.379 0.005 0.088 0.346 77 C 0.041 0.126 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.418 0.009 0.179 0.218 78 V 0.021 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.691 0.007 0.040 0.119 79 I 0.007 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.798 0.003 0.011 0.062 80 G 0.005 0.188 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.721 0.004 0.014 0.060 81 I 0.006 0.146 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.060 0.650 0.007 0.013 0.082 82 V 0.007 0.115 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.031 0.019 0.656 0.009 0.014 0.133 83 D 0.018 0.138 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.010 0.010 0.007 0.049 0.033 0.020 0.408 0.023 0.027 0.243 84 E 0.081 0.064 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.015 0.044 0.127 0.019 0.005 0.204 0.038 0.074 0.306 85 V 0.118 0.068 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.007 0.064 0.011 0.001 0.001 0.081 0.027 0.199 0.382 86 V 0.070 0.065 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.212 0.022 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.094 0.023 0.115 0.316 87 S 0.035 0.061 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.128 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.007 0.087 0.628 88 G 0.028 0.041 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.013 0.184 0.653 89 G 0.335 0.014 0.025 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.051 0.091 0.456 90 Q 0.150 0.017 0.026 0.005 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.014 0.186 0.523 91 V 0.022 0.013 0.016 0.011 0.053 0.010 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.005 0.105 0.478 92 I 0.009 0.013 0.002 0.002 0.218 0.092 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.003 0.246 0.002 0.044 0.334 93 F 0.015 0.023 0.001 0.001 0.018 0.033 0.027 0.014 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.006 0.005 0.005 0.411 0.003 0.051 0.375 94 H 0.019 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.005 0.004 0.002 0.007 0.006 0.005 0.004 0.401 0.006 0.069 0.430 95 K 0.021 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.206 0.005 0.071 0.654