# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5341 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.016 0.051 0.089 0.114 0.127 0.018 0.505 2 K 0.137 0.016 0.077 0.181 0.180 0.135 0.017 0.257 3 L 0.035 0.011 0.086 0.195 0.298 0.064 0.003 0.307 4 A 0.014 0.007 0.049 0.331 0.468 0.032 0.002 0.098 5 V 0.010 0.009 0.056 0.333 0.373 0.030 0.003 0.187 6 V 0.008 0.014 0.109 0.348 0.399 0.027 0.006 0.089 7 T 0.007 0.021 0.081 0.312 0.344 0.029 0.005 0.201 8 G 0.013 0.015 0.065 0.289 0.384 0.037 0.024 0.174 9 Q 0.124 0.002 0.045 0.068 0.168 0.180 0.012 0.400 10 I 0.031 0.004 0.064 0.414 0.261 0.066 0.007 0.154 11 V 0.037 0.001 0.038 0.270 0.523 0.048 0.002 0.080 12 C 0.005 0.001 0.060 0.426 0.435 0.012 0.001 0.060 13 T 0.002 0.001 0.036 0.374 0.483 0.010 0.001 0.093 14 V 0.003 0.001 0.065 0.296 0.436 0.015 0.001 0.183 15 R 0.006 0.003 0.048 0.176 0.418 0.090 0.003 0.257 16 H 0.026 0.007 0.050 0.106 0.404 0.103 0.005 0.299 17 H 0.011 0.009 0.013 0.030 0.059 0.068 0.003 0.808 18 G 0.054 0.014 0.009 0.021 0.036 0.093 0.018 0.756 19 L 0.542 0.018 0.015 0.022 0.039 0.096 0.021 0.249 20 A 0.139 0.041 0.022 0.061 0.077 0.153 0.025 0.483 21 H 0.111 0.040 0.027 0.056 0.105 0.109 0.026 0.525 22 D 0.138 0.040 0.042 0.084 0.094 0.137 0.023 0.441 23 K 0.114 0.023 0.051 0.098 0.114 0.185 0.027 0.388 24 L 0.156 0.025 0.133 0.159 0.263 0.148 0.014 0.102 25 L 0.036 0.008 0.151 0.423 0.336 0.025 0.004 0.017 26 M 0.006 0.004 0.085 0.307 0.439 0.017 0.002 0.141 27 V 0.002 0.002 0.155 0.291 0.496 0.011 0.001 0.043 28 E 0.001 0.003 0.098 0.503 0.322 0.016 0.001 0.056 29 M 0.002 0.003 0.062 0.235 0.469 0.015 0.001 0.213 30 I 0.009 0.003 0.088 0.178 0.562 0.040 0.002 0.118 31 D 0.011 0.009 0.034 0.214 0.277 0.064 0.004 0.388 32 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.001 0.979 33 Q 0.023 0.003 0.004 0.014 0.027 0.674 0.011 0.244 34 G 0.742 0.004 0.002 0.005 0.003 0.021 0.054 0.169 35 N 0.165 0.033 0.083 0.050 0.046 0.288 0.011 0.324 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 37 D 0.014 0.003 0.014 0.033 0.108 0.281 0.005 0.543 38 G 0.298 0.004 0.013 0.025 0.028 0.096 0.027 0.508 39 Q 0.263 0.008 0.041 0.029 0.044 0.322 0.007 0.287 40 C 0.028 0.006 0.040 0.080 0.091 0.104 0.003 0.648 41 A 0.024 0.007 0.091 0.234 0.401 0.088 0.002 0.152 42 V 0.013 0.008 0.090 0.252 0.345 0.051 0.003 0.239 43 A 0.007 0.007 0.278 0.267 0.378 0.014 0.002 0.047 44 I 0.004 0.015 0.149 0.271 0.375 0.023 0.002 0.160 45 D 0.006 0.015 0.201 0.198 0.443 0.027 0.005 0.106 46 N 0.012 0.020 0.142 0.111 0.226 0.074 0.007 0.409 47 I 0.049 0.026 0.097 0.117 0.195 0.193 0.020 0.304 48 G 0.144 0.011 0.033 0.042 0.060 0.272 0.036 0.403 49 A 0.161 0.039 0.116 0.112 0.096 0.089 0.030 0.358 50 G 0.038 0.017 0.054 0.062 0.091 0.225 0.025 0.488 51 T 0.024 0.004 0.016 0.023 0.030 0.072 0.012 0.820 52 G 0.026 0.024 0.117 0.272 0.150 0.085 0.039 0.288 53 E 0.410 0.001 0.031 0.039 0.155 0.241 0.009 0.114 54 W 0.008 0.001 0.106 0.256 0.152 0.049 0.002 0.428 55 V 0.004 0.001 0.065 0.405 0.511 0.007 0.001 0.008 56 L 0.001 0.001 0.172 0.334 0.342 0.005 0.001 0.144 57 L 0.001 0.001 0.212 0.244 0.507 0.005 0.001 0.030 58 V 0.002 0.001 0.205 0.299 0.385 0.026 0.001 0.083 59 S 0.002 0.003 0.120 0.109 0.318 0.062 0.002 0.384 60 G 0.018 0.005 0.089 0.045 0.143 0.091 0.009 0.600 61 S 0.124 0.003 0.018 0.011 0.024 0.249 0.008 0.563 62 S 0.045 0.014 0.012 0.016 0.028 0.177 0.006 0.703 63 A 0.088 0.120 0.013 0.026 0.099 0.221 0.010 0.423 64 R 0.083 0.299 0.011 0.022 0.050 0.223 0.012 0.300 65 Q 0.132 0.586 0.005 0.017 0.023 0.037 0.013 0.187 66 A 0.122 0.646 0.014 0.018 0.027 0.023 0.018 0.132 67 H 0.141 0.511 0.022 0.048 0.052 0.024 0.031 0.170 68 K 0.177 0.220 0.044 0.042 0.063 0.046 0.051 0.356 69 S 0.171 0.120 0.043 0.035 0.048 0.070 0.037 0.478 70 E 0.063 0.042 0.035 0.012 0.018 0.090 0.025 0.715 71 T 0.062 0.036 0.032 0.013 0.015 0.253 0.036 0.553 72 S 0.196 0.020 0.074 0.030 0.021 0.185 0.021 0.452 73 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.991 74 V 0.010 0.006 0.106 0.097 0.188 0.190 0.003 0.399 75 D 0.039 0.025 0.127 0.163 0.166 0.125 0.006 0.350 76 L 0.029 0.032 0.199 0.188 0.306 0.064 0.005 0.176 77 C 0.027 0.025 0.274 0.264 0.256 0.077 0.005 0.071 78 V 0.031 0.011 0.411 0.127 0.190 0.069 0.010 0.151 79 I 0.004 0.014 0.531 0.179 0.133 0.018 0.002 0.120 80 G 0.003 0.007 0.530 0.155 0.182 0.025 0.005 0.094 81 I 0.005 0.006 0.517 0.086 0.164 0.032 0.004 0.186 82 V 0.002 0.010 0.561 0.115 0.171 0.032 0.003 0.106 83 D 0.008 0.026 0.225 0.151 0.206 0.091 0.005 0.287 84 E 0.022 0.020 0.165 0.097 0.172 0.109 0.013 0.402 85 V 0.073 0.022 0.046 0.065 0.107 0.235 0.013 0.439 86 V 0.093 0.042 0.068 0.111 0.121 0.152 0.026 0.389 87 S 0.026 0.050 0.026 0.059 0.064 0.067 0.015 0.692 88 G 0.050 0.030 0.026 0.037 0.065 0.082 0.039 0.672 89 G 0.152 0.017 0.020 0.025 0.024 0.124 0.051 0.587 90 Q 0.280 0.015 0.042 0.044 0.051 0.170 0.023 0.376 91 V 0.075 0.010 0.046 0.092 0.153 0.126 0.005 0.494 92 I 0.025 0.011 0.038 0.210 0.367 0.071 0.003 0.275 93 F 0.024 0.015 0.043 0.222 0.365 0.042 0.003 0.286 94 H 0.022 0.023 0.029 0.216 0.368 0.065 0.005 0.271 95 K 0.029 0.025 0.023 0.086 0.202 0.065 0.007 0.563