# TARGET T0306 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5341 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.140 0.328 0.081 0.006 0.331 0.005 0.007 0.027 0.019 0.024 0.031 2 K 0.136 0.277 0.057 0.004 0.422 0.005 0.013 0.034 0.014 0.015 0.025 3 L 0.419 0.060 0.008 0.005 0.305 0.006 0.011 0.026 0.026 0.036 0.100 4 A 0.116 0.266 0.038 0.005 0.526 0.004 0.002 0.012 0.011 0.007 0.012 5 V 0.183 0.272 0.041 0.001 0.456 0.001 0.005 0.020 0.006 0.004 0.011 6 V 0.595 0.022 0.011 0.021 0.155 0.027 0.026 0.016 0.004 0.009 0.115 7 T 0.004 0.013 0.009 0.463 0.009 0.297 0.145 0.034 0.016 0.009 0.003 8 G 0.034 0.054 0.076 0.308 0.041 0.091 0.029 0.077 0.084 0.167 0.039 9 Q 0.134 0.204 0.033 0.010 0.473 0.006 0.011 0.048 0.028 0.035 0.018 10 I 0.420 0.040 0.004 0.002 0.450 0.002 0.003 0.008 0.004 0.007 0.059 11 V 0.262 0.098 0.017 0.019 0.434 0.023 0.021 0.014 0.008 0.022 0.082 12 C 0.290 0.106 0.030 0.013 0.373 0.007 0.010 0.014 0.010 0.059 0.089 13 T 0.192 0.168 0.050 0.019 0.317 0.016 0.022 0.048 0.041 0.060 0.066 14 V 0.130 0.205 0.072 0.011 0.292 0.008 0.025 0.098 0.069 0.052 0.036 15 R 0.118 0.153 0.060 0.029 0.146 0.032 0.075 0.155 0.095 0.074 0.063 16 H 0.077 0.250 0.142 0.051 0.197 0.017 0.019 0.105 0.070 0.037 0.036 17 H 0.012 0.048 0.038 0.044 0.023 0.131 0.176 0.287 0.203 0.032 0.007 18 G 0.059 0.044 0.036 0.038 0.045 0.023 0.063 0.167 0.118 0.326 0.082 19 L 0.154 0.062 0.025 0.023 0.099 0.038 0.037 0.080 0.117 0.230 0.135 20 A 0.047 0.093 0.053 0.063 0.080 0.071 0.135 0.205 0.138 0.080 0.035 21 H 0.047 0.043 0.039 0.032 0.046 0.019 0.019 0.096 0.220 0.375 0.063 22 D 0.046 0.284 0.116 0.023 0.162 0.019 0.039 0.139 0.096 0.058 0.019 23 K 0.203 0.084 0.017 0.005 0.266 0.006 0.019 0.058 0.062 0.181 0.099 24 L 0.214 0.189 0.038 0.003 0.526 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.017 25 L 0.124 0.263 0.031 0.001 0.560 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.012 26 M 0.404 0.073 0.010 0.001 0.461 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.043 27 V 0.311 0.157 0.061 0.004 0.403 0.003 0.004 0.003 0.003 0.009 0.041 28 E 0.029 0.567 0.120 0.006 0.262 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 29 M 0.277 0.194 0.021 0.001 0.454 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.040 30 I 0.069 0.245 0.073 0.093 0.281 0.094 0.045 0.020 0.019 0.032 0.030 31 D 0.029 0.185 0.642 0.022 0.102 0.001 0.003 0.006 0.004 0.001 0.005 32 P 0.004 0.012 0.013 0.006 0.007 0.009 0.048 0.609 0.264 0.023 0.003 33 Q 0.002 0.620 0.169 0.028 0.058 0.017 0.057 0.021 0.010 0.015 0.002 34 G 0.060 0.012 0.012 0.020 0.021 0.015 0.008 0.008 0.012 0.517 0.316 35 N 0.095 0.202 0.337 0.024 0.198 0.011 0.019 0.039 0.017 0.017 0.040 36 P 0.065 0.100 0.095 0.035 0.073 0.047 0.067 0.217 0.197 0.071 0.032 37 D 0.014 0.239 0.166 0.140 0.048 0.070 0.127 0.064 0.048 0.069 0.015 38 G 0.023 0.026 0.040 0.054 0.016 0.018 0.007 0.018 0.055 0.626 0.116 39 Q 0.080 0.364 0.085 0.008 0.313 0.007 0.014 0.031 0.032 0.042 0.023 40 C 0.288 0.116 0.015 0.002 0.524 0.001 0.002 0.003 0.003 0.010 0.037 41 A 0.193 0.136 0.019 0.005 0.621 0.003 0.004 0.003 0.001 0.003 0.012 42 V 0.356 0.049 0.004 0.002 0.550 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.031 43 A 0.262 0.098 0.011 0.003 0.579 0.002 0.002 0.003 0.001 0.005 0.034 44 I 0.276 0.115 0.029 0.009 0.417 0.005 0.007 0.011 0.006 0.036 0.090 45 D 0.068 0.225 0.137 0.103 0.175 0.061 0.081 0.064 0.026 0.027 0.032 46 N 0.150 0.183 0.097 0.023 0.222 0.016 0.022 0.058 0.064 0.093 0.072 47 I 0.081 0.201 0.070 0.051 0.175 0.087 0.112 0.066 0.064 0.052 0.041 48 G 0.162 0.064 0.054 0.070 0.132 0.031 0.026 0.030 0.038 0.196 0.196 49 A 0.094 0.177 0.113 0.087 0.128 0.064 0.087 0.065 0.065 0.078 0.042 50 G 0.018 0.041 0.259 0.357 0.021 0.110 0.033 0.035 0.035 0.069 0.021 51 T 0.042 0.095 0.054 0.085 0.069 0.132 0.335 0.095 0.042 0.026 0.025 52 G 0.039 0.047 0.047 0.069 0.040 0.024 0.008 0.009 0.029 0.551 0.138 53 E 0.136 0.259 0.035 0.016 0.455 0.012 0.019 0.019 0.013 0.019 0.017 54 W 0.267 0.048 0.002 0.001 0.672 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 55 V 0.176 0.038 0.002 0.001 0.775 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 56 L 0.215 0.053 0.003 0.001 0.707 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 57 L 0.408 0.043 0.006 0.001 0.359 0.001 0.002 0.003 0.001 0.017 0.161 58 V 0.211 0.139 0.071 0.047 0.234 0.040 0.033 0.023 0.011 0.075 0.116 59 S 0.057 0.146 0.105 0.151 0.107 0.092 0.093 0.083 0.036 0.086 0.044 60 G 0.037 0.086 0.163 0.170 0.061 0.045 0.015 0.062 0.063 0.242 0.056 61 S 0.053 0.118 0.059 0.021 0.150 0.013 0.021 0.304 0.143 0.089 0.031 62 S 0.023 0.034 0.016 0.003 0.035 0.004 0.012 0.581 0.195 0.080 0.016 63 A 0.008 0.013 0.006 0.003 0.014 0.005 0.015 0.631 0.228 0.072 0.005 64 R 0.012 0.024 0.007 0.005 0.023 0.010 0.032 0.622 0.212 0.046 0.007 65 Q 0.026 0.035 0.024 0.006 0.041 0.008 0.061 0.546 0.167 0.071 0.015 66 A 0.023 0.041 0.024 0.013 0.038 0.037 0.132 0.394 0.166 0.119 0.014 67 H 0.080 0.134 0.054 0.024 0.119 0.026 0.068 0.198 0.095 0.152 0.050 68 K 0.052 0.091 0.060 0.051 0.075 0.036 0.058 0.116 0.115 0.283 0.062 69 S 0.052 0.222 0.102 0.045 0.179 0.024 0.036 0.104 0.096 0.105 0.034 70 E 0.066 0.065 0.024 0.014 0.103 0.021 0.069 0.185 0.217 0.187 0.049 71 T 0.065 0.129 0.139 0.044 0.109 0.020 0.077 0.089 0.086 0.192 0.049 72 S 0.025 0.413 0.341 0.030 0.118 0.007 0.017 0.028 0.009 0.005 0.006 73 P 0.146 0.264 0.072 0.008 0.270 0.013 0.033 0.064 0.055 0.033 0.042 74 V 0.125 0.225 0.063 0.015 0.269 0.018 0.032 0.083 0.075 0.056 0.039 75 D 0.244 0.065 0.012 0.015 0.303 0.026 0.069 0.123 0.046 0.046 0.051 76 L 0.243 0.101 0.018 0.010 0.494 0.014 0.020 0.035 0.017 0.018 0.029 77 C 0.221 0.081 0.004 0.003 0.641 0.004 0.006 0.014 0.003 0.005 0.017 78 V 0.368 0.038 0.003 0.002 0.516 0.002 0.003 0.013 0.002 0.008 0.045 79 I 0.356 0.057 0.006 0.012 0.357 0.013 0.016 0.040 0.016 0.030 0.097 80 G 0.146 0.231 0.037 0.015 0.494 0.011 0.011 0.021 0.007 0.008 0.018 81 I 0.419 0.065 0.009 0.002 0.391 0.003 0.007 0.017 0.005 0.017 0.066 82 V 0.219 0.168 0.057 0.032 0.298 0.029 0.029 0.034 0.023 0.044 0.066 83 D 0.127 0.191 0.089 0.040 0.244 0.045 0.064 0.050 0.050 0.056 0.045 84 E 0.118 0.240 0.081 0.009 0.278 0.008 0.020 0.063 0.082 0.065 0.036 85 V 0.138 0.191 0.043 0.016 0.263 0.027 0.062 0.099 0.075 0.046 0.042 86 V 0.161 0.121 0.143 0.079 0.153 0.053 0.059 0.076 0.041 0.040 0.074 87 S 0.022 0.046 0.045 0.174 0.034 0.216 0.217 0.167 0.045 0.022 0.012 88 G 0.010 0.136 0.183 0.371 0.029 0.073 0.037 0.031 0.023 0.086 0.019 89 G 0.065 0.077 0.090 0.167 0.069 0.046 0.019 0.040 0.039 0.271 0.117 90 Q 0.157 0.192 0.039 0.010 0.364 0.011 0.019 0.073 0.048 0.046 0.042 91 V 0.218 0.163 0.027 0.004 0.463 0.005 0.013 0.039 0.017 0.017 0.035 92 I 0.251 0.142 0.025 0.009 0.389 0.013 0.028 0.067 0.018 0.020 0.039 93 F 0.220 0.144 0.037 0.021 0.308 0.019 0.028 0.087 0.028 0.043 0.066 94 H 0.138 0.190 0.082 0.033 0.237 0.020 0.028 0.101 0.044 0.069 0.058 95 K 0.078 0.215 0.112 0.038 0.159 0.025 0.040 0.171 0.071 0.059 0.032