# TARGET T0306 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5341 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.627 0.214 0.091 0.043 0.017 0.007 0.001 2 K 0.497 0.216 0.136 0.083 0.045 0.021 0.003 3 L 0.241 0.179 0.183 0.171 0.130 0.080 0.016 4 A 0.186 0.180 0.161 0.162 0.143 0.128 0.040 5 V 0.151 0.219 0.255 0.210 0.106 0.050 0.009 6 V 0.063 0.049 0.070 0.185 0.336 0.264 0.033 7 T 0.283 0.305 0.201 0.128 0.058 0.023 0.004 8 G 0.361 0.292 0.174 0.112 0.042 0.016 0.003 9 Q 0.199 0.250 0.265 0.205 0.066 0.014 0.001 10 I 0.075 0.076 0.094 0.173 0.278 0.264 0.040 11 V 0.071 0.098 0.164 0.240 0.220 0.171 0.036 12 C 0.046 0.075 0.090 0.134 0.217 0.321 0.117 13 T 0.083 0.105 0.139 0.253 0.242 0.151 0.028 14 V 0.064 0.180 0.240 0.254 0.169 0.079 0.013 15 R 0.168 0.214 0.220 0.206 0.123 0.058 0.010 16 H 0.238 0.247 0.204 0.179 0.096 0.034 0.003 17 H 0.497 0.303 0.127 0.052 0.016 0.005 0.001 18 G 0.346 0.343 0.184 0.087 0.030 0.009 0.001 19 L 0.089 0.108 0.166 0.256 0.255 0.119 0.007 20 A 0.332 0.350 0.189 0.089 0.030 0.007 0.001 21 H 0.228 0.287 0.223 0.162 0.077 0.022 0.002 22 D 0.100 0.264 0.305 0.220 0.085 0.024 0.002 23 K 0.033 0.154 0.282 0.294 0.179 0.054 0.005 24 L 0.004 0.016 0.044 0.124 0.320 0.436 0.056 25 L 0.002 0.028 0.116 0.277 0.327 0.225 0.025 26 M 0.001 0.004 0.015 0.072 0.259 0.508 0.141 27 V 0.001 0.007 0.017 0.063 0.244 0.549 0.118 28 E 0.007 0.045 0.119 0.243 0.310 0.235 0.041 29 M 0.006 0.045 0.142 0.268 0.313 0.198 0.028 30 I 0.014 0.062 0.165 0.325 0.311 0.117 0.007 31 D 0.244 0.376 0.243 0.103 0.029 0.006 0.001 32 P 0.575 0.231 0.108 0.056 0.023 0.006 0.001 33 Q 0.825 0.133 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 34 G 0.597 0.239 0.111 0.043 0.009 0.001 0.001 35 N 0.644 0.232 0.085 0.030 0.007 0.001 0.001 36 P 0.473 0.241 0.148 0.093 0.037 0.007 0.001 37 D 0.578 0.262 0.103 0.042 0.012 0.002 0.001 38 G 0.185 0.286 0.256 0.185 0.072 0.015 0.001 39 Q 0.074 0.215 0.248 0.247 0.148 0.060 0.008 40 C 0.003 0.016 0.058 0.185 0.343 0.336 0.060 41 A 0.001 0.005 0.021 0.076 0.210 0.478 0.208 42 V 0.001 0.001 0.005 0.016 0.068 0.360 0.549 43 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.026 0.213 0.753 44 I 0.001 0.001 0.004 0.015 0.056 0.243 0.680 45 D 0.001 0.003 0.006 0.020 0.068 0.299 0.604 46 N 0.003 0.010 0.024 0.063 0.145 0.351 0.405 47 I 0.006 0.013 0.023 0.054 0.124 0.373 0.406 48 G 0.021 0.044 0.072 0.133 0.216 0.323 0.190 49 A 0.027 0.042 0.063 0.136 0.238 0.338 0.155 50 G 0.082 0.171 0.199 0.231 0.187 0.107 0.024 51 T 0.094 0.221 0.237 0.224 0.141 0.066 0.017 52 G 0.114 0.204 0.207 0.212 0.150 0.083 0.030 53 E 0.032 0.083 0.151 0.245 0.240 0.194 0.054 54 W 0.005 0.012 0.034 0.102 0.241 0.454 0.153 55 V 0.003 0.008 0.019 0.050 0.141 0.444 0.335 56 L 0.002 0.004 0.007 0.015 0.056 0.322 0.594 57 L 0.004 0.011 0.026 0.076 0.167 0.359 0.358 58 V 0.004 0.012 0.027 0.083 0.210 0.385 0.279 59 S 0.038 0.113 0.169 0.218 0.200 0.187 0.074 60 G 0.055 0.129 0.177 0.218 0.209 0.165 0.048 61 S 0.163 0.244 0.221 0.174 0.114 0.066 0.018 62 S 0.077 0.146 0.188 0.228 0.198 0.135 0.027 63 A 0.046 0.063 0.087 0.170 0.271 0.295 0.069 64 R 0.079 0.174 0.228 0.246 0.176 0.084 0.013 65 Q 0.168 0.264 0.233 0.174 0.097 0.052 0.013 66 A 0.107 0.168 0.210 0.246 0.173 0.084 0.013 67 H 0.163 0.199 0.215 0.229 0.139 0.051 0.005 68 K 0.516 0.286 0.115 0.058 0.019 0.005 0.001 69 S 0.641 0.223 0.084 0.038 0.011 0.002 0.001 70 E 0.684 0.223 0.065 0.022 0.005 0.001 0.001 71 T 0.402 0.303 0.171 0.088 0.029 0.007 0.001 72 S 0.190 0.235 0.220 0.193 0.117 0.041 0.004 73 P 0.081 0.116 0.153 0.223 0.244 0.158 0.026 74 V 0.025 0.044 0.075 0.156 0.283 0.317 0.100 75 D 0.029 0.053 0.098 0.167 0.241 0.271 0.141 76 L 0.010 0.017 0.028 0.062 0.140 0.339 0.405 77 C 0.009 0.014 0.031 0.069 0.129 0.268 0.481 78 V 0.002 0.004 0.009 0.025 0.068 0.266 0.626 79 I 0.004 0.007 0.017 0.043 0.075 0.237 0.618 80 G 0.004 0.009 0.019 0.038 0.074 0.290 0.567 81 I 0.005 0.010 0.021 0.061 0.140 0.379 0.384 82 V 0.008 0.016 0.032 0.087 0.229 0.444 0.185 83 D 0.027 0.046 0.082 0.175 0.282 0.322 0.067 84 E 0.073 0.192 0.250 0.263 0.161 0.057 0.004 85 V 0.107 0.145 0.201 0.292 0.201 0.052 0.003 86 V 0.415 0.318 0.169 0.077 0.019 0.003 0.001 87 S 0.634 0.217 0.095 0.042 0.010 0.001 0.001 88 G 0.817 0.139 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 89 G 0.717 0.187 0.066 0.023 0.006 0.001 0.001 90 Q 0.644 0.230 0.087 0.031 0.007 0.001 0.001 91 V 0.400 0.239 0.173 0.122 0.054 0.013 0.001 92 I 0.363 0.242 0.191 0.132 0.054 0.017 0.001 93 F 0.350 0.221 0.190 0.153 0.069 0.016 0.001 94 H 0.616 0.229 0.095 0.045 0.013 0.003 0.001 95 K 0.688 0.200 0.071 0.030 0.009 0.002 0.001