# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0306/T0306.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5393 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.020 0.273 0.528 0.001 0.011 0.001 0.001 0.011 0.004 0.003 0.004 0.010 0.001 0.001 0.040 2 K 0.066 0.020 0.422 0.405 0.002 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 3 L 0.003 0.068 0.086 0.748 0.002 0.053 0.001 0.004 0.001 0.001 0.027 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 4 A 0.001 0.018 0.025 0.941 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 5 V 0.004 0.006 0.058 0.896 0.010 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 6 V 0.003 0.008 0.024 0.344 0.350 0.233 0.014 0.003 0.001 0.002 0.010 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 7 T 0.001 0.401 0.009 0.321 0.007 0.058 0.001 0.173 0.002 0.001 0.013 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 8 G 0.003 0.064 0.015 0.649 0.001 0.051 0.001 0.013 0.111 0.032 0.034 0.010 0.005 0.001 0.001 0.011 9 Q 0.163 0.068 0.208 0.526 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.008 0.005 0.001 0.001 0.007 10 I 0.019 0.004 0.256 0.671 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 11 V 0.001 0.037 0.072 0.851 0.007 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 12 C 0.001 0.012 0.003 0.935 0.003 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 13 T 0.002 0.044 0.035 0.803 0.021 0.056 0.002 0.003 0.004 0.002 0.011 0.005 0.009 0.001 0.001 0.002 14 V 0.006 0.046 0.031 0.715 0.042 0.086 0.003 0.011 0.002 0.002 0.026 0.009 0.017 0.001 0.001 0.003 15 R 0.005 0.109 0.077 0.524 0.059 0.114 0.005 0.021 0.006 0.007 0.021 0.019 0.021 0.003 0.002 0.005 16 H 0.005 0.025 0.016 0.091 0.496 0.139 0.091 0.011 0.004 0.005 0.035 0.012 0.021 0.044 0.002 0.003 17 H 0.004 0.069 0.021 0.066 0.005 0.016 0.002 0.581 0.008 0.003 0.080 0.017 0.019 0.001 0.102 0.004 18 G 0.016 0.029 0.016 0.052 0.009 0.043 0.007 0.007 0.353 0.188 0.027 0.092 0.043 0.005 0.004 0.110 19 L 0.446 0.024 0.059 0.037 0.065 0.036 0.076 0.012 0.004 0.003 0.081 0.046 0.072 0.022 0.007 0.010 20 A 0.011 0.093 0.266 0.064 0.016 0.041 0.020 0.199 0.008 0.005 0.036 0.059 0.054 0.010 0.098 0.020 21 H 0.032 0.071 0.092 0.153 0.010 0.094 0.025 0.028 0.124 0.064 0.028 0.035 0.081 0.008 0.030 0.124 22 D 0.222 0.168 0.172 0.211 0.001 0.039 0.005 0.012 0.023 0.006 0.035 0.022 0.040 0.001 0.012 0.033 23 K 0.067 0.108 0.438 0.321 0.001 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.009 0.008 0.001 0.001 0.022 24 L 0.029 0.013 0.488 0.457 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 25 L 0.001 0.007 0.184 0.801 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 M 0.001 0.004 0.014 0.941 0.003 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 V 0.001 0.027 0.014 0.948 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.001 0.007 0.009 0.950 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 M 0.003 0.048 0.039 0.598 0.045 0.239 0.002 0.003 0.002 0.002 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 30 I 0.001 0.219 0.015 0.723 0.004 0.013 0.001 0.009 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.001 0.002 0.002 0.011 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 32 P 0.001 0.018 0.002 0.004 0.039 0.003 0.010 0.003 0.001 0.001 0.907 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 33 Q 0.002 0.085 0.007 0.026 0.002 0.004 0.002 0.129 0.014 0.001 0.004 0.445 0.003 0.003 0.274 0.002 34 G 0.005 0.005 0.078 0.020 0.002 0.002 0.008 0.002 0.098 0.047 0.004 0.002 0.026 0.002 0.009 0.690 35 N 0.673 0.009 0.045 0.018 0.014 0.132 0.013 0.006 0.004 0.006 0.011 0.018 0.038 0.001 0.003 0.009 36 P 0.011 0.016 0.046 0.006 0.316 0.028 0.144 0.013 0.001 0.003 0.240 0.010 0.012 0.151 0.001 0.003 37 D 0.003 0.067 0.009 0.033 0.002 0.008 0.002 0.413 0.009 0.002 0.006 0.061 0.005 0.001 0.377 0.002 38 G 0.005 0.012 0.031 0.035 0.001 0.006 0.003 0.002 0.417 0.077 0.004 0.003 0.013 0.001 0.003 0.388 39 Q 0.805 0.024 0.082 0.071 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 40 C 0.017 0.010 0.749 0.205 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 41 A 0.005 0.009 0.146 0.805 0.004 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 42 V 0.001 0.009 0.015 0.964 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 A 0.001 0.006 0.010 0.911 0.025 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 44 I 0.002 0.035 0.016 0.787 0.045 0.082 0.002 0.011 0.001 0.001 0.007 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 45 D 0.001 0.091 0.007 0.242 0.043 0.526 0.002 0.020 0.008 0.009 0.021 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 46 N 0.005 0.071 0.018 0.156 0.344 0.037 0.043 0.020 0.008 0.005 0.214 0.016 0.013 0.045 0.002 0.004 47 I 0.010 0.063 0.070 0.161 0.012 0.014 0.005 0.293 0.020 0.006 0.021 0.066 0.018 0.003 0.231 0.006 48 G 0.014 0.011 0.035 0.040 0.168 0.018 0.114 0.004 0.108 0.099 0.012 0.007 0.020 0.078 0.003 0.269 49 A 0.402 0.040 0.066 0.085 0.011 0.016 0.003 0.250 0.006 0.002 0.015 0.010 0.019 0.001 0.069 0.005 50 G 0.003 0.004 0.017 0.005 0.568 0.036 0.173 0.002 0.011 0.067 0.009 0.005 0.003 0.087 0.001 0.010 51 T 0.017 0.012 0.003 0.013 0.001 0.004 0.001 0.828 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.108 0.001 52 G 0.001 0.016 0.012 0.023 0.001 0.005 0.001 0.001 0.768 0.092 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.073 53 E 0.911 0.017 0.025 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 W 0.002 0.002 0.813 0.180 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 V 0.001 0.002 0.123 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.001 0.002 0.003 0.899 0.067 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.001 0.022 0.002 0.366 0.489 0.100 0.003 0.010 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 S 0.001 0.163 0.003 0.213 0.022 0.178 0.001 0.345 0.011 0.014 0.036 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 60 G 0.010 0.077 0.012 0.081 0.007 0.180 0.001 0.031 0.115 0.225 0.190 0.053 0.009 0.001 0.001 0.006 61 S 0.061 0.045 0.017 0.029 0.001 0.125 0.001 0.012 0.005 0.009 0.346 0.313 0.032 0.001 0.002 0.001 62 S 0.004 0.018 0.013 0.016 0.001 0.102 0.001 0.004 0.002 0.001 0.218 0.483 0.133 0.001 0.001 0.002 63 A 0.001 0.006 0.006 0.013 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.276 0.563 0.001 0.001 0.001 64 R 0.001 0.004 0.004 0.010 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.070 0.890 0.001 0.002 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.954 0.004 0.003 0.008 66 A 0.003 0.005 0.038 0.012 0.003 0.004 0.095 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.530 0.211 0.014 0.072 67 H 0.007 0.016 0.112 0.023 0.003 0.016 0.048 0.013 0.001 0.001 0.004 0.007 0.412 0.022 0.253 0.063 68 K 0.014 0.030 0.124 0.022 0.005 0.016 0.062 0.005 0.007 0.010 0.020 0.004 0.213 0.068 0.019 0.382 69 S 0.172 0.092 0.072 0.036 0.003 0.153 0.028 0.012 0.004 0.004 0.045 0.056 0.209 0.010 0.069 0.035 70 E 0.025 0.131 0.131 0.020 0.003 0.070 0.033 0.005 0.010 0.005 0.279 0.046 0.133 0.014 0.011 0.083 71 T 0.073 0.454 0.186 0.099 0.001 0.005 0.006 0.003 0.008 0.001 0.006 0.100 0.020 0.002 0.015 0.022 72 S 0.027 0.009 0.634 0.168 0.002 0.063 0.010 0.002 0.003 0.003 0.007 0.007 0.042 0.001 0.003 0.021 73 P 0.026 0.076 0.445 0.276 0.014 0.067 0.011 0.004 0.001 0.001 0.037 0.005 0.026 0.001 0.001 0.009 74 V 0.011 0.062 0.027 0.642 0.003 0.164 0.002 0.011 0.004 0.002 0.021 0.032 0.017 0.001 0.001 0.002 75 D 0.004 0.478 0.072 0.333 0.001 0.055 0.002 0.001 0.009 0.001 0.004 0.020 0.014 0.001 0.001 0.004 76 L 0.010 0.010 0.074 0.862 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 77 C 0.003 0.013 0.455 0.510 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 78 V 0.002 0.003 0.025 0.901 0.009 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 79 I 0.001 0.175 0.018 0.770 0.003 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 80 G 0.001 0.005 0.006 0.967 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 81 I 0.012 0.028 0.120 0.749 0.033 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 82 V 0.003 0.029 0.022 0.633 0.013 0.270 0.001 0.011 0.001 0.002 0.008 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 83 D 0.001 0.356 0.007 0.238 0.005 0.312 0.001 0.008 0.006 0.003 0.034 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 84 E 0.013 0.146 0.030 0.443 0.009 0.044 0.004 0.009 0.020 0.002 0.198 0.045 0.025 0.002 0.002 0.008 85 V 0.018 0.064 0.430 0.258 0.018 0.026 0.012 0.005 0.006 0.002 0.015 0.089 0.036 0.002 0.006 0.012 86 V 0.006 0.006 0.041 0.038 0.644 0.057 0.097 0.003 0.001 0.003 0.006 0.005 0.023 0.063 0.001 0.006 87 S 0.003 0.033 0.010 0.022 0.207 0.034 0.068 0.412 0.002 0.002 0.063 0.005 0.014 0.062 0.061 0.002 88 G 0.002 0.064 0.009 0.030 0.001 0.009 0.003 0.327 0.248 0.095 0.018 0.023 0.010 0.001 0.114 0.044 89 G 0.334 0.020 0.036 0.050 0.001 0.009 0.003 0.003 0.295 0.058 0.012 0.023 0.017 0.001 0.004 0.136 90 Q 0.459 0.038 0.388 0.070 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.013 0.008 0.001 0.001 0.007 91 V 0.015 0.014 0.494 0.343 0.004 0.093 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.012 0.001 0.001 0.002 92 I 0.003 0.079 0.110 0.681 0.022 0.056 0.002 0.004 0.001 0.001 0.019 0.005 0.013 0.001 0.001 0.002 93 F 0.002 0.052 0.032 0.829 0.010 0.032 0.002 0.006 0.003 0.001 0.005 0.010 0.011 0.001 0.001 0.002 94 H 0.007 0.022 0.067 0.267 0.183 0.319 0.030 0.008 0.006 0.010 0.021 0.013 0.036 0.005 0.001 0.006 95 K 0.013 0.141 0.043 0.174 0.074 0.104 0.016 0.130 0.005 0.004 0.216 0.024 0.030 0.011 0.010 0.006