# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5393 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.016 0.051 0.088 0.114 0.127 0.018 0.505 2 K 0.137 0.016 0.076 0.181 0.180 0.135 0.017 0.258 3 L 0.035 0.011 0.086 0.196 0.298 0.064 0.003 0.306 4 A 0.014 0.007 0.048 0.330 0.468 0.032 0.002 0.099 5 V 0.010 0.009 0.055 0.333 0.373 0.030 0.003 0.187 6 V 0.008 0.014 0.108 0.349 0.399 0.027 0.006 0.089 7 T 0.007 0.021 0.080 0.313 0.343 0.029 0.005 0.201 8 G 0.013 0.015 0.064 0.289 0.384 0.037 0.024 0.174 9 Q 0.125 0.002 0.045 0.068 0.168 0.180 0.012 0.400 10 I 0.031 0.004 0.064 0.414 0.260 0.066 0.007 0.154 11 V 0.037 0.001 0.039 0.271 0.522 0.048 0.002 0.080 12 C 0.005 0.001 0.061 0.426 0.435 0.012 0.001 0.060 13 T 0.002 0.001 0.036 0.374 0.483 0.010 0.001 0.093 14 V 0.003 0.001 0.065 0.295 0.436 0.015 0.001 0.184 15 R 0.006 0.003 0.048 0.175 0.418 0.090 0.003 0.257 16 H 0.026 0.007 0.050 0.106 0.404 0.104 0.005 0.300 17 H 0.011 0.009 0.013 0.030 0.059 0.068 0.003 0.807 18 G 0.054 0.014 0.009 0.021 0.037 0.093 0.018 0.756 19 L 0.539 0.018 0.015 0.022 0.039 0.097 0.021 0.250 20 A 0.138 0.041 0.022 0.062 0.077 0.153 0.025 0.483 21 H 0.111 0.039 0.027 0.056 0.106 0.109 0.026 0.525 22 D 0.138 0.040 0.042 0.085 0.094 0.137 0.023 0.441 23 K 0.115 0.022 0.051 0.098 0.114 0.185 0.027 0.387 24 L 0.156 0.025 0.132 0.159 0.263 0.148 0.014 0.102 25 L 0.036 0.008 0.152 0.423 0.335 0.025 0.004 0.017 26 M 0.006 0.004 0.085 0.307 0.439 0.017 0.002 0.141 27 V 0.002 0.002 0.156 0.290 0.495 0.011 0.001 0.043 28 E 0.001 0.003 0.099 0.503 0.322 0.016 0.001 0.056 29 M 0.002 0.003 0.062 0.236 0.470 0.015 0.001 0.211 30 I 0.009 0.003 0.088 0.178 0.562 0.040 0.002 0.118 31 D 0.011 0.009 0.034 0.214 0.277 0.064 0.004 0.387 32 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.001 0.979 33 Q 0.023 0.003 0.004 0.014 0.027 0.679 0.011 0.240 34 G 0.742 0.004 0.002 0.004 0.003 0.021 0.054 0.169 35 N 0.166 0.033 0.083 0.050 0.045 0.292 0.011 0.321 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 37 D 0.014 0.003 0.013 0.033 0.108 0.284 0.005 0.540 38 G 0.298 0.004 0.013 0.025 0.028 0.097 0.027 0.507 39 Q 0.266 0.008 0.041 0.029 0.044 0.323 0.007 0.282 40 C 0.028 0.006 0.039 0.081 0.091 0.104 0.003 0.647 41 A 0.024 0.007 0.091 0.234 0.402 0.087 0.002 0.152 42 V 0.013 0.008 0.089 0.252 0.345 0.051 0.003 0.239 43 A 0.007 0.007 0.277 0.267 0.379 0.014 0.002 0.047 44 I 0.004 0.015 0.149 0.271 0.375 0.023 0.002 0.161 45 D 0.006 0.015 0.201 0.197 0.443 0.027 0.005 0.106 46 N 0.012 0.020 0.142 0.111 0.225 0.074 0.007 0.410 47 I 0.049 0.026 0.097 0.117 0.195 0.193 0.020 0.304 48 G 0.144 0.011 0.033 0.042 0.060 0.272 0.036 0.403 49 A 0.161 0.039 0.116 0.112 0.096 0.088 0.030 0.358 50 G 0.038 0.017 0.054 0.062 0.091 0.225 0.025 0.488 51 T 0.024 0.004 0.016 0.023 0.030 0.072 0.012 0.820 52 G 0.026 0.024 0.117 0.272 0.150 0.085 0.039 0.288 53 E 0.409 0.001 0.031 0.039 0.155 0.241 0.009 0.114 54 W 0.008 0.001 0.107 0.256 0.153 0.048 0.002 0.426 55 V 0.004 0.001 0.066 0.405 0.510 0.007 0.001 0.008 56 L 0.001 0.001 0.176 0.333 0.340 0.005 0.001 0.144 57 L 0.001 0.001 0.214 0.243 0.505 0.005 0.001 0.031 58 V 0.002 0.001 0.207 0.295 0.384 0.026 0.001 0.084 59 S 0.002 0.003 0.118 0.106 0.311 0.062 0.002 0.395 60 G 0.018 0.005 0.088 0.044 0.140 0.091 0.009 0.605 61 S 0.124 0.003 0.018 0.010 0.023 0.250 0.008 0.563 62 S 0.045 0.014 0.012 0.016 0.028 0.178 0.006 0.702 63 A 0.088 0.122 0.013 0.026 0.099 0.221 0.009 0.422 64 R 0.082 0.305 0.011 0.022 0.050 0.219 0.012 0.298 65 Q 0.130 0.592 0.005 0.017 0.023 0.036 0.013 0.185 66 A 0.121 0.650 0.014 0.018 0.027 0.022 0.018 0.130 67 H 0.141 0.515 0.022 0.048 0.051 0.024 0.031 0.168 68 K 0.178 0.223 0.044 0.042 0.064 0.045 0.052 0.352 69 S 0.171 0.120 0.043 0.034 0.047 0.070 0.037 0.478 70 E 0.062 0.043 0.035 0.012 0.018 0.090 0.025 0.715 71 T 0.063 0.037 0.032 0.013 0.015 0.246 0.037 0.557 72 S 0.195 0.020 0.074 0.030 0.021 0.184 0.021 0.455 73 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.991 74 V 0.010 0.006 0.107 0.097 0.187 0.190 0.003 0.400 75 D 0.039 0.025 0.128 0.162 0.165 0.125 0.006 0.351 76 L 0.029 0.031 0.201 0.188 0.305 0.064 0.005 0.177 77 C 0.027 0.025 0.276 0.263 0.256 0.077 0.005 0.071 78 V 0.031 0.010 0.413 0.127 0.189 0.069 0.010 0.150 79 I 0.004 0.013 0.533 0.178 0.132 0.018 0.002 0.119 80 G 0.003 0.007 0.531 0.155 0.182 0.025 0.005 0.093 81 I 0.005 0.006 0.518 0.086 0.164 0.032 0.004 0.185 82 V 0.002 0.010 0.561 0.115 0.171 0.032 0.003 0.106 83 D 0.008 0.026 0.225 0.151 0.206 0.091 0.005 0.287 84 E 0.022 0.020 0.164 0.097 0.172 0.109 0.013 0.402 85 V 0.073 0.022 0.046 0.065 0.107 0.235 0.013 0.438 86 V 0.093 0.042 0.068 0.111 0.121 0.152 0.026 0.388 87 S 0.026 0.051 0.026 0.059 0.064 0.068 0.015 0.691 88 G 0.049 0.030 0.026 0.036 0.065 0.081 0.039 0.673 89 G 0.152 0.017 0.020 0.025 0.024 0.124 0.052 0.586 90 Q 0.285 0.014 0.041 0.043 0.050 0.171 0.023 0.372 91 V 0.076 0.010 0.046 0.092 0.154 0.128 0.005 0.488 92 I 0.025 0.011 0.038 0.210 0.368 0.072 0.003 0.273 93 F 0.024 0.015 0.043 0.223 0.366 0.042 0.003 0.285 94 H 0.022 0.023 0.029 0.217 0.369 0.065 0.005 0.271 95 K 0.029 0.025 0.023 0.087 0.203 0.065 0.007 0.562