# TARGET T0306 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5393 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.437 0.319 0.144 0.064 0.026 0.009 0.001 2 K 0.180 0.231 0.237 0.195 0.107 0.044 0.005 3 L 0.064 0.094 0.138 0.237 0.255 0.189 0.022 4 A 0.082 0.111 0.151 0.220 0.235 0.169 0.033 5 V 0.152 0.265 0.273 0.189 0.081 0.033 0.007 6 V 0.047 0.056 0.097 0.226 0.351 0.201 0.021 7 T 0.179 0.273 0.256 0.173 0.085 0.029 0.005 8 G 0.214 0.264 0.226 0.164 0.087 0.039 0.007 9 Q 0.209 0.218 0.257 0.192 0.089 0.030 0.005 10 I 0.058 0.065 0.095 0.186 0.278 0.272 0.045 11 V 0.038 0.080 0.119 0.207 0.251 0.246 0.059 12 C 0.026 0.038 0.052 0.119 0.254 0.401 0.110 13 T 0.043 0.079 0.122 0.229 0.285 0.206 0.036 14 V 0.038 0.106 0.192 0.291 0.252 0.112 0.009 15 R 0.116 0.265 0.286 0.213 0.093 0.025 0.002 16 H 0.270 0.268 0.225 0.153 0.068 0.015 0.001 17 H 0.648 0.247 0.072 0.024 0.007 0.002 0.001 18 G 0.465 0.282 0.148 0.074 0.024 0.007 0.001 19 L 0.126 0.132 0.203 0.274 0.204 0.058 0.002 20 A 0.418 0.371 0.147 0.050 0.012 0.002 0.001 21 H 0.272 0.321 0.220 0.133 0.044 0.008 0.001 22 D 0.107 0.259 0.292 0.205 0.105 0.030 0.002 23 K 0.022 0.133 0.283 0.322 0.185 0.050 0.004 24 L 0.002 0.009 0.031 0.123 0.343 0.438 0.054 25 L 0.002 0.026 0.103 0.260 0.364 0.222 0.022 26 M 0.001 0.006 0.019 0.083 0.253 0.529 0.110 27 V 0.001 0.007 0.019 0.085 0.290 0.492 0.106 28 E 0.008 0.072 0.180 0.302 0.281 0.138 0.019 29 M 0.012 0.080 0.182 0.283 0.272 0.147 0.023 30 I 0.022 0.094 0.218 0.338 0.241 0.083 0.004 31 D 0.318 0.329 0.201 0.109 0.036 0.006 0.001 32 P 0.634 0.226 0.089 0.039 0.011 0.002 0.001 33 Q 0.837 0.120 0.028 0.011 0.004 0.001 0.001 34 G 0.604 0.250 0.101 0.037 0.007 0.001 0.001 35 N 0.688 0.212 0.065 0.027 0.006 0.001 0.001 36 P 0.689 0.203 0.071 0.029 0.008 0.001 0.001 37 D 0.633 0.239 0.088 0.032 0.007 0.001 0.001 38 G 0.346 0.329 0.204 0.097 0.021 0.002 0.001 39 Q 0.132 0.339 0.283 0.167 0.064 0.013 0.001 40 C 0.003 0.017 0.081 0.277 0.424 0.184 0.014 41 A 0.002 0.007 0.025 0.092 0.277 0.476 0.121 42 V 0.001 0.002 0.004 0.014 0.067 0.388 0.524 43 A 0.001 0.001 0.003 0.014 0.058 0.261 0.663 44 I 0.001 0.001 0.005 0.018 0.056 0.237 0.682 45 D 0.001 0.002 0.006 0.020 0.074 0.320 0.578 46 N 0.004 0.012 0.029 0.076 0.164 0.351 0.364 47 I 0.013 0.022 0.029 0.057 0.138 0.396 0.345 48 G 0.028 0.050 0.068 0.124 0.194 0.334 0.201 49 A 0.028 0.041 0.072 0.157 0.256 0.316 0.131 50 G 0.080 0.161 0.192 0.234 0.191 0.107 0.036 51 T 0.121 0.224 0.221 0.201 0.139 0.070 0.024 52 G 0.069 0.164 0.214 0.244 0.173 0.095 0.040 53 E 0.035 0.101 0.180 0.233 0.233 0.163 0.056 54 W 0.005 0.011 0.034 0.109 0.267 0.411 0.162 55 V 0.004 0.007 0.013 0.037 0.124 0.423 0.393 56 L 0.002 0.004 0.005 0.013 0.049 0.303 0.622 57 L 0.007 0.018 0.034 0.086 0.164 0.314 0.378 58 V 0.005 0.012 0.027 0.075 0.177 0.355 0.349 59 S 0.026 0.074 0.121 0.202 0.218 0.228 0.130 60 G 0.057 0.109 0.147 0.211 0.219 0.190 0.067 61 S 0.182 0.201 0.190 0.173 0.133 0.089 0.033 62 S 0.134 0.161 0.191 0.191 0.153 0.129 0.041 63 A 0.107 0.095 0.120 0.203 0.228 0.196 0.051 64 R 0.136 0.190 0.188 0.213 0.166 0.090 0.018 65 Q 0.225 0.296 0.207 0.143 0.079 0.041 0.009 66 A 0.128 0.207 0.239 0.223 0.137 0.058 0.009 67 H 0.181 0.225 0.235 0.217 0.110 0.030 0.003 68 K 0.576 0.263 0.099 0.045 0.014 0.003 0.001 69 S 0.633 0.231 0.093 0.034 0.008 0.001 0.001 70 E 0.713 0.202 0.062 0.018 0.004 0.001 0.001 71 T 0.452 0.306 0.149 0.068 0.021 0.004 0.001 72 S 0.093 0.196 0.292 0.256 0.130 0.031 0.002 73 P 0.041 0.109 0.191 0.293 0.244 0.107 0.014 74 V 0.009 0.024 0.058 0.154 0.341 0.340 0.075 75 D 0.011 0.035 0.085 0.178 0.267 0.302 0.122 76 L 0.005 0.009 0.019 0.046 0.110 0.361 0.450 77 C 0.006 0.009 0.016 0.040 0.097 0.294 0.537 78 V 0.004 0.007 0.015 0.036 0.069 0.237 0.631 79 I 0.008 0.015 0.028 0.060 0.086 0.256 0.547 80 G 0.009 0.019 0.032 0.067 0.106 0.320 0.448 81 I 0.005 0.012 0.026 0.071 0.168 0.453 0.266 82 V 0.005 0.018 0.045 0.125 0.262 0.440 0.106 83 D 0.016 0.034 0.064 0.173 0.332 0.343 0.037 84 E 0.031 0.156 0.268 0.293 0.182 0.066 0.004 85 V 0.040 0.119 0.228 0.317 0.233 0.061 0.002 86 V 0.293 0.342 0.221 0.107 0.032 0.006 0.001 87 S 0.591 0.255 0.101 0.041 0.010 0.001 0.001 88 G 0.781 0.153 0.045 0.016 0.004 0.001 0.001 89 G 0.730 0.179 0.061 0.023 0.006 0.001 0.001 90 Q 0.581 0.252 0.109 0.043 0.011 0.002 0.001 91 V 0.355 0.249 0.185 0.139 0.059 0.013 0.001 92 I 0.302 0.272 0.213 0.138 0.059 0.014 0.001 93 F 0.277 0.217 0.204 0.188 0.093 0.020 0.001 94 H 0.501 0.258 0.139 0.072 0.024 0.006 0.001 95 K 0.545 0.237 0.126 0.064 0.023 0.006 0.001