# TARGET T0305 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0305.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1058 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.535 0.012 0.015 0.034 0.180 0.223 2 F 0.597 0.020 0.006 0.044 0.100 0.234 3 Q 0.504 0.030 0.003 0.061 0.080 0.322 4 S 0.145 0.025 0.001 0.071 0.062 0.695 5 M 0.021 0.002 0.003 0.781 0.032 0.162 6 K 0.012 0.002 0.004 0.891 0.023 0.069 7 Q 0.002 0.001 0.003 0.984 0.005 0.005 8 F 0.002 0.001 0.004 0.987 0.005 0.001 9 V 0.002 0.001 0.004 0.983 0.009 0.002 10 K 0.002 0.001 0.003 0.980 0.011 0.004 11 H 0.001 0.001 0.002 0.976 0.013 0.007 12 I 0.002 0.001 0.003 0.966 0.016 0.013 13 G 0.003 0.001 0.004 0.926 0.030 0.036 14 E 0.006 0.003 0.010 0.824 0.060 0.096 15 L 0.018 0.004 0.020 0.696 0.123 0.138 16 Y 0.017 0.004 0.027 0.624 0.156 0.172 17 S 0.018 0.006 0.033 0.495 0.216 0.231 18 N 0.015 0.006 0.044 0.404 0.311 0.221 19 N 0.007 0.003 0.046 0.445 0.328 0.171 20 Q 0.007 0.004 0.030 0.383 0.370 0.206 21 H 0.007 0.004 0.021 0.464 0.322 0.182 22 G 0.008 0.003 0.011 0.572 0.201 0.205 23 F 0.014 0.004 0.010 0.685 0.133 0.154 24 S 0.029 0.008 0.011 0.814 0.059 0.079 25 E 0.042 0.006 0.013 0.867 0.026 0.046 26 D 0.032 0.002 0.014 0.913 0.015 0.024 27 F 0.035 0.001 0.014 0.921 0.013 0.016 28 E 0.029 0.001 0.009 0.932 0.012 0.018 29 E 0.026 0.001 0.009 0.924 0.014 0.026 30 V 0.027 0.001 0.014 0.907 0.020 0.032 31 Q 0.029 0.001 0.015 0.860 0.038 0.056 32 R 0.028 0.003 0.013 0.747 0.066 0.143 33 C 0.028 0.005 0.028 0.433 0.164 0.342 34 T 0.026 0.006 0.045 0.346 0.232 0.345 35 A 0.017 0.007 0.059 0.304 0.271 0.343 36 D 0.016 0.007 0.065 0.207 0.359 0.346 37 M 0.020 0.005 0.049 0.174 0.349 0.403 38 N 0.026 0.012 0.049 0.186 0.340 0.386 39 I 0.038 0.011 0.037 0.171 0.336 0.407 40 T 0.072 0.012 0.045 0.187 0.272 0.412 41 A 0.127 0.019 0.064 0.257 0.235 0.297 42 E 0.180 0.017 0.080 0.260 0.209 0.254 43 H 0.219 0.012 0.117 0.301 0.196 0.155 44 S 0.178 0.010 0.084 0.304 0.233 0.191 45 N 0.162 0.020 0.057 0.239 0.250 0.273 46 H 0.122 0.014 0.038 0.178 0.294 0.354 47 P 0.098 0.013 0.078 0.254 0.298 0.259 48 E 0.088 0.018 0.097 0.260 0.315 0.222 49 N 0.104 0.017 0.098 0.221 0.315 0.245 50 K 0.100 0.013 0.131 0.191 0.322 0.241 51 H 0.073 0.015 0.124 0.176 0.333 0.280 52 K 0.091 0.027 0.094 0.159 0.312 0.318 53 N 0.071 0.016 0.038 0.133 0.294 0.447 54 R 0.091 0.034 0.042 0.137 0.305 0.390 55 Y 0.079 0.057 0.042 0.104 0.576 0.141 56 I 0.052 0.007 0.035 0.053 0.707 0.145 57 N 0.034 0.008 0.031 0.028 0.725 0.173 58 I 0.114 0.064 0.019 0.023 0.523 0.257 59 L 0.113 0.089 0.010 0.012 0.277 0.498 60 A 0.100 0.063 0.028 0.013 0.327 0.469 61 Y 0.058 0.023 0.119 0.014 0.615 0.171 62 D 0.053 0.026 0.138 0.017 0.629 0.137 63 H 0.037 0.005 0.168 0.025 0.628 0.137 64 S 0.150 0.022 0.081 0.031 0.525 0.190 65 R 0.385 0.049 0.032 0.023 0.223 0.288 66 V 0.449 0.027 0.017 0.026 0.155 0.326 67 K 0.556 0.039 0.014 0.021 0.131 0.238 68 L 0.388 0.043 0.029 0.032 0.175 0.333 69 R 0.222 0.012 0.040 0.031 0.255 0.439 70 P 0.149 0.027 0.038 0.033 0.300 0.454 71 L 0.112 0.040 0.029 0.040 0.394 0.385 72 P 0.068 0.026 0.023 0.037 0.400 0.446 73 G 0.034 0.023 0.031 0.033 0.575 0.305 74 K 0.028 0.014 0.037 0.024 0.641 0.256 75 D 0.021 0.019 0.027 0.021 0.565 0.346 76 S 0.026 0.034 0.028 0.017 0.555 0.341 77 K 0.031 0.032 0.043 0.025 0.459 0.409 78 H 0.032 0.034 0.070 0.037 0.467 0.361 79 S 0.050 0.024 0.095 0.035 0.490 0.305 80 D 0.087 0.012 0.066 0.032 0.328 0.475 81 Y 0.319 0.039 0.056 0.038 0.221 0.327 82 I 0.486 0.040 0.023 0.032 0.150 0.270 83 N 0.577 0.022 0.015 0.027 0.115 0.244 84 A 0.630 0.009 0.025 0.033 0.111 0.192 85 N 0.717 0.009 0.021 0.025 0.089 0.139 86 Y 0.783 0.011 0.014 0.015 0.076 0.102 87 V 0.664 0.014 0.011 0.017 0.136 0.159 88 D 0.405 0.025 0.018 0.016 0.231 0.306 89 G 0.199 0.019 0.042 0.022 0.416 0.302 90 Y 0.093 0.013 0.071 0.029 0.524 0.270 91 N 0.079 0.018 0.076 0.028 0.538 0.261 92 K 0.105 0.032 0.049 0.014 0.653 0.148 93 A 0.126 0.019 0.037 0.007 0.638 0.172 94 K 0.145 0.005 0.024 0.005 0.581 0.240 95 A 0.680 0.010 0.006 0.002 0.171 0.131 96 Y 0.915 0.008 0.001 0.001 0.021 0.054 97 I 0.955 0.004 0.001 0.001 0.008 0.031 98 A 0.948 0.003 0.001 0.001 0.011 0.036 99 T 0.813 0.006 0.002 0.002 0.041 0.137 100 Q 0.501 0.007 0.002 0.002 0.111 0.377 101 G 0.167 0.019 0.002 0.002 0.207 0.604 102 P 0.092 0.039 0.004 0.002 0.237 0.626 103 L 0.051 0.025 0.019 0.011 0.524 0.369 104 K 0.018 0.009 0.091 0.076 0.595 0.210 105 S 0.008 0.009 0.061 0.148 0.568 0.207 106 T 0.010 0.030 0.039 0.352 0.277 0.290 107 F 0.001 0.001 0.005 0.974 0.008 0.011 108 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 109 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 110 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 111 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 112 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 113 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 114 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 115 W 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 116 E 0.001 0.001 0.003 0.989 0.006 0.001 117 Q 0.001 0.001 0.006 0.957 0.019 0.017 118 N 0.005 0.002 0.003 0.081 0.169 0.740 119 T 0.014 0.001 0.001 0.007 0.145 0.832 120 G 0.150 0.003 0.002 0.004 0.118 0.723 121 I 0.970 0.003 0.001 0.001 0.005 0.021 122 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 123 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 124 M 0.976 0.001 0.001 0.002 0.004 0.017 125 I 0.831 0.004 0.002 0.006 0.038 0.119 126 T 0.390 0.006 0.004 0.024 0.186 0.390 127 N 0.267 0.014 0.017 0.043 0.270 0.389 128 L 0.397 0.044 0.035 0.070 0.245 0.208 129 V 0.314 0.014 0.059 0.123 0.344 0.146 130 E 0.199 0.006 0.107 0.239 0.384 0.065 131 K 0.053 0.004 0.093 0.315 0.449 0.085 132 G 0.059 0.004 0.024 0.096 0.541 0.276 133 R 0.174 0.010 0.017 0.045 0.307 0.447 134 R 0.490 0.040 0.010 0.030 0.165 0.265 135 K 0.559 0.021 0.018 0.036 0.159 0.208 136 C 0.401 0.019 0.018 0.028 0.199 0.336 137 D 0.335 0.027 0.031 0.024 0.252 0.330 138 Q 0.327 0.009 0.027 0.025 0.217 0.396 139 Y 0.355 0.035 0.025 0.021 0.212 0.351 140 W 0.270 0.065 0.009 0.008 0.269 0.379 141 P 0.124 0.014 0.013 0.008 0.496 0.345 142 T 0.047 0.008 0.029 0.010 0.649 0.258 143 E 0.055 0.010 0.019 0.008 0.689 0.219 144 N 0.124 0.010 0.015 0.008 0.474 0.369 145 S 0.482 0.013 0.010 0.011 0.151 0.333 146 E 0.805 0.018 0.010 0.006 0.074 0.087 147 E 0.837 0.009 0.005 0.004 0.091 0.054 148 Y 0.661 0.007 0.006 0.004 0.257 0.064 149 G 0.309 0.005 0.005 0.004 0.523 0.155 150 N 0.636 0.006 0.002 0.001 0.226 0.130 151 I 0.918 0.004 0.001 0.001 0.030 0.047 152 I 0.967 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 153 V 0.984 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 154 T 0.972 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 155 L 0.953 0.002 0.001 0.001 0.013 0.031 156 K 0.835 0.002 0.001 0.002 0.054 0.106 157 S 0.792 0.004 0.002 0.003 0.068 0.132 158 T 0.765 0.011 0.006 0.008 0.089 0.121 159 K 0.775 0.011 0.008 0.010 0.097 0.098 160 I 0.730 0.007 0.014 0.015 0.133 0.100 161 H 0.534 0.011 0.020 0.018 0.299 0.118 162 A 0.313 0.007 0.037 0.028 0.487 0.128 163 C 0.303 0.006 0.027 0.017 0.505 0.142 164 Y 0.638 0.008 0.013 0.009 0.220 0.112 165 T 0.847 0.007 0.003 0.006 0.061 0.076 166 V 0.922 0.002 0.001 0.004 0.026 0.044 167 R 0.937 0.002 0.001 0.004 0.021 0.035 168 R 0.959 0.002 0.001 0.004 0.013 0.022 169 F 0.966 0.001 0.001 0.003 0.009 0.020 170 S 0.971 0.001 0.001 0.003 0.009 0.015 171 I 0.953 0.002 0.001 0.003 0.017 0.023 172 R 0.889 0.004 0.003 0.007 0.048 0.049 173 N 0.783 0.006 0.006 0.008 0.109 0.088 174 T 0.494 0.007 0.011 0.015 0.287 0.186 175 K 0.422 0.008 0.009 0.014 0.278 0.269 176 V 0.532 0.014 0.008 0.017 0.222 0.207 177 K 0.572 0.009 0.008 0.021 0.183 0.206 178 K 0.631 0.009 0.011 0.025 0.156 0.166 179 G 0.658 0.012 0.011 0.022 0.153 0.143 180 Q 0.682 0.009 0.012 0.022 0.138 0.136 181 K 0.662 0.011 0.015 0.027 0.143 0.144 182 G 0.627 0.012 0.014 0.025 0.151 0.171 183 N 0.552 0.016 0.018 0.029 0.205 0.180 184 P 0.438 0.023 0.025 0.031 0.248 0.237 185 K 0.255 0.019 0.041 0.028 0.419 0.238 186 G 0.161 0.012 0.047 0.016 0.535 0.228 187 R 0.131 0.014 0.033 0.007 0.555 0.260 188 Q 0.156 0.014 0.016 0.003 0.457 0.353 189 N 0.327 0.015 0.006 0.002 0.196 0.454 190 E 0.545 0.012 0.003 0.001 0.105 0.333 191 R 0.765 0.005 0.001 0.001 0.052 0.176 192 V 0.919 0.006 0.001 0.001 0.020 0.054 193 V 0.952 0.001 0.001 0.001 0.012 0.034 194 I 0.968 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 195 Q 0.981 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 196 Y 0.970 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 197 H 0.939 0.005 0.001 0.001 0.015 0.040 198 Y 0.724 0.016 0.003 0.002 0.133 0.122 199 T 0.293 0.013 0.007 0.006 0.363 0.318 200 Q 0.083 0.019 0.008 0.004 0.448 0.439 201 W 0.037 0.077 0.006 0.005 0.437 0.439 202 P 0.018 0.021 0.011 0.009 0.496 0.446 203 D 0.020 0.027 0.048 0.018 0.691 0.196 204 M 0.016 0.005 0.034 0.015 0.774 0.156 205 G 0.026 0.025 0.021 0.009 0.674 0.244 206 V 0.052 0.068 0.008 0.012 0.390 0.470 207 P 0.033 0.055 0.012 0.027 0.328 0.546 208 E 0.017 0.036 0.024 0.066 0.390 0.468 209 Y 0.014 0.011 0.024 0.116 0.321 0.514 210 A 0.004 0.002 0.057 0.745 0.113 0.079 211 L 0.002 0.001 0.027 0.871 0.054 0.044 212 P 0.001 0.002 0.032 0.923 0.025 0.017 213 V 0.001 0.001 0.009 0.978 0.006 0.005 214 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 215 T 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.004 216 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 217 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 218 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 219 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 220 S 0.001 0.001 0.002 0.987 0.006 0.004 221 S 0.001 0.001 0.008 0.969 0.014 0.007 222 A 0.002 0.001 0.010 0.915 0.041 0.030 223 A 0.003 0.001 0.016 0.815 0.073 0.092 224 R 0.013 0.014 0.023 0.382 0.204 0.364 225 M 0.019 0.015 0.030 0.128 0.443 0.365 226 P 0.015 0.007 0.037 0.046 0.551 0.345 227 E 0.009 0.004 0.016 0.013 0.588 0.369 228 T 0.026 0.014 0.010 0.005 0.433 0.512 229 G 0.089 0.018 0.004 0.002 0.284 0.602 230 P 0.295 0.003 0.005 0.002 0.132 0.563 231 V 0.950 0.003 0.001 0.001 0.010 0.036 232 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 233 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 234 H 0.938 0.004 0.001 0.002 0.010 0.045 235 C 0.643 0.006 0.015 0.006 0.114 0.216 236 S 0.203 0.007 0.058 0.019 0.448 0.265 237 A 0.037 0.008 0.074 0.017 0.660 0.203 238 G 0.021 0.016 0.042 0.017 0.751 0.153 239 V 0.046 0.017 0.025 0.051 0.631 0.230 240 G 0.052 0.024 0.013 0.149 0.414 0.347 241 R 0.033 0.015 0.009 0.652 0.147 0.144 242 T 0.010 0.004 0.005 0.900 0.024 0.058 243 G 0.002 0.001 0.002 0.989 0.002 0.005 244 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 245 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 246 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 247 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 248 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 249 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 250 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 251 M 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.004 252 L 0.001 0.001 0.004 0.984 0.007 0.004 253 Q 0.001 0.001 0.004 0.978 0.012 0.005 254 Q 0.001 0.001 0.004 0.973 0.013 0.008 255 I 0.002 0.001 0.009 0.950 0.026 0.013 256 K 0.003 0.001 0.014 0.928 0.036 0.018 257 D 0.004 0.001 0.015 0.909 0.043 0.028 258 K 0.008 0.001 0.023 0.536 0.165 0.268 259 S 0.010 0.001 0.005 0.019 0.135 0.831 260 T 0.097 0.014 0.007 0.012 0.161 0.709 261 V 0.377 0.076 0.005 0.011 0.115 0.416 262 N 0.205 0.059 0.003 0.021 0.116 0.595 263 V 0.002 0.001 0.010 0.969 0.012 0.007 264 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.006 0.001 265 G 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.001 266 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 267 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 268 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 269 H 0.001 0.001 0.002 0.995 0.003 0.001 270 I 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.003 271 R 0.001 0.001 0.006 0.982 0.008 0.003 272 T 0.002 0.002 0.008 0.896 0.057 0.035 273 Q 0.006 0.003 0.013 0.649 0.146 0.182 274 R 0.014 0.023 0.018 0.171 0.567 0.207 275 N 0.012 0.007 0.030 0.052 0.750 0.150 276 Y 0.014 0.003 0.048 0.026 0.761 0.147 277 L 0.116 0.025 0.038 0.019 0.643 0.159 278 V 0.244 0.049 0.016 0.021 0.287 0.383 279 Q 0.220 0.050 0.008 0.041 0.193 0.488 280 T 0.077 0.018 0.005 0.116 0.239 0.544 281 E 0.001 0.001 0.008 0.954 0.026 0.010 282 E 0.001 0.001 0.006 0.971 0.018 0.004 283 Q 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 284 Y 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 285 I 0.002 0.001 0.002 0.991 0.002 0.002 286 F 0.004 0.001 0.004 0.986 0.003 0.003 287 I 0.002 0.001 0.002 0.990 0.002 0.004 288 H 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.004 289 D 0.001 0.001 0.003 0.979 0.005 0.012 290 A 0.001 0.001 0.005 0.987 0.003 0.003 291 L 0.001 0.001 0.007 0.985 0.005 0.003 292 L 0.001 0.001 0.010 0.982 0.005 0.002 293 E 0.001 0.001 0.007 0.981 0.008 0.004 294 A 0.001 0.001 0.009 0.956 0.014 0.020 295 I 0.002 0.009 0.008 0.880 0.023 0.077 296 L 0.002 0.005 0.008 0.757 0.026 0.202 297 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.981