# TARGET T0305 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0305.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1058 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.106 0.013 0.115 0.056 0.099 0.162 0.449 2 F 0.206 0.046 0.056 0.085 0.059 0.096 0.452 3 Q 0.167 0.024 0.037 0.134 0.107 0.104 0.427 4 S 0.150 0.015 0.016 0.241 0.203 0.098 0.277 5 M 0.104 0.015 0.010 0.452 0.044 0.046 0.328 6 K 0.075 0.009 0.010 0.482 0.023 0.032 0.369 7 Q 0.047 0.006 0.013 0.663 0.018 0.020 0.233 8 F 0.058 0.005 0.014 0.798 0.017 0.022 0.086 9 V 0.033 0.003 0.012 0.842 0.032 0.019 0.058 10 K 0.028 0.003 0.009 0.860 0.024 0.021 0.054 11 H 0.023 0.002 0.007 0.878 0.023 0.035 0.033 12 I 0.020 0.001 0.008 0.860 0.016 0.055 0.040 13 G 0.022 0.004 0.011 0.786 0.030 0.086 0.062 14 E 0.028 0.004 0.018 0.744 0.047 0.067 0.092 15 L 0.026 0.004 0.029 0.711 0.059 0.073 0.098 16 Y 0.018 0.005 0.039 0.671 0.056 0.107 0.104 17 S 0.011 0.005 0.046 0.562 0.073 0.173 0.131 18 N 0.007 0.004 0.068 0.463 0.100 0.196 0.161 19 N 0.004 0.003 0.080 0.428 0.113 0.247 0.126 20 Q 0.003 0.003 0.065 0.371 0.122 0.258 0.178 21 H 0.003 0.004 0.036 0.395 0.120 0.180 0.262 22 G 0.005 0.004 0.024 0.443 0.083 0.243 0.198 23 F 0.009 0.005 0.022 0.598 0.085 0.140 0.141 24 S 0.013 0.007 0.016 0.743 0.050 0.045 0.125 25 E 0.018 0.004 0.007 0.870 0.019 0.019 0.062 26 D 0.030 0.002 0.006 0.901 0.012 0.016 0.033 27 F 0.033 0.001 0.007 0.910 0.011 0.015 0.023 28 E 0.025 0.001 0.009 0.921 0.010 0.016 0.019 29 E 0.021 0.001 0.012 0.919 0.009 0.023 0.015 30 V 0.023 0.001 0.017 0.862 0.013 0.063 0.021 31 Q 0.027 0.003 0.024 0.734 0.028 0.138 0.046 32 R 0.047 0.010 0.030 0.531 0.095 0.114 0.173 33 C 0.051 0.013 0.041 0.318 0.146 0.103 0.327 34 T 0.043 0.011 0.054 0.208 0.152 0.137 0.394 35 A 0.030 0.010 0.074 0.179 0.152 0.204 0.351 36 D 0.030 0.009 0.063 0.133 0.171 0.191 0.403 37 M 0.030 0.012 0.053 0.113 0.187 0.176 0.429 38 N 0.032 0.013 0.048 0.120 0.214 0.193 0.380 39 I 0.050 0.016 0.041 0.131 0.211 0.137 0.414 40 T 0.082 0.020 0.038 0.155 0.158 0.107 0.441 41 A 0.131 0.030 0.057 0.225 0.115 0.096 0.345 42 E 0.137 0.029 0.069 0.244 0.111 0.084 0.326 43 H 0.126 0.019 0.095 0.302 0.101 0.126 0.231 44 S 0.094 0.011 0.080 0.278 0.094 0.226 0.218 45 N 0.062 0.021 0.060 0.231 0.136 0.187 0.304 46 H 0.049 0.017 0.033 0.165 0.183 0.052 0.500 47 P 0.041 0.010 0.103 0.323 0.091 0.146 0.285 48 E 0.030 0.010 0.118 0.338 0.099 0.189 0.217 49 N 0.024 0.014 0.122 0.231 0.111 0.127 0.370 50 K 0.023 0.008 0.174 0.297 0.085 0.220 0.193 51 H 0.029 0.008 0.202 0.274 0.095 0.215 0.176 52 K 0.041 0.030 0.158 0.228 0.179 0.119 0.245 53 N 0.065 0.018 0.078 0.123 0.177 0.158 0.380 54 R 0.059 0.018 0.089 0.082 0.166 0.158 0.429 55 Y 0.050 0.035 0.101 0.045 0.125 0.088 0.556 56 I 0.033 0.010 0.126 0.039 0.165 0.331 0.296 57 N 0.035 0.007 0.074 0.014 0.197 0.256 0.416 58 I 0.067 0.092 0.022 0.011 0.204 0.030 0.574 59 L 0.064 0.097 0.007 0.008 0.118 0.018 0.689 60 A 0.062 0.048 0.019 0.013 0.118 0.076 0.665 61 Y 0.034 0.034 0.037 0.010 0.229 0.173 0.483 62 D 0.036 0.028 0.054 0.015 0.337 0.258 0.273 63 H 0.059 0.023 0.064 0.024 0.203 0.428 0.198 64 S 0.132 0.021 0.041 0.014 0.181 0.273 0.338 65 R 0.275 0.022 0.012 0.004 0.178 0.039 0.469 66 V 0.554 0.072 0.006 0.005 0.049 0.009 0.306 67 K 0.609 0.071 0.004 0.004 0.029 0.007 0.276 68 L 0.341 0.049 0.004 0.005 0.032 0.011 0.558 69 R 0.189 0.040 0.009 0.007 0.126 0.052 0.577 70 P 0.082 0.030 0.024 0.026 0.366 0.146 0.326 71 L 0.043 0.016 0.048 0.029 0.209 0.244 0.411 72 P 0.032 0.020 0.067 0.026 0.205 0.187 0.463 73 G 0.035 0.040 0.118 0.037 0.202 0.169 0.398 74 K 0.029 0.025 0.115 0.040 0.215 0.290 0.287 75 D 0.022 0.029 0.101 0.024 0.245 0.262 0.316 76 S 0.018 0.014 0.048 0.013 0.313 0.117 0.478 77 K 0.029 0.028 0.061 0.018 0.234 0.227 0.402 78 H 0.032 0.018 0.102 0.018 0.208 0.274 0.347 79 S 0.077 0.019 0.056 0.009 0.258 0.103 0.480 80 D 0.230 0.021 0.051 0.011 0.281 0.068 0.338 81 Y 0.633 0.071 0.023 0.008 0.040 0.041 0.184 82 I 0.759 0.040 0.010 0.009 0.023 0.027 0.132 83 N 0.793 0.012 0.005 0.007 0.034 0.030 0.120 84 A 0.639 0.013 0.004 0.008 0.037 0.015 0.284 85 N 0.626 0.016 0.008 0.009 0.086 0.037 0.219 86 Y 0.717 0.028 0.009 0.009 0.057 0.052 0.128 87 V 0.729 0.052 0.008 0.006 0.033 0.024 0.148 88 D 0.442 0.040 0.016 0.011 0.120 0.061 0.309 89 G 0.126 0.013 0.045 0.018 0.276 0.169 0.355 90 Y 0.041 0.012 0.064 0.015 0.271 0.379 0.218 91 N 0.030 0.010 0.048 0.011 0.358 0.307 0.236 92 K 0.044 0.019 0.026 0.018 0.322 0.076 0.494 93 A 0.080 0.022 0.079 0.053 0.164 0.199 0.403 94 K 0.173 0.011 0.118 0.076 0.154 0.192 0.276 95 A 0.434 0.035 0.082 0.074 0.131 0.034 0.210 96 Y 0.689 0.040 0.028 0.057 0.021 0.011 0.154 97 I 0.774 0.014 0.024 0.057 0.018 0.036 0.078 98 A 0.712 0.015 0.027 0.080 0.023 0.066 0.077 99 T 0.501 0.015 0.022 0.074 0.093 0.123 0.172 100 Q 0.226 0.014 0.008 0.029 0.305 0.120 0.300 101 G 0.075 0.010 0.002 0.006 0.451 0.025 0.433 102 P 0.036 0.045 0.002 0.003 0.202 0.020 0.692 103 L 0.045 0.048 0.025 0.018 0.188 0.037 0.640 104 K 0.005 0.003 0.252 0.134 0.133 0.346 0.128 105 S 0.003 0.005 0.274 0.136 0.130 0.361 0.091 106 T 0.011 0.025 0.172 0.268 0.115 0.101 0.307 107 F 0.002 0.003 0.095 0.814 0.015 0.040 0.031 108 E 0.001 0.001 0.045 0.912 0.008 0.027 0.007 109 D 0.001 0.001 0.029 0.932 0.006 0.025 0.006 110 F 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.007 0.002 111 W 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.007 0.002 112 R 0.002 0.001 0.002 0.986 0.002 0.006 0.001 113 M 0.003 0.001 0.003 0.985 0.001 0.006 0.002 114 I 0.004 0.001 0.004 0.984 0.001 0.005 0.002 115 W 0.006 0.001 0.008 0.964 0.002 0.016 0.003 116 E 0.011 0.001 0.019 0.847 0.012 0.095 0.015 117 Q 0.007 0.002 0.025 0.351 0.045 0.553 0.017 118 N 0.017 0.006 0.011 0.034 0.064 0.782 0.086 119 T 0.090 0.002 0.001 0.004 0.075 0.012 0.816 120 G 0.452 0.001 0.001 0.002 0.357 0.006 0.181 121 I 0.978 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 122 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 123 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 124 M 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 125 I 0.680 0.004 0.002 0.003 0.050 0.006 0.255 126 T 0.325 0.006 0.003 0.007 0.132 0.012 0.515 127 N 0.123 0.016 0.048 0.111 0.268 0.073 0.362 128 L 0.101 0.017 0.113 0.253 0.155 0.135 0.226 129 V 0.065 0.011 0.105 0.306 0.169 0.136 0.207 130 E 0.036 0.011 0.099 0.329 0.112 0.203 0.211 131 K 0.006 0.002 0.036 0.156 0.079 0.680 0.041 132 G 0.008 0.002 0.026 0.045 0.085 0.762 0.072 133 R 0.055 0.014 0.017 0.034 0.222 0.056 0.603 134 R 0.271 0.054 0.029 0.059 0.102 0.038 0.446 135 K 0.253 0.033 0.057 0.080 0.090 0.054 0.433 136 C 0.149 0.019 0.216 0.101 0.063 0.085 0.367 137 D 0.165 0.012 0.320 0.086 0.060 0.147 0.210 138 Q 0.168 0.006 0.229 0.062 0.079 0.119 0.337 139 Y 0.227 0.089 0.091 0.055 0.091 0.080 0.367 140 W 0.155 0.065 0.009 0.009 0.175 0.025 0.562 141 P 0.066 0.012 0.011 0.004 0.123 0.078 0.706 142 T 0.034 0.017 0.024 0.006 0.356 0.304 0.258 143 E 0.028 0.008 0.039 0.006 0.394 0.323 0.202 144 N 0.121 0.010 0.027 0.005 0.382 0.077 0.378 145 S 0.510 0.020 0.012 0.002 0.092 0.021 0.342 146 E 0.814 0.020 0.004 0.002 0.029 0.009 0.122 147 E 0.833 0.028 0.005 0.002 0.011 0.011 0.111 148 Y 0.754 0.006 0.014 0.001 0.048 0.055 0.123 149 G 0.264 0.007 0.031 0.001 0.229 0.408 0.061 150 N 0.496 0.003 0.019 0.001 0.099 0.160 0.222 151 I 0.944 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.046 152 I 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 153 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 154 T 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 155 L 0.948 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.041 156 K 0.915 0.002 0.002 0.001 0.018 0.008 0.054 157 S 0.875 0.005 0.004 0.002 0.022 0.007 0.085 158 T 0.809 0.005 0.010 0.006 0.039 0.020 0.112 159 K 0.744 0.011 0.010 0.012 0.049 0.034 0.139 160 I 0.628 0.014 0.014 0.013 0.088 0.043 0.198 161 H 0.426 0.010 0.021 0.018 0.128 0.071 0.324 162 A 0.283 0.010 0.051 0.021 0.237 0.190 0.209 163 C 0.279 0.005 0.057 0.017 0.204 0.228 0.211 164 Y 0.570 0.008 0.018 0.011 0.121 0.045 0.226 165 T 0.825 0.010 0.005 0.007 0.032 0.008 0.113 166 V 0.907 0.004 0.003 0.004 0.016 0.005 0.060 167 R 0.924 0.004 0.005 0.005 0.012 0.004 0.046 168 R 0.914 0.003 0.006 0.004 0.012 0.006 0.056 169 F 0.935 0.002 0.003 0.003 0.012 0.006 0.040 170 S 0.956 0.003 0.001 0.002 0.008 0.003 0.027 171 I 0.945 0.003 0.001 0.002 0.006 0.002 0.041 172 R 0.920 0.005 0.001 0.003 0.013 0.008 0.051 173 N 0.827 0.008 0.002 0.004 0.033 0.019 0.106 174 T 0.625 0.007 0.005 0.006 0.085 0.036 0.236 175 K 0.635 0.010 0.007 0.007 0.105 0.064 0.173 176 V 0.654 0.015 0.011 0.015 0.082 0.058 0.167 177 K 0.621 0.014 0.011 0.021 0.086 0.044 0.203 178 K 0.633 0.013 0.017 0.031 0.092 0.045 0.169 179 G 0.600 0.016 0.023 0.042 0.092 0.065 0.163 180 Q 0.591 0.017 0.024 0.042 0.080 0.068 0.178 181 K 0.571 0.016 0.028 0.045 0.078 0.099 0.165 182 G 0.469 0.021 0.032 0.050 0.105 0.119 0.203 183 N 0.421 0.020 0.032 0.044 0.140 0.097 0.246 184 P 0.312 0.024 0.044 0.041 0.146 0.146 0.288 185 K 0.218 0.020 0.047 0.032 0.157 0.216 0.308 186 G 0.124 0.012 0.052 0.025 0.166 0.338 0.285 187 R 0.135 0.015 0.038 0.015 0.277 0.297 0.223 188 Q 0.138 0.007 0.014 0.007 0.383 0.124 0.327 189 N 0.235 0.015 0.006 0.002 0.279 0.024 0.439 190 E 0.589 0.009 0.002 0.001 0.061 0.007 0.331 191 R 0.876 0.009 0.001 0.001 0.020 0.002 0.092 192 V 0.953 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.038 193 V 0.958 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 194 I 0.963 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.025 195 Q 0.967 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 196 Y 0.952 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.037 197 H 0.929 0.008 0.001 0.001 0.009 0.002 0.051 198 Y 0.747 0.017 0.006 0.002 0.036 0.018 0.174 199 T 0.456 0.015 0.010 0.003 0.157 0.076 0.282 200 Q 0.146 0.025 0.013 0.005 0.309 0.080 0.422 201 W 0.055 0.042 0.020 0.013 0.212 0.032 0.626 202 P 0.029 0.018 0.066 0.024 0.153 0.222 0.489 203 D 0.018 0.034 0.106 0.030 0.209 0.337 0.267 204 M 0.009 0.016 0.090 0.034 0.264 0.355 0.232 205 G 0.007 0.019 0.042 0.021 0.263 0.329 0.319 206 V 0.008 0.042 0.024 0.021 0.300 0.055 0.550 207 P 0.006 0.046 0.046 0.048 0.249 0.096 0.509 208 E 0.003 0.012 0.079 0.114 0.235 0.242 0.315 209 Y 0.004 0.010 0.062 0.160 0.167 0.137 0.461 210 A 0.002 0.004 0.076 0.506 0.066 0.143 0.202 211 L 0.002 0.003 0.056 0.770 0.036 0.082 0.052 212 P 0.002 0.006 0.029 0.842 0.027 0.040 0.053 213 V 0.001 0.001 0.004 0.985 0.003 0.004 0.003 214 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 215 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 216 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 217 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 218 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 219 R 0.001 0.001 0.001 0.977 0.002 0.017 0.002 220 S 0.001 0.001 0.005 0.963 0.004 0.020 0.007 221 S 0.002 0.002 0.012 0.914 0.007 0.056 0.008 222 A 0.002 0.001 0.017 0.790 0.015 0.155 0.018 223 A 0.005 0.005 0.026 0.603 0.065 0.222 0.074 224 R 0.020 0.023 0.035 0.178 0.191 0.207 0.346 225 M 0.016 0.022 0.050 0.057 0.180 0.169 0.506 226 P 0.010 0.023 0.077 0.025 0.129 0.314 0.421 227 E 0.013 0.012 0.040 0.012 0.210 0.400 0.313 228 T 0.014 0.018 0.012 0.004 0.528 0.184 0.239 229 G 0.030 0.005 0.001 0.001 0.558 0.009 0.397 230 P 0.143 0.002 0.001 0.001 0.077 0.003 0.774 231 V 0.948 0.003 0.001 0.001 0.023 0.001 0.024 232 L 0.994 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 233 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 234 H 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 235 C 0.558 0.004 0.002 0.001 0.034 0.007 0.393 236 S 0.195 0.010 0.031 0.005 0.345 0.089 0.325 237 A 0.047 0.004 0.052 0.012 0.317 0.425 0.143 238 G 0.013 0.015 0.064 0.020 0.191 0.557 0.141 239 V 0.017 0.025 0.034 0.052 0.409 0.237 0.225 240 G 0.020 0.007 0.011 0.111 0.395 0.124 0.331 241 R 0.002 0.001 0.011 0.880 0.029 0.049 0.027 242 T 0.001 0.001 0.002 0.964 0.006 0.016 0.010 243 G 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 0.009 0.007 244 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.003 245 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 246 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 247 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 248 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 249 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 250 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 251 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 252 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 253 Q 0.001 0.001 0.001 0.968 0.002 0.028 0.002 254 Q 0.001 0.001 0.003 0.917 0.006 0.063 0.011 255 I 0.002 0.004 0.007 0.832 0.043 0.047 0.064 256 K 0.004 0.004 0.029 0.785 0.030 0.097 0.052 257 D 0.003 0.002 0.026 0.632 0.041 0.252 0.044 258 K 0.005 0.001 0.015 0.219 0.125 0.528 0.107 259 S 0.015 0.002 0.010 0.043 0.348 0.294 0.290 260 T 0.065 0.025 0.007 0.014 0.239 0.055 0.595 261 V 0.153 0.071 0.002 0.012 0.203 0.008 0.551 262 N 0.069 0.025 0.001 0.008 0.032 0.002 0.863 263 V 0.001 0.001 0.008 0.974 0.004 0.006 0.007 264 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 0.001 265 G 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 266 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 267 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 268 K 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.012 0.001 269 H 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.011 0.002 270 I 0.001 0.001 0.006 0.975 0.002 0.012 0.004 271 R 0.001 0.001 0.020 0.942 0.003 0.030 0.004 272 T 0.001 0.001 0.023 0.862 0.007 0.102 0.006 273 Q 0.001 0.001 0.026 0.700 0.034 0.215 0.023 274 R 0.004 0.011 0.032 0.154 0.247 0.134 0.418 275 N 0.002 0.005 0.110 0.040 0.113 0.587 0.143 276 Y 0.007 0.004 0.129 0.014 0.120 0.639 0.087 277 L 0.029 0.019 0.174 0.018 0.158 0.277 0.325 278 V 0.053 0.081 0.032 0.015 0.172 0.114 0.532 279 Q 0.015 0.054 0.005 0.009 0.448 0.038 0.431 280 T 0.005 0.012 0.001 0.035 0.479 0.010 0.458 281 E 0.001 0.001 0.006 0.978 0.003 0.010 0.003 282 E 0.001 0.001 0.007 0.977 0.001 0.013 0.001 283 Q 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.004 0.001 284 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 285 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 286 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 287 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 288 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 289 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 290 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 291 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 292 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 293 E 0.001 0.001 0.002 0.966 0.001 0.029 0.002 294 A 0.001 0.001 0.006 0.916 0.005 0.062 0.010 295 I 0.005 0.007 0.017 0.781 0.028 0.119 0.044 296 L 0.008 0.007 0.018 0.430 0.034 0.415 0.087 297 G 0.003 0.003 0.005 0.085 0.047 0.125 0.731