# TARGET T0305 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0305.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1058 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.137 0.114 0.128 0.179 0.198 0.189 0.055 2 F 0.060 0.036 0.052 0.101 0.175 0.359 0.218 3 Q 0.087 0.077 0.087 0.151 0.206 0.247 0.146 4 S 0.084 0.079 0.091 0.130 0.185 0.273 0.158 5 M 0.075 0.060 0.069 0.123 0.193 0.301 0.179 6 K 0.123 0.126 0.135 0.174 0.177 0.185 0.080 7 Q 0.129 0.126 0.140 0.177 0.200 0.181 0.046 8 F 0.181 0.172 0.165 0.171 0.160 0.126 0.025 9 V 0.157 0.160 0.151 0.186 0.176 0.144 0.024 10 K 0.159 0.175 0.173 0.201 0.174 0.105 0.014 11 H 0.291 0.236 0.178 0.145 0.097 0.048 0.006 12 I 0.364 0.228 0.158 0.125 0.082 0.039 0.004 13 G 0.397 0.201 0.152 0.132 0.083 0.032 0.002 14 E 0.452 0.224 0.146 0.107 0.053 0.017 0.001 15 L 0.557 0.224 0.115 0.068 0.027 0.008 0.001 16 Y 0.588 0.206 0.106 0.066 0.027 0.007 0.001 17 S 0.647 0.187 0.088 0.052 0.021 0.005 0.001 18 N 0.694 0.183 0.072 0.036 0.013 0.003 0.001 19 N 0.741 0.164 0.056 0.027 0.009 0.002 0.001 20 Q 0.709 0.178 0.068 0.032 0.011 0.002 0.001 21 H 0.634 0.206 0.091 0.047 0.017 0.004 0.001 22 G 0.576 0.226 0.103 0.061 0.026 0.007 0.001 23 F 0.503 0.236 0.136 0.082 0.034 0.009 0.001 24 S 0.425 0.258 0.153 0.103 0.047 0.014 0.001 25 E 0.257 0.245 0.197 0.172 0.097 0.029 0.002 26 D 0.282 0.252 0.198 0.159 0.081 0.026 0.002 27 F 0.378 0.288 0.170 0.103 0.045 0.015 0.002 28 E 0.241 0.211 0.180 0.181 0.131 0.052 0.005 29 E 0.167 0.172 0.191 0.223 0.170 0.071 0.006 30 V 0.336 0.265 0.176 0.128 0.066 0.027 0.003 31 Q 0.387 0.265 0.163 0.107 0.054 0.022 0.002 32 R 0.214 0.166 0.172 0.203 0.164 0.075 0.006 33 C 0.321 0.215 0.181 0.156 0.092 0.033 0.002 34 T 0.525 0.235 0.119 0.074 0.034 0.012 0.001 35 A 0.518 0.241 0.126 0.075 0.031 0.009 0.001 36 D 0.556 0.214 0.117 0.077 0.030 0.007 0.001 37 M 0.599 0.218 0.101 0.056 0.021 0.005 0.001 38 N 0.649 0.211 0.085 0.040 0.013 0.003 0.001 39 I 0.569 0.220 0.112 0.070 0.024 0.004 0.001 40 T 0.649 0.225 0.079 0.034 0.010 0.002 0.001 41 A 0.445 0.221 0.151 0.122 0.051 0.010 0.001 42 E 0.601 0.246 0.091 0.044 0.015 0.003 0.001 43 H 0.482 0.253 0.139 0.086 0.033 0.007 0.001 44 S 0.490 0.230 0.131 0.094 0.043 0.011 0.001 45 N 0.511 0.271 0.120 0.065 0.025 0.006 0.001 46 H 0.393 0.262 0.172 0.116 0.046 0.011 0.001 47 P 0.575 0.238 0.107 0.056 0.019 0.005 0.001 48 E 0.600 0.249 0.093 0.040 0.014 0.004 0.001 49 N 0.330 0.229 0.180 0.154 0.084 0.021 0.002 50 K 0.287 0.231 0.202 0.171 0.083 0.024 0.002 51 H 0.472 0.272 0.127 0.078 0.034 0.014 0.002 52 K 0.195 0.193 0.198 0.210 0.138 0.058 0.008 53 N 0.182 0.147 0.146 0.186 0.204 0.119 0.015 54 R 0.182 0.227 0.191 0.189 0.138 0.063 0.009 55 Y 0.299 0.178 0.151 0.170 0.131 0.061 0.009 56 I 0.346 0.276 0.180 0.122 0.054 0.019 0.003 57 N 0.421 0.280 0.138 0.095 0.047 0.018 0.002 58 I 0.154 0.116 0.153 0.222 0.210 0.124 0.022 59 L 0.203 0.146 0.127 0.169 0.191 0.139 0.025 60 A 0.139 0.130 0.148 0.200 0.188 0.145 0.051 61 Y 0.147 0.155 0.144 0.181 0.174 0.142 0.057 62 D 0.118 0.244 0.256 0.189 0.106 0.060 0.028 63 H 0.127 0.171 0.187 0.202 0.173 0.106 0.034 64 S 0.018 0.056 0.099 0.195 0.241 0.315 0.076 65 R 0.013 0.037 0.112 0.256 0.313 0.237 0.032 66 V 0.006 0.016 0.037 0.097 0.247 0.470 0.127 67 K 0.007 0.067 0.254 0.400 0.214 0.053 0.004 68 L 0.004 0.011 0.038 0.149 0.408 0.359 0.032 69 R 0.089 0.364 0.298 0.178 0.061 0.010 0.001 70 P 0.190 0.357 0.262 0.143 0.040 0.008 0.001 71 L 0.444 0.287 0.162 0.077 0.025 0.006 0.001 72 P 0.499 0.261 0.129 0.077 0.029 0.006 0.001 73 G 0.631 0.196 0.100 0.052 0.019 0.004 0.001 74 K 0.756 0.161 0.054 0.023 0.005 0.001 0.001 75 D 0.709 0.199 0.059 0.025 0.007 0.001 0.001 76 S 0.541 0.271 0.115 0.054 0.016 0.003 0.001 77 K 0.425 0.261 0.157 0.113 0.037 0.007 0.001 78 H 0.328 0.311 0.179 0.116 0.053 0.012 0.001 79 S 0.113 0.192 0.231 0.261 0.163 0.038 0.003 80 D 0.058 0.181 0.244 0.287 0.168 0.056 0.005 81 Y 0.016 0.048 0.091 0.206 0.322 0.271 0.046 82 I 0.002 0.005 0.013 0.053 0.187 0.487 0.252 83 N 0.004 0.010 0.026 0.072 0.173 0.451 0.264 84 A 0.005 0.008 0.019 0.054 0.135 0.399 0.381 85 N 0.009 0.025 0.048 0.106 0.198 0.361 0.254 86 Y 0.008 0.024 0.055 0.124 0.240 0.367 0.182 87 V 0.007 0.017 0.039 0.108 0.263 0.395 0.171 88 D 0.043 0.163 0.255 0.263 0.163 0.094 0.020 89 G 0.069 0.154 0.184 0.238 0.220 0.118 0.018 90 Y 0.117 0.215 0.232 0.250 0.135 0.045 0.006 91 N 0.334 0.303 0.182 0.112 0.053 0.015 0.001 92 K 0.230 0.305 0.237 0.165 0.054 0.008 0.001 93 A 0.283 0.433 0.195 0.072 0.016 0.002 0.001 94 K 0.043 0.218 0.290 0.290 0.137 0.022 0.001 95 A 0.005 0.061 0.210 0.405 0.253 0.064 0.003 96 Y 0.001 0.003 0.010 0.052 0.227 0.567 0.141 97 I 0.001 0.001 0.005 0.021 0.097 0.483 0.393 98 A 0.001 0.002 0.006 0.020 0.061 0.378 0.533 99 T 0.002 0.004 0.011 0.033 0.097 0.371 0.482 100 Q 0.005 0.020 0.041 0.099 0.207 0.397 0.230 101 G 0.007 0.027 0.056 0.139 0.282 0.358 0.131 102 P 0.016 0.058 0.112 0.188 0.270 0.274 0.082 103 L 0.027 0.117 0.186 0.300 0.256 0.101 0.012 104 K 0.056 0.275 0.369 0.209 0.072 0.016 0.002 105 S 0.237 0.344 0.227 0.125 0.049 0.015 0.003 106 T 0.005 0.029 0.083 0.169 0.351 0.291 0.072 107 F 0.002 0.011 0.033 0.127 0.404 0.359 0.063 108 E 0.024 0.210 0.253 0.246 0.176 0.078 0.013 109 D 0.017 0.069 0.187 0.331 0.227 0.144 0.024 110 F 0.009 0.016 0.012 0.030 0.103 0.430 0.401 111 W 0.014 0.028 0.072 0.213 0.259 0.286 0.128 112 R 0.039 0.137 0.197 0.239 0.170 0.161 0.056 113 M 0.007 0.023 0.039 0.114 0.291 0.362 0.163 114 I 0.001 0.006 0.017 0.049 0.137 0.414 0.377 115 W 0.008 0.032 0.065 0.169 0.317 0.323 0.086 116 E 0.015 0.050 0.097 0.224 0.325 0.238 0.052 117 Q 0.020 0.076 0.124 0.210 0.291 0.246 0.033 118 N 0.014 0.088 0.259 0.351 0.202 0.079 0.007 119 T 0.002 0.014 0.041 0.129 0.350 0.412 0.052 120 G 0.001 0.014 0.069 0.228 0.375 0.269 0.044 121 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.073 0.500 0.415 122 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.301 0.667 123 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.222 0.754 124 M 0.001 0.003 0.010 0.031 0.085 0.363 0.507 125 I 0.001 0.003 0.012 0.051 0.178 0.490 0.264 126 T 0.002 0.009 0.028 0.103 0.352 0.427 0.079 127 N 0.032 0.162 0.306 0.291 0.170 0.036 0.003 128 L 0.098 0.225 0.275 0.238 0.125 0.037 0.002 129 V 0.321 0.362 0.191 0.095 0.025 0.005 0.001 130 E 0.357 0.202 0.187 0.161 0.077 0.016 0.001 131 K 0.705 0.199 0.068 0.020 0.006 0.001 0.001 132 G 0.758 0.156 0.052 0.025 0.008 0.001 0.001 133 R 0.567 0.248 0.115 0.055 0.013 0.002 0.001 134 R 0.512 0.329 0.110 0.036 0.010 0.002 0.001 135 K 0.121 0.320 0.307 0.194 0.050 0.007 0.001 136 C 0.071 0.104 0.180 0.286 0.266 0.088 0.004 137 D 0.087 0.209 0.262 0.264 0.137 0.038 0.003 138 Q 0.137 0.223 0.202 0.210 0.152 0.070 0.005 139 Y 0.040 0.082 0.146 0.261 0.281 0.173 0.016 140 W 0.036 0.084 0.153 0.279 0.309 0.133 0.006 141 P 0.182 0.218 0.213 0.215 0.129 0.040 0.003 142 T 0.506 0.271 0.130 0.064 0.022 0.006 0.001 143 E 0.634 0.248 0.076 0.032 0.009 0.002 0.001 144 N 0.606 0.254 0.090 0.037 0.010 0.002 0.001 145 S 0.548 0.263 0.111 0.058 0.017 0.003 0.001 146 E 0.387 0.323 0.176 0.087 0.024 0.004 0.001 147 E 0.401 0.352 0.158 0.071 0.015 0.002 0.001 148 Y 0.097 0.163 0.239 0.304 0.164 0.031 0.001 149 G 0.187 0.364 0.254 0.145 0.043 0.007 0.001 150 N 0.106 0.380 0.328 0.147 0.034 0.005 0.001 151 I 0.004 0.019 0.068 0.259 0.444 0.198 0.007 152 I 0.025 0.219 0.364 0.262 0.108 0.021 0.001 153 V 0.002 0.010 0.039 0.188 0.457 0.290 0.014 154 T 0.034 0.262 0.387 0.242 0.066 0.010 0.001 155 L 0.030 0.116 0.204 0.317 0.260 0.070 0.002 156 K 0.150 0.336 0.262 0.175 0.063 0.013 0.001 157 S 0.389 0.344 0.156 0.079 0.027 0.006 0.001 158 T 0.314 0.291 0.205 0.131 0.048 0.011 0.001 159 K 0.487 0.302 0.125 0.061 0.020 0.004 0.001 160 I 0.404 0.280 0.165 0.099 0.041 0.009 0.001 161 H 0.320 0.251 0.189 0.154 0.068 0.017 0.001 162 A 0.413 0.270 0.148 0.101 0.049 0.017 0.002 163 C 0.307 0.273 0.189 0.137 0.067 0.024 0.004 164 Y 0.132 0.148 0.169 0.232 0.195 0.106 0.018 165 T 0.124 0.160 0.183 0.220 0.187 0.107 0.019 166 V 0.087 0.119 0.165 0.231 0.220 0.149 0.030 167 R 0.064 0.111 0.157 0.231 0.246 0.168 0.022 168 R 0.049 0.122 0.208 0.258 0.216 0.131 0.017 169 F 0.021 0.042 0.084 0.188 0.320 0.311 0.034 170 S 0.022 0.106 0.231 0.319 0.226 0.090 0.006 171 I 0.016 0.034 0.074 0.168 0.347 0.333 0.027 172 R 0.063 0.177 0.273 0.295 0.151 0.039 0.001 173 N 0.193 0.293 0.237 0.161 0.085 0.030 0.001 174 T 0.274 0.245 0.212 0.160 0.082 0.025 0.001 175 K 0.530 0.241 0.114 0.072 0.033 0.010 0.001 176 V 0.385 0.234 0.173 0.129 0.061 0.017 0.001 177 K 0.566 0.226 0.112 0.063 0.026 0.007 0.001 178 K 0.607 0.228 0.090 0.051 0.018 0.005 0.001 179 G 0.566 0.199 0.116 0.078 0.033 0.008 0.001 180 Q 0.544 0.225 0.116 0.075 0.031 0.009 0.001 181 K 0.567 0.224 0.113 0.065 0.024 0.006 0.001 182 G 0.558 0.225 0.113 0.070 0.028 0.007 0.001 183 N 0.522 0.244 0.125 0.073 0.028 0.006 0.001 184 P 0.543 0.240 0.117 0.072 0.024 0.004 0.001 185 K 0.628 0.217 0.094 0.046 0.013 0.002 0.001 186 G 0.665 0.209 0.075 0.038 0.011 0.002 0.001 187 R 0.619 0.235 0.085 0.044 0.014 0.002 0.001 188 Q 0.593 0.263 0.091 0.041 0.010 0.001 0.001 189 N 0.445 0.317 0.147 0.070 0.018 0.003 0.001 190 E 0.263 0.328 0.207 0.137 0.055 0.010 0.001 191 R 0.081 0.193 0.231 0.260 0.184 0.049 0.002 192 V 0.043 0.186 0.285 0.288 0.147 0.048 0.003 193 V 0.008 0.018 0.045 0.147 0.330 0.394 0.057 194 I 0.018 0.080 0.145 0.259 0.294 0.177 0.026 195 Q 0.011 0.049 0.121 0.216 0.273 0.276 0.054 196 Y 0.004 0.010 0.025 0.091 0.246 0.452 0.171 197 H 0.009 0.042 0.092 0.199 0.291 0.276 0.091 198 Y 0.006 0.021 0.059 0.176 0.321 0.330 0.086 199 T 0.036 0.115 0.183 0.248 0.231 0.147 0.039 200 Q 0.085 0.209 0.219 0.215 0.153 0.100 0.020 201 W 0.041 0.098 0.158 0.272 0.277 0.139 0.015 202 P 0.151 0.215 0.222 0.213 0.138 0.055 0.006 203 D 0.329 0.324 0.189 0.105 0.040 0.011 0.001 204 M 0.246 0.256 0.210 0.173 0.086 0.026 0.003 205 G 0.380 0.296 0.161 0.095 0.046 0.019 0.003 206 V 0.104 0.132 0.183 0.269 0.198 0.097 0.016 207 P 0.141 0.152 0.160 0.216 0.204 0.109 0.018 208 E 0.231 0.288 0.212 0.148 0.083 0.032 0.007 209 Y 0.136 0.297 0.267 0.185 0.083 0.028 0.005 210 A 0.046 0.150 0.228 0.280 0.207 0.078 0.011 211 L 0.109 0.302 0.266 0.195 0.091 0.031 0.006 212 P 0.015 0.086 0.206 0.297 0.249 0.122 0.024 213 V 0.001 0.004 0.011 0.048 0.234 0.570 0.132 214 L 0.002 0.031 0.133 0.298 0.303 0.203 0.030 215 T 0.005 0.075 0.253 0.368 0.204 0.088 0.007 216 F 0.001 0.002 0.004 0.026 0.192 0.645 0.131 217 V 0.001 0.001 0.004 0.038 0.220 0.618 0.119 218 R 0.004 0.111 0.350 0.347 0.142 0.042 0.003 219 R 0.003 0.042 0.196 0.426 0.279 0.053 0.001 220 S 0.001 0.003 0.010 0.070 0.388 0.502 0.026 221 S 0.015 0.106 0.256 0.351 0.209 0.060 0.003 222 A 0.214 0.474 0.200 0.083 0.022 0.005 0.001 223 A 0.079 0.259 0.315 0.246 0.085 0.015 0.001 224 R 0.191 0.297 0.249 0.182 0.069 0.012 0.001 225 M 0.494 0.280 0.129 0.070 0.023 0.004 0.001 226 P 0.547 0.251 0.114 0.068 0.017 0.002 0.001 227 E 0.549 0.307 0.104 0.033 0.006 0.001 0.001 228 T 0.251 0.472 0.198 0.065 0.012 0.001 0.001 229 G 0.007 0.084 0.235 0.422 0.216 0.036 0.001 230 P 0.001 0.004 0.023 0.143 0.406 0.396 0.029 231 V 0.001 0.001 0.002 0.017 0.134 0.543 0.303 232 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.259 0.709 233 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.114 0.877 234 H 0.001 0.001 0.002 0.008 0.031 0.182 0.776 235 C 0.001 0.001 0.002 0.009 0.054 0.283 0.652 236 S 0.001 0.007 0.021 0.068 0.189 0.305 0.410 237 A 0.002 0.015 0.040 0.095 0.175 0.290 0.384 238 G 0.012 0.035 0.057 0.105 0.197 0.332 0.261 239 V 0.022 0.033 0.051 0.110 0.196 0.340 0.249 240 G 0.056 0.089 0.100 0.122 0.165 0.267 0.200 241 R 0.028 0.050 0.065 0.114 0.182 0.303 0.258 242 T 0.007 0.028 0.052 0.117 0.179 0.306 0.311 243 G 0.001 0.004 0.011 0.040 0.096 0.287 0.561 244 T 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.189 0.766 245 Y 0.001 0.001 0.002 0.007 0.038 0.177 0.775 246 I 0.001 0.001 0.003 0.011 0.031 0.178 0.776 247 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.150 0.825 248 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.179 0.799 249 D 0.001 0.002 0.008 0.042 0.144 0.495 0.308 250 S 0.001 0.003 0.014 0.066 0.188 0.405 0.323 251 M 0.001 0.001 0.002 0.009 0.051 0.370 0.566 252 L 0.001 0.003 0.011 0.072 0.328 0.529 0.058 253 Q 0.003 0.051 0.174 0.329 0.320 0.117 0.008 254 Q 0.004 0.032 0.130 0.303 0.317 0.200 0.014 255 I 0.004 0.021 0.067 0.236 0.465 0.202 0.005 256 K 0.119 0.372 0.289 0.171 0.042 0.006 0.001 257 D 0.393 0.421 0.135 0.042 0.007 0.001 0.001 258 K 0.306 0.404 0.209 0.066 0.014 0.002 0.001 259 S 0.304 0.331 0.224 0.106 0.031 0.004 0.001 260 T 0.073 0.185 0.219 0.291 0.185 0.045 0.002 261 V 0.024 0.066 0.140 0.282 0.340 0.140 0.008 262 N 0.019 0.084 0.203 0.349 0.258 0.082 0.005 263 V 0.004 0.013 0.021 0.065 0.232 0.557 0.108 264 L 0.007 0.052 0.149 0.336 0.336 0.112 0.008 265 G 0.021 0.159 0.330 0.323 0.132 0.033 0.002 266 F 0.002 0.007 0.022 0.105 0.345 0.463 0.057 267 L 0.001 0.004 0.010 0.053 0.231 0.558 0.142 268 K 0.013 0.130 0.292 0.338 0.175 0.048 0.003 269 H 0.010 0.060 0.196 0.395 0.258 0.076 0.005 270 I 0.003 0.005 0.006 0.026 0.163 0.599 0.197 271 R 0.014 0.044 0.125 0.287 0.333 0.174 0.022 272 T 0.135 0.342 0.305 0.150 0.052 0.015 0.002 273 Q 0.059 0.101 0.154 0.283 0.264 0.116 0.022 274 R 0.036 0.060 0.096 0.175 0.276 0.284 0.073 275 N 0.185 0.236 0.199 0.188 0.116 0.058 0.019 276 Y 0.207 0.242 0.172 0.177 0.126 0.054 0.022 277 L 0.097 0.102 0.106 0.156 0.204 0.251 0.084 278 V 0.161 0.164 0.151 0.178 0.165 0.143 0.037 279 Q 0.147 0.203 0.187 0.216 0.148 0.079 0.020 280 T 0.121 0.215 0.233 0.220 0.150 0.054 0.008 281 E 0.182 0.284 0.247 0.181 0.081 0.021 0.003 282 E 0.111 0.262 0.275 0.235 0.091 0.022 0.004 283 Q 0.007 0.019 0.043 0.134 0.324 0.396 0.077 284 Y 0.001 0.010 0.033 0.129 0.361 0.401 0.065 285 I 0.003 0.049 0.141 0.323 0.338 0.134 0.012 286 F 0.001 0.005 0.023 0.129 0.373 0.406 0.064 287 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.363 0.613 288 H 0.001 0.003 0.012 0.075 0.232 0.513 0.164 289 D 0.003 0.028 0.119 0.307 0.358 0.177 0.008 290 A 0.001 0.003 0.015 0.105 0.363 0.443 0.070 291 L 0.003 0.004 0.004 0.015 0.085 0.573 0.316 292 L 0.005 0.044 0.142 0.367 0.329 0.108 0.004 293 E 0.028 0.224 0.312 0.296 0.121 0.019 0.001 294 A 0.007 0.034 0.157 0.392 0.323 0.086 0.002 295 I 0.026 0.076 0.163 0.327 0.332 0.074 0.001 296 L 0.332 0.461 0.151 0.047 0.008 0.001 0.001 297 G 0.618 0.323 0.048 0.010 0.002 0.001 0.001