# TARGET T0305 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0305.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1149 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.030 0.004 0.019 0.184 0.106 0.656 2 F 0.036 0.005 0.008 0.102 0.077 0.771 3 Q 0.045 0.009 0.010 0.057 0.090 0.790 4 S 0.057 0.020 0.012 0.065 0.101 0.745 5 M 0.006 0.001 0.109 0.773 0.039 0.072 6 K 0.003 0.001 0.066 0.890 0.022 0.018 7 Q 0.002 0.001 0.039 0.932 0.020 0.007 8 F 0.001 0.001 0.014 0.972 0.008 0.005 9 V 0.001 0.001 0.007 0.981 0.006 0.004 10 K 0.002 0.001 0.014 0.962 0.014 0.007 11 H 0.005 0.001 0.013 0.931 0.023 0.028 12 I 0.009 0.002 0.017 0.897 0.034 0.040 13 G 0.019 0.002 0.043 0.825 0.061 0.051 14 E 0.013 0.002 0.030 0.870 0.045 0.041 15 L 0.013 0.005 0.026 0.848 0.047 0.062 16 Y 0.010 0.006 0.022 0.789 0.100 0.073 17 S 0.007 0.004 0.041 0.592 0.204 0.150 18 N 0.007 0.006 0.056 0.326 0.366 0.238 19 N 0.007 0.005 0.063 0.096 0.556 0.272 20 Q 0.008 0.005 0.056 0.127 0.526 0.277 21 H 0.009 0.010 0.039 0.270 0.327 0.344 22 G 0.021 0.018 0.012 0.200 0.191 0.557 23 F 0.010 0.007 0.013 0.702 0.061 0.206 24 S 0.007 0.003 0.013 0.857 0.038 0.082 25 E 0.002 0.001 0.015 0.955 0.015 0.013 26 D 0.005 0.001 0.022 0.943 0.020 0.008 27 F 0.004 0.001 0.017 0.949 0.022 0.007 28 E 0.006 0.001 0.021 0.946 0.021 0.005 29 E 0.007 0.001 0.014 0.947 0.023 0.008 30 V 0.003 0.002 0.016 0.933 0.029 0.017 31 Q 0.003 0.001 0.017 0.915 0.037 0.026 32 R 0.006 0.002 0.021 0.747 0.089 0.135 33 C 0.013 0.015 0.014 0.372 0.121 0.465 34 T 0.026 0.009 0.013 0.072 0.306 0.573 35 A 0.023 0.006 0.106 0.092 0.452 0.322 36 D 0.035 0.011 0.164 0.080 0.531 0.179 37 M 0.072 0.022 0.159 0.107 0.488 0.150 38 N 0.071 0.014 0.038 0.118 0.347 0.411 39 I 0.143 0.025 0.028 0.131 0.276 0.397 40 T 0.179 0.033 0.024 0.171 0.174 0.419 41 A 0.155 0.020 0.091 0.253 0.216 0.265 42 E 0.140 0.019 0.168 0.212 0.212 0.248 43 H 0.107 0.022 0.309 0.205 0.207 0.148 44 S 0.067 0.022 0.106 0.150 0.313 0.342 45 N 0.038 0.031 0.069 0.110 0.278 0.474 46 H 0.010 0.006 0.015 0.019 0.511 0.438 47 P 0.003 0.001 0.357 0.175 0.381 0.083 48 E 0.006 0.003 0.393 0.199 0.338 0.061 49 N 0.009 0.012 0.361 0.181 0.377 0.060 50 K 0.013 0.005 0.221 0.272 0.340 0.150 51 H 0.033 0.016 0.223 0.313 0.291 0.125 52 K 0.052 0.018 0.159 0.285 0.344 0.143 53 N 0.111 0.018 0.049 0.123 0.300 0.399 54 R 0.170 0.030 0.024 0.093 0.191 0.493 55 Y 0.275 0.028 0.035 0.081 0.356 0.223 56 I 0.191 0.011 0.033 0.083 0.443 0.239 57 N 0.167 0.012 0.030 0.051 0.462 0.278 58 I 0.418 0.050 0.011 0.024 0.241 0.256 59 L 0.476 0.027 0.009 0.014 0.082 0.392 60 A 0.425 0.053 0.024 0.017 0.182 0.299 61 Y 0.170 0.014 0.121 0.018 0.616 0.061 62 D 0.086 0.006 0.152 0.014 0.674 0.067 63 H 0.036 0.003 0.115 0.010 0.766 0.069 64 S 0.207 0.024 0.026 0.004 0.574 0.165 65 R 0.374 0.011 0.001 0.001 0.061 0.552 66 V 0.840 0.015 0.001 0.001 0.018 0.126 67 K 0.826 0.011 0.001 0.001 0.029 0.133 68 L 0.622 0.027 0.004 0.001 0.064 0.283 69 R 0.351 0.010 0.007 0.001 0.168 0.462 70 P 0.197 0.029 0.010 0.001 0.223 0.540 71 L 0.078 0.039 0.019 0.002 0.574 0.288 72 P 0.044 0.025 0.029 0.005 0.647 0.251 73 G 0.015 0.016 0.019 0.005 0.776 0.169 74 K 0.019 0.041 0.025 0.010 0.755 0.150 75 D 0.020 0.024 0.020 0.014 0.589 0.335 76 S 0.014 0.021 0.027 0.019 0.648 0.270 77 K 0.017 0.012 0.041 0.030 0.605 0.295 78 H 0.053 0.063 0.066 0.053 0.442 0.322 79 S 0.060 0.015 0.055 0.031 0.543 0.296 80 D 0.117 0.004 0.069 0.021 0.467 0.322 81 Y 0.599 0.035 0.030 0.018 0.132 0.186 82 I 0.794 0.034 0.009 0.011 0.058 0.094 83 N 0.772 0.014 0.010 0.008 0.066 0.129 84 A 0.600 0.012 0.022 0.016 0.122 0.228 85 N 0.432 0.007 0.029 0.013 0.235 0.284 86 Y 0.540 0.016 0.028 0.016 0.199 0.201 87 V 0.493 0.049 0.011 0.022 0.154 0.270 88 D 0.371 0.020 0.008 0.034 0.234 0.335 89 G 0.124 0.009 0.015 0.045 0.579 0.227 90 Y 0.089 0.018 0.039 0.069 0.581 0.203 91 N 0.046 0.009 0.045 0.045 0.736 0.119 92 K 0.045 0.008 0.089 0.042 0.726 0.090 93 A 0.107 0.017 0.080 0.031 0.481 0.284 94 K 0.151 0.005 0.056 0.016 0.526 0.245 95 A 0.476 0.004 0.014 0.007 0.233 0.266 96 Y 0.925 0.008 0.002 0.003 0.017 0.046 97 I 0.963 0.005 0.001 0.004 0.008 0.018 98 A 0.920 0.005 0.003 0.008 0.017 0.047 99 T 0.743 0.010 0.007 0.009 0.072 0.159 100 Q 0.333 0.012 0.011 0.008 0.245 0.390 101 G 0.099 0.014 0.030 0.011 0.320 0.527 102 P 0.057 0.041 0.035 0.020 0.357 0.490 103 L 0.025 0.016 0.110 0.107 0.535 0.207 104 K 0.004 0.002 0.202 0.473 0.275 0.045 105 S 0.004 0.002 0.131 0.591 0.232 0.040 106 T 0.011 0.006 0.096 0.659 0.158 0.070 107 F 0.005 0.001 0.037 0.894 0.035 0.029 108 E 0.007 0.002 0.032 0.900 0.035 0.025 109 D 0.004 0.001 0.025 0.945 0.017 0.009 110 F 0.006 0.001 0.015 0.964 0.009 0.005 111 W 0.005 0.001 0.013 0.968 0.010 0.004 112 R 0.010 0.001 0.014 0.955 0.014 0.007 113 M 0.024 0.001 0.013 0.918 0.024 0.020 114 I 0.050 0.002 0.021 0.871 0.036 0.020 115 W 0.068 0.002 0.044 0.816 0.052 0.017 116 E 0.138 0.003 0.066 0.692 0.090 0.010 117 Q 0.088 0.002 0.075 0.653 0.141 0.041 118 N 0.059 0.006 0.043 0.142 0.352 0.398 119 T 0.138 0.009 0.011 0.025 0.435 0.382 120 G 0.459 0.002 0.002 0.003 0.176 0.358 121 I 0.965 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 122 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 123 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 124 M 0.978 0.001 0.001 0.003 0.003 0.014 125 I 0.758 0.003 0.002 0.012 0.059 0.166 126 T 0.269 0.006 0.016 0.049 0.238 0.422 127 N 0.096 0.009 0.033 0.067 0.356 0.439 128 L 0.202 0.028 0.066 0.145 0.292 0.267 129 V 0.249 0.035 0.102 0.204 0.275 0.136 130 E 0.126 0.019 0.129 0.174 0.503 0.048 131 K 0.027 0.003 0.074 0.149 0.661 0.087 132 G 0.026 0.003 0.025 0.034 0.654 0.258 133 R 0.175 0.016 0.011 0.019 0.368 0.411 134 R 0.428 0.041 0.015 0.023 0.121 0.372 135 K 0.552 0.035 0.027 0.023 0.128 0.235 136 C 0.446 0.013 0.079 0.037 0.168 0.257 137 D 0.378 0.005 0.127 0.043 0.217 0.230 138 Q 0.418 0.009 0.088 0.044 0.232 0.209 139 Y 0.420 0.048 0.041 0.044 0.176 0.271 140 W 0.262 0.057 0.008 0.011 0.254 0.408 141 P 0.104 0.025 0.009 0.008 0.449 0.405 142 T 0.042 0.011 0.021 0.010 0.686 0.230 143 E 0.028 0.007 0.032 0.013 0.769 0.151 144 N 0.066 0.012 0.033 0.011 0.715 0.163 145 S 0.178 0.044 0.059 0.027 0.434 0.258 146 E 0.394 0.032 0.104 0.023 0.286 0.162 147 E 0.533 0.015 0.068 0.013 0.225 0.145 148 Y 0.558 0.025 0.040 0.007 0.243 0.127 149 G 0.493 0.012 0.006 0.001 0.353 0.136 150 N 0.406 0.002 0.004 0.001 0.282 0.306 151 I 0.854 0.005 0.001 0.001 0.065 0.075 152 I 0.977 0.002 0.001 0.001 0.007 0.013 153 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 154 T 0.969 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 155 L 0.914 0.001 0.001 0.001 0.032 0.051 156 K 0.848 0.002 0.001 0.002 0.055 0.091 157 S 0.736 0.004 0.005 0.007 0.113 0.135 158 T 0.776 0.006 0.005 0.007 0.096 0.110 159 K 0.785 0.007 0.006 0.007 0.061 0.133 160 I 0.706 0.013 0.019 0.014 0.106 0.142 161 H 0.563 0.009 0.030 0.011 0.241 0.146 162 A 0.461 0.007 0.047 0.011 0.321 0.152 163 C 0.466 0.007 0.030 0.012 0.317 0.167 164 Y 0.752 0.005 0.006 0.004 0.118 0.116 165 T 0.917 0.003 0.001 0.001 0.025 0.052 166 V 0.960 0.002 0.001 0.001 0.010 0.027 167 R 0.965 0.001 0.001 0.002 0.010 0.022 168 R 0.971 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 169 F 0.961 0.001 0.001 0.003 0.008 0.027 170 S 0.957 0.001 0.001 0.003 0.011 0.027 171 I 0.941 0.002 0.001 0.005 0.015 0.037 172 R 0.807 0.004 0.002 0.011 0.060 0.116 173 N 0.488 0.004 0.007 0.030 0.173 0.297 174 T 0.308 0.004 0.022 0.085 0.265 0.315 175 K 0.390 0.010 0.025 0.113 0.210 0.252 176 V 0.468 0.015 0.031 0.203 0.129 0.155 177 K 0.432 0.015 0.038 0.246 0.114 0.154 178 K 0.339 0.012 0.049 0.304 0.126 0.170 179 G 0.258 0.015 0.081 0.323 0.152 0.172 180 Q 0.239 0.016 0.085 0.231 0.248 0.182 181 K 0.173 0.021 0.058 0.167 0.319 0.261 182 G 0.091 0.024 0.037 0.085 0.329 0.433 183 N 0.040 0.011 0.012 0.012 0.585 0.340 184 P 0.018 0.006 0.084 0.027 0.707 0.158 185 K 0.027 0.012 0.096 0.025 0.713 0.126 186 G 0.039 0.017 0.090 0.018 0.736 0.100 187 R 0.083 0.024 0.088 0.028 0.523 0.255 188 Q 0.159 0.018 0.087 0.034 0.388 0.314 189 N 0.236 0.014 0.040 0.010 0.339 0.360 190 E 0.422 0.007 0.007 0.003 0.181 0.380 191 R 0.640 0.004 0.003 0.001 0.075 0.278 192 V 0.944 0.003 0.001 0.001 0.011 0.041 193 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 194 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 195 Q 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 196 Y 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 197 H 0.925 0.002 0.001 0.001 0.017 0.054 198 Y 0.742 0.010 0.008 0.003 0.090 0.147 199 T 0.419 0.013 0.017 0.008 0.255 0.288 200 Q 0.141 0.031 0.047 0.019 0.375 0.387 201 W 0.047 0.033 0.030 0.009 0.532 0.349 202 P 0.047 0.032 0.152 0.029 0.352 0.389 203 D 0.020 0.010 0.424 0.036 0.385 0.124 204 M 0.009 0.008 0.379 0.057 0.383 0.164 205 G 0.006 0.010 0.022 0.008 0.311 0.643 206 V 0.010 0.030 0.004 0.005 0.246 0.705 207 P 0.009 0.021 0.007 0.013 0.373 0.577 208 E 0.006 0.017 0.143 0.153 0.462 0.219 209 Y 0.005 0.004 0.108 0.260 0.389 0.234 210 A 0.002 0.001 0.043 0.837 0.076 0.041 211 L 0.002 0.003 0.008 0.914 0.029 0.044 212 P 0.002 0.003 0.006 0.957 0.016 0.017 213 V 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.002 214 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 215 T 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 216 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 217 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 218 R 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 219 R 0.001 0.001 0.003 0.985 0.007 0.004 220 S 0.001 0.001 0.006 0.945 0.022 0.025 221 S 0.002 0.002 0.015 0.913 0.036 0.032 222 A 0.003 0.001 0.030 0.874 0.064 0.030 223 A 0.004 0.002 0.019 0.814 0.085 0.076 224 R 0.007 0.009 0.024 0.547 0.154 0.259 225 M 0.010 0.008 0.015 0.036 0.438 0.492 226 P 0.006 0.003 0.048 0.009 0.695 0.239 227 E 0.016 0.006 0.059 0.005 0.707 0.207 228 T 0.025 0.008 0.037 0.004 0.643 0.283 229 G 0.093 0.010 0.005 0.001 0.378 0.513 230 P 0.281 0.004 0.001 0.001 0.113 0.599 231 V 0.869 0.007 0.001 0.001 0.021 0.103 232 L 0.983 0.004 0.001 0.001 0.003 0.010 233 V 0.982 0.003 0.001 0.001 0.003 0.012 234 H 0.927 0.005 0.001 0.001 0.016 0.051 235 C 0.499 0.011 0.004 0.004 0.148 0.334 236 S 0.126 0.012 0.014 0.006 0.473 0.370 237 A 0.047 0.016 0.057 0.026 0.639 0.215 238 G 0.030 0.010 0.134 0.044 0.681 0.101 239 V 0.057 0.019 0.135 0.168 0.523 0.098 240 G 0.063 0.023 0.096 0.249 0.319 0.251 241 R 0.037 0.012 0.033 0.753 0.104 0.060 242 T 0.012 0.004 0.008 0.890 0.038 0.049 243 G 0.004 0.001 0.007 0.964 0.013 0.011 244 T 0.003 0.001 0.004 0.986 0.003 0.004 245 Y 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 246 I 0.002 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 247 V 0.002 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 248 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 249 D 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.001 250 S 0.002 0.001 0.004 0.986 0.007 0.001 251 M 0.002 0.001 0.004 0.981 0.008 0.004 252 L 0.001 0.001 0.003 0.985 0.006 0.004 253 Q 0.001 0.001 0.003 0.980 0.009 0.006 254 Q 0.001 0.001 0.004 0.958 0.015 0.022 255 I 0.001 0.002 0.008 0.929 0.030 0.031 256 K 0.001 0.001 0.009 0.931 0.040 0.018 257 D 0.001 0.001 0.008 0.917 0.045 0.027 258 K 0.001 0.001 0.012 0.587 0.181 0.216 259 S 0.004 0.001 0.005 0.019 0.304 0.667 260 T 0.109 0.008 0.005 0.005 0.179 0.694 261 V 0.236 0.083 0.005 0.007 0.096 0.573 262 N 0.144 0.025 0.001 0.012 0.039 0.779 263 V 0.001 0.001 0.011 0.980 0.003 0.005 264 L 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.002 265 G 0.001 0.001 0.009 0.984 0.005 0.001 266 F 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 267 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 268 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 269 H 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 270 I 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.002 271 R 0.001 0.001 0.013 0.967 0.017 0.003 272 T 0.001 0.001 0.014 0.945 0.026 0.014 273 Q 0.002 0.003 0.016 0.788 0.052 0.139 274 R 0.006 0.011 0.056 0.444 0.273 0.210 275 N 0.006 0.003 0.103 0.202 0.524 0.163 276 Y 0.015 0.005 0.170 0.107 0.564 0.138 277 L 0.122 0.030 0.110 0.092 0.476 0.171 278 V 0.172 0.046 0.035 0.072 0.196 0.479 279 Q 0.090 0.036 0.009 0.082 0.172 0.612 280 T 0.022 0.005 0.002 0.076 0.092 0.803 281 E 0.001 0.001 0.010 0.986 0.002 0.001 282 E 0.001 0.001 0.013 0.984 0.002 0.001 283 Q 0.001 0.001 0.012 0.986 0.001 0.001 284 Y 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 285 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 286 F 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 287 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 288 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 289 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 290 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 291 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 292 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 293 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 294 A 0.001 0.001 0.003 0.986 0.005 0.006 295 I 0.001 0.001 0.005 0.951 0.014 0.029 296 L 0.001 0.001 0.003 0.880 0.022 0.093 297 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.977