# TARGET T0305 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0305.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1149 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.989 2 F 0.042 0.026 0.009 0.069 0.008 0.027 0.819 3 Q 0.077 0.031 0.017 0.213 0.169 0.051 0.442 4 S 0.060 0.021 0.019 0.169 0.079 0.039 0.613 5 M 0.003 0.001 0.016 0.940 0.004 0.011 0.026 6 K 0.001 0.001 0.011 0.970 0.003 0.007 0.007 7 Q 0.001 0.001 0.012 0.968 0.003 0.007 0.008 8 F 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.006 0.004 9 V 0.002 0.001 0.003 0.985 0.002 0.005 0.003 10 K 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.008 0.001 11 H 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.011 0.003 12 I 0.001 0.001 0.003 0.968 0.002 0.021 0.004 13 G 0.002 0.001 0.006 0.931 0.005 0.049 0.007 14 E 0.005 0.001 0.017 0.889 0.009 0.056 0.024 15 L 0.007 0.003 0.019 0.841 0.020 0.067 0.042 16 Y 0.011 0.007 0.026 0.613 0.056 0.093 0.195 17 S 0.006 0.005 0.057 0.467 0.065 0.318 0.082 18 N 0.003 0.002 0.058 0.242 0.080 0.521 0.094 19 N 0.005 0.003 0.054 0.104 0.276 0.343 0.215 20 Q 0.010 0.009 0.072 0.179 0.149 0.271 0.310 21 H 0.016 0.011 0.059 0.201 0.222 0.296 0.194 22 G 0.027 0.022 0.041 0.289 0.116 0.148 0.358 23 F 0.022 0.014 0.012 0.643 0.025 0.025 0.259 24 S 0.015 0.003 0.009 0.869 0.014 0.011 0.079 25 E 0.016 0.001 0.014 0.928 0.010 0.012 0.019 26 D 0.011 0.001 0.017 0.934 0.005 0.015 0.018 27 F 0.003 0.001 0.012 0.968 0.002 0.009 0.006 28 E 0.001 0.001 0.008 0.969 0.003 0.016 0.002 29 E 0.002 0.001 0.008 0.949 0.002 0.035 0.004 30 V 0.007 0.002 0.014 0.898 0.011 0.036 0.033 31 Q 0.013 0.003 0.024 0.823 0.022 0.074 0.041 32 R 0.030 0.005 0.039 0.627 0.045 0.193 0.062 33 C 0.053 0.015 0.019 0.436 0.120 0.135 0.221 34 T 0.055 0.012 0.013 0.080 0.158 0.068 0.613 35 A 0.033 0.009 0.057 0.139 0.148 0.390 0.224 36 D 0.043 0.007 0.063 0.083 0.167 0.410 0.227 37 M 0.082 0.018 0.069 0.091 0.203 0.222 0.314 38 N 0.105 0.015 0.026 0.061 0.118 0.231 0.444 39 I 0.202 0.019 0.016 0.039 0.142 0.040 0.542 40 T 0.306 0.035 0.015 0.047 0.040 0.039 0.519 41 A 0.230 0.027 0.057 0.091 0.103 0.086 0.405 42 E 0.226 0.020 0.070 0.112 0.063 0.131 0.379 43 H 0.210 0.017 0.163 0.089 0.109 0.181 0.230 44 S 0.104 0.014 0.100 0.060 0.111 0.343 0.268 45 N 0.065 0.023 0.068 0.052 0.251 0.273 0.268 46 H 0.022 0.007 0.005 0.006 0.315 0.007 0.638 47 P 0.002 0.002 0.247 0.152 0.029 0.504 0.063 48 E 0.003 0.005 0.224 0.185 0.034 0.520 0.029 49 N 0.008 0.012 0.376 0.272 0.034 0.205 0.093 50 K 0.014 0.012 0.170 0.423 0.048 0.216 0.118 51 H 0.024 0.007 0.171 0.374 0.058 0.271 0.095 52 K 0.034 0.013 0.161 0.309 0.110 0.254 0.119 53 N 0.055 0.021 0.065 0.209 0.128 0.291 0.230 54 R 0.123 0.036 0.038 0.083 0.177 0.164 0.379 55 Y 0.175 0.033 0.056 0.073 0.100 0.080 0.483 56 I 0.161 0.022 0.045 0.044 0.131 0.108 0.490 57 N 0.148 0.027 0.025 0.018 0.074 0.067 0.640 58 I 0.303 0.037 0.022 0.025 0.108 0.054 0.451 59 L 0.309 0.055 0.022 0.023 0.096 0.056 0.439 60 A 0.290 0.032 0.025 0.027 0.097 0.091 0.437 61 Y 0.276 0.033 0.045 0.030 0.107 0.150 0.359 62 D 0.174 0.025 0.072 0.017 0.137 0.342 0.232 63 H 0.096 0.005 0.093 0.010 0.153 0.449 0.193 64 S 0.272 0.012 0.062 0.010 0.210 0.162 0.273 65 R 0.669 0.027 0.017 0.005 0.073 0.040 0.168 66 V 0.851 0.010 0.002 0.002 0.010 0.006 0.119 67 K 0.901 0.022 0.001 0.002 0.003 0.002 0.069 68 L 0.887 0.009 0.001 0.002 0.009 0.003 0.090 69 R 0.623 0.011 0.002 0.002 0.078 0.012 0.272 70 P 0.382 0.046 0.003 0.003 0.111 0.021 0.434 71 L 0.090 0.020 0.005 0.002 0.139 0.034 0.710 72 P 0.023 0.015 0.018 0.003 0.173 0.498 0.271 73 G 0.008 0.009 0.030 0.002 0.294 0.381 0.274 74 K 0.025 0.024 0.034 0.005 0.372 0.112 0.428 75 D 0.046 0.079 0.030 0.005 0.189 0.194 0.456 76 S 0.038 0.035 0.042 0.004 0.225 0.138 0.518 77 K 0.035 0.014 0.047 0.006 0.262 0.212 0.425 78 H 0.043 0.021 0.069 0.010 0.251 0.324 0.283 79 S 0.081 0.017 0.055 0.011 0.258 0.203 0.373 80 D 0.205 0.015 0.031 0.009 0.173 0.087 0.480 81 Y 0.673 0.060 0.008 0.004 0.047 0.012 0.197 82 I 0.811 0.055 0.004 0.004 0.021 0.008 0.098 83 N 0.688 0.019 0.005 0.003 0.022 0.012 0.251 84 A 0.431 0.008 0.069 0.014 0.037 0.096 0.346 85 N 0.441 0.012 0.084 0.022 0.113 0.132 0.197 86 Y 0.501 0.022 0.091 0.042 0.110 0.064 0.170 87 V 0.428 0.035 0.017 0.024 0.187 0.025 0.283 88 D 0.290 0.034 0.019 0.015 0.115 0.052 0.473 89 G 0.144 0.028 0.091 0.036 0.166 0.209 0.326 90 Y 0.077 0.021 0.124 0.037 0.173 0.360 0.208 91 N 0.062 0.009 0.141 0.032 0.208 0.328 0.219 92 K 0.106 0.011 0.101 0.028 0.262 0.168 0.324 93 A 0.110 0.014 0.081 0.013 0.198 0.230 0.353 94 K 0.241 0.006 0.035 0.004 0.258 0.130 0.325 95 A 0.750 0.005 0.007 0.003 0.051 0.013 0.171 96 Y 0.982 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 97 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 98 A 0.981 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.014 99 T 0.885 0.002 0.002 0.002 0.014 0.005 0.090 100 Q 0.450 0.008 0.004 0.004 0.119 0.018 0.396 101 G 0.112 0.010 0.006 0.008 0.411 0.028 0.425 102 P 0.037 0.024 0.012 0.011 0.212 0.062 0.642 103 L 0.022 0.013 0.018 0.028 0.199 0.043 0.676 104 K 0.004 0.003 0.122 0.315 0.091 0.413 0.051 105 S 0.006 0.003 0.099 0.343 0.092 0.396 0.061 106 T 0.011 0.018 0.078 0.558 0.066 0.110 0.159 107 F 0.001 0.002 0.015 0.929 0.007 0.028 0.018 108 E 0.001 0.001 0.012 0.956 0.004 0.023 0.004 109 D 0.001 0.001 0.007 0.972 0.004 0.010 0.006 110 F 0.001 0.001 0.005 0.978 0.001 0.010 0.003 111 W 0.004 0.001 0.004 0.966 0.003 0.017 0.005 112 R 0.005 0.001 0.003 0.963 0.003 0.022 0.004 113 M 0.010 0.001 0.004 0.949 0.005 0.023 0.008 114 I 0.017 0.002 0.006 0.934 0.005 0.027 0.008 115 W 0.030 0.004 0.012 0.885 0.008 0.046 0.016 116 E 0.028 0.002 0.022 0.827 0.014 0.068 0.039 117 Q 0.016 0.001 0.031 0.458 0.034 0.436 0.024 118 N 0.021 0.005 0.039 0.073 0.073 0.706 0.082 119 T 0.077 0.003 0.005 0.002 0.150 0.024 0.739 120 G 0.101 0.001 0.001 0.001 0.671 0.034 0.191 121 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 122 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 123 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 M 0.979 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 125 I 0.753 0.001 0.002 0.003 0.024 0.006 0.210 126 T 0.234 0.004 0.005 0.013 0.219 0.020 0.506 127 N 0.116 0.015 0.012 0.031 0.341 0.037 0.449 128 L 0.126 0.009 0.091 0.320 0.104 0.103 0.246 129 V 0.085 0.016 0.088 0.509 0.066 0.154 0.082 130 E 0.074 0.012 0.129 0.387 0.080 0.230 0.087 131 K 0.018 0.004 0.038 0.141 0.042 0.728 0.030 132 G 0.012 0.002 0.019 0.026 0.066 0.775 0.100 133 R 0.081 0.016 0.020 0.021 0.128 0.051 0.684 134 R 0.330 0.045 0.027 0.027 0.081 0.033 0.458 135 K 0.463 0.039 0.019 0.015 0.070 0.033 0.360 136 C 0.404 0.021 0.030 0.018 0.048 0.031 0.449 137 D 0.421 0.012 0.051 0.027 0.128 0.039 0.322 138 Q 0.557 0.022 0.052 0.039 0.075 0.045 0.210 139 Y 0.544 0.037 0.026 0.044 0.075 0.046 0.228 140 W 0.315 0.067 0.013 0.026 0.100 0.043 0.436 141 P 0.112 0.020 0.010 0.010 0.112 0.089 0.648 142 T 0.046 0.017 0.019 0.010 0.330 0.330 0.248 143 E 0.020 0.006 0.021 0.008 0.357 0.459 0.129 144 N 0.075 0.010 0.025 0.010 0.356 0.199 0.325 145 S 0.271 0.041 0.074 0.038 0.145 0.067 0.362 146 E 0.499 0.033 0.091 0.045 0.096 0.059 0.177 147 E 0.598 0.019 0.082 0.046 0.048 0.076 0.131 148 Y 0.551 0.019 0.047 0.018 0.073 0.165 0.128 149 G 0.234 0.003 0.012 0.001 0.188 0.371 0.191 150 N 0.316 0.002 0.004 0.001 0.152 0.065 0.460 151 I 0.784 0.004 0.001 0.001 0.021 0.003 0.187 152 I 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 153 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 154 T 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 155 L 0.967 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.025 156 K 0.875 0.001 0.002 0.004 0.024 0.016 0.078 157 S 0.840 0.002 0.003 0.004 0.052 0.034 0.067 158 T 0.818 0.004 0.004 0.005 0.058 0.019 0.092 159 K 0.884 0.006 0.002 0.004 0.028 0.010 0.065 160 I 0.792 0.009 0.005 0.007 0.043 0.016 0.128 161 H 0.639 0.008 0.009 0.005 0.079 0.032 0.228 162 A 0.439 0.005 0.016 0.003 0.174 0.112 0.249 163 C 0.477 0.006 0.009 0.001 0.179 0.105 0.224 164 Y 0.723 0.003 0.002 0.001 0.044 0.007 0.221 165 T 0.930 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.056 166 V 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 167 R 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.023 168 R 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 169 F 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 170 S 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 171 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 172 R 0.877 0.002 0.001 0.002 0.018 0.026 0.075 173 N 0.648 0.003 0.005 0.006 0.097 0.098 0.143 174 T 0.328 0.004 0.016 0.009 0.260 0.228 0.155 175 K 0.459 0.012 0.019 0.012 0.150 0.162 0.187 176 V 0.541 0.022 0.016 0.016 0.062 0.027 0.316 177 K 0.507 0.021 0.023 0.022 0.031 0.036 0.360 178 K 0.312 0.019 0.098 0.056 0.108 0.158 0.249 179 G 0.159 0.012 0.135 0.048 0.108 0.250 0.289 180 Q 0.136 0.016 0.181 0.049 0.140 0.232 0.246 181 K 0.115 0.018 0.117 0.041 0.116 0.281 0.313 182 G 0.070 0.029 0.096 0.037 0.216 0.269 0.282 183 N 0.038 0.013 0.019 0.008 0.265 0.034 0.624 184 P 0.021 0.012 0.115 0.023 0.113 0.461 0.255 185 K 0.016 0.009 0.122 0.021 0.114 0.552 0.165 186 G 0.037 0.016 0.132 0.020 0.213 0.300 0.281 187 R 0.050 0.015 0.079 0.024 0.230 0.234 0.369 188 Q 0.066 0.007 0.051 0.015 0.272 0.328 0.260 189 N 0.209 0.012 0.021 0.006 0.232 0.104 0.415 190 E 0.506 0.013 0.005 0.005 0.059 0.018 0.394 191 R 0.821 0.004 0.001 0.002 0.032 0.003 0.137 192 V 0.943 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.048 193 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 194 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 195 Q 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 196 Y 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 197 H 0.962 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.028 198 Y 0.837 0.009 0.001 0.002 0.015 0.009 0.127 199 T 0.544 0.010 0.003 0.002 0.095 0.081 0.264 200 Q 0.259 0.027 0.005 0.003 0.310 0.131 0.265 201 W 0.097 0.039 0.012 0.003 0.223 0.049 0.577 202 P 0.037 0.021 0.030 0.006 0.220 0.321 0.365 203 D 0.020 0.026 0.039 0.005 0.230 0.387 0.293 204 M 0.020 0.022 0.030 0.006 0.287 0.411 0.226 205 G 0.017 0.033 0.015 0.003 0.290 0.252 0.389 206 V 0.030 0.061 0.005 0.003 0.245 0.015 0.642 207 P 0.034 0.075 0.009 0.004 0.046 0.022 0.810 208 E 0.023 0.046 0.145 0.063 0.144 0.259 0.320 209 Y 0.010 0.012 0.139 0.083 0.180 0.321 0.255 210 A 0.004 0.004 0.068 0.500 0.106 0.085 0.233 211 L 0.002 0.001 0.017 0.885 0.036 0.015 0.044 212 P 0.003 0.003 0.009 0.940 0.011 0.010 0.024 213 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.002 214 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 215 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 216 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 217 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 218 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 219 R 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.018 0.002 220 S 0.001 0.001 0.003 0.946 0.003 0.037 0.010 221 S 0.001 0.001 0.011 0.885 0.010 0.075 0.016 222 A 0.003 0.001 0.031 0.789 0.019 0.128 0.029 223 A 0.007 0.004 0.029 0.599 0.044 0.256 0.060 224 R 0.014 0.012 0.021 0.266 0.145 0.328 0.213 225 M 0.018 0.022 0.007 0.014 0.221 0.033 0.685 226 P 0.016 0.008 0.031 0.006 0.164 0.210 0.565 227 E 0.014 0.004 0.029 0.003 0.211 0.536 0.203 228 T 0.028 0.007 0.026 0.001 0.367 0.318 0.253 229 G 0.078 0.004 0.002 0.001 0.407 0.022 0.487 230 P 0.388 0.006 0.001 0.001 0.049 0.006 0.551 231 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 232 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 233 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 234 H 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 235 C 0.513 0.004 0.005 0.002 0.037 0.026 0.413 236 S 0.139 0.011 0.029 0.003 0.222 0.211 0.385 237 A 0.056 0.016 0.063 0.008 0.305 0.364 0.187 238 G 0.046 0.014 0.059 0.017 0.294 0.343 0.226 239 V 0.048 0.028 0.053 0.045 0.240 0.208 0.377 240 G 0.035 0.018 0.049 0.168 0.217 0.282 0.231 241 R 0.019 0.009 0.028 0.541 0.087 0.188 0.127 242 T 0.009 0.004 0.008 0.886 0.023 0.031 0.039 243 G 0.005 0.001 0.003 0.969 0.005 0.007 0.010 244 T 0.002 0.001 0.001 0.989 0.001 0.003 0.003 245 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 246 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 247 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 248 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 249 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 250 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 251 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 252 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 253 Q 0.001 0.001 0.002 0.977 0.001 0.020 0.001 254 Q 0.001 0.001 0.002 0.957 0.001 0.037 0.003 255 I 0.001 0.003 0.007 0.911 0.007 0.049 0.022 256 K 0.002 0.002 0.017 0.817 0.015 0.119 0.028 257 D 0.002 0.001 0.017 0.638 0.033 0.280 0.029 258 K 0.003 0.001 0.024 0.137 0.118 0.652 0.066 259 S 0.009 0.001 0.013 0.022 0.316 0.526 0.113 260 T 0.106 0.028 0.011 0.020 0.154 0.060 0.621 261 V 0.274 0.148 0.002 0.015 0.092 0.005 0.463 262 N 0.136 0.042 0.001 0.018 0.050 0.003 0.749 263 V 0.001 0.001 0.012 0.975 0.001 0.007 0.004 264 L 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.004 0.001 265 G 0.001 0.001 0.009 0.987 0.001 0.002 0.001 266 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 267 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 268 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 269 H 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 270 I 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.010 0.002 271 R 0.001 0.001 0.004 0.971 0.002 0.022 0.001 272 T 0.001 0.001 0.005 0.888 0.002 0.103 0.002 273 Q 0.001 0.001 0.011 0.785 0.023 0.122 0.057 274 R 0.004 0.006 0.038 0.566 0.109 0.075 0.203 275 N 0.002 0.002 0.118 0.440 0.039 0.370 0.030 276 Y 0.004 0.001 0.132 0.186 0.050 0.601 0.026 277 L 0.035 0.010 0.128 0.114 0.187 0.255 0.271 278 V 0.075 0.053 0.032 0.076 0.117 0.229 0.417 279 Q 0.047 0.055 0.006 0.037 0.276 0.072 0.507 280 T 0.008 0.013 0.001 0.026 0.213 0.004 0.736 281 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 282 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.005 0.001 283 Q 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.002 0.001 284 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 285 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 286 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 287 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 288 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 289 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 290 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 291 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 292 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 293 E 0.001 0.001 0.002 0.976 0.001 0.020 0.001 294 A 0.001 0.001 0.005 0.924 0.003 0.061 0.006 295 I 0.001 0.004 0.007 0.834 0.024 0.102 0.028 296 L 0.002 0.005 0.007 0.614 0.009 0.286 0.078 297 G 0.001 0.001 0.001 0.030 0.009 0.010 0.949