# TARGET T0305 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0305.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1132 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.042 0.009 0.048 0.109 0.245 0.547 2 F 0.061 0.015 0.045 0.124 0.195 0.560 3 Q 0.074 0.026 0.029 0.122 0.176 0.573 4 S 0.056 0.019 0.020 0.154 0.133 0.619 5 M 0.006 0.001 0.043 0.876 0.025 0.048 6 K 0.006 0.001 0.030 0.935 0.017 0.012 7 Q 0.004 0.001 0.028 0.940 0.019 0.009 8 F 0.004 0.001 0.013 0.961 0.012 0.010 9 V 0.004 0.001 0.012 0.966 0.011 0.007 10 K 0.004 0.001 0.019 0.946 0.019 0.012 11 H 0.006 0.001 0.016 0.924 0.024 0.030 12 I 0.010 0.002 0.020 0.885 0.035 0.048 13 G 0.021 0.003 0.041 0.758 0.078 0.099 14 E 0.028 0.003 0.061 0.694 0.099 0.114 15 L 0.044 0.009 0.066 0.593 0.136 0.153 16 Y 0.042 0.012 0.077 0.501 0.229 0.138 17 S 0.019 0.012 0.076 0.494 0.259 0.140 18 N 0.008 0.007 0.056 0.345 0.413 0.170 19 N 0.007 0.010 0.070 0.146 0.523 0.244 20 Q 0.010 0.011 0.075 0.163 0.459 0.282 21 H 0.013 0.012 0.050 0.226 0.379 0.320 22 G 0.014 0.012 0.013 0.127 0.155 0.679 23 F 0.023 0.018 0.014 0.554 0.066 0.324 24 S 0.026 0.008 0.021 0.678 0.071 0.195 25 E 0.018 0.004 0.044 0.808 0.064 0.062 26 D 0.025 0.005 0.038 0.846 0.045 0.041 27 F 0.010 0.001 0.025 0.930 0.020 0.015 28 E 0.007 0.001 0.019 0.938 0.020 0.015 29 E 0.006 0.001 0.014 0.944 0.021 0.015 30 V 0.005 0.001 0.030 0.915 0.036 0.013 31 Q 0.004 0.001 0.029 0.896 0.048 0.021 32 R 0.006 0.002 0.034 0.787 0.097 0.074 33 C 0.017 0.012 0.022 0.448 0.184 0.318 34 T 0.032 0.016 0.017 0.089 0.374 0.471 35 A 0.031 0.018 0.029 0.037 0.482 0.403 36 D 0.030 0.012 0.042 0.027 0.662 0.227 37 M 0.053 0.014 0.039 0.024 0.602 0.269 38 N 0.073 0.016 0.023 0.052 0.347 0.489 39 I 0.172 0.037 0.028 0.102 0.287 0.374 40 T 0.158 0.035 0.019 0.106 0.195 0.487 41 A 0.116 0.034 0.089 0.223 0.238 0.300 42 E 0.107 0.021 0.223 0.180 0.237 0.232 43 H 0.056 0.013 0.448 0.144 0.239 0.101 44 S 0.051 0.017 0.269 0.108 0.325 0.230 45 N 0.027 0.013 0.157 0.100 0.359 0.344 46 H 0.010 0.008 0.019 0.030 0.558 0.375 47 P 0.002 0.003 0.184 0.176 0.466 0.169 48 E 0.004 0.005 0.249 0.276 0.377 0.088 49 N 0.005 0.008 0.216 0.293 0.403 0.074 50 K 0.009 0.008 0.130 0.440 0.268 0.145 51 H 0.020 0.019 0.112 0.423 0.246 0.179 52 K 0.019 0.008 0.126 0.486 0.251 0.109 53 N 0.052 0.008 0.073 0.412 0.202 0.253 54 R 0.069 0.015 0.045 0.324 0.160 0.386 55 Y 0.110 0.024 0.019 0.167 0.394 0.286 56 I 0.118 0.012 0.014 0.109 0.441 0.307 57 N 0.132 0.013 0.011 0.048 0.466 0.331 58 I 0.493 0.048 0.008 0.023 0.238 0.190 59 L 0.462 0.037 0.009 0.020 0.100 0.372 60 A 0.414 0.082 0.019 0.022 0.227 0.237 61 Y 0.161 0.021 0.069 0.029 0.591 0.130 62 D 0.091 0.007 0.133 0.018 0.602 0.149 63 H 0.072 0.009 0.134 0.009 0.654 0.121 64 S 0.179 0.012 0.035 0.003 0.438 0.334 65 R 0.356 0.013 0.003 0.001 0.074 0.554 66 V 0.822 0.022 0.001 0.001 0.024 0.132 67 K 0.818 0.017 0.001 0.001 0.031 0.132 68 L 0.646 0.031 0.004 0.001 0.054 0.265 69 R 0.383 0.013 0.011 0.001 0.151 0.442 70 P 0.214 0.019 0.013 0.001 0.187 0.566 71 L 0.114 0.040 0.016 0.001 0.576 0.253 72 P 0.065 0.037 0.013 0.002 0.681 0.201 73 G 0.016 0.010 0.009 0.002 0.836 0.127 74 K 0.024 0.035 0.014 0.005 0.814 0.109 75 D 0.032 0.030 0.017 0.009 0.521 0.391 76 S 0.020 0.025 0.016 0.012 0.591 0.336 77 K 0.014 0.010 0.038 0.025 0.560 0.354 78 H 0.040 0.040 0.056 0.040 0.373 0.451 79 S 0.075 0.026 0.039 0.016 0.522 0.323 80 D 0.090 0.004 0.024 0.011 0.371 0.500 81 Y 0.563 0.042 0.021 0.019 0.137 0.218 82 I 0.794 0.019 0.007 0.006 0.070 0.103 83 N 0.819 0.015 0.010 0.004 0.038 0.114 84 A 0.728 0.013 0.028 0.011 0.054 0.167 85 N 0.521 0.007 0.065 0.013 0.138 0.255 86 Y 0.559 0.012 0.049 0.012 0.128 0.239 87 V 0.446 0.030 0.024 0.016 0.144 0.341 88 D 0.306 0.025 0.012 0.031 0.234 0.392 89 G 0.072 0.009 0.023 0.024 0.584 0.288 90 Y 0.039 0.012 0.066 0.038 0.678 0.167 91 N 0.027 0.011 0.065 0.030 0.741 0.127 92 K 0.029 0.016 0.079 0.028 0.709 0.139 93 A 0.054 0.013 0.064 0.034 0.469 0.365 94 K 0.191 0.014 0.051 0.032 0.383 0.329 95 A 0.662 0.009 0.014 0.014 0.127 0.173 96 Y 0.946 0.004 0.002 0.008 0.012 0.027 97 I 0.963 0.003 0.001 0.012 0.009 0.012 98 A 0.917 0.005 0.002 0.017 0.021 0.039 99 T 0.734 0.009 0.005 0.022 0.098 0.133 100 Q 0.319 0.011 0.013 0.020 0.322 0.315 101 G 0.055 0.009 0.026 0.012 0.364 0.533 102 P 0.034 0.037 0.021 0.026 0.326 0.558 103 L 0.010 0.015 0.044 0.185 0.394 0.353 104 K 0.001 0.002 0.084 0.714 0.159 0.040 105 S 0.002 0.002 0.064 0.677 0.217 0.037 106 T 0.008 0.010 0.028 0.750 0.089 0.115 107 F 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.004 108 E 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 109 D 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 110 F 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 111 W 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 112 R 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 113 M 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.003 114 I 0.010 0.001 0.019 0.937 0.024 0.010 115 W 0.032 0.003 0.068 0.844 0.046 0.008 116 E 0.025 0.002 0.040 0.874 0.058 0.001 117 Q 0.021 0.002 0.028 0.818 0.110 0.021 118 N 0.011 0.004 0.015 0.159 0.362 0.449 119 T 0.103 0.018 0.010 0.045 0.503 0.321 120 G 0.659 0.005 0.003 0.008 0.102 0.224 121 I 0.978 0.002 0.001 0.002 0.007 0.011 122 I 0.992 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 123 V 0.990 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 124 M 0.970 0.001 0.001 0.007 0.007 0.014 125 I 0.789 0.004 0.003 0.026 0.049 0.128 126 T 0.369 0.009 0.014 0.083 0.195 0.331 127 N 0.290 0.012 0.033 0.072 0.295 0.298 128 L 0.369 0.022 0.044 0.097 0.236 0.233 129 V 0.410 0.039 0.069 0.104 0.298 0.081 130 E 0.229 0.016 0.061 0.084 0.575 0.035 131 K 0.044 0.004 0.033 0.072 0.765 0.083 132 G 0.030 0.003 0.012 0.011 0.704 0.239 133 R 0.221 0.024 0.004 0.004 0.265 0.482 134 R 0.566 0.044 0.004 0.004 0.073 0.308 135 K 0.680 0.035 0.008 0.004 0.077 0.195 136 C 0.611 0.012 0.026 0.006 0.107 0.237 137 D 0.564 0.006 0.043 0.007 0.124 0.256 138 Q 0.508 0.016 0.058 0.013 0.171 0.233 139 Y 0.361 0.057 0.021 0.011 0.146 0.404 140 W 0.223 0.030 0.008 0.005 0.175 0.558 141 P 0.129 0.025 0.004 0.003 0.166 0.672 142 T 0.084 0.015 0.005 0.004 0.443 0.449 143 E 0.104 0.015 0.013 0.018 0.597 0.252 144 N 0.102 0.008 0.021 0.021 0.642 0.207 145 S 0.346 0.028 0.043 0.033 0.410 0.139 146 E 0.648 0.018 0.052 0.021 0.147 0.113 147 E 0.672 0.014 0.046 0.019 0.134 0.114 148 Y 0.606 0.011 0.031 0.010 0.153 0.189 149 G 0.523 0.005 0.007 0.001 0.192 0.272 150 N 0.543 0.002 0.003 0.001 0.120 0.331 151 I 0.902 0.005 0.001 0.001 0.025 0.067 152 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 153 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 154 T 0.953 0.001 0.001 0.001 0.011 0.034 155 L 0.883 0.001 0.001 0.001 0.047 0.067 156 K 0.804 0.002 0.001 0.002 0.081 0.110 157 S 0.696 0.005 0.004 0.005 0.149 0.141 158 T 0.781 0.007 0.004 0.007 0.112 0.090 159 K 0.762 0.007 0.006 0.005 0.079 0.142 160 I 0.697 0.018 0.014 0.008 0.104 0.159 161 H 0.568 0.015 0.024 0.007 0.228 0.159 162 A 0.482 0.005 0.048 0.009 0.312 0.143 163 C 0.414 0.004 0.030 0.007 0.350 0.194 164 Y 0.746 0.006 0.008 0.002 0.127 0.111 165 T 0.901 0.004 0.001 0.001 0.026 0.068 166 V 0.964 0.002 0.001 0.001 0.010 0.022 167 R 0.970 0.001 0.001 0.001 0.009 0.019 168 R 0.975 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 169 F 0.973 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 170 S 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 171 I 0.971 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 172 R 0.916 0.002 0.001 0.002 0.045 0.034 173 N 0.794 0.002 0.003 0.004 0.106 0.092 174 T 0.787 0.002 0.003 0.006 0.117 0.085 175 K 0.868 0.002 0.002 0.007 0.048 0.072 176 V 0.914 0.007 0.002 0.014 0.024 0.039 177 K 0.883 0.005 0.003 0.019 0.035 0.056 178 K 0.795 0.009 0.006 0.022 0.061 0.107 179 G 0.612 0.013 0.016 0.022 0.189 0.148 180 Q 0.323 0.022 0.038 0.036 0.376 0.205 181 K 0.148 0.020 0.035 0.026 0.545 0.226 182 G 0.123 0.014 0.029 0.012 0.557 0.264 183 N 0.163 0.030 0.048 0.017 0.469 0.273 184 P 0.167 0.054 0.082 0.018 0.517 0.162 185 K 0.115 0.033 0.103 0.023 0.569 0.157 186 G 0.058 0.013 0.064 0.015 0.642 0.208 187 R 0.096 0.015 0.055 0.009 0.542 0.284 188 Q 0.209 0.017 0.048 0.009 0.357 0.361 189 N 0.382 0.016 0.029 0.004 0.253 0.315 190 E 0.556 0.013 0.007 0.001 0.135 0.287 191 R 0.798 0.005 0.002 0.001 0.041 0.154 192 V 0.958 0.003 0.001 0.001 0.008 0.031 193 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 194 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 195 Q 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 196 Y 0.968 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 197 H 0.903 0.002 0.001 0.002 0.024 0.067 198 Y 0.698 0.012 0.004 0.004 0.089 0.192 199 T 0.401 0.021 0.012 0.009 0.250 0.307 200 Q 0.187 0.051 0.023 0.014 0.371 0.354 201 W 0.090 0.042 0.028 0.010 0.482 0.348 202 P 0.097 0.039 0.093 0.021 0.357 0.393 203 D 0.049 0.029 0.201 0.030 0.471 0.220 204 M 0.024 0.025 0.161 0.053 0.467 0.271 205 G 0.014 0.014 0.026 0.010 0.317 0.618 206 V 0.012 0.030 0.004 0.005 0.227 0.722 207 P 0.009 0.019 0.009 0.010 0.401 0.553 208 E 0.005 0.019 0.162 0.108 0.463 0.243 209 Y 0.005 0.007 0.175 0.184 0.421 0.209 210 A 0.007 0.008 0.131 0.539 0.196 0.119 211 L 0.005 0.007 0.019 0.788 0.063 0.118 212 P 0.001 0.002 0.014 0.940 0.018 0.025 213 V 0.001 0.001 0.005 0.990 0.002 0.002 214 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 215 T 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 216 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 217 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 218 R 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 219 R 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 220 S 0.001 0.001 0.006 0.963 0.011 0.019 221 S 0.002 0.002 0.027 0.860 0.038 0.071 222 A 0.004 0.002 0.079 0.752 0.077 0.087 223 A 0.010 0.006 0.067 0.639 0.126 0.152 224 R 0.016 0.012 0.047 0.305 0.190 0.429 225 M 0.019 0.017 0.014 0.026 0.349 0.576 226 P 0.015 0.008 0.033 0.010 0.670 0.263 227 E 0.020 0.005 0.040 0.006 0.718 0.211 228 T 0.037 0.012 0.024 0.004 0.681 0.244 229 G 0.088 0.012 0.003 0.001 0.398 0.498 230 P 0.273 0.009 0.002 0.001 0.111 0.603 231 V 0.854 0.031 0.001 0.001 0.021 0.093 232 L 0.967 0.007 0.001 0.001 0.007 0.019 233 V 0.969 0.004 0.001 0.001 0.008 0.018 234 H 0.796 0.008 0.002 0.002 0.083 0.108 235 C 0.300 0.012 0.008 0.008 0.356 0.315 236 S 0.055 0.012 0.022 0.008 0.655 0.247 237 A 0.033 0.018 0.060 0.015 0.724 0.150 238 G 0.041 0.018 0.154 0.043 0.597 0.147 239 V 0.102 0.027 0.231 0.143 0.366 0.130 240 G 0.122 0.034 0.182 0.195 0.293 0.175 241 R 0.075 0.016 0.095 0.564 0.152 0.098 242 T 0.022 0.006 0.019 0.854 0.050 0.049 243 G 0.011 0.001 0.015 0.947 0.011 0.014 244 T 0.006 0.001 0.005 0.985 0.002 0.003 245 Y 0.002 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 246 I 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 247 V 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 248 I 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 249 D 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 250 S 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 251 M 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 252 L 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 253 Q 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 254 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.002 255 I 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.002 256 K 0.001 0.001 0.008 0.963 0.025 0.004 257 D 0.001 0.001 0.013 0.888 0.072 0.027 258 K 0.001 0.003 0.018 0.361 0.361 0.255 259 S 0.005 0.002 0.004 0.009 0.258 0.722 260 T 0.064 0.013 0.005 0.003 0.161 0.754 261 V 0.272 0.085 0.004 0.007 0.107 0.525 262 N 0.140 0.015 0.002 0.018 0.043 0.783 263 V 0.002 0.001 0.014 0.976 0.002 0.005 264 L 0.001 0.001 0.011 0.983 0.003 0.002 265 G 0.001 0.001 0.016 0.980 0.002 0.001 266 F 0.001 0.001 0.005 0.990 0.002 0.002 267 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 268 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 269 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 270 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 271 R 0.001 0.001 0.010 0.978 0.009 0.002 272 T 0.001 0.001 0.007 0.973 0.013 0.007 273 Q 0.001 0.002 0.007 0.905 0.024 0.061 274 R 0.004 0.007 0.025 0.513 0.148 0.303 275 N 0.006 0.003 0.151 0.219 0.388 0.233 276 Y 0.021 0.003 0.242 0.089 0.459 0.186 277 L 0.183 0.018 0.153 0.063 0.368 0.215 278 V 0.230 0.037 0.024 0.036 0.150 0.522 279 Q 0.152 0.032 0.005 0.040 0.136 0.634 280 T 0.028 0.006 0.003 0.097 0.080 0.786 281 E 0.001 0.001 0.011 0.987 0.001 0.001 282 E 0.001 0.001 0.013 0.986 0.001 0.001 283 Q 0.001 0.001 0.010 0.990 0.001 0.001 284 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 285 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 286 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 287 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 288 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 289 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 290 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 291 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 292 L 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 293 E 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 294 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.004 0.009 295 I 0.001 0.001 0.003 0.943 0.014 0.039 296 L 0.001 0.002 0.002 0.753 0.041 0.200 297 G 0.001 0.001 0.001 0.013 0.036 0.949