# TARGET T0305 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0305.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1132 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.989 2 F 0.034 0.020 0.010 0.139 0.007 0.027 0.764 3 Q 0.056 0.017 0.019 0.404 0.134 0.053 0.318 4 S 0.057 0.018 0.028 0.357 0.067 0.046 0.426 5 M 0.005 0.001 0.013 0.916 0.006 0.010 0.050 6 K 0.002 0.001 0.010 0.963 0.006 0.007 0.012 7 Q 0.002 0.001 0.010 0.965 0.004 0.008 0.011 8 F 0.001 0.001 0.005 0.981 0.001 0.007 0.005 9 V 0.002 0.001 0.004 0.983 0.002 0.006 0.003 10 K 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.009 0.002 11 H 0.001 0.001 0.003 0.979 0.001 0.012 0.003 12 I 0.001 0.001 0.003 0.965 0.002 0.024 0.004 13 G 0.003 0.001 0.006 0.915 0.006 0.060 0.010 14 E 0.009 0.001 0.015 0.888 0.011 0.045 0.030 15 L 0.015 0.004 0.017 0.854 0.019 0.046 0.044 16 Y 0.019 0.007 0.024 0.728 0.037 0.072 0.114 17 S 0.010 0.004 0.042 0.580 0.051 0.255 0.058 18 N 0.004 0.002 0.046 0.293 0.079 0.476 0.099 19 N 0.006 0.003 0.042 0.127 0.270 0.365 0.187 20 Q 0.011 0.007 0.056 0.176 0.144 0.302 0.305 21 H 0.024 0.011 0.045 0.204 0.240 0.247 0.227 22 G 0.041 0.025 0.029 0.337 0.101 0.104 0.362 23 F 0.033 0.014 0.009 0.673 0.024 0.023 0.224 24 S 0.020 0.002 0.007 0.868 0.014 0.010 0.077 25 E 0.020 0.001 0.013 0.925 0.010 0.012 0.019 26 D 0.012 0.001 0.016 0.932 0.005 0.014 0.019 27 F 0.003 0.001 0.012 0.966 0.002 0.010 0.006 28 E 0.001 0.001 0.008 0.970 0.003 0.016 0.002 29 E 0.001 0.001 0.009 0.947 0.002 0.036 0.005 30 V 0.005 0.001 0.013 0.894 0.013 0.037 0.036 31 Q 0.010 0.003 0.023 0.827 0.020 0.077 0.041 32 R 0.021 0.005 0.041 0.595 0.044 0.227 0.067 33 C 0.037 0.010 0.024 0.433 0.112 0.134 0.250 34 T 0.059 0.015 0.018 0.125 0.178 0.071 0.535 35 A 0.046 0.013 0.040 0.139 0.163 0.300 0.300 36 D 0.045 0.006 0.038 0.063 0.172 0.332 0.344 37 M 0.066 0.014 0.043 0.082 0.207 0.200 0.389 38 N 0.109 0.016 0.024 0.060 0.107 0.205 0.479 39 I 0.218 0.021 0.015 0.037 0.119 0.028 0.562 40 T 0.304 0.028 0.011 0.040 0.036 0.029 0.552 41 A 0.236 0.026 0.055 0.088 0.099 0.074 0.423 42 E 0.210 0.019 0.074 0.112 0.062 0.125 0.398 43 H 0.195 0.016 0.182 0.091 0.106 0.185 0.226 44 S 0.102 0.014 0.107 0.061 0.109 0.347 0.259 45 N 0.067 0.024 0.071 0.056 0.248 0.274 0.260 46 H 0.024 0.007 0.005 0.006 0.323 0.007 0.628 47 P 0.003 0.002 0.245 0.152 0.030 0.501 0.067 48 E 0.003 0.005 0.223 0.181 0.035 0.523 0.030 49 N 0.009 0.012 0.375 0.263 0.034 0.212 0.095 50 K 0.015 0.013 0.172 0.413 0.051 0.213 0.124 51 H 0.026 0.008 0.173 0.369 0.061 0.262 0.101 52 K 0.036 0.014 0.162 0.302 0.111 0.254 0.121 53 N 0.056 0.022 0.067 0.202 0.125 0.300 0.229 54 R 0.127 0.037 0.039 0.082 0.176 0.163 0.376 55 Y 0.181 0.033 0.056 0.072 0.099 0.081 0.478 56 I 0.165 0.022 0.045 0.044 0.130 0.105 0.489 57 N 0.156 0.028 0.026 0.019 0.075 0.068 0.627 58 I 0.310 0.038 0.023 0.025 0.110 0.058 0.436 59 L 0.306 0.057 0.022 0.024 0.101 0.060 0.430 60 A 0.275 0.033 0.024 0.027 0.100 0.091 0.451 61 Y 0.255 0.032 0.044 0.031 0.111 0.153 0.374 62 D 0.161 0.026 0.071 0.018 0.143 0.348 0.233 63 H 0.087 0.005 0.095 0.010 0.153 0.460 0.189 64 S 0.254 0.013 0.064 0.011 0.213 0.164 0.282 65 R 0.642 0.030 0.020 0.005 0.078 0.043 0.183 66 V 0.833 0.011 0.002 0.002 0.012 0.006 0.134 67 K 0.891 0.023 0.001 0.001 0.004 0.003 0.078 68 L 0.890 0.009 0.001 0.001 0.008 0.003 0.088 69 R 0.647 0.011 0.002 0.002 0.076 0.010 0.253 70 P 0.418 0.049 0.002 0.002 0.098 0.016 0.414 71 L 0.100 0.021 0.004 0.002 0.129 0.028 0.718 72 P 0.023 0.015 0.015 0.003 0.168 0.511 0.265 73 G 0.008 0.009 0.026 0.002 0.304 0.385 0.266 74 K 0.022 0.023 0.032 0.005 0.381 0.114 0.423 75 D 0.039 0.077 0.030 0.005 0.192 0.212 0.446 76 S 0.034 0.036 0.042 0.003 0.221 0.151 0.512 77 K 0.033 0.014 0.046 0.005 0.272 0.211 0.420 78 H 0.045 0.023 0.063 0.010 0.259 0.298 0.302 79 S 0.088 0.020 0.054 0.011 0.255 0.180 0.393 80 D 0.204 0.016 0.030 0.008 0.162 0.080 0.500 81 Y 0.653 0.062 0.008 0.004 0.049 0.013 0.212 82 I 0.789 0.059 0.004 0.003 0.024 0.009 0.111 83 N 0.650 0.020 0.005 0.003 0.025 0.012 0.284 84 A 0.393 0.008 0.078 0.016 0.039 0.108 0.358 85 N 0.407 0.014 0.095 0.024 0.116 0.146 0.199 86 Y 0.466 0.024 0.102 0.046 0.115 0.068 0.180 87 V 0.398 0.037 0.019 0.025 0.199 0.027 0.295 88 D 0.269 0.034 0.021 0.016 0.123 0.060 0.477 89 G 0.137 0.028 0.091 0.034 0.170 0.217 0.322 90 Y 0.080 0.023 0.123 0.037 0.178 0.346 0.213 91 N 0.064 0.009 0.141 0.031 0.207 0.321 0.227 92 K 0.105 0.011 0.107 0.027 0.261 0.172 0.317 93 A 0.108 0.013 0.081 0.012 0.198 0.230 0.357 94 K 0.234 0.006 0.036 0.004 0.269 0.134 0.317 95 A 0.759 0.005 0.007 0.003 0.045 0.012 0.170 96 Y 0.982 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 97 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 98 A 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 99 T 0.887 0.002 0.002 0.002 0.014 0.005 0.088 100 Q 0.473 0.008 0.004 0.004 0.114 0.017 0.379 101 G 0.122 0.011 0.006 0.008 0.396 0.027 0.429 102 P 0.039 0.024 0.011 0.010 0.211 0.059 0.647 103 L 0.021 0.013 0.017 0.026 0.198 0.040 0.684 104 K 0.004 0.003 0.122 0.315 0.092 0.409 0.054 105 S 0.006 0.004 0.100 0.347 0.093 0.387 0.063 106 T 0.011 0.017 0.077 0.564 0.066 0.106 0.159 107 F 0.001 0.002 0.014 0.933 0.006 0.027 0.017 108 E 0.001 0.001 0.011 0.959 0.004 0.022 0.004 109 D 0.001 0.001 0.007 0.974 0.004 0.010 0.005 110 F 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.009 0.003 111 W 0.004 0.001 0.003 0.970 0.003 0.015 0.004 112 R 0.004 0.001 0.003 0.966 0.003 0.020 0.003 113 M 0.009 0.001 0.004 0.952 0.004 0.022 0.008 114 I 0.016 0.002 0.006 0.936 0.005 0.027 0.008 115 W 0.028 0.004 0.013 0.885 0.008 0.048 0.016 116 E 0.025 0.002 0.023 0.827 0.015 0.071 0.037 117 Q 0.016 0.001 0.030 0.460 0.036 0.433 0.024 118 N 0.021 0.005 0.037 0.072 0.076 0.701 0.088 119 T 0.076 0.003 0.005 0.002 0.149 0.026 0.739 120 G 0.114 0.001 0.001 0.001 0.646 0.035 0.201 121 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 122 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 123 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 M 0.978 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 125 I 0.759 0.001 0.002 0.004 0.023 0.006 0.205 126 T 0.242 0.005 0.004 0.015 0.207 0.020 0.508 127 N 0.114 0.014 0.011 0.032 0.333 0.037 0.458 128 L 0.117 0.008 0.091 0.340 0.102 0.111 0.230 129 V 0.079 0.015 0.087 0.520 0.063 0.160 0.077 130 E 0.067 0.013 0.126 0.389 0.077 0.242 0.086 131 K 0.017 0.005 0.036 0.144 0.041 0.726 0.032 132 G 0.011 0.002 0.019 0.028 0.073 0.753 0.115 133 R 0.068 0.015 0.025 0.024 0.140 0.061 0.667 134 R 0.281 0.043 0.035 0.033 0.104 0.045 0.459 135 K 0.414 0.039 0.025 0.019 0.081 0.045 0.377 136 C 0.384 0.023 0.032 0.020 0.050 0.032 0.459 137 D 0.419 0.013 0.052 0.029 0.124 0.038 0.325 138 Q 0.558 0.024 0.057 0.043 0.072 0.047 0.200 139 Y 0.527 0.034 0.028 0.047 0.078 0.046 0.241 140 W 0.303 0.061 0.014 0.028 0.109 0.044 0.442 141 P 0.108 0.021 0.009 0.010 0.121 0.080 0.652 142 T 0.052 0.018 0.017 0.012 0.366 0.223 0.313 143 E 0.023 0.007 0.025 0.012 0.339 0.446 0.148 144 N 0.069 0.010 0.030 0.012 0.315 0.242 0.322 145 S 0.226 0.035 0.087 0.040 0.151 0.068 0.392 146 E 0.432 0.032 0.109 0.053 0.104 0.068 0.204 147 E 0.553 0.022 0.096 0.052 0.054 0.087 0.136 148 Y 0.513 0.020 0.050 0.020 0.080 0.183 0.134 149 G 0.224 0.004 0.013 0.001 0.187 0.367 0.204 150 N 0.305 0.002 0.004 0.001 0.135 0.054 0.499 151 I 0.748 0.005 0.001 0.001 0.022 0.003 0.221 152 I 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 153 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 154 T 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 155 L 0.952 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.036 156 K 0.825 0.002 0.003 0.006 0.036 0.023 0.105 157 S 0.778 0.002 0.004 0.008 0.070 0.041 0.097 158 T 0.764 0.005 0.007 0.009 0.070 0.025 0.120 159 K 0.835 0.008 0.004 0.008 0.038 0.016 0.090 160 I 0.735 0.011 0.007 0.012 0.055 0.022 0.157 161 H 0.564 0.009 0.010 0.007 0.088 0.030 0.292 162 A 0.363 0.005 0.026 0.007 0.173 0.149 0.277 163 C 0.416 0.007 0.015 0.003 0.193 0.154 0.213 164 Y 0.706 0.004 0.004 0.001 0.050 0.011 0.224 165 T 0.917 0.005 0.001 0.001 0.012 0.002 0.063 166 V 0.956 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.036 167 R 0.953 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.035 168 R 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 169 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 170 S 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 171 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 172 R 0.863 0.001 0.001 0.001 0.023 0.032 0.079 173 N 0.660 0.001 0.003 0.004 0.128 0.090 0.114 174 T 0.668 0.004 0.007 0.009 0.131 0.060 0.121 175 K 0.816 0.007 0.006 0.011 0.033 0.035 0.092 176 V 0.777 0.011 0.009 0.012 0.022 0.014 0.156 177 K 0.778 0.012 0.015 0.020 0.017 0.026 0.132 178 K 0.482 0.013 0.056 0.031 0.073 0.159 0.186 179 G 0.194 0.008 0.078 0.020 0.123 0.292 0.285 180 Q 0.157 0.017 0.121 0.030 0.190 0.229 0.257 181 K 0.142 0.024 0.072 0.021 0.181 0.297 0.262 182 G 0.071 0.029 0.055 0.015 0.257 0.241 0.331 183 N 0.026 0.011 0.019 0.004 0.191 0.033 0.716 184 P 0.025 0.019 0.093 0.012 0.113 0.366 0.373 185 K 0.012 0.012 0.097 0.013 0.118 0.612 0.136 186 G 0.021 0.008 0.092 0.014 0.222 0.396 0.248 187 R 0.041 0.013 0.051 0.017 0.229 0.158 0.490 188 Q 0.081 0.013 0.038 0.015 0.301 0.223 0.329 189 N 0.238 0.012 0.016 0.007 0.237 0.093 0.398 190 E 0.534 0.011 0.004 0.006 0.050 0.014 0.380 191 R 0.838 0.004 0.001 0.002 0.033 0.003 0.119 192 V 0.945 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.047 193 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 194 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 195 Q 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 196 Y 0.974 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.018 197 H 0.956 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 0.032 198 Y 0.825 0.009 0.001 0.003 0.021 0.010 0.130 199 T 0.561 0.012 0.004 0.004 0.091 0.063 0.267 200 Q 0.277 0.031 0.006 0.004 0.284 0.109 0.290 201 W 0.088 0.037 0.011 0.004 0.212 0.048 0.599 202 P 0.032 0.020 0.027 0.007 0.222 0.347 0.345 203 D 0.018 0.023 0.034 0.005 0.242 0.392 0.285 204 M 0.018 0.020 0.026 0.006 0.304 0.403 0.222 205 G 0.016 0.031 0.015 0.003 0.289 0.249 0.397 206 V 0.027 0.061 0.005 0.003 0.240 0.015 0.651 207 P 0.031 0.076 0.010 0.004 0.046 0.023 0.810 208 E 0.021 0.044 0.157 0.065 0.136 0.261 0.316 209 Y 0.009 0.011 0.152 0.083 0.170 0.327 0.248 210 A 0.004 0.004 0.072 0.470 0.116 0.089 0.245 211 L 0.002 0.001 0.018 0.874 0.041 0.017 0.048 212 P 0.003 0.003 0.009 0.935 0.011 0.011 0.026 213 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.003 214 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 215 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 216 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 217 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 218 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 219 R 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.018 0.002 220 S 0.001 0.001 0.004 0.944 0.003 0.039 0.010 221 S 0.002 0.001 0.011 0.880 0.011 0.079 0.017 222 A 0.004 0.002 0.029 0.790 0.019 0.127 0.030 223 A 0.008 0.004 0.026 0.601 0.048 0.250 0.064 224 R 0.016 0.013 0.018 0.256 0.160 0.300 0.236 225 M 0.019 0.024 0.005 0.011 0.206 0.027 0.708 226 P 0.015 0.007 0.026 0.005 0.172 0.211 0.565 227 E 0.013 0.003 0.026 0.003 0.205 0.568 0.182 228 T 0.028 0.008 0.026 0.001 0.364 0.305 0.268 229 G 0.084 0.004 0.002 0.001 0.419 0.021 0.471 230 P 0.411 0.005 0.001 0.001 0.046 0.006 0.531 231 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 232 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 233 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 234 H 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 235 C 0.517 0.004 0.004 0.001 0.037 0.024 0.413 236 S 0.141 0.010 0.027 0.003 0.226 0.195 0.397 237 A 0.058 0.017 0.061 0.008 0.313 0.350 0.192 238 G 0.047 0.015 0.060 0.017 0.294 0.339 0.227 239 V 0.048 0.027 0.054 0.046 0.240 0.209 0.376 240 G 0.035 0.018 0.050 0.164 0.215 0.284 0.233 241 R 0.020 0.009 0.030 0.529 0.088 0.195 0.130 242 T 0.009 0.004 0.008 0.884 0.023 0.033 0.039 243 G 0.005 0.001 0.003 0.968 0.005 0.007 0.010 244 T 0.002 0.001 0.001 0.989 0.001 0.003 0.003 245 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 246 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 247 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 248 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 249 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 250 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 251 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 252 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 253 Q 0.001 0.001 0.002 0.973 0.001 0.023 0.001 254 Q 0.001 0.001 0.003 0.950 0.001 0.043 0.003 255 I 0.001 0.003 0.008 0.901 0.008 0.054 0.025 256 K 0.002 0.002 0.019 0.804 0.016 0.126 0.032 257 D 0.003 0.001 0.020 0.628 0.038 0.279 0.033 258 K 0.003 0.001 0.026 0.128 0.119 0.659 0.064 259 S 0.009 0.001 0.013 0.019 0.297 0.559 0.102 260 T 0.115 0.029 0.012 0.020 0.150 0.061 0.614 261 V 0.301 0.149 0.002 0.014 0.087 0.005 0.444 262 N 0.148 0.041 0.001 0.018 0.055 0.003 0.734 263 V 0.001 0.001 0.012 0.975 0.001 0.007 0.004 264 L 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.004 0.002 265 G 0.001 0.001 0.009 0.986 0.001 0.003 0.002 266 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 267 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 268 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 269 H 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 270 I 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.010 0.002 271 R 0.001 0.001 0.004 0.971 0.002 0.021 0.001 272 T 0.001 0.001 0.005 0.891 0.002 0.099 0.002 273 Q 0.001 0.001 0.011 0.790 0.022 0.121 0.054 274 R 0.004 0.005 0.035 0.573 0.109 0.075 0.199 275 N 0.002 0.002 0.115 0.446 0.039 0.364 0.031 276 Y 0.004 0.001 0.133 0.193 0.050 0.593 0.026 277 L 0.033 0.010 0.132 0.123 0.180 0.261 0.261 278 V 0.073 0.053 0.034 0.084 0.121 0.232 0.404 279 Q 0.046 0.053 0.007 0.041 0.271 0.075 0.508 280 T 0.008 0.012 0.001 0.029 0.213 0.004 0.734 281 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 282 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.005 0.001 283 Q 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 284 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 285 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 286 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 287 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 288 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 289 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 290 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 291 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 292 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 293 E 0.001 0.001 0.002 0.977 0.001 0.020 0.001 294 A 0.001 0.001 0.005 0.923 0.003 0.061 0.007 295 I 0.002 0.004 0.007 0.836 0.023 0.105 0.025 296 L 0.002 0.004 0.006 0.587 0.009 0.305 0.086 297 G 0.001 0.001 0.001 0.022 0.007 0.008 0.961