# TARGET T0305 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0305.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1132 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.531 0.278 0.117 0.053 0.017 0.004 0.001 2 F 0.203 0.214 0.249 0.219 0.095 0.019 0.001 3 Q 0.673 0.235 0.062 0.022 0.007 0.002 0.001 4 S 0.540 0.287 0.114 0.046 0.012 0.002 0.001 5 M 0.121 0.167 0.254 0.278 0.146 0.032 0.001 6 K 0.453 0.335 0.145 0.051 0.013 0.003 0.001 7 Q 0.400 0.378 0.154 0.053 0.013 0.002 0.001 8 F 0.050 0.058 0.131 0.310 0.340 0.107 0.005 9 V 0.071 0.152 0.270 0.309 0.156 0.040 0.002 10 K 0.329 0.457 0.162 0.043 0.008 0.001 0.001 11 H 0.098 0.183 0.279 0.280 0.132 0.027 0.001 12 I 0.026 0.038 0.097 0.263 0.390 0.178 0.008 13 G 0.180 0.287 0.286 0.178 0.058 0.010 0.001 14 E 0.382 0.407 0.158 0.044 0.008 0.001 0.001 15 L 0.124 0.219 0.272 0.247 0.113 0.023 0.001 16 Y 0.353 0.285 0.185 0.122 0.047 0.009 0.001 17 S 0.743 0.175 0.054 0.021 0.006 0.001 0.001 18 N 0.791 0.149 0.041 0.015 0.004 0.001 0.001 19 N 0.650 0.238 0.079 0.027 0.005 0.001 0.001 20 Q 0.618 0.267 0.084 0.025 0.006 0.001 0.001 21 H 0.650 0.221 0.083 0.034 0.010 0.001 0.001 22 G 0.161 0.329 0.279 0.171 0.053 0.008 0.001 23 F 0.024 0.045 0.115 0.362 0.368 0.084 0.002 24 S 0.155 0.412 0.315 0.100 0.017 0.002 0.001 25 E 0.356 0.470 0.143 0.028 0.004 0.001 0.001 26 D 0.026 0.063 0.158 0.357 0.319 0.075 0.002 27 F 0.007 0.028 0.137 0.404 0.353 0.071 0.001 28 E 0.270 0.530 0.163 0.032 0.004 0.001 0.001 29 E 0.108 0.314 0.355 0.187 0.033 0.004 0.001 30 V 0.007 0.019 0.067 0.254 0.453 0.195 0.004 31 Q 0.086 0.257 0.358 0.225 0.066 0.008 0.001 32 R 0.470 0.382 0.106 0.032 0.008 0.002 0.001 33 C 0.101 0.196 0.311 0.266 0.109 0.018 0.001 34 T 0.413 0.289 0.152 0.096 0.040 0.010 0.001 35 A 0.540 0.242 0.125 0.065 0.024 0.004 0.001 36 D 0.689 0.200 0.068 0.030 0.011 0.002 0.001 37 M 0.383 0.244 0.197 0.130 0.040 0.006 0.001 38 N 0.653 0.247 0.070 0.023 0.005 0.001 0.001 39 I 0.359 0.197 0.201 0.172 0.063 0.008 0.001 40 T 0.532 0.302 0.112 0.041 0.012 0.002 0.001 41 A 0.225 0.176 0.223 0.247 0.112 0.017 0.001 42 E 0.564 0.279 0.104 0.039 0.011 0.002 0.001 43 H 0.333 0.281 0.202 0.133 0.042 0.008 0.001 44 S 0.380 0.236 0.161 0.138 0.069 0.015 0.001 45 N 0.432 0.318 0.162 0.068 0.017 0.003 0.001 46 H 0.349 0.327 0.190 0.097 0.030 0.006 0.001 47 P 0.561 0.258 0.103 0.053 0.019 0.005 0.001 48 E 0.406 0.327 0.162 0.075 0.025 0.005 0.001 49 N 0.096 0.137 0.236 0.306 0.176 0.046 0.003 50 K 0.233 0.320 0.239 0.135 0.056 0.015 0.002 51 H 0.266 0.343 0.222 0.114 0.040 0.012 0.002 52 K 0.052 0.124 0.209 0.291 0.218 0.096 0.011 53 N 0.031 0.065 0.108 0.211 0.291 0.250 0.044 54 R 0.030 0.086 0.178 0.283 0.234 0.152 0.037 55 Y 0.040 0.056 0.084 0.177 0.265 0.300 0.077 56 I 0.120 0.189 0.204 0.212 0.148 0.096 0.030 57 N 0.226 0.222 0.161 0.143 0.113 0.101 0.034 58 I 0.118 0.091 0.091 0.127 0.199 0.260 0.112 59 L 0.068 0.078 0.101 0.164 0.226 0.263 0.099 60 A 0.094 0.103 0.117 0.160 0.193 0.225 0.108 61 Y 0.067 0.116 0.154 0.205 0.246 0.165 0.047 62 D 0.078 0.189 0.214 0.214 0.162 0.106 0.038 63 H 0.055 0.195 0.229 0.226 0.170 0.089 0.037 64 S 0.010 0.045 0.087 0.167 0.275 0.320 0.095 65 R 0.008 0.072 0.213 0.366 0.225 0.089 0.028 66 V 0.001 0.006 0.015 0.067 0.236 0.541 0.135 67 K 0.003 0.063 0.240 0.377 0.230 0.074 0.012 68 L 0.002 0.009 0.031 0.148 0.402 0.371 0.038 69 R 0.044 0.261 0.378 0.236 0.068 0.011 0.001 70 P 0.137 0.280 0.268 0.216 0.082 0.016 0.001 71 L 0.154 0.256 0.318 0.202 0.061 0.008 0.001 72 P 0.662 0.249 0.067 0.019 0.003 0.001 0.001 73 G 0.647 0.216 0.084 0.039 0.011 0.002 0.001 74 K 0.726 0.191 0.056 0.020 0.006 0.001 0.001 75 D 0.757 0.171 0.050 0.018 0.004 0.001 0.001 76 S 0.642 0.222 0.089 0.037 0.008 0.001 0.001 77 K 0.673 0.218 0.072 0.028 0.008 0.001 0.001 78 H 0.385 0.324 0.183 0.085 0.021 0.002 0.001 79 S 0.077 0.163 0.247 0.289 0.170 0.049 0.005 80 D 0.026 0.100 0.180 0.273 0.268 0.134 0.018 81 Y 0.004 0.019 0.070 0.197 0.306 0.305 0.098 82 I 0.001 0.003 0.008 0.031 0.133 0.490 0.334 83 N 0.002 0.009 0.030 0.098 0.189 0.369 0.304 84 A 0.002 0.006 0.012 0.029 0.082 0.349 0.521 85 N 0.004 0.018 0.033 0.077 0.179 0.373 0.316 86 Y 0.008 0.034 0.090 0.172 0.236 0.300 0.159 87 V 0.015 0.028 0.045 0.104 0.254 0.406 0.148 88 D 0.095 0.198 0.202 0.223 0.159 0.104 0.019 89 G 0.057 0.088 0.134 0.235 0.266 0.190 0.031 90 Y 0.123 0.195 0.242 0.242 0.136 0.056 0.007 91 N 0.346 0.364 0.182 0.076 0.026 0.006 0.001 92 K 0.243 0.295 0.237 0.151 0.060 0.013 0.001 93 A 0.225 0.310 0.215 0.151 0.075 0.021 0.003 94 K 0.028 0.133 0.260 0.302 0.195 0.074 0.008 95 A 0.007 0.036 0.118 0.294 0.361 0.170 0.014 96 Y 0.001 0.002 0.010 0.045 0.192 0.545 0.206 97 I 0.001 0.002 0.004 0.011 0.055 0.429 0.498 98 A 0.001 0.001 0.003 0.013 0.056 0.286 0.642 99 T 0.001 0.001 0.002 0.007 0.042 0.283 0.665 100 Q 0.001 0.001 0.004 0.023 0.104 0.401 0.467 101 G 0.002 0.015 0.044 0.106 0.216 0.381 0.236 102 P 0.003 0.016 0.036 0.091 0.234 0.413 0.207 103 L 0.014 0.033 0.068 0.175 0.290 0.316 0.104 104 K 0.107 0.285 0.252 0.189 0.100 0.055 0.012 105 S 0.047 0.159 0.256 0.287 0.173 0.067 0.011 106 T 0.007 0.021 0.047 0.131 0.281 0.397 0.116 107 F 0.013 0.048 0.117 0.276 0.325 0.182 0.038 108 E 0.081 0.287 0.283 0.192 0.095 0.050 0.012 109 D 0.028 0.097 0.210 0.286 0.233 0.124 0.023 110 F 0.013 0.018 0.031 0.086 0.228 0.450 0.173 111 W 0.038 0.070 0.118 0.202 0.232 0.248 0.093 112 R 0.050 0.138 0.195 0.233 0.181 0.157 0.045 113 M 0.023 0.043 0.091 0.178 0.258 0.298 0.109 114 I 0.017 0.028 0.044 0.094 0.197 0.382 0.238 115 W 0.042 0.085 0.107 0.180 0.247 0.250 0.089 116 E 0.061 0.153 0.210 0.250 0.204 0.098 0.024 117 Q 0.031 0.112 0.201 0.271 0.234 0.126 0.026 118 N 0.026 0.131 0.214 0.279 0.204 0.118 0.028 119 T 0.002 0.006 0.022 0.108 0.337 0.426 0.099 120 G 0.004 0.019 0.062 0.211 0.355 0.277 0.071 121 I 0.001 0.002 0.006 0.022 0.098 0.478 0.394 122 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.035 0.318 0.638 123 V 0.001 0.001 0.003 0.016 0.077 0.310 0.593 124 M 0.001 0.002 0.008 0.031 0.119 0.406 0.434 125 I 0.001 0.003 0.009 0.044 0.182 0.523 0.239 126 T 0.003 0.020 0.078 0.231 0.362 0.266 0.039 127 N 0.083 0.258 0.253 0.201 0.132 0.059 0.014 128 L 0.069 0.180 0.262 0.274 0.155 0.054 0.006 129 V 0.158 0.326 0.257 0.159 0.071 0.026 0.003 130 E 0.223 0.228 0.221 0.190 0.108 0.029 0.002 131 K 0.677 0.222 0.066 0.024 0.008 0.002 0.001 132 G 0.674 0.186 0.080 0.044 0.014 0.003 0.001 133 R 0.441 0.311 0.169 0.063 0.014 0.003 0.001 134 R 0.488 0.327 0.124 0.047 0.012 0.002 0.001 135 K 0.108 0.194 0.261 0.251 0.141 0.041 0.003 136 C 0.034 0.047 0.097 0.235 0.354 0.215 0.019 137 D 0.078 0.227 0.303 0.243 0.111 0.034 0.004 138 Q 0.075 0.220 0.267 0.226 0.141 0.064 0.007 139 Y 0.015 0.046 0.101 0.214 0.332 0.263 0.028 140 W 0.028 0.082 0.165 0.301 0.289 0.128 0.007 141 P 0.167 0.255 0.274 0.207 0.084 0.013 0.001 142 T 0.576 0.289 0.094 0.031 0.008 0.002 0.001 143 E 0.693 0.212 0.066 0.022 0.005 0.001 0.001 144 N 0.654 0.235 0.077 0.028 0.006 0.001 0.001 145 S 0.429 0.292 0.174 0.083 0.020 0.002 0.001 146 E 0.483 0.307 0.135 0.056 0.017 0.002 0.001 147 E 0.327 0.400 0.192 0.067 0.013 0.001 0.001 148 Y 0.049 0.154 0.307 0.339 0.137 0.013 0.001 149 G 0.201 0.431 0.243 0.095 0.024 0.004 0.001 150 N 0.099 0.434 0.334 0.114 0.017 0.001 0.001 151 I 0.003 0.013 0.055 0.238 0.438 0.243 0.009 152 I 0.004 0.100 0.354 0.370 0.145 0.026 0.001 153 V 0.001 0.004 0.014 0.092 0.367 0.486 0.036 154 T 0.009 0.129 0.328 0.361 0.145 0.028 0.001 155 L 0.009 0.068 0.197 0.364 0.282 0.077 0.003 156 K 0.181 0.394 0.291 0.107 0.023 0.004 0.001 157 S 0.476 0.333 0.129 0.049 0.011 0.002 0.001 158 T 0.467 0.275 0.163 0.072 0.019 0.003 0.001 159 K 0.566 0.292 0.094 0.036 0.010 0.002 0.001 160 I 0.266 0.264 0.239 0.160 0.058 0.012 0.001 161 H 0.321 0.311 0.204 0.113 0.041 0.009 0.001 162 A 0.404 0.271 0.161 0.100 0.046 0.016 0.002 163 C 0.222 0.243 0.221 0.180 0.095 0.035 0.003 164 Y 0.100 0.135 0.167 0.216 0.227 0.133 0.023 165 T 0.073 0.140 0.189 0.239 0.195 0.131 0.033 166 V 0.046 0.135 0.171 0.212 0.210 0.171 0.056 167 R 0.014 0.061 0.120 0.210 0.268 0.257 0.071 168 R 0.005 0.063 0.200 0.314 0.243 0.134 0.042 169 F 0.001 0.003 0.010 0.052 0.219 0.543 0.172 170 S 0.002 0.058 0.211 0.349 0.258 0.105 0.016 171 I 0.001 0.004 0.015 0.084 0.304 0.504 0.089 172 R 0.013 0.155 0.321 0.316 0.142 0.048 0.004 173 N 0.026 0.127 0.256 0.329 0.200 0.059 0.004 174 T 0.141 0.269 0.266 0.190 0.096 0.033 0.004 175 K 0.367 0.305 0.182 0.097 0.037 0.011 0.001 176 V 0.311 0.239 0.196 0.156 0.074 0.023 0.001 177 K 0.564 0.245 0.110 0.056 0.020 0.005 0.001 178 K 0.576 0.233 0.115 0.054 0.018 0.003 0.001 179 G 0.659 0.192 0.093 0.042 0.012 0.002 0.001 180 Q 0.791 0.152 0.040 0.013 0.003 0.001 0.001 181 K 0.767 0.149 0.054 0.023 0.006 0.001 0.001 182 G 0.752 0.164 0.055 0.023 0.006 0.001 0.001 183 N 0.746 0.173 0.054 0.022 0.004 0.001 0.001 184 P 0.750 0.161 0.052 0.028 0.008 0.001 0.001 185 K 0.755 0.178 0.047 0.015 0.004 0.001 0.001 186 G 0.669 0.224 0.075 0.026 0.005 0.001 0.001 187 R 0.567 0.266 0.110 0.046 0.010 0.001 0.001 188 Q 0.614 0.247 0.093 0.036 0.009 0.001 0.001 189 N 0.347 0.335 0.202 0.096 0.018 0.002 0.001 190 E 0.110 0.306 0.308 0.202 0.063 0.010 0.001 191 R 0.013 0.065 0.186 0.364 0.289 0.079 0.005 192 V 0.014 0.064 0.189 0.302 0.260 0.151 0.020 193 V 0.003 0.008 0.022 0.086 0.265 0.515 0.101 194 I 0.004 0.017 0.054 0.161 0.284 0.377 0.102 195 Q 0.003 0.009 0.016 0.042 0.119 0.475 0.335 196 Y 0.003 0.013 0.028 0.075 0.178 0.407 0.295 197 H 0.006 0.028 0.072 0.163 0.261 0.351 0.118 198 Y 0.016 0.042 0.084 0.162 0.272 0.310 0.113 199 T 0.117 0.180 0.210 0.214 0.168 0.094 0.018 200 Q 0.186 0.333 0.232 0.142 0.070 0.030 0.007 201 W 0.050 0.108 0.176 0.265 0.250 0.131 0.021 202 P 0.151 0.158 0.170 0.199 0.183 0.113 0.025 203 D 0.304 0.305 0.185 0.123 0.054 0.023 0.006 204 M 0.166 0.173 0.197 0.209 0.159 0.079 0.017 205 G 0.254 0.266 0.208 0.147 0.079 0.038 0.009 206 V 0.108 0.157 0.193 0.239 0.194 0.094 0.016 207 P 0.161 0.184 0.208 0.212 0.157 0.067 0.011 208 E 0.334 0.303 0.174 0.102 0.055 0.024 0.007 209 Y 0.121 0.210 0.234 0.235 0.134 0.057 0.010 210 A 0.091 0.168 0.188 0.239 0.198 0.101 0.016 211 L 0.095 0.248 0.288 0.208 0.111 0.042 0.007 212 P 0.047 0.163 0.267 0.269 0.166 0.075 0.013 213 V 0.005 0.007 0.014 0.049 0.207 0.538 0.180 214 L 0.004 0.029 0.113 0.281 0.330 0.222 0.020 215 T 0.011 0.154 0.367 0.303 0.130 0.032 0.003 216 F 0.001 0.002 0.011 0.074 0.351 0.514 0.047 217 V 0.001 0.002 0.006 0.040 0.244 0.602 0.104 218 R 0.023 0.204 0.349 0.286 0.107 0.029 0.002 219 R 0.007 0.118 0.373 0.385 0.106 0.011 0.001 220 S 0.002 0.006 0.022 0.127 0.393 0.417 0.033 221 S 0.032 0.159 0.267 0.327 0.181 0.033 0.001 222 A 0.228 0.482 0.207 0.062 0.017 0.003 0.001 223 A 0.057 0.252 0.340 0.244 0.090 0.017 0.001 224 R 0.033 0.172 0.298 0.334 0.141 0.022 0.001 225 M 0.254 0.363 0.226 0.118 0.035 0.003 0.001 226 P 0.586 0.246 0.113 0.045 0.010 0.001 0.001 227 E 0.555 0.319 0.100 0.024 0.003 0.001 0.001 228 T 0.265 0.473 0.194 0.060 0.008 0.001 0.001 229 G 0.002 0.023 0.134 0.417 0.355 0.068 0.001 230 P 0.001 0.001 0.010 0.066 0.329 0.539 0.055 231 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.051 0.475 0.470 232 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.145 0.845 233 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.115 0.873 234 H 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.190 0.775 235 C 0.001 0.001 0.004 0.023 0.097 0.312 0.562 236 S 0.002 0.016 0.041 0.094 0.175 0.331 0.340 237 A 0.008 0.026 0.055 0.107 0.182 0.313 0.310 238 G 0.016 0.038 0.065 0.123 0.194 0.322 0.243 239 V 0.019 0.031 0.046 0.092 0.178 0.338 0.296 240 G 0.017 0.050 0.079 0.138 0.180 0.293 0.243 241 R 0.008 0.020 0.043 0.094 0.174 0.303 0.358 242 T 0.002 0.005 0.011 0.028 0.103 0.353 0.498 243 G 0.001 0.003 0.009 0.040 0.125 0.310 0.512 244 T 0.001 0.003 0.004 0.008 0.026 0.171 0.786 245 Y 0.001 0.001 0.002 0.008 0.034 0.174 0.780 246 I 0.001 0.001 0.003 0.009 0.031 0.154 0.801 247 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 0.121 0.852 248 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.029 0.184 0.774 249 D 0.001 0.004 0.014 0.056 0.134 0.332 0.460 250 S 0.002 0.006 0.020 0.060 0.135 0.391 0.386 251 M 0.002 0.004 0.007 0.023 0.076 0.443 0.445 252 L 0.002 0.010 0.028 0.104 0.259 0.458 0.139 253 Q 0.008 0.070 0.157 0.266 0.278 0.195 0.026 254 Q 0.004 0.050 0.139 0.304 0.306 0.182 0.015 255 I 0.004 0.025 0.088 0.260 0.396 0.216 0.010 256 K 0.118 0.283 0.293 0.215 0.080 0.010 0.001 257 D 0.566 0.324 0.091 0.016 0.002 0.001 0.001 258 K 0.475 0.333 0.143 0.041 0.007 0.001 0.001 259 S 0.239 0.422 0.237 0.085 0.015 0.002 0.001 260 T 0.049 0.266 0.337 0.253 0.084 0.011 0.001 261 V 0.005 0.026 0.107 0.292 0.414 0.151 0.005 262 N 0.014 0.119 0.297 0.349 0.172 0.046 0.003 263 V 0.003 0.004 0.010 0.047 0.220 0.599 0.116 264 L 0.008 0.059 0.154 0.313 0.308 0.145 0.012 265 G 0.022 0.223 0.378 0.256 0.090 0.026 0.004 266 F 0.003 0.010 0.041 0.155 0.363 0.376 0.053 267 L 0.002 0.005 0.009 0.045 0.236 0.589 0.115 268 K 0.036 0.207 0.368 0.286 0.082 0.020 0.002 269 H 0.042 0.182 0.321 0.313 0.117 0.024 0.001 270 I 0.013 0.018 0.032 0.096 0.291 0.473 0.077 271 R 0.031 0.061 0.137 0.291 0.313 0.153 0.014 272 T 0.175 0.331 0.245 0.154 0.069 0.022 0.003 273 Q 0.094 0.144 0.206 0.291 0.183 0.071 0.010 274 R 0.061 0.098 0.136 0.215 0.240 0.196 0.054 275 N 0.245 0.272 0.191 0.127 0.084 0.061 0.019 276 Y 0.182 0.212 0.186 0.178 0.128 0.086 0.027 277 L 0.092 0.116 0.126 0.175 0.210 0.203 0.078 278 V 0.067 0.084 0.103 0.179 0.225 0.260 0.083 279 Q 0.049 0.092 0.127 0.198 0.237 0.223 0.075 280 T 0.047 0.090 0.129 0.226 0.276 0.193 0.040 281 E 0.100 0.249 0.275 0.218 0.114 0.037 0.006 282 E 0.093 0.210 0.273 0.245 0.125 0.047 0.008 283 Q 0.017 0.036 0.049 0.085 0.212 0.452 0.151 284 Y 0.001 0.006 0.016 0.095 0.338 0.468 0.075 285 I 0.001 0.017 0.127 0.372 0.339 0.128 0.015 286 F 0.001 0.001 0.006 0.046 0.217 0.618 0.112 287 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.313 0.666 288 H 0.001 0.002 0.009 0.064 0.265 0.514 0.147 289 D 0.001 0.008 0.082 0.339 0.400 0.134 0.037 290 A 0.001 0.003 0.006 0.026 0.107 0.546 0.311 291 L 0.002 0.003 0.003 0.012 0.077 0.466 0.438 292 L 0.012 0.048 0.132 0.255 0.317 0.202 0.034 293 E 0.064 0.193 0.242 0.297 0.155 0.041 0.008 294 A 0.033 0.077 0.103 0.230 0.270 0.257 0.029 295 I 0.035 0.059 0.093 0.201 0.348 0.240 0.023 296 L 0.316 0.301 0.210 0.122 0.042 0.009 0.001 297 G 0.545 0.275 0.124 0.043 0.011 0.002 0.001