# TARGET T0304 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.018 0.032 0.029 0.134 0.758 2 S 0.046 0.035 0.068 0.042 0.170 0.639 3 D 0.073 0.058 0.088 0.064 0.252 0.466 4 T 0.059 0.092 0.053 0.052 0.482 0.261 5 L 0.036 0.054 0.023 0.033 0.713 0.143 6 P 0.016 0.011 0.021 0.032 0.770 0.150 7 G 0.019 0.014 0.018 0.024 0.788 0.137 8 T 0.077 0.100 0.014 0.023 0.515 0.270 9 T 0.078 0.075 0.008 0.015 0.240 0.585 10 L 0.036 0.063 0.018 0.010 0.316 0.557 11 P 0.014 0.034 0.077 0.017 0.408 0.449 12 D 0.010 0.036 0.153 0.025 0.415 0.361 13 D 0.010 0.033 0.155 0.017 0.549 0.235 14 N 0.014 0.033 0.082 0.012 0.712 0.148 15 H 0.014 0.023 0.050 0.013 0.713 0.187 16 D 0.014 0.033 0.036 0.012 0.693 0.212 17 R 0.025 0.024 0.023 0.013 0.623 0.292 18 P 0.060 0.096 0.039 0.027 0.355 0.423 19 W 0.078 0.100 0.055 0.029 0.543 0.194 20 W 0.113 0.019 0.042 0.023 0.514 0.289 21 G 0.078 0.023 0.020 0.010 0.457 0.412 22 L 0.090 0.067 0.009 0.010 0.296 0.528 23 P 0.082 0.037 0.013 0.012 0.142 0.714 24 C 0.165 0.031 0.042 0.021 0.265 0.477 25 T 0.169 0.027 0.041 0.020 0.355 0.387 26 V 0.107 0.074 0.027 0.029 0.310 0.452 27 T 0.057 0.022 0.025 0.035 0.335 0.526 28 P 0.039 0.025 0.042 0.082 0.235 0.576 29 C 0.057 0.042 0.045 0.069 0.565 0.221 30 F 0.065 0.020 0.035 0.108 0.645 0.127 31 G 0.043 0.004 0.012 0.053 0.734 0.154 32 A 0.208 0.030 0.011 0.082 0.434 0.235 33 R 0.548 0.071 0.015 0.185 0.092 0.089 34 L 0.613 0.015 0.041 0.193 0.082 0.056 35 V 0.681 0.021 0.043 0.118 0.077 0.060 36 Q 0.463 0.018 0.056 0.181 0.131 0.151 37 E 0.126 0.008 0.022 0.400 0.226 0.218 38 G 0.012 0.002 0.051 0.546 0.236 0.153 39 N 0.003 0.002 0.121 0.653 0.171 0.052 40 R 0.003 0.006 0.161 0.691 0.117 0.022 41 L 0.003 0.003 0.153 0.722 0.099 0.019 42 H 0.004 0.001 0.062 0.806 0.094 0.034 43 Y 0.005 0.002 0.062 0.812 0.085 0.033 44 L 0.014 0.010 0.058 0.780 0.113 0.025 45 A 0.013 0.004 0.081 0.669 0.200 0.033 46 D 0.021 0.014 0.134 0.577 0.186 0.068 47 R 0.038 0.004 0.145 0.340 0.370 0.102 48 A 0.037 0.003 0.080 0.243 0.334 0.302 49 G 0.104 0.006 0.010 0.032 0.234 0.614 50 I 0.435 0.026 0.009 0.014 0.153 0.363 51 R 0.603 0.011 0.006 0.011 0.082 0.288 52 G 0.715 0.011 0.007 0.008 0.061 0.200 53 L 0.497 0.032 0.005 0.010 0.090 0.366 54 F 0.102 0.028 0.002 0.011 0.112 0.746 55 S 0.005 0.001 0.001 0.007 0.035 0.951 56 D 0.001 0.001 0.022 0.932 0.020 0.025 57 A 0.001 0.001 0.027 0.954 0.017 0.002 58 D 0.001 0.001 0.053 0.919 0.026 0.002 59 A 0.001 0.001 0.012 0.974 0.011 0.002 60 Y 0.001 0.001 0.009 0.970 0.017 0.005 61 H 0.001 0.001 0.011 0.910 0.051 0.027 62 L 0.001 0.001 0.015 0.907 0.049 0.028 63 D 0.001 0.003 0.017 0.913 0.041 0.025 64 Q 0.001 0.001 0.015 0.925 0.026 0.033 65 A 0.001 0.002 0.007 0.927 0.012 0.053 66 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 67 P 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 68 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 70 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 76 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 77 L 0.001 0.001 0.006 0.957 0.020 0.016 78 T 0.001 0.001 0.010 0.905 0.051 0.034 79 S 0.001 0.001 0.013 0.629 0.149 0.207 80 G 0.004 0.003 0.008 0.045 0.269 0.671 81 E 0.016 0.027 0.007 0.044 0.269 0.637 82 L 0.034 0.066 0.011 0.049 0.216 0.624 83 N 0.019 0.016 0.009 0.021 0.593 0.342 84 P 0.018 0.003 0.134 0.070 0.629 0.146 85 R 0.032 0.005 0.134 0.038 0.728 0.063 86 H 0.115 0.077 0.096 0.028 0.631 0.053 87 Q 0.256 0.042 0.036 0.018 0.407 0.241 88 H 0.433 0.021 0.020 0.011 0.334 0.181 89 T 0.516 0.008 0.015 0.011 0.281 0.169 90 V 0.674 0.020 0.006 0.012 0.100 0.188 91 T 0.830 0.015 0.006 0.006 0.055 0.088 92 L 0.887 0.006 0.006 0.004 0.041 0.057 93 Y 0.861 0.010 0.004 0.004 0.086 0.035 94 A 0.725 0.006 0.008 0.005 0.217 0.039 95 K 0.121 0.001 0.011 0.010 0.774 0.083 96 G 0.216 0.024 0.009 0.008 0.643 0.100 97 L 0.611 0.067 0.004 0.012 0.197 0.109 98 T 0.624 0.023 0.003 0.018 0.129 0.202 99 C 0.570 0.019 0.012 0.053 0.157 0.188 100 K 0.432 0.031 0.041 0.088 0.209 0.199 101 A 0.290 0.007 0.065 0.126 0.250 0.261 102 D 0.280 0.017 0.073 0.085 0.357 0.188 103 T 0.176 0.013 0.042 0.024 0.636 0.108 104 L 0.099 0.012 0.030 0.013 0.667 0.179 105 S 0.070 0.003 0.007 0.001 0.559 0.361 106 S 0.231 0.008 0.002 0.001 0.358 0.400 107 C 0.579 0.012 0.001 0.001 0.129 0.279 108 D 0.852 0.004 0.001 0.001 0.046 0.098 109 Y 0.970 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 110 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 111 Y 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 112 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 113 A 0.973 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 114 V 0.922 0.006 0.001 0.001 0.019 0.052 115 Y 0.711 0.009 0.001 0.001 0.096 0.182 116 P 0.330 0.044 0.007 0.007 0.261 0.351 117 T 0.117 0.030 0.020 0.007 0.547 0.279 118 P 0.066 0.010 0.057 0.017 0.656 0.194 119 E 0.033 0.010 0.057 0.013 0.606 0.281 120 M 0.035 0.037 0.030 0.011 0.428 0.459 121 K 0.022 0.025 0.010 0.013 0.163 0.767 122 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.976