# TARGET T0304 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0304/T0304.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.49623 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.085 0.167 0.242 0.014 0.106 0.022 0.012 0.006 0.006 0.057 0.048 0.145 0.009 0.008 0.022 2 S 0.017 0.056 0.118 0.121 0.011 0.278 0.024 0.018 0.007 0.006 0.071 0.081 0.157 0.008 0.018 0.009 3 D 0.018 0.155 0.078 0.140 0.007 0.055 0.017 0.019 0.018 0.005 0.182 0.073 0.161 0.009 0.016 0.047 4 T 0.059 0.129 0.205 0.257 0.005 0.018 0.012 0.004 0.027 0.003 0.013 0.082 0.086 0.006 0.012 0.081 5 L 0.024 0.007 0.281 0.057 0.130 0.051 0.330 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.042 0.045 0.003 0.013 6 P 0.010 0.138 0.143 0.147 0.005 0.057 0.006 0.334 0.002 0.002 0.023 0.007 0.031 0.002 0.085 0.009 7 G 0.010 0.048 0.025 0.258 0.009 0.072 0.008 0.007 0.239 0.135 0.062 0.025 0.026 0.005 0.002 0.070 8 T 0.402 0.079 0.132 0.201 0.006 0.024 0.014 0.008 0.007 0.002 0.030 0.049 0.029 0.002 0.007 0.009 9 T 0.013 0.067 0.422 0.374 0.003 0.030 0.005 0.004 0.007 0.003 0.008 0.020 0.017 0.001 0.003 0.024 10 L 0.025 0.027 0.151 0.506 0.045 0.161 0.019 0.003 0.003 0.005 0.011 0.013 0.022 0.002 0.001 0.006 11 P 0.009 0.084 0.043 0.163 0.034 0.434 0.007 0.040 0.002 0.004 0.120 0.018 0.034 0.002 0.003 0.003 12 D 0.006 0.094 0.018 0.091 0.045 0.141 0.013 0.037 0.028 0.015 0.312 0.129 0.036 0.019 0.006 0.009 13 D 0.026 0.111 0.048 0.058 0.014 0.058 0.021 0.050 0.019 0.008 0.144 0.215 0.098 0.014 0.100 0.017 14 N 0.028 0.054 0.119 0.032 0.009 0.045 0.044 0.015 0.032 0.015 0.090 0.095 0.158 0.032 0.053 0.179 15 H 0.113 0.057 0.148 0.055 0.005 0.078 0.045 0.023 0.015 0.007 0.076 0.085 0.176 0.010 0.042 0.063 16 D 0.033 0.397 0.256 0.106 0.001 0.009 0.008 0.004 0.022 0.002 0.006 0.027 0.040 0.002 0.011 0.074 17 R 0.082 0.017 0.364 0.348 0.005 0.063 0.013 0.001 0.006 0.003 0.006 0.009 0.052 0.001 0.003 0.028 18 P 0.022 0.027 0.548 0.153 0.015 0.130 0.005 0.005 0.001 0.001 0.039 0.006 0.042 0.001 0.001 0.004 19 W 0.007 0.080 0.027 0.258 0.295 0.064 0.039 0.014 0.004 0.002 0.052 0.022 0.013 0.118 0.001 0.004 20 W 0.006 0.042 0.051 0.316 0.007 0.022 0.005 0.331 0.010 0.002 0.013 0.016 0.023 0.001 0.152 0.004 21 G 0.010 0.037 0.097 0.198 0.004 0.018 0.008 0.003 0.193 0.100 0.006 0.006 0.022 0.001 0.001 0.294 22 L 0.630 0.010 0.050 0.220 0.007 0.034 0.006 0.003 0.002 0.002 0.011 0.010 0.009 0.001 0.001 0.002 23 P 0.009 0.170 0.295 0.337 0.007 0.112 0.003 0.013 0.004 0.003 0.012 0.015 0.013 0.001 0.002 0.004 24 C 0.009 0.035 0.028 0.775 0.006 0.050 0.002 0.006 0.007 0.005 0.050 0.010 0.011 0.001 0.001 0.004 25 T 0.020 0.087 0.131 0.632 0.012 0.043 0.005 0.003 0.007 0.002 0.012 0.020 0.019 0.001 0.001 0.005 26 V 0.009 0.037 0.110 0.789 0.004 0.012 0.002 0.003 0.002 0.001 0.007 0.006 0.012 0.001 0.001 0.004 27 T 0.008 0.016 0.083 0.463 0.083 0.275 0.011 0.003 0.003 0.005 0.006 0.012 0.027 0.001 0.001 0.003 28 P 0.008 0.052 0.019 0.212 0.029 0.252 0.002 0.041 0.002 0.003 0.293 0.012 0.071 0.001 0.002 0.002 29 C 0.004 0.111 0.008 0.105 0.240 0.072 0.035 0.006 0.020 0.009 0.077 0.231 0.027 0.050 0.001 0.005 30 F 0.015 0.026 0.032 0.093 0.003 0.033 0.003 0.359 0.004 0.002 0.056 0.057 0.127 0.001 0.186 0.003 31 G 0.005 0.048 0.097 0.076 0.001 0.036 0.002 0.004 0.128 0.078 0.057 0.057 0.229 0.001 0.003 0.178 32 A 0.320 0.010 0.027 0.152 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.074 0.303 0.001 0.001 0.002 33 R 0.003 0.052 0.139 0.189 0.001 0.076 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.087 0.428 0.001 0.001 0.003 34 L 0.001 0.021 0.011 0.253 0.004 0.056 0.005 0.001 0.001 0.001 0.018 0.023 0.602 0.001 0.001 0.003 35 V 0.001 0.032 0.049 0.251 0.012 0.037 0.007 0.002 0.001 0.001 0.010 0.022 0.567 0.002 0.002 0.005 36 Q 0.002 0.011 0.014 0.055 0.254 0.028 0.133 0.004 0.001 0.001 0.007 0.007 0.192 0.278 0.003 0.012 37 E 0.003 0.022 0.022 0.029 0.012 0.017 0.014 0.264 0.002 0.002 0.022 0.005 0.116 0.022 0.437 0.013 38 G 0.007 0.018 0.027 0.019 0.004 0.035 0.021 0.019 0.102 0.149 0.062 0.026 0.246 0.014 0.029 0.221 39 N 0.393 0.056 0.019 0.021 0.001 0.031 0.003 0.007 0.007 0.006 0.058 0.173 0.194 0.001 0.012 0.018 40 R 0.064 0.074 0.174 0.067 0.001 0.030 0.003 0.002 0.011 0.002 0.098 0.130 0.257 0.004 0.004 0.078 41 L 0.026 0.011 0.194 0.079 0.002 0.076 0.007 0.001 0.001 0.001 0.033 0.122 0.439 0.001 0.003 0.003 42 H 0.002 0.052 0.049 0.133 0.001 0.076 0.002 0.003 0.001 0.001 0.040 0.043 0.590 0.001 0.001 0.004 43 Y 0.001 0.013 0.004 0.078 0.004 0.113 0.006 0.001 0.001 0.001 0.033 0.075 0.665 0.003 0.001 0.003 44 L 0.001 0.014 0.020 0.030 0.003 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.043 0.047 0.796 0.004 0.006 0.004 45 A 0.002 0.011 0.018 0.043 0.004 0.012 0.016 0.007 0.003 0.002 0.017 0.041 0.748 0.029 0.015 0.032 46 D 0.007 0.010 0.020 0.015 0.003 0.026 0.015 0.005 0.002 0.002 0.013 0.016 0.791 0.011 0.034 0.030 47 R 0.012 0.016 0.049 0.010 0.013 0.008 0.093 0.005 0.005 0.002 0.038 0.008 0.245 0.362 0.023 0.111 48 A 0.034 0.022 0.089 0.027 0.002 0.024 0.026 0.041 0.004 0.002 0.018 0.044 0.258 0.007 0.378 0.025 49 G 0.019 0.071 0.096 0.031 0.001 0.007 0.007 0.001 0.051 0.008 0.006 0.010 0.102 0.005 0.005 0.579 50 I 0.402 0.017 0.097 0.082 0.023 0.058 0.122 0.002 0.002 0.001 0.022 0.023 0.090 0.041 0.003 0.016 51 R 0.005 0.150 0.639 0.090 0.002 0.009 0.006 0.027 0.001 0.001 0.004 0.008 0.021 0.001 0.032 0.005 52 G 0.009 0.015 0.054 0.611 0.013 0.078 0.007 0.007 0.034 0.039 0.027 0.007 0.036 0.003 0.002 0.058 53 L 0.147 0.117 0.235 0.364 0.014 0.029 0.007 0.007 0.004 0.002 0.023 0.013 0.024 0.002 0.003 0.011 54 F 0.015 0.036 0.147 0.514 0.032 0.150 0.011 0.011 0.005 0.009 0.015 0.024 0.021 0.002 0.002 0.007 55 S 0.009 0.079 0.034 0.102 0.011 0.589 0.002 0.035 0.003 0.009 0.056 0.032 0.034 0.001 0.003 0.002 56 D 0.004 0.031 0.004 0.024 0.006 0.189 0.002 0.008 0.008 0.005 0.611 0.056 0.047 0.003 0.001 0.003 57 A 0.006 0.057 0.021 0.026 0.001 0.012 0.003 0.008 0.003 0.001 0.110 0.650 0.087 0.001 0.012 0.002 58 D 0.005 0.018 0.037 0.023 0.001 0.036 0.005 0.003 0.006 0.003 0.016 0.184 0.603 0.003 0.011 0.046 59 A 0.023 0.005 0.053 0.014 0.004 0.022 0.018 0.002 0.002 0.001 0.077 0.015 0.707 0.021 0.005 0.032 60 Y 0.005 0.039 0.092 0.030 0.001 0.010 0.004 0.007 0.001 0.001 0.023 0.101 0.663 0.001 0.018 0.006 61 H 0.002 0.002 0.005 0.009 0.001 0.075 0.003 0.001 0.002 0.004 0.010 0.023 0.834 0.004 0.001 0.024 62 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.023 0.874 0.001 0.001 0.001 63 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.194 0.777 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.981 0.001 0.001 0.001 66 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 70 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.006 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.001 0.002 75 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.003 0.001 76 M 0.001 0.002 0.015 0.005 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.884 0.011 0.003 0.063 77 L 0.007 0.007 0.023 0.022 0.004 0.021 0.026 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.837 0.013 0.013 0.014 78 T 0.003 0.032 0.033 0.016 0.024 0.015 0.094 0.007 0.001 0.001 0.016 0.005 0.217 0.478 0.016 0.042 79 S 0.010 0.033 0.041 0.044 0.001 0.013 0.010 0.051 0.005 0.002 0.010 0.012 0.137 0.006 0.602 0.025 80 G 0.036 0.016 0.121 0.040 0.001 0.017 0.009 0.003 0.051 0.043 0.053 0.023 0.210 0.004 0.008 0.367 81 E 0.554 0.053 0.078 0.108 0.006 0.015 0.017 0.001 0.002 0.001 0.027 0.037 0.060 0.013 0.002 0.025 82 L 0.010 0.066 0.438 0.413 0.002 0.007 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 0.009 0.021 0.001 0.012 0.008 83 N 0.002 0.005 0.022 0.048 0.012 0.855 0.006 0.001 0.002 0.010 0.002 0.004 0.029 0.001 0.001 0.003 84 P 0.004 0.016 0.003 0.012 0.004 0.033 0.001 0.009 0.001 0.001 0.899 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 85 R 0.002 0.168 0.011 0.039 0.002 0.011 0.002 0.006 0.011 0.001 0.014 0.708 0.011 0.003 0.008 0.002 86 H 0.030 0.028 0.213 0.106 0.008 0.035 0.040 0.008 0.021 0.005 0.023 0.021 0.232 0.010 0.057 0.164 87 Q 0.050 0.121 0.509 0.091 0.002 0.032 0.022 0.006 0.008 0.002 0.009 0.012 0.066 0.002 0.008 0.061 88 H 0.060 0.167 0.277 0.416 0.001 0.017 0.002 0.004 0.006 0.002 0.006 0.006 0.017 0.001 0.003 0.019 89 T 0.019 0.007 0.274 0.681 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 90 V 0.006 0.007 0.166 0.812 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 91 T 0.001 0.001 0.010 0.979 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 L 0.001 0.006 0.006 0.907 0.029 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 93 Y 0.001 0.043 0.005 0.556 0.235 0.131 0.001 0.010 0.002 0.003 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 94 A 0.001 0.008 0.001 0.025 0.849 0.040 0.025 0.010 0.001 0.002 0.014 0.002 0.002 0.021 0.001 0.001 95 K 0.001 0.038 0.004 0.015 0.002 0.007 0.001 0.796 0.004 0.002 0.010 0.005 0.002 0.001 0.114 0.001 96 G 0.006 0.011 0.007 0.026 0.001 0.003 0.001 0.002 0.636 0.095 0.005 0.006 0.004 0.001 0.002 0.194 97 L 0.904 0.004 0.035 0.025 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.006 0.001 0.001 0.003 98 T 0.019 0.056 0.598 0.201 0.007 0.058 0.007 0.006 0.002 0.001 0.004 0.016 0.017 0.001 0.002 0.004 99 C 0.006 0.051 0.049 0.705 0.013 0.101 0.003 0.008 0.005 0.004 0.018 0.008 0.021 0.001 0.002 0.006 100 K 0.011 0.087 0.075 0.594 0.041 0.072 0.006 0.007 0.007 0.004 0.044 0.017 0.025 0.003 0.001 0.006 101 A 0.019 0.029 0.085 0.463 0.037 0.144 0.012 0.036 0.007 0.007 0.048 0.042 0.055 0.004 0.007 0.005 102 D 0.006 0.253 0.052 0.259 0.013 0.170 0.007 0.019 0.015 0.011 0.033 0.061 0.078 0.003 0.007 0.013 103 T 0.041 0.055 0.034 0.158 0.096 0.086 0.056 0.016 0.025 0.010 0.174 0.051 0.112 0.045 0.007 0.032 104 L 0.030 0.075 0.278 0.095 0.038 0.058 0.040 0.070 0.009 0.004 0.057 0.077 0.062 0.014 0.079 0.015 105 S 0.026 0.078 0.157 0.129 0.037 0.039 0.016 0.057 0.052 0.057 0.031 0.037 0.092 0.009 0.032 0.151 106 S 0.070 0.023 0.025 0.027 0.327 0.057 0.207 0.008 0.010 0.011 0.031 0.014 0.031 0.134 0.005 0.020 107 C 0.014 0.021 0.039 0.019 0.001 0.040 0.003 0.637 0.004 0.002 0.036 0.012 0.020 0.001 0.148 0.003 108 D 0.005 0.283 0.034 0.071 0.001 0.002 0.001 0.001 0.434 0.018 0.002 0.013 0.003 0.001 0.001 0.133 109 Y 0.605 0.002 0.080 0.306 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 110 V 0.001 0.003 0.940 0.053 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 Y 0.001 0.003 0.007 0.980 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 L 0.001 0.004 0.007 0.984 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.001 0.002 0.007 0.983 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 V 0.001 0.008 0.011 0.970 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.015 0.012 0.698 0.011 0.258 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 P 0.002 0.226 0.010 0.641 0.005 0.083 0.001 0.005 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 T 0.001 0.030 0.002 0.050 0.004 0.875 0.001 0.002 0.002 0.002 0.010 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 118 P 0.001 0.067 0.008 0.023 0.003 0.026 0.001 0.006 0.001 0.001 0.838 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 119 E 0.003 0.119 0.019 0.059 0.003 0.017 0.004 0.005 0.011 0.001 0.017 0.709 0.021 0.003 0.005 0.004 120 M 0.013 0.015 0.216 0.069 0.034 0.044 0.101 0.007 0.006 0.004 0.037 0.037 0.336 0.019 0.020 0.040 121 K 0.015 0.043 0.148 0.060 0.066 0.047 0.121 0.056 0.005 0.005 0.082 0.037 0.179 0.065 0.036 0.035 122 N 0.025 0.057 0.055 0.078 0.029 0.057 0.045 0.124 0.033 0.028 0.060 0.066 0.156 0.041 0.097 0.049