# TARGET T0304 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.49623 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.121 0.024 0.015 0.033 0.040 0.107 0.059 0.599 2 S 0.114 0.015 0.011 0.014 0.026 0.094 0.051 0.675 3 D 0.022 0.008 0.018 0.020 0.043 0.170 0.037 0.682 4 T 0.034 0.004 0.016 0.013 0.026 0.111 0.055 0.741 5 L 0.141 0.007 0.025 0.045 0.031 0.134 0.149 0.470 6 P 0.049 0.006 0.024 0.015 0.034 0.126 0.042 0.703 7 G 0.051 0.004 0.021 0.017 0.039 0.111 0.023 0.734 8 T 0.014 0.004 0.040 0.044 0.063 0.133 0.028 0.676 9 T 0.027 0.008 0.023 0.019 0.033 0.134 0.029 0.727 10 L 0.083 0.013 0.042 0.053 0.042 0.145 0.071 0.552 11 P 0.160 0.016 0.015 0.012 0.013 0.108 0.054 0.621 12 D 0.288 0.028 0.015 0.011 0.016 0.079 0.078 0.485 13 D 0.102 0.011 0.010 0.010 0.020 0.119 0.021 0.707 14 N 0.085 0.010 0.012 0.015 0.025 0.122 0.043 0.688 15 H 0.021 0.011 0.014 0.024 0.039 0.146 0.018 0.728 16 D 0.058 0.013 0.015 0.017 0.044 0.110 0.045 0.697 17 R 0.075 0.013 0.041 0.087 0.058 0.120 0.098 0.507 18 P 0.153 0.010 0.036 0.037 0.066 0.108 0.042 0.548 19 W 0.125 0.004 0.025 0.034 0.048 0.070 0.050 0.645 20 W 0.010 0.002 0.059 0.052 0.134 0.157 0.027 0.560 21 G 0.007 0.001 0.022 0.017 0.053 0.077 0.040 0.784 22 L 0.080 0.003 0.031 0.148 0.083 0.121 0.057 0.477 23 P 0.052 0.003 0.029 0.026 0.052 0.090 0.054 0.694 24 C 0.020 0.004 0.043 0.049 0.119 0.155 0.043 0.567 25 T 0.008 0.004 0.097 0.058 0.126 0.091 0.035 0.582 26 V 0.032 0.012 0.062 0.073 0.070 0.101 0.047 0.602 27 T 0.061 0.032 0.171 0.089 0.072 0.083 0.123 0.369 28 P 0.151 0.099 0.059 0.042 0.064 0.081 0.052 0.453 29 C 0.095 0.086 0.086 0.035 0.059 0.080 0.066 0.494 30 F 0.013 0.144 0.057 0.082 0.128 0.097 0.033 0.446 31 G 0.022 0.427 0.028 0.042 0.106 0.048 0.051 0.276 32 A 0.023 0.426 0.048 0.104 0.084 0.044 0.098 0.173 33 R 0.022 0.341 0.108 0.155 0.162 0.023 0.131 0.058 34 L 0.063 0.247 0.115 0.066 0.142 0.029 0.206 0.132 35 V 0.094 0.115 0.186 0.131 0.129 0.048 0.167 0.131 36 Q 0.072 0.077 0.071 0.073 0.074 0.060 0.117 0.455 37 E 0.037 0.139 0.014 0.014 0.034 0.079 0.031 0.650 38 G 0.044 0.127 0.031 0.024 0.043 0.108 0.059 0.563 39 N 0.048 0.318 0.025 0.068 0.065 0.087 0.051 0.338 40 R 0.039 0.414 0.032 0.028 0.050 0.053 0.061 0.323 41 L 0.042 0.484 0.054 0.050 0.050 0.046 0.073 0.201 42 H 0.045 0.332 0.116 0.105 0.090 0.043 0.143 0.125 43 Y 0.100 0.424 0.072 0.035 0.045 0.044 0.072 0.210 44 L 0.134 0.292 0.085 0.054 0.083 0.051 0.108 0.192 45 A 0.047 0.061 0.065 0.033 0.035 0.085 0.166 0.508 46 D 0.191 0.181 0.013 0.018 0.023 0.062 0.084 0.429 47 R 0.112 0.071 0.022 0.012 0.021 0.103 0.055 0.605 48 A 0.020 0.029 0.053 0.027 0.068 0.183 0.061 0.559 49 G 0.062 0.025 0.048 0.033 0.060 0.111 0.091 0.571 50 I 0.069 0.025 0.055 0.062 0.052 0.128 0.086 0.524 51 R 0.037 0.017 0.111 0.046 0.107 0.107 0.069 0.505 52 G 0.026 0.020 0.090 0.076 0.128 0.103 0.096 0.462 53 L 0.024 0.035 0.097 0.056 0.068 0.133 0.039 0.549 54 F 0.053 0.057 0.077 0.061 0.057 0.104 0.062 0.529 55 S 0.088 0.283 0.020 0.019 0.022 0.076 0.068 0.425 56 D 0.176 0.499 0.011 0.006 0.010 0.036 0.058 0.204 57 A 0.081 0.424 0.016 0.015 0.015 0.062 0.070 0.316 58 D 0.067 0.608 0.007 0.008 0.012 0.032 0.075 0.192 59 A 0.073 0.502 0.016 0.007 0.011 0.054 0.107 0.232 60 Y 0.040 0.433 0.022 0.021 0.021 0.072 0.143 0.249 61 H 0.073 0.579 0.015 0.005 0.007 0.031 0.124 0.166 62 L 0.118 0.534 0.007 0.003 0.004 0.023 0.204 0.108 63 D 0.085 0.405 0.015 0.005 0.005 0.028 0.293 0.165 64 Q 0.016 0.556 0.008 0.003 0.004 0.043 0.083 0.286 65 A 0.016 0.819 0.010 0.002 0.002 0.021 0.025 0.106 66 F 0.028 0.912 0.004 0.001 0.001 0.007 0.025 0.023 67 P 0.029 0.848 0.007 0.001 0.001 0.008 0.063 0.044 68 L 0.019 0.832 0.020 0.001 0.001 0.010 0.085 0.032 69 L 0.018 0.884 0.010 0.001 0.001 0.006 0.058 0.022 70 M 0.018 0.895 0.015 0.001 0.001 0.006 0.030 0.034 71 K 0.003 0.947 0.004 0.001 0.001 0.004 0.008 0.033 72 Q 0.007 0.937 0.009 0.001 0.001 0.005 0.021 0.020 73 L 0.022 0.887 0.006 0.001 0.001 0.006 0.060 0.018 74 E 0.044 0.193 0.026 0.005 0.005 0.021 0.628 0.077 75 L 0.017 0.152 0.032 0.008 0.008 0.037 0.600 0.146 76 M 0.055 0.146 0.127 0.018 0.032 0.103 0.209 0.309 77 L 0.194 0.022 0.063 0.024 0.033 0.124 0.098 0.443 78 T 0.110 0.011 0.014 0.012 0.014 0.085 0.040 0.713 79 S 0.019 0.004 0.014 0.009 0.029 0.115 0.018 0.793 80 G 0.024 0.006 0.037 0.035 0.061 0.200 0.054 0.583 81 E 0.009 0.006 0.036 0.090 0.082 0.158 0.034 0.587 82 L 0.008 0.003 0.031 0.020 0.018 0.076 0.020 0.825 83 N 0.526 0.063 0.024 0.040 0.022 0.039 0.133 0.153 84 P 0.262 0.046 0.017 0.010 0.018 0.072 0.051 0.524 85 R 0.094 0.019 0.023 0.012 0.029 0.101 0.062 0.660 86 H 0.108 0.036 0.022 0.042 0.089 0.102 0.092 0.509 87 Q 0.013 0.014 0.015 0.040 0.105 0.113 0.048 0.651 88 H 0.005 0.020 0.061 0.124 0.398 0.074 0.040 0.277 89 T 0.006 0.023 0.061 0.210 0.378 0.050 0.045 0.227 90 V 0.007 0.026 0.114 0.418 0.265 0.022 0.018 0.130 91 T 0.015 0.048 0.150 0.243 0.394 0.017 0.049 0.084 92 L 0.009 0.011 0.249 0.281 0.234 0.023 0.085 0.107 93 Y 0.179 0.017 0.121 0.182 0.172 0.041 0.073 0.216 94 A 0.292 0.006 0.028 0.046 0.038 0.044 0.079 0.467 95 K 0.010 0.005 0.024 0.025 0.077 0.130 0.019 0.710 96 G 0.006 0.006 0.025 0.019 0.087 0.067 0.020 0.769 97 L 0.014 0.016 0.047 0.235 0.139 0.111 0.040 0.398 98 T 0.021 0.027 0.145 0.114 0.130 0.070 0.105 0.389 99 C 0.068 0.057 0.075 0.132 0.106 0.073 0.179 0.309 100 K 0.102 0.071 0.126 0.052 0.069 0.087 0.177 0.316 101 A 0.067 0.050 0.064 0.033 0.051 0.112 0.094 0.529 102 D 0.061 0.042 0.076 0.048 0.074 0.101 0.134 0.463 103 T 0.069 0.071 0.059 0.030 0.053 0.104 0.233 0.382 104 L 0.032 0.063 0.076 0.041 0.069 0.175 0.093 0.451 105 S 0.096 0.082 0.041 0.035 0.054 0.121 0.102 0.468 106 S 0.099 0.281 0.014 0.022 0.042 0.099 0.132 0.311 107 C 0.026 0.259 0.034 0.025 0.108 0.154 0.090 0.304 108 D 0.014 0.153 0.057 0.122 0.363 0.063 0.105 0.122 109 Y 0.006 0.064 0.092 0.179 0.393 0.042 0.139 0.084 110 V 0.004 0.021 0.110 0.249 0.475 0.019 0.064 0.058 111 Y 0.006 0.004 0.047 0.381 0.498 0.010 0.036 0.019 112 L 0.009 0.001 0.056 0.340 0.439 0.023 0.022 0.109 113 A 0.001 0.001 0.036 0.263 0.654 0.010 0.006 0.030 114 V 0.003 0.001 0.025 0.205 0.537 0.037 0.012 0.179 115 Y 0.004 0.001 0.028 0.371 0.391 0.064 0.011 0.130 116 P 0.015 0.003 0.009 0.057 0.076 0.077 0.012 0.750 117 T 0.596 0.046 0.007 0.023 0.019 0.056 0.060 0.194 118 P 0.162 0.026 0.014 0.019 0.020 0.095 0.064 0.600 119 E 0.120 0.015 0.008 0.012 0.020 0.094 0.051 0.680 120 M 0.178 0.013 0.009 0.019 0.026 0.096 0.059 0.601 121 K 0.044 0.007 0.004 0.015 0.030 0.119 0.027 0.754 122 N 0.040 0.009 0.007 0.015 0.041 0.086 0.031 0.770