# TARGET T0304 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.49623 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.071 0.039 0.094 0.091 0.103 0.164 0.126 0.102 0.077 0.053 2 S 0.239 0.144 0.075 0.144 0.124 0.090 0.074 0.045 0.035 0.019 0.011 3 D 0.180 0.113 0.104 0.159 0.114 0.090 0.093 0.049 0.047 0.031 0.020 4 T 0.146 0.150 0.070 0.182 0.143 0.100 0.095 0.055 0.032 0.019 0.010 5 L 0.035 0.030 0.014 0.035 0.048 0.075 0.146 0.174 0.174 0.149 0.121 6 P 0.227 0.223 0.078 0.186 0.116 0.069 0.045 0.026 0.016 0.008 0.005 7 G 0.241 0.134 0.073 0.148 0.124 0.085 0.071 0.046 0.039 0.025 0.013 8 T 0.186 0.083 0.030 0.087 0.099 0.096 0.123 0.092 0.090 0.065 0.048 9 T 0.248 0.198 0.053 0.172 0.110 0.074 0.062 0.037 0.027 0.013 0.007 10 L 0.058 0.057 0.031 0.077 0.084 0.094 0.152 0.133 0.116 0.108 0.090 11 P 0.273 0.201 0.066 0.152 0.107 0.070 0.057 0.033 0.022 0.011 0.007 12 D 0.343 0.177 0.067 0.146 0.099 0.060 0.044 0.026 0.020 0.011 0.006 13 D 0.343 0.160 0.043 0.105 0.098 0.078 0.070 0.043 0.031 0.017 0.010 14 N 0.340 0.211 0.049 0.135 0.091 0.059 0.046 0.030 0.021 0.011 0.006 15 H 0.169 0.127 0.051 0.110 0.114 0.109 0.111 0.082 0.062 0.039 0.026 16 D 0.270 0.207 0.089 0.162 0.108 0.065 0.042 0.027 0.017 0.009 0.005 17 R 0.114 0.083 0.048 0.122 0.124 0.125 0.132 0.090 0.076 0.053 0.035 18 P 0.148 0.116 0.066 0.143 0.127 0.108 0.102 0.068 0.062 0.037 0.022 19 W 0.058 0.054 0.047 0.119 0.109 0.113 0.147 0.109 0.101 0.082 0.059 20 W 0.029 0.038 0.025 0.068 0.085 0.112 0.178 0.157 0.132 0.103 0.073 21 G 0.089 0.099 0.070 0.143 0.108 0.091 0.102 0.096 0.085 0.064 0.051 22 L 0.036 0.042 0.018 0.061 0.075 0.093 0.155 0.139 0.142 0.128 0.110 23 P 0.269 0.200 0.064 0.155 0.119 0.069 0.043 0.030 0.027 0.014 0.008 24 C 0.061 0.041 0.016 0.071 0.082 0.105 0.173 0.119 0.133 0.112 0.087 25 T 0.219 0.208 0.065 0.180 0.136 0.077 0.048 0.031 0.021 0.010 0.005 26 V 0.009 0.008 0.005 0.019 0.025 0.045 0.127 0.154 0.200 0.215 0.193 27 T 0.118 0.126 0.085 0.169 0.143 0.108 0.088 0.059 0.046 0.031 0.026 28 P 0.029 0.045 0.041 0.101 0.092 0.103 0.166 0.109 0.130 0.111 0.075 29 C 0.077 0.089 0.049 0.165 0.147 0.129 0.131 0.085 0.057 0.043 0.029 30 F 0.013 0.019 0.007 0.029 0.042 0.071 0.150 0.177 0.200 0.171 0.119 31 G 0.051 0.118 0.044 0.187 0.187 0.148 0.098 0.074 0.052 0.026 0.015 32 A 0.003 0.003 0.004 0.010 0.016 0.032 0.087 0.105 0.227 0.252 0.259 33 R 0.017 0.027 0.025 0.152 0.206 0.165 0.200 0.105 0.056 0.030 0.017 34 L 0.001 0.001 0.005 0.007 0.007 0.010 0.047 0.081 0.211 0.304 0.326 35 V 0.002 0.002 0.012 0.013 0.024 0.040 0.113 0.160 0.222 0.221 0.191 36 Q 0.009 0.020 0.089 0.091 0.093 0.108 0.183 0.136 0.124 0.092 0.057 37 E 0.013 0.045 0.066 0.118 0.133 0.171 0.215 0.113 0.066 0.039 0.022 38 G 0.065 0.062 0.046 0.092 0.092 0.123 0.174 0.123 0.117 0.068 0.037 39 N 0.130 0.080 0.063 0.148 0.114 0.120 0.151 0.071 0.060 0.041 0.024 40 R 0.039 0.073 0.062 0.180 0.186 0.163 0.156 0.069 0.039 0.021 0.010 41 L 0.002 0.003 0.008 0.011 0.015 0.029 0.098 0.120 0.217 0.245 0.253 42 H 0.011 0.019 0.048 0.091 0.112 0.136 0.206 0.142 0.107 0.075 0.052 43 Y 0.003 0.009 0.046 0.064 0.070 0.084 0.169 0.145 0.154 0.148 0.108 44 L 0.003 0.004 0.013 0.019 0.027 0.042 0.126 0.152 0.214 0.215 0.186 45 A 0.012 0.013 0.030 0.056 0.071 0.093 0.176 0.145 0.172 0.135 0.096 46 D 0.020 0.041 0.088 0.126 0.106 0.109 0.175 0.100 0.101 0.081 0.053 47 R 0.016 0.030 0.031 0.094 0.114 0.132 0.229 0.142 0.096 0.072 0.044 48 A 0.037 0.025 0.021 0.035 0.040 0.063 0.143 0.168 0.186 0.165 0.116 49 G 0.154 0.209 0.091 0.233 0.162 0.082 0.038 0.017 0.008 0.003 0.002 50 I 0.025 0.020 0.016 0.026 0.036 0.058 0.130 0.138 0.197 0.200 0.154 51 R 0.154 0.120 0.041 0.193 0.174 0.114 0.095 0.049 0.031 0.017 0.011 52 G 0.107 0.066 0.083 0.101 0.087 0.098 0.135 0.093 0.111 0.076 0.043 53 L 0.069 0.096 0.068 0.200 0.151 0.117 0.130 0.076 0.044 0.029 0.020 54 F 0.019 0.019 0.013 0.022 0.029 0.055 0.141 0.169 0.204 0.180 0.149 55 S 0.136 0.218 0.097 0.217 0.134 0.079 0.057 0.029 0.017 0.009 0.006 56 D 0.278 0.188 0.093 0.162 0.109 0.071 0.050 0.023 0.015 0.007 0.003 57 A 0.277 0.111 0.049 0.117 0.104 0.091 0.094 0.058 0.050 0.031 0.018 58 D 0.188 0.238 0.077 0.181 0.119 0.085 0.061 0.027 0.016 0.006 0.002 59 A 0.023 0.026 0.050 0.089 0.096 0.122 0.196 0.128 0.115 0.095 0.059 60 Y 0.082 0.059 0.173 0.139 0.114 0.116 0.141 0.076 0.050 0.033 0.018 61 H 0.027 0.088 0.140 0.251 0.165 0.125 0.106 0.056 0.025 0.012 0.004 62 L 0.002 0.003 0.007 0.006 0.010 0.026 0.089 0.144 0.223 0.259 0.231 63 D 0.111 0.109 0.120 0.220 0.185 0.121 0.075 0.029 0.017 0.008 0.003 64 Q 0.136 0.108 0.232 0.238 0.113 0.076 0.052 0.022 0.014 0.007 0.002 65 A 0.011 0.024 0.024 0.042 0.059 0.094 0.205 0.178 0.157 0.121 0.086 66 F 0.008 0.018 0.014 0.038 0.046 0.099 0.214 0.186 0.181 0.115 0.082 67 P 0.057 0.058 0.233 0.214 0.166 0.114 0.077 0.036 0.025 0.014 0.005 68 L 0.032 0.034 0.096 0.177 0.153 0.161 0.191 0.088 0.037 0.021 0.010 69 L 0.001 0.005 0.009 0.012 0.014 0.023 0.079 0.140 0.282 0.248 0.187 70 M 0.001 0.003 0.011 0.014 0.028 0.064 0.174 0.177 0.203 0.188 0.138 71 K 0.024 0.057 0.339 0.229 0.161 0.097 0.055 0.021 0.010 0.006 0.002 72 Q 0.013 0.035 0.098 0.178 0.176 0.211 0.179 0.073 0.026 0.009 0.003 73 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.008 0.049 0.086 0.227 0.320 0.299 74 E 0.009 0.017 0.055 0.099 0.158 0.207 0.262 0.093 0.055 0.034 0.013 75 L 0.006 0.018 0.356 0.144 0.088 0.089 0.119 0.056 0.050 0.048 0.025 76 M 0.008 0.020 0.079 0.106 0.106 0.154 0.288 0.119 0.062 0.039 0.020 77 L 0.004 0.005 0.011 0.012 0.014 0.029 0.111 0.152 0.203 0.256 0.204 78 T 0.074 0.120 0.109 0.182 0.142 0.115 0.119 0.065 0.037 0.023 0.014 79 S 0.158 0.141 0.107 0.168 0.141 0.100 0.078 0.045 0.033 0.018 0.009 80 G 0.251 0.083 0.043 0.081 0.084 0.085 0.108 0.077 0.089 0.060 0.039 81 E 0.260 0.190 0.054 0.187 0.126 0.074 0.052 0.027 0.018 0.008 0.004 82 L 0.011 0.011 0.009 0.017 0.027 0.052 0.136 0.158 0.198 0.200 0.182 83 N 0.118 0.171 0.093 0.207 0.139 0.096 0.077 0.046 0.026 0.015 0.012 84 P 0.106 0.092 0.079 0.125 0.102 0.103 0.124 0.089 0.085 0.060 0.035 85 R 0.187 0.160 0.072 0.165 0.131 0.092 0.079 0.046 0.034 0.021 0.014 86 H 0.100 0.100 0.030 0.119 0.104 0.114 0.159 0.096 0.090 0.055 0.032 87 Q 0.118 0.122 0.084 0.194 0.150 0.108 0.090 0.049 0.041 0.028 0.016 88 H 0.049 0.059 0.060 0.130 0.119 0.134 0.182 0.103 0.080 0.056 0.031 89 T 0.026 0.042 0.049 0.132 0.139 0.140 0.162 0.123 0.089 0.062 0.035 90 V 0.004 0.004 0.009 0.013 0.022 0.044 0.120 0.160 0.225 0.223 0.175 91 T 0.027 0.041 0.067 0.172 0.169 0.133 0.146 0.102 0.072 0.044 0.027 92 L 0.005 0.004 0.016 0.014 0.018 0.028 0.082 0.107 0.203 0.260 0.263 93 Y 0.031 0.074 0.041 0.150 0.144 0.128 0.173 0.110 0.072 0.045 0.033 94 A 0.029 0.043 0.033 0.064 0.066 0.083 0.158 0.137 0.151 0.135 0.101 95 K 0.230 0.153 0.062 0.191 0.142 0.094 0.067 0.028 0.018 0.009 0.005 96 G 0.461 0.170 0.076 0.115 0.079 0.046 0.024 0.013 0.010 0.004 0.001 97 L 0.018 0.016 0.007 0.025 0.042 0.077 0.182 0.180 0.171 0.150 0.132 98 T 0.077 0.124 0.068 0.148 0.121 0.105 0.116 0.093 0.073 0.042 0.033 99 C 0.017 0.022 0.052 0.062 0.072 0.089 0.148 0.127 0.144 0.148 0.119 100 K 0.076 0.118 0.104 0.232 0.180 0.121 0.086 0.041 0.023 0.013 0.007 101 A 0.013 0.012 0.012 0.036 0.040 0.064 0.144 0.133 0.206 0.196 0.144 102 D 0.043 0.049 0.038 0.100 0.106 0.113 0.160 0.113 0.113 0.096 0.069 103 T 0.035 0.053 0.052 0.128 0.116 0.121 0.158 0.116 0.104 0.075 0.042 104 L 0.018 0.017 0.019 0.033 0.049 0.080 0.141 0.166 0.171 0.164 0.141 105 S 0.073 0.099 0.046 0.138 0.114 0.113 0.133 0.101 0.085 0.053 0.045 106 S 0.032 0.048 0.030 0.073 0.075 0.080 0.129 0.114 0.148 0.146 0.126 107 C 0.032 0.037 0.018 0.082 0.097 0.120 0.176 0.115 0.123 0.105 0.096 108 D 0.048 0.075 0.042 0.171 0.162 0.148 0.145 0.078 0.072 0.039 0.021 109 Y 0.002 0.005 0.006 0.040 0.059 0.091 0.205 0.158 0.157 0.149 0.128 110 V 0.001 0.001 0.003 0.007 0.011 0.017 0.064 0.103 0.222 0.273 0.299 111 Y 0.001 0.001 0.006 0.017 0.032 0.046 0.148 0.184 0.205 0.197 0.164 112 L 0.001 0.001 0.008 0.007 0.013 0.019 0.067 0.119 0.223 0.265 0.278 113 A 0.001 0.001 0.007 0.008 0.018 0.032 0.113 0.160 0.247 0.222 0.192 114 V 0.003 0.005 0.022 0.026 0.034 0.047 0.136 0.165 0.217 0.193 0.152 115 Y 0.007 0.015 0.025 0.046 0.070 0.112 0.235 0.173 0.142 0.097 0.077 116 P 0.071 0.096 0.057 0.127 0.111 0.114 0.169 0.106 0.075 0.045 0.029 117 T 0.289 0.141 0.054 0.142 0.117 0.087 0.083 0.040 0.026 0.014 0.007 118 P 0.514 0.140 0.058 0.092 0.066 0.046 0.040 0.018 0.015 0.007 0.004 119 E 0.300 0.198 0.064 0.168 0.107 0.065 0.056 0.021 0.012 0.006 0.003 120 M 0.123 0.097 0.057 0.090 0.092 0.101 0.160 0.109 0.079 0.055 0.037 121 K 0.256 0.207 0.131 0.179 0.102 0.058 0.037 0.016 0.008 0.004 0.002 122 N 0.333 0.175 0.154 0.137 0.088 0.054 0.030 0.015 0.009 0.004 0.001