# TARGET T0304 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.011 0.011 0.008 0.024 0.015 0.911 2 S 0.108 0.058 0.046 0.030 0.047 0.090 0.621 3 D 0.105 0.029 0.061 0.033 0.198 0.142 0.433 4 T 0.106 0.045 0.072 0.044 0.197 0.194 0.342 5 L 0.077 0.053 0.064 0.045 0.186 0.100 0.475 6 P 0.049 0.028 0.055 0.023 0.181 0.213 0.451 7 G 0.035 0.062 0.043 0.012 0.232 0.202 0.414 8 T 0.031 0.068 0.015 0.009 0.314 0.055 0.507 9 T 0.010 0.044 0.009 0.006 0.276 0.046 0.610 10 L 0.007 0.034 0.021 0.015 0.259 0.051 0.615 11 P 0.004 0.019 0.146 0.035 0.113 0.271 0.412 12 D 0.003 0.013 0.226 0.030 0.121 0.367 0.240 13 D 0.004 0.026 0.196 0.034 0.209 0.270 0.261 14 N 0.004 0.032 0.088 0.021 0.275 0.198 0.383 15 H 0.005 0.014 0.046 0.014 0.262 0.257 0.402 16 D 0.011 0.033 0.034 0.011 0.310 0.251 0.349 17 R 0.028 0.076 0.022 0.018 0.333 0.043 0.480 18 P 0.040 0.046 0.044 0.039 0.131 0.073 0.629 19 W 0.062 0.032 0.124 0.066 0.167 0.225 0.324 20 W 0.093 0.051 0.149 0.058 0.124 0.254 0.272 21 G 0.094 0.035 0.107 0.057 0.120 0.262 0.325 22 L 0.117 0.057 0.050 0.041 0.156 0.109 0.470 23 P 0.109 0.017 0.037 0.023 0.238 0.112 0.463 24 C 0.143 0.030 0.031 0.025 0.223 0.181 0.367 25 T 0.221 0.041 0.020 0.013 0.167 0.106 0.433 26 V 0.266 0.051 0.008 0.008 0.209 0.031 0.427 27 T 0.223 0.024 0.003 0.005 0.126 0.012 0.607 28 P 0.112 0.015 0.116 0.092 0.211 0.196 0.259 29 C 0.131 0.025 0.096 0.100 0.181 0.244 0.224 30 F 0.168 0.024 0.115 0.115 0.118 0.199 0.260 31 G 0.202 0.013 0.062 0.196 0.119 0.152 0.255 32 A 0.360 0.015 0.049 0.231 0.071 0.068 0.206 33 R 0.455 0.017 0.046 0.283 0.068 0.039 0.092 34 L 0.477 0.012 0.037 0.267 0.034 0.034 0.140 35 V 0.530 0.019 0.039 0.179 0.047 0.079 0.106 36 Q 0.459 0.022 0.022 0.149 0.095 0.098 0.155 37 E 0.196 0.008 0.017 0.109 0.201 0.165 0.305 38 G 0.044 0.005 0.044 0.194 0.270 0.278 0.164 39 N 0.144 0.022 0.053 0.165 0.190 0.107 0.319 40 R 0.188 0.025 0.088 0.409 0.084 0.061 0.145 41 L 0.173 0.010 0.083 0.623 0.020 0.027 0.064 42 H 0.175 0.004 0.139 0.490 0.031 0.058 0.104 43 Y 0.220 0.005 0.138 0.470 0.030 0.077 0.060 44 L 0.089 0.010 0.322 0.295 0.029 0.163 0.092 45 A 0.063 0.004 0.417 0.073 0.081 0.277 0.083 46 D 0.011 0.002 0.237 0.018 0.043 0.671 0.018 47 R 0.016 0.007 0.137 0.006 0.048 0.739 0.046 48 A 0.156 0.018 0.010 0.003 0.082 0.060 0.671 49 G 0.367 0.004 0.003 0.001 0.319 0.041 0.265 50 I 0.907 0.015 0.001 0.001 0.014 0.004 0.059 51 R 0.959 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 52 G 0.910 0.003 0.001 0.001 0.008 0.003 0.074 53 L 0.613 0.006 0.002 0.001 0.073 0.015 0.291 54 F 0.106 0.036 0.002 0.002 0.305 0.011 0.538 55 S 0.011 0.005 0.001 0.003 0.127 0.003 0.850 56 D 0.001 0.002 0.078 0.671 0.111 0.069 0.069 57 A 0.001 0.001 0.092 0.847 0.014 0.040 0.006 58 D 0.001 0.001 0.143 0.790 0.007 0.048 0.011 59 A 0.001 0.001 0.052 0.897 0.008 0.029 0.011 60 Y 0.004 0.001 0.037 0.800 0.021 0.120 0.017 61 H 0.003 0.002 0.048 0.784 0.017 0.123 0.023 62 L 0.002 0.001 0.050 0.829 0.033 0.039 0.047 63 D 0.002 0.001 0.046 0.876 0.018 0.040 0.017 64 Q 0.002 0.001 0.032 0.867 0.011 0.074 0.014 65 A 0.001 0.001 0.009 0.910 0.021 0.044 0.016 66 F 0.001 0.001 0.001 0.952 0.014 0.010 0.023 67 P 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 70 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.013 0.001 76 M 0.001 0.001 0.003 0.977 0.002 0.016 0.002 77 L 0.002 0.001 0.005 0.954 0.007 0.024 0.008 78 T 0.002 0.001 0.011 0.859 0.010 0.107 0.009 79 S 0.008 0.002 0.012 0.506 0.085 0.330 0.056 80 G 0.019 0.004 0.013 0.135 0.204 0.429 0.197 81 E 0.059 0.026 0.012 0.029 0.218 0.107 0.548 82 L 0.119 0.047 0.008 0.013 0.169 0.022 0.622 83 N 0.039 0.008 0.006 0.003 0.078 0.013 0.852 84 P 0.004 0.001 0.451 0.061 0.078 0.379 0.026 85 R 0.008 0.003 0.425 0.039 0.085 0.412 0.028 86 H 0.041 0.012 0.488 0.054 0.081 0.167 0.156 87 Q 0.234 0.007 0.033 0.020 0.142 0.073 0.490 88 H 0.453 0.008 0.019 0.012 0.260 0.042 0.207 89 T 0.909 0.015 0.004 0.005 0.007 0.004 0.056 90 V 0.962 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.027 91 T 0.980 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 92 L 0.964 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.027 93 Y 0.931 0.003 0.003 0.004 0.008 0.006 0.044 94 A 0.818 0.004 0.011 0.007 0.035 0.023 0.102 95 K 0.118 0.003 0.037 0.005 0.157 0.628 0.051 96 G 0.127 0.002 0.028 0.003 0.129 0.662 0.050 97 L 0.800 0.015 0.005 0.003 0.020 0.012 0.145 98 T 0.875 0.013 0.004 0.005 0.013 0.007 0.083 99 C 0.859 0.006 0.015 0.012 0.026 0.015 0.066 100 K 0.734 0.016 0.041 0.024 0.025 0.044 0.116 101 A 0.456 0.006 0.073 0.026 0.130 0.201 0.109 102 D 0.423 0.009 0.028 0.019 0.197 0.186 0.137 103 T 0.189 0.027 0.025 0.016 0.244 0.165 0.334 104 L 0.208 0.017 0.010 0.006 0.177 0.115 0.466 105 S 0.227 0.042 0.012 0.003 0.250 0.124 0.341 106 S 0.303 0.060 0.019 0.003 0.185 0.084 0.346 107 C 0.325 0.011 0.008 0.002 0.188 0.061 0.405 108 D 0.527 0.004 0.007 0.001 0.271 0.021 0.169 109 Y 0.956 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.028 110 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 111 Y 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 112 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 113 A 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.038 114 V 0.896 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.086 115 Y 0.660 0.014 0.001 0.002 0.033 0.005 0.285 116 P 0.298 0.007 0.006 0.003 0.089 0.021 0.576 117 T 0.126 0.028 0.014 0.010 0.177 0.036 0.609 118 P 0.030 0.005 0.083 0.035 0.231 0.266 0.349 119 E 0.015 0.005 0.056 0.032 0.287 0.207 0.398 120 M 0.013 0.021 0.034 0.029 0.243 0.071 0.589 121 K 0.013 0.011 0.012 0.021 0.016 0.105 0.822 122 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998