# TARGET T0304 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.094 0.169 0.080 0.032 0.173 0.016 0.015 0.095 0.131 0.148 0.047 2 S 0.155 0.191 0.035 0.008 0.329 0.004 0.010 0.075 0.074 0.067 0.050 3 D 0.085 0.039 0.016 0.020 0.108 0.024 0.072 0.268 0.213 0.113 0.042 4 T 0.049 0.159 0.094 0.029 0.114 0.011 0.038 0.153 0.114 0.211 0.028 5 L 0.110 0.295 0.184 0.030 0.205 0.010 0.011 0.047 0.024 0.046 0.038 6 P 0.037 0.191 0.120 0.057 0.115 0.059 0.098 0.160 0.091 0.051 0.021 7 G 0.083 0.108 0.122 0.064 0.112 0.034 0.060 0.123 0.100 0.128 0.067 8 T 0.056 0.205 0.143 0.052 0.164 0.048 0.079 0.092 0.054 0.076 0.030 9 T 0.090 0.208 0.160 0.055 0.175 0.030 0.028 0.046 0.038 0.094 0.076 10 L 0.042 0.368 0.278 0.039 0.156 0.010 0.010 0.029 0.019 0.027 0.022 11 P 0.055 0.252 0.170 0.035 0.116 0.022 0.036 0.132 0.092 0.054 0.035 12 D 0.035 0.078 0.081 0.034 0.062 0.029 0.068 0.222 0.216 0.143 0.033 13 D 0.029 0.150 0.088 0.060 0.072 0.048 0.086 0.161 0.114 0.162 0.029 14 N 0.058 0.097 0.065 0.052 0.096 0.029 0.026 0.073 0.076 0.327 0.103 15 H 0.064 0.166 0.077 0.031 0.142 0.024 0.048 0.172 0.125 0.116 0.036 16 D 0.088 0.134 0.047 0.017 0.152 0.024 0.067 0.116 0.098 0.194 0.063 17 R 0.101 0.297 0.098 0.018 0.265 0.009 0.020 0.057 0.048 0.051 0.036 18 P 0.188 0.144 0.067 0.014 0.233 0.012 0.022 0.102 0.092 0.062 0.064 19 W 0.069 0.133 0.108 0.058 0.128 0.058 0.097 0.185 0.093 0.045 0.025 20 W 0.127 0.207 0.081 0.024 0.241 0.012 0.019 0.062 0.055 0.110 0.061 21 G 0.074 0.180 0.168 0.122 0.164 0.029 0.015 0.029 0.038 0.131 0.050 22 L 0.107 0.344 0.126 0.008 0.337 0.003 0.004 0.022 0.013 0.018 0.018 23 P 0.163 0.288 0.085 0.012 0.299 0.012 0.014 0.035 0.020 0.022 0.051 24 C 0.124 0.281 0.071 0.026 0.329 0.023 0.024 0.049 0.022 0.020 0.032 25 T 0.203 0.114 0.046 0.007 0.360 0.005 0.015 0.038 0.029 0.101 0.082 26 V 0.162 0.280 0.097 0.020 0.319 0.009 0.009 0.027 0.013 0.026 0.040 27 T 0.060 0.319 0.226 0.045 0.204 0.020 0.026 0.050 0.017 0.016 0.017 28 P 0.084 0.163 0.123 0.046 0.128 0.039 0.064 0.168 0.095 0.053 0.038 29 C 0.056 0.084 0.054 0.025 0.093 0.077 0.158 0.291 0.085 0.053 0.024 30 F 0.050 0.155 0.070 0.022 0.115 0.013 0.020 0.126 0.094 0.265 0.069 31 G 0.049 0.062 0.120 0.301 0.069 0.043 0.021 0.115 0.055 0.101 0.065 32 A 0.132 0.106 0.028 0.009 0.260 0.006 0.016 0.289 0.103 0.030 0.022 33 R 0.059 0.176 0.040 0.004 0.253 0.004 0.030 0.355 0.063 0.007 0.010 34 L 0.333 0.041 0.007 0.003 0.246 0.006 0.014 0.268 0.032 0.018 0.032 35 V 0.061 0.116 0.029 0.021 0.176 0.045 0.092 0.377 0.043 0.021 0.018 36 Q 0.163 0.085 0.067 0.023 0.115 0.029 0.040 0.339 0.053 0.032 0.053 37 E 0.023 0.058 0.064 0.078 0.044 0.072 0.084 0.404 0.098 0.057 0.018 38 G 0.047 0.078 0.053 0.121 0.056 0.068 0.089 0.256 0.074 0.111 0.048 39 N 0.104 0.076 0.036 0.032 0.100 0.041 0.077 0.248 0.091 0.134 0.061 40 R 0.082 0.136 0.035 0.015 0.154 0.017 0.039 0.368 0.082 0.046 0.026 41 L 0.219 0.065 0.012 0.013 0.157 0.017 0.017 0.247 0.100 0.073 0.080 42 H 0.074 0.088 0.042 0.071 0.128 0.057 0.111 0.278 0.076 0.049 0.025 43 Y 0.135 0.086 0.031 0.014 0.157 0.008 0.025 0.357 0.096 0.049 0.043 44 L 0.061 0.054 0.015 0.015 0.105 0.028 0.064 0.412 0.161 0.062 0.023 45 A 0.103 0.105 0.041 0.033 0.172 0.018 0.045 0.262 0.101 0.085 0.036 46 D 0.049 0.043 0.035 0.030 0.053 0.061 0.184 0.315 0.148 0.058 0.024 47 R 0.065 0.078 0.042 0.038 0.074 0.040 0.110 0.221 0.184 0.112 0.037 48 A 0.109 0.268 0.077 0.034 0.205 0.017 0.018 0.026 0.057 0.113 0.075 49 G 0.097 0.124 0.123 0.138 0.128 0.041 0.028 0.025 0.034 0.162 0.099 50 I 0.182 0.173 0.024 0.020 0.247 0.021 0.031 0.063 0.076 0.088 0.072 51 R 0.055 0.029 0.015 0.085 0.062 0.124 0.176 0.065 0.112 0.216 0.061 52 G 0.044 0.202 0.303 0.149 0.123 0.022 0.010 0.024 0.033 0.061 0.030 53 L 0.141 0.265 0.101 0.008 0.257 0.004 0.014 0.027 0.029 0.080 0.073 54 F 0.084 0.287 0.221 0.032 0.227 0.015 0.016 0.010 0.010 0.053 0.045 55 S 0.007 0.584 0.337 0.007 0.055 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 56 D 0.012 0.019 0.006 0.003 0.027 0.003 0.006 0.484 0.399 0.034 0.007 57 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.725 0.240 0.010 0.001 58 D 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.760 0.146 0.060 0.002 59 A 0.005 0.007 0.002 0.001 0.006 0.004 0.025 0.741 0.135 0.069 0.004 60 Y 0.004 0.035 0.018 0.012 0.011 0.017 0.038 0.623 0.185 0.048 0.009 61 H 0.017 0.036 0.014 0.002 0.033 0.002 0.015 0.553 0.165 0.130 0.034 62 L 0.006 0.012 0.006 0.002 0.010 0.002 0.009 0.676 0.230 0.042 0.005 63 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.041 0.745 0.187 0.012 0.002 64 Q 0.002 0.007 0.004 0.003 0.005 0.003 0.032 0.779 0.143 0.019 0.002 65 A 0.004 0.015 0.012 0.003 0.007 0.003 0.030 0.709 0.120 0.094 0.004 66 F 0.006 0.021 0.006 0.001 0.015 0.001 0.003 0.817 0.114 0.013 0.004 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.901 0.088 0.002 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.934 0.042 0.007 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.886 0.089 0.020 0.001 70 M 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.922 0.063 0.004 0.001 71 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.923 0.043 0.008 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.901 0.060 0.021 0.001 73 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.878 0.102 0.008 0.002 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.826 0.141 0.013 0.001 75 L 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.026 0.853 0.099 0.011 0.001 76 M 0.007 0.015 0.002 0.001 0.025 0.003 0.056 0.723 0.116 0.050 0.003 77 L 0.090 0.054 0.011 0.002 0.079 0.006 0.058 0.452 0.112 0.085 0.049 78 T 0.018 0.029 0.038 0.036 0.033 0.080 0.166 0.402 0.125 0.061 0.012 79 S 0.011 0.398 0.168 0.114 0.059 0.038 0.070 0.080 0.039 0.019 0.005 80 G 0.010 0.010 0.013 0.023 0.009 0.007 0.006 0.025 0.040 0.730 0.127 81 E 0.063 0.284 0.117 0.016 0.193 0.016 0.071 0.123 0.046 0.049 0.022 82 L 0.061 0.455 0.066 0.011 0.258 0.008 0.009 0.021 0.014 0.061 0.035 83 N 0.168 0.164 0.064 0.008 0.490 0.003 0.006 0.028 0.026 0.010 0.033 84 P 0.008 0.012 0.008 0.004 0.012 0.005 0.016 0.366 0.508 0.056 0.005 85 R 0.007 0.025 0.011 0.006 0.018 0.014 0.207 0.368 0.202 0.134 0.008 86 H 0.107 0.106 0.036 0.012 0.143 0.020 0.029 0.104 0.099 0.247 0.096 87 Q 0.061 0.118 0.035 0.026 0.154 0.042 0.117 0.173 0.130 0.106 0.038 88 H 0.151 0.138 0.053 0.009 0.273 0.012 0.045 0.065 0.053 0.136 0.064 89 T 0.245 0.144 0.022 0.019 0.412 0.010 0.012 0.021 0.013 0.040 0.062 90 V 0.204 0.069 0.004 0.003 0.665 0.002 0.004 0.012 0.003 0.007 0.027 91 T 0.214 0.058 0.006 0.002 0.690 0.001 0.002 0.007 0.002 0.003 0.016 92 L 0.213 0.092 0.009 0.001 0.657 0.001 0.003 0.010 0.001 0.002 0.012 93 Y 0.398 0.049 0.008 0.001 0.369 0.004 0.005 0.013 0.005 0.031 0.116 94 A 0.155 0.170 0.149 0.138 0.194 0.036 0.010 0.022 0.010 0.036 0.079 95 K 0.004 0.019 0.018 0.202 0.009 0.290 0.347 0.064 0.023 0.019 0.004 96 G 0.054 0.029 0.043 0.153 0.046 0.035 0.022 0.059 0.075 0.289 0.196 97 L 0.224 0.125 0.014 0.014 0.317 0.015 0.018 0.091 0.070 0.065 0.047 98 T 0.245 0.067 0.027 0.026 0.347 0.014 0.039 0.042 0.024 0.092 0.077 99 C 0.130 0.242 0.086 0.052 0.275 0.016 0.022 0.086 0.028 0.035 0.029 100 K 0.141 0.146 0.084 0.022 0.253 0.021 0.013 0.086 0.042 0.098 0.094 101 A 0.109 0.115 0.020 0.015 0.201 0.015 0.020 0.213 0.110 0.088 0.093 102 D 0.034 0.044 0.055 0.030 0.032 0.030 0.108 0.307 0.213 0.107 0.040 103 T 0.058 0.067 0.035 0.016 0.053 0.028 0.107 0.393 0.151 0.072 0.020 104 L 0.026 0.479 0.165 0.050 0.129 0.025 0.023 0.034 0.031 0.026 0.012 105 S 0.061 0.076 0.090 0.109 0.062 0.040 0.024 0.043 0.048 0.312 0.136 106 S 0.098 0.124 0.088 0.021 0.185 0.033 0.088 0.090 0.067 0.164 0.043 107 C 0.154 0.261 0.061 0.015 0.228 0.011 0.036 0.031 0.032 0.082 0.088 108 D 0.101 0.166 0.128 0.127 0.200 0.029 0.023 0.032 0.021 0.093 0.080 109 Y 0.138 0.203 0.012 0.002 0.609 0.003 0.006 0.011 0.003 0.005 0.008 110 V 0.426 0.017 0.001 0.001 0.533 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 111 Y 0.237 0.067 0.007 0.008 0.634 0.017 0.008 0.004 0.001 0.002 0.016 112 L 0.225 0.111 0.009 0.001 0.622 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 113 A 0.359 0.071 0.009 0.001 0.460 0.001 0.002 0.008 0.004 0.009 0.075 114 V 0.185 0.082 0.036 0.043 0.319 0.068 0.068 0.020 0.015 0.076 0.088 115 Y 0.113 0.333 0.152 0.024 0.324 0.004 0.006 0.009 0.006 0.009 0.020 116 P 0.075 0.217 0.102 0.055 0.128 0.045 0.052 0.081 0.100 0.098 0.046 117 T 0.068 0.366 0.169 0.016 0.299 0.004 0.006 0.017 0.024 0.016 0.015 118 P 0.040 0.044 0.027 0.023 0.060 0.025 0.058 0.247 0.372 0.079 0.025 119 E 0.032 0.088 0.057 0.017 0.062 0.019 0.085 0.149 0.130 0.314 0.047 120 M 0.069 0.264 0.217 0.034 0.158 0.017 0.018 0.061 0.045 0.073 0.043 121 K 0.032 0.158 0.113 0.034 0.083 0.067 0.131 0.203 0.104 0.052 0.023 122 N 0.120 0.147 0.089 0.018 0.190 0.014 0.028 0.110 0.091 0.132 0.061