# TARGET T0304 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.605 0.238 0.100 0.042 0.012 0.003 0.001 2 S 0.497 0.240 0.135 0.087 0.033 0.008 0.001 3 D 0.464 0.231 0.122 0.095 0.065 0.021 0.002 4 T 0.567 0.263 0.104 0.049 0.013 0.003 0.001 5 L 0.326 0.161 0.166 0.203 0.114 0.028 0.003 6 P 0.542 0.255 0.113 0.057 0.025 0.006 0.001 7 G 0.567 0.247 0.114 0.052 0.016 0.004 0.001 8 T 0.447 0.239 0.163 0.102 0.039 0.010 0.001 9 T 0.408 0.354 0.147 0.064 0.022 0.005 0.001 10 L 0.264 0.239 0.228 0.196 0.065 0.008 0.001 11 P 0.483 0.274 0.146 0.078 0.017 0.002 0.001 12 D 0.768 0.195 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 13 D 0.573 0.267 0.107 0.043 0.008 0.001 0.001 14 N 0.478 0.275 0.140 0.081 0.023 0.003 0.001 15 H 0.446 0.278 0.157 0.087 0.028 0.005 0.001 16 D 0.518 0.278 0.124 0.058 0.017 0.004 0.001 17 R 0.347 0.283 0.179 0.124 0.052 0.014 0.001 18 P 0.338 0.275 0.169 0.131 0.067 0.019 0.002 19 W 0.275 0.290 0.198 0.139 0.068 0.026 0.003 20 W 0.135 0.158 0.185 0.241 0.185 0.086 0.010 21 G 0.132 0.204 0.224 0.218 0.151 0.064 0.006 22 L 0.066 0.109 0.153 0.248 0.276 0.136 0.013 23 P 0.103 0.276 0.281 0.237 0.082 0.019 0.002 24 C 0.130 0.212 0.184 0.228 0.182 0.059 0.006 25 T 0.135 0.275 0.281 0.199 0.084 0.025 0.003 26 V 0.039 0.061 0.099 0.205 0.307 0.262 0.027 27 T 0.045 0.108 0.194 0.281 0.235 0.120 0.018 28 P 0.092 0.158 0.155 0.186 0.210 0.162 0.037 29 C 0.067 0.117 0.156 0.229 0.228 0.154 0.049 30 F 0.028 0.040 0.048 0.090 0.173 0.374 0.247 31 G 0.062 0.082 0.091 0.165 0.195 0.257 0.149 32 A 0.098 0.093 0.088 0.131 0.167 0.240 0.184 33 R 0.065 0.085 0.110 0.195 0.210 0.200 0.135 34 L 0.062 0.059 0.066 0.115 0.193 0.308 0.198 35 V 0.069 0.083 0.089 0.130 0.196 0.266 0.167 36 Q 0.092 0.117 0.132 0.218 0.216 0.166 0.058 37 E 0.089 0.111 0.134 0.165 0.194 0.231 0.076 38 G 0.088 0.110 0.124 0.190 0.201 0.207 0.080 39 N 0.101 0.133 0.139 0.186 0.227 0.168 0.045 40 R 0.060 0.075 0.116 0.193 0.271 0.226 0.058 41 L 0.117 0.095 0.095 0.151 0.185 0.256 0.100 42 H 0.100 0.103 0.114 0.198 0.234 0.188 0.063 43 Y 0.125 0.102 0.117 0.166 0.212 0.215 0.063 44 L 0.189 0.104 0.083 0.123 0.182 0.220 0.099 45 A 0.164 0.123 0.134 0.180 0.165 0.156 0.078 46 D 0.138 0.138 0.142 0.174 0.175 0.169 0.065 47 R 0.163 0.146 0.133 0.164 0.180 0.160 0.055 48 A 0.112 0.125 0.150 0.199 0.184 0.156 0.074 49 G 0.190 0.203 0.193 0.185 0.138 0.072 0.018 50 I 0.123 0.111 0.111 0.169 0.227 0.208 0.052 51 R 0.133 0.200 0.241 0.242 0.124 0.049 0.010 52 G 0.187 0.183 0.155 0.184 0.184 0.096 0.011 53 L 0.228 0.295 0.246 0.162 0.055 0.013 0.001 54 F 0.160 0.151 0.162 0.267 0.194 0.061 0.005 55 S 0.418 0.340 0.151 0.068 0.019 0.004 0.001 56 D 0.551 0.288 0.106 0.043 0.010 0.002 0.001 57 A 0.584 0.265 0.099 0.039 0.010 0.002 0.001 58 D 0.315 0.310 0.202 0.123 0.041 0.009 0.001 59 A 0.122 0.202 0.257 0.256 0.135 0.027 0.001 60 Y 0.238 0.397 0.231 0.098 0.030 0.005 0.001 61 H 0.118 0.250 0.262 0.230 0.109 0.028 0.002 62 L 0.059 0.065 0.083 0.190 0.333 0.248 0.022 63 D 0.080 0.214 0.291 0.268 0.125 0.021 0.001 64 Q 0.150 0.321 0.310 0.171 0.041 0.006 0.001 65 A 0.087 0.072 0.083 0.181 0.308 0.244 0.026 66 F 0.034 0.057 0.085 0.196 0.306 0.286 0.036 67 P 0.132 0.337 0.308 0.167 0.045 0.009 0.001 68 L 0.111 0.221 0.264 0.248 0.122 0.031 0.003 69 L 0.032 0.045 0.055 0.124 0.274 0.400 0.070 70 M 0.103 0.164 0.217 0.275 0.181 0.054 0.006 71 K 0.190 0.384 0.251 0.126 0.040 0.009 0.001 72 Q 0.129 0.160 0.240 0.295 0.142 0.032 0.003 73 L 0.319 0.179 0.132 0.157 0.135 0.067 0.012 74 E 0.351 0.238 0.169 0.148 0.070 0.022 0.003 75 L 0.520 0.255 0.127 0.064 0.027 0.006 0.001 76 M 0.498 0.242 0.115 0.081 0.044 0.018 0.002 77 L 0.497 0.207 0.145 0.099 0.041 0.011 0.001 78 T 0.630 0.210 0.089 0.049 0.018 0.005 0.001 79 S 0.662 0.228 0.067 0.032 0.009 0.002 0.001 80 G 0.647 0.208 0.090 0.041 0.013 0.002 0.001 81 E 0.654 0.218 0.075 0.038 0.012 0.003 0.001 82 L 0.529 0.211 0.123 0.093 0.037 0.007 0.001 83 N 0.308 0.229 0.192 0.152 0.087 0.030 0.003 84 P 0.430 0.234 0.126 0.106 0.069 0.030 0.005 85 R 0.310 0.188 0.149 0.168 0.118 0.057 0.010 86 H 0.108 0.113 0.128 0.186 0.233 0.192 0.040 87 Q 0.101 0.118 0.136 0.227 0.216 0.157 0.045 88 H 0.041 0.083 0.108 0.176 0.220 0.241 0.131 89 T 0.013 0.024 0.046 0.106 0.191 0.353 0.267 90 V 0.006 0.011 0.020 0.064 0.165 0.418 0.316 91 T 0.030 0.069 0.117 0.190 0.240 0.247 0.106 92 L 0.027 0.031 0.039 0.077 0.184 0.442 0.201 93 Y 0.032 0.089 0.172 0.304 0.236 0.141 0.025 94 A 0.030 0.060 0.101 0.224 0.321 0.231 0.033 95 K 0.089 0.274 0.287 0.226 0.096 0.025 0.004 96 G 0.223 0.331 0.235 0.134 0.061 0.016 0.002 97 L 0.047 0.078 0.125 0.232 0.277 0.215 0.026 98 T 0.225 0.290 0.219 0.167 0.076 0.022 0.002 99 C 0.302 0.206 0.145 0.141 0.123 0.072 0.011 100 K 0.100 0.237 0.307 0.260 0.078 0.016 0.003 101 A 0.125 0.136 0.135 0.215 0.264 0.108 0.017 102 D 0.147 0.278 0.234 0.190 0.106 0.039 0.007 103 T 0.245 0.263 0.199 0.172 0.078 0.037 0.007 104 L 0.361 0.288 0.164 0.086 0.062 0.032 0.007 105 S 0.336 0.288 0.153 0.116 0.066 0.035 0.005 106 S 0.236 0.289 0.222 0.165 0.069 0.018 0.002 107 C 0.122 0.306 0.272 0.215 0.070 0.014 0.001 108 D 0.117 0.215 0.184 0.238 0.185 0.055 0.007 109 Y 0.023 0.100 0.271 0.367 0.179 0.048 0.012 110 V 0.011 0.020 0.053 0.130 0.239 0.366 0.181 111 Y 0.010 0.024 0.050 0.119 0.218 0.314 0.265 112 L 0.002 0.003 0.009 0.024 0.080 0.382 0.500 113 A 0.007 0.020 0.042 0.092 0.165 0.390 0.285 114 V 0.020 0.033 0.069 0.125 0.205 0.393 0.154 115 Y 0.025 0.040 0.075 0.210 0.330 0.289 0.030 116 P 0.104 0.187 0.262 0.253 0.168 0.025 0.001 117 T 0.296 0.297 0.250 0.120 0.032 0.005 0.001 118 P 0.596 0.273 0.088 0.034 0.007 0.001 0.001 119 E 0.447 0.273 0.168 0.086 0.023 0.002 0.001 120 M 0.512 0.252 0.150 0.068 0.015 0.002 0.001 121 K 0.837 0.125 0.028 0.009 0.002 0.001 0.001 122 N 0.881 0.095 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001