# TARGET T0304 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.016 0.002 0.030 0.033 0.042 0.125 0.014 0.001 0.094 0.554 2 S 0.075 0.005 0.001 0.015 0.015 0.025 0.107 0.002 0.001 0.040 0.715 3 D 0.006 0.001 0.001 0.029 0.037 0.074 0.142 0.002 0.001 0.035 0.673 4 T 0.046 0.002 0.001 0.022 0.017 0.026 0.114 0.002 0.001 0.042 0.726 5 L 0.210 0.004 0.002 0.032 0.020 0.021 0.128 0.014 0.001 0.148 0.420 6 P 0.039 0.003 0.001 0.022 0.006 0.016 0.140 0.003 0.001 0.053 0.716 7 G 0.021 0.001 0.001 0.026 0.016 0.035 0.130 0.002 0.001 0.031 0.737 8 T 0.006 0.001 0.001 0.037 0.088 0.114 0.145 0.001 0.001 0.037 0.571 9 T 0.006 0.001 0.001 0.045 0.026 0.044 0.122 0.001 0.001 0.031 0.724 10 L 0.052 0.002 0.001 0.046 0.079 0.075 0.157 0.009 0.001 0.083 0.495 11 P 0.151 0.007 0.002 0.023 0.007 0.010 0.122 0.004 0.001 0.063 0.611 12 D 0.083 0.005 0.001 0.019 0.007 0.014 0.133 0.006 0.001 0.043 0.688 13 D 0.047 0.005 0.001 0.020 0.007 0.021 0.128 0.005 0.001 0.050 0.716 14 N 0.101 0.010 0.001 0.018 0.016 0.023 0.122 0.002 0.001 0.052 0.655 15 H 0.013 0.007 0.001 0.015 0.051 0.090 0.133 0.004 0.001 0.034 0.654 16 D 0.043 0.093 0.002 0.012 0.028 0.039 0.131 0.002 0.001 0.029 0.619 17 R 0.127 0.037 0.013 0.014 0.061 0.065 0.161 0.024 0.006 0.076 0.415 18 P 0.252 0.037 0.002 0.010 0.018 0.033 0.091 0.021 0.001 0.063 0.473 19 W 0.339 0.010 0.002 0.012 0.015 0.037 0.080 0.004 0.001 0.053 0.449 20 W 0.019 0.002 0.002 0.027 0.026 0.057 0.103 0.001 0.001 0.025 0.738 21 G 0.011 0.004 0.001 0.014 0.028 0.041 0.111 0.001 0.001 0.017 0.772 22 L 0.030 0.003 0.001 0.026 0.164 0.090 0.146 0.016 0.001 0.057 0.468 23 P 0.055 0.015 0.001 0.044 0.025 0.046 0.143 0.005 0.001 0.046 0.620 24 C 0.036 0.003 0.001 0.042 0.102 0.142 0.099 0.004 0.001 0.050 0.522 25 T 0.005 0.006 0.001 0.093 0.069 0.130 0.107 0.001 0.001 0.024 0.564 26 V 0.013 0.007 0.003 0.086 0.086 0.122 0.088 0.003 0.001 0.046 0.545 27 T 0.117 0.006 0.005 0.067 0.123 0.077 0.098 0.008 0.003 0.131 0.364 28 P 0.072 0.005 0.001 0.037 0.017 0.032 0.101 0.004 0.001 0.038 0.692 29 C 0.152 0.011 0.003 0.046 0.016 0.035 0.098 0.003 0.002 0.055 0.580 30 F 0.025 0.021 0.002 0.042 0.017 0.024 0.122 0.003 0.001 0.028 0.716 31 G 0.017 0.037 0.001 0.028 0.063 0.072 0.125 0.006 0.001 0.030 0.621 32 A 0.013 0.068 0.001 0.086 0.168 0.139 0.072 0.006 0.001 0.044 0.403 33 R 0.015 0.073 0.002 0.174 0.138 0.216 0.058 0.004 0.001 0.095 0.226 34 L 0.035 0.035 0.018 0.171 0.143 0.146 0.051 0.004 0.006 0.107 0.285 35 V 0.069 0.019 0.006 0.215 0.102 0.123 0.065 0.004 0.003 0.104 0.289 36 Q 0.136 0.020 0.005 0.102 0.056 0.086 0.080 0.006 0.004 0.108 0.397 37 E 0.098 0.029 0.004 0.072 0.018 0.036 0.114 0.006 0.002 0.034 0.588 38 G 0.033 0.035 0.002 0.027 0.033 0.050 0.124 0.007 0.001 0.031 0.659 39 N 0.026 0.148 0.002 0.054 0.088 0.088 0.098 0.005 0.001 0.034 0.458 40 R 0.018 0.292 0.002 0.088 0.079 0.103 0.062 0.007 0.001 0.033 0.315 41 L 0.032 0.363 0.004 0.058 0.085 0.067 0.046 0.005 0.001 0.025 0.314 42 H 0.011 0.559 0.004 0.095 0.058 0.042 0.033 0.004 0.001 0.020 0.174 43 Y 0.034 0.773 0.006 0.015 0.014 0.020 0.016 0.013 0.002 0.014 0.094 44 L 0.106 0.674 0.006 0.025 0.011 0.011 0.019 0.013 0.004 0.047 0.084 45 A 0.076 0.153 0.127 0.019 0.014 0.021 0.060 0.009 0.083 0.152 0.286 46 D 0.339 0.119 0.008 0.014 0.020 0.033 0.073 0.025 0.003 0.094 0.273 47 R 0.112 0.041 0.007 0.028 0.019 0.040 0.087 0.007 0.004 0.078 0.577 48 A 0.030 0.021 0.004 0.053 0.022 0.049 0.147 0.002 0.001 0.042 0.629 49 G 0.017 0.015 0.002 0.095 0.055 0.131 0.102 0.005 0.001 0.086 0.492 50 I 0.040 0.012 0.002 0.056 0.049 0.063 0.130 0.004 0.001 0.073 0.570 51 R 0.042 0.011 0.001 0.173 0.061 0.120 0.120 0.003 0.001 0.073 0.394 52 G 0.018 0.004 0.001 0.098 0.024 0.074 0.126 0.002 0.001 0.058 0.594 53 L 0.031 0.019 0.002 0.135 0.041 0.064 0.145 0.002 0.001 0.051 0.509 54 F 0.047 0.031 0.004 0.062 0.028 0.036 0.151 0.005 0.002 0.049 0.584 55 S 0.116 0.188 0.004 0.026 0.012 0.016 0.101 0.013 0.003 0.054 0.468 56 D 0.269 0.307 0.006 0.012 0.004 0.007 0.055 0.012 0.002 0.058 0.268 57 A 0.151 0.285 0.007 0.012 0.009 0.014 0.067 0.011 0.002 0.074 0.369 58 D 0.107 0.373 0.003 0.009 0.020 0.031 0.070 0.010 0.001 0.044 0.332 59 A 0.129 0.251 0.005 0.014 0.025 0.034 0.072 0.008 0.002 0.048 0.412 60 Y 0.039 0.395 0.003 0.018 0.029 0.039 0.076 0.007 0.001 0.040 0.351 61 H 0.139 0.464 0.010 0.009 0.019 0.028 0.061 0.012 0.004 0.047 0.205 62 L 0.139 0.573 0.006 0.010 0.005 0.011 0.038 0.016 0.002 0.034 0.167 63 D 0.191 0.195 0.004 0.010 0.013 0.020 0.060 0.006 0.002 0.264 0.236 64 Q 0.019 0.490 0.004 0.022 0.009 0.014 0.060 0.003 0.001 0.065 0.313 65 A 0.009 0.775 0.003 0.004 0.004 0.004 0.019 0.006 0.001 0.028 0.148 66 F 0.015 0.917 0.002 0.002 0.003 0.002 0.006 0.007 0.001 0.013 0.033 67 P 0.008 0.936 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.036 68 L 0.005 0.958 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.011 0.014 69 L 0.008 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.020 0.016 70 M 0.003 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.034 0.013 71 K 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 0.013 72 Q 0.002 0.975 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.009 73 L 0.023 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.007 0.013 74 E 0.007 0.086 0.002 0.005 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.858 0.031 75 L 0.026 0.197 0.024 0.007 0.002 0.003 0.044 0.005 0.006 0.553 0.134 76 M 0.190 0.105 0.084 0.028 0.004 0.007 0.066 0.020 0.026 0.256 0.215 77 L 0.128 0.085 0.024 0.032 0.006 0.010 0.092 0.008 0.016 0.066 0.533 78 T 0.159 0.062 0.001 0.009 0.003 0.008 0.088 0.004 0.001 0.020 0.644 79 S 0.048 0.047 0.002 0.017 0.004 0.020 0.129 0.037 0.002 0.065 0.630 80 G 0.174 0.027 0.002 0.022 0.007 0.019 0.151 0.003 0.001 0.050 0.545 81 E 0.015 0.017 0.003 0.042 0.020 0.047 0.162 0.001 0.001 0.033 0.660 82 L 0.010 0.025 0.003 0.024 0.010 0.016 0.114 0.002 0.001 0.019 0.776 83 N 0.593 0.078 0.005 0.010 0.012 0.011 0.051 0.033 0.005 0.076 0.126 84 P 0.200 0.028 0.007 0.011 0.003 0.007 0.080 0.006 0.003 0.082 0.572 85 R 0.081 0.007 0.006 0.010 0.007 0.025 0.096 0.002 0.002 0.066 0.699 86 H 0.043 0.007 0.002 0.032 0.043 0.076 0.130 0.003 0.001 0.067 0.597 87 Q 0.012 0.003 0.001 0.025 0.042 0.086 0.134 0.001 0.001 0.069 0.627 88 H 0.002 0.002 0.001 0.064 0.287 0.300 0.060 0.001 0.001 0.048 0.235 89 T 0.002 0.002 0.001 0.060 0.135 0.292 0.064 0.001 0.001 0.046 0.398 90 V 0.001 0.003 0.001 0.077 0.335 0.446 0.014 0.001 0.001 0.025 0.099 91 T 0.002 0.002 0.001 0.118 0.245 0.460 0.018 0.001 0.001 0.057 0.098 92 L 0.005 0.001 0.011 0.091 0.334 0.317 0.020 0.001 0.006 0.070 0.145 93 Y 0.187 0.003 0.002 0.083 0.159 0.237 0.034 0.009 0.003 0.103 0.180 94 A 0.354 0.002 0.001 0.024 0.026 0.050 0.056 0.003 0.001 0.050 0.432 95 K 0.007 0.002 0.001 0.038 0.031 0.068 0.079 0.001 0.001 0.014 0.758 96 G 0.004 0.002 0.001 0.018 0.073 0.119 0.114 0.002 0.001 0.020 0.647 97 L 0.003 0.005 0.001 0.045 0.371 0.172 0.062 0.002 0.001 0.025 0.313 98 T 0.024 0.017 0.003 0.114 0.192 0.232 0.064 0.002 0.001 0.059 0.293 99 C 0.020 0.011 0.002 0.084 0.150 0.162 0.051 0.002 0.001 0.059 0.457 100 K 0.043 0.056 0.003 0.148 0.093 0.180 0.083 0.006 0.002 0.106 0.280 101 A 0.104 0.022 0.009 0.081 0.050 0.061 0.087 0.006 0.004 0.096 0.481 102 D 0.040 0.007 0.003 0.086 0.079 0.111 0.103 0.007 0.002 0.101 0.462 103 T 0.123 0.008 0.002 0.042 0.036 0.066 0.114 0.003 0.002 0.094 0.510 104 L 0.059 0.005 0.006 0.077 0.031 0.054 0.130 0.002 0.003 0.076 0.557 105 S 0.061 0.005 0.002 0.032 0.037 0.055 0.156 0.003 0.001 0.059 0.589 106 S 0.036 0.003 0.001 0.037 0.024 0.032 0.161 0.002 0.001 0.040 0.663 107 C 0.006 0.001 0.001 0.072 0.046 0.061 0.178 0.002 0.001 0.040 0.592 108 D 0.002 0.001 0.001 0.278 0.097 0.176 0.089 0.001 0.001 0.076 0.279 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.521 0.102 0.142 0.031 0.001 0.001 0.086 0.117 110 V 0.001 0.001 0.001 0.682 0.116 0.094 0.011 0.001 0.001 0.048 0.049 111 Y 0.001 0.001 0.001 0.638 0.125 0.145 0.008 0.001 0.001 0.043 0.040 112 L 0.001 0.001 0.001 0.512 0.140 0.210 0.014 0.001 0.001 0.046 0.077 113 A 0.001 0.001 0.001 0.347 0.146 0.337 0.026 0.001 0.001 0.045 0.097 114 V 0.005 0.001 0.001 0.199 0.160 0.310 0.054 0.001 0.001 0.081 0.189 115 Y 0.007 0.001 0.001 0.104 0.186 0.236 0.115 0.001 0.002 0.059 0.288 116 P 0.112 0.025 0.004 0.033 0.037 0.042 0.147 0.011 0.007 0.063 0.519 117 T 0.495 0.032 0.003 0.005 0.006 0.007 0.066 0.019 0.003 0.065 0.300 118 P 0.089 0.008 0.002 0.004 0.006 0.015 0.090 0.010 0.001 0.064 0.710 119 E 0.079 0.011 0.003 0.008 0.009 0.030 0.095 0.002 0.001 0.044 0.718 120 M 0.127 0.011 0.003 0.010 0.041 0.046 0.090 0.004 0.001 0.062 0.605 121 K 0.056 0.007 0.001 0.005 0.023 0.025 0.112 0.004 0.001 0.025 0.743 122 N 0.035 0.005 0.001 0.005 0.021 0.029 0.121 0.008 0.001 0.019 0.756