# TARGET T0304 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.176 0.081 0.049 0.085 0.076 0.082 0.115 0.092 0.103 0.081 0.061 2 S 0.224 0.199 0.075 0.139 0.102 0.075 0.077 0.042 0.033 0.021 0.013 3 D 0.303 0.171 0.077 0.133 0.098 0.073 0.061 0.032 0.026 0.017 0.009 4 T 0.150 0.144 0.057 0.147 0.116 0.097 0.106 0.063 0.056 0.037 0.027 5 L 0.073 0.050 0.035 0.082 0.096 0.114 0.160 0.119 0.117 0.090 0.063 6 P 0.311 0.193 0.077 0.150 0.089 0.061 0.055 0.025 0.020 0.012 0.007 7 G 0.370 0.129 0.064 0.124 0.091 0.067 0.063 0.034 0.027 0.019 0.012 8 T 0.087 0.101 0.049 0.120 0.107 0.102 0.136 0.090 0.089 0.068 0.050 9 T 0.081 0.149 0.070 0.173 0.138 0.113 0.109 0.061 0.051 0.033 0.022 10 L 0.048 0.049 0.033 0.087 0.099 0.112 0.167 0.123 0.122 0.093 0.066 11 P 0.215 0.165 0.078 0.165 0.122 0.082 0.079 0.039 0.029 0.016 0.009 12 D 0.424 0.167 0.068 0.139 0.081 0.047 0.036 0.016 0.012 0.007 0.004 13 D 0.417 0.180 0.050 0.123 0.074 0.053 0.045 0.022 0.018 0.011 0.007 14 N 0.292 0.183 0.068 0.130 0.090 0.073 0.064 0.035 0.032 0.020 0.012 15 H 0.182 0.130 0.063 0.124 0.099 0.097 0.113 0.070 0.062 0.038 0.022 16 D 0.261 0.169 0.093 0.136 0.099 0.078 0.071 0.036 0.029 0.018 0.011 17 R 0.111 0.118 0.065 0.179 0.159 0.120 0.103 0.057 0.045 0.028 0.015 18 P 0.129 0.104 0.059 0.168 0.153 0.121 0.106 0.058 0.049 0.032 0.021 19 W 0.051 0.058 0.046 0.127 0.143 0.149 0.169 0.100 0.080 0.050 0.028 20 W 0.019 0.020 0.014 0.054 0.071 0.100 0.202 0.165 0.162 0.117 0.075 21 G 0.093 0.075 0.042 0.105 0.101 0.097 0.127 0.096 0.104 0.090 0.072 22 L 0.015 0.014 0.010 0.030 0.038 0.049 0.114 0.130 0.185 0.195 0.221 23 P 0.173 0.198 0.104 0.242 0.134 0.071 0.042 0.015 0.010 0.006 0.005 24 C 0.018 0.018 0.012 0.053 0.079 0.116 0.215 0.173 0.151 0.102 0.065 25 T 0.262 0.204 0.095 0.224 0.114 0.053 0.028 0.009 0.006 0.003 0.002 26 V 0.005 0.006 0.004 0.012 0.013 0.021 0.074 0.102 0.203 0.257 0.303 27 T 0.057 0.160 0.087 0.256 0.183 0.109 0.074 0.030 0.021 0.012 0.010 28 P 0.037 0.042 0.026 0.062 0.061 0.078 0.150 0.141 0.154 0.133 0.117 29 C 0.080 0.081 0.066 0.183 0.182 0.151 0.137 0.056 0.036 0.018 0.010 30 F 0.026 0.044 0.024 0.070 0.056 0.074 0.179 0.152 0.176 0.124 0.074 31 G 0.036 0.051 0.049 0.139 0.142 0.131 0.151 0.092 0.094 0.066 0.049 32 A 0.015 0.014 0.025 0.028 0.026 0.038 0.102 0.118 0.187 0.215 0.231 33 R 0.024 0.047 0.078 0.256 0.207 0.156 0.126 0.051 0.031 0.016 0.007 34 L 0.007 0.024 0.048 0.049 0.030 0.035 0.098 0.114 0.194 0.204 0.197 35 V 0.006 0.017 0.045 0.075 0.074 0.079 0.136 0.125 0.164 0.148 0.132 36 Q 0.018 0.038 0.099 0.124 0.135 0.145 0.185 0.100 0.084 0.047 0.024 37 E 0.042 0.093 0.141 0.216 0.157 0.125 0.126 0.051 0.029 0.014 0.006 38 G 0.173 0.080 0.065 0.113 0.093 0.099 0.132 0.075 0.074 0.056 0.039 39 N 0.168 0.213 0.120 0.172 0.105 0.079 0.075 0.030 0.020 0.010 0.006 40 R 0.041 0.087 0.075 0.200 0.196 0.166 0.127 0.054 0.034 0.015 0.006 41 L 0.027 0.019 0.019 0.028 0.026 0.039 0.102 0.127 0.203 0.201 0.208 42 H 0.034 0.051 0.059 0.165 0.159 0.153 0.171 0.086 0.063 0.036 0.021 43 Y 0.020 0.038 0.053 0.069 0.059 0.070 0.137 0.135 0.174 0.145 0.100 44 L 0.026 0.041 0.073 0.095 0.067 0.067 0.125 0.108 0.145 0.138 0.116 45 A 0.043 0.054 0.092 0.109 0.105 0.113 0.151 0.106 0.104 0.074 0.049 46 D 0.036 0.060 0.082 0.132 0.109 0.113 0.163 0.103 0.094 0.066 0.043 47 R 0.027 0.052 0.078 0.129 0.121 0.130 0.176 0.104 0.088 0.059 0.036 48 A 0.076 0.046 0.070 0.070 0.063 0.080 0.130 0.102 0.131 0.122 0.111 49 G 0.108 0.115 0.116 0.214 0.160 0.117 0.088 0.034 0.023 0.014 0.010 50 I 0.014 0.019 0.032 0.035 0.027 0.041 0.102 0.112 0.192 0.212 0.212 51 R 0.055 0.109 0.110 0.241 0.187 0.118 0.088 0.037 0.025 0.016 0.014 52 G 0.113 0.077 0.076 0.085 0.079 0.096 0.138 0.095 0.101 0.079 0.061 53 L 0.081 0.169 0.158 0.264 0.150 0.079 0.057 0.019 0.012 0.006 0.005 54 F 0.014 0.010 0.007 0.014 0.016 0.025 0.069 0.088 0.182 0.248 0.329 55 S 0.120 0.287 0.146 0.231 0.107 0.055 0.031 0.010 0.006 0.003 0.002 56 D 0.401 0.239 0.105 0.150 0.060 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 57 A 0.466 0.134 0.067 0.096 0.062 0.052 0.052 0.025 0.022 0.014 0.010 58 D 0.158 0.207 0.097 0.179 0.124 0.096 0.076 0.027 0.019 0.010 0.006 59 A 0.055 0.041 0.050 0.091 0.096 0.124 0.183 0.119 0.112 0.077 0.052 60 Y 0.090 0.117 0.239 0.191 0.137 0.098 0.074 0.026 0.017 0.008 0.004 61 H 0.049 0.139 0.197 0.246 0.161 0.102 0.066 0.019 0.012 0.005 0.003 62 L 0.015 0.017 0.020 0.036 0.033 0.049 0.139 0.142 0.209 0.197 0.143 63 D 0.079 0.076 0.152 0.189 0.170 0.143 0.121 0.038 0.020 0.008 0.003 64 Q 0.071 0.122 0.433 0.182 0.095 0.052 0.031 0.008 0.004 0.001 0.001 65 A 0.012 0.026 0.096 0.065 0.054 0.081 0.210 0.140 0.157 0.102 0.057 66 F 0.004 0.009 0.025 0.027 0.025 0.051 0.213 0.190 0.211 0.169 0.078 67 P 0.038 0.071 0.386 0.200 0.143 0.091 0.049 0.012 0.006 0.003 0.001 68 L 0.055 0.073 0.289 0.174 0.142 0.119 0.099 0.029 0.013 0.005 0.002 69 L 0.004 0.007 0.042 0.033 0.024 0.035 0.143 0.153 0.254 0.202 0.102 70 M 0.003 0.012 0.113 0.043 0.039 0.083 0.273 0.148 0.135 0.098 0.054 71 K 0.017 0.036 0.734 0.135 0.051 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.007 0.025 0.154 0.117 0.144 0.201 0.239 0.066 0.031 0.011 0.003 73 L 0.002 0.004 0.046 0.018 0.013 0.019 0.097 0.132 0.245 0.254 0.170 74 E 0.011 0.024 0.195 0.166 0.171 0.186 0.168 0.044 0.022 0.010 0.004 75 L 0.014 0.050 0.598 0.168 0.083 0.047 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 76 M 0.016 0.040 0.100 0.111 0.129 0.169 0.242 0.086 0.062 0.031 0.014 77 L 0.006 0.009 0.017 0.015 0.016 0.029 0.106 0.125 0.202 0.239 0.236 78 T 0.042 0.116 0.344 0.183 0.121 0.087 0.064 0.021 0.013 0.006 0.004 79 S 0.110 0.205 0.224 0.238 0.103 0.055 0.036 0.013 0.008 0.004 0.002 80 G 0.234 0.113 0.059 0.095 0.093 0.099 0.126 0.067 0.057 0.038 0.020 81 E 0.186 0.219 0.106 0.216 0.124 0.068 0.046 0.015 0.010 0.005 0.004 82 L 0.031 0.022 0.019 0.038 0.038 0.051 0.108 0.113 0.181 0.199 0.201 83 N 0.114 0.282 0.092 0.229 0.126 0.070 0.045 0.019 0.013 0.006 0.004 84 P 0.240 0.107 0.045 0.097 0.080 0.082 0.109 0.074 0.073 0.053 0.041 85 R 0.298 0.166 0.064 0.151 0.115 0.083 0.063 0.026 0.018 0.010 0.006 86 H 0.125 0.100 0.046 0.176 0.140 0.118 0.124 0.066 0.054 0.032 0.020 87 Q 0.115 0.119 0.082 0.236 0.174 0.109 0.074 0.037 0.027 0.017 0.010 88 H 0.023 0.050 0.041 0.112 0.138 0.161 0.202 0.126 0.088 0.041 0.016 89 T 0.011 0.036 0.035 0.184 0.194 0.178 0.166 0.084 0.059 0.035 0.018 90 V 0.004 0.006 0.006 0.015 0.016 0.025 0.089 0.129 0.227 0.256 0.226 91 T 0.012 0.059 0.073 0.321 0.246 0.127 0.091 0.037 0.020 0.008 0.005 92 L 0.002 0.002 0.002 0.005 0.006 0.010 0.037 0.089 0.220 0.309 0.317 93 Y 0.007 0.031 0.030 0.239 0.279 0.195 0.134 0.048 0.025 0.009 0.004 94 A 0.031 0.048 0.045 0.095 0.097 0.120 0.181 0.132 0.130 0.078 0.044 95 K 0.089 0.111 0.082 0.275 0.191 0.132 0.083 0.022 0.010 0.004 0.002 96 G 0.351 0.254 0.079 0.190 0.077 0.028 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 97 L 0.005 0.008 0.004 0.016 0.023 0.037 0.102 0.137 0.208 0.223 0.236 98 T 0.045 0.217 0.095 0.270 0.168 0.096 0.060 0.021 0.014 0.007 0.008 99 C 0.013 0.013 0.007 0.023 0.033 0.048 0.125 0.145 0.203 0.193 0.196 100 K 0.250 0.211 0.102 0.238 0.113 0.046 0.024 0.007 0.005 0.003 0.003 101 A 0.043 0.036 0.019 0.074 0.069 0.068 0.116 0.106 0.131 0.149 0.187 102 D 0.067 0.081 0.034 0.153 0.137 0.131 0.142 0.079 0.073 0.052 0.051 103 T 0.042 0.076 0.037 0.131 0.109 0.108 0.141 0.103 0.102 0.081 0.070 104 L 0.053 0.041 0.025 0.070 0.058 0.072 0.119 0.098 0.134 0.157 0.175 105 S 0.137 0.102 0.044 0.130 0.107 0.092 0.108 0.073 0.078 0.062 0.067 106 S 0.072 0.110 0.053 0.153 0.099 0.081 0.111 0.080 0.096 0.077 0.067 107 C 0.043 0.059 0.035 0.130 0.144 0.138 0.150 0.101 0.098 0.065 0.039 108 D 0.117 0.113 0.075 0.210 0.175 0.123 0.093 0.042 0.031 0.014 0.006 109 Y 0.003 0.010 0.010 0.054 0.092 0.135 0.234 0.192 0.152 0.083 0.034 110 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.018 0.073 0.145 0.259 0.260 0.225 111 Y 0.001 0.002 0.003 0.012 0.018 0.037 0.139 0.185 0.231 0.208 0.163 112 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.052 0.128 0.262 0.304 0.235 113 A 0.001 0.002 0.003 0.010 0.016 0.031 0.110 0.163 0.247 0.233 0.183 114 V 0.002 0.006 0.004 0.019 0.026 0.040 0.105 0.158 0.248 0.237 0.158 115 Y 0.002 0.008 0.006 0.050 0.092 0.136 0.237 0.200 0.160 0.079 0.031 116 P 0.065 0.125 0.054 0.183 0.172 0.151 0.129 0.061 0.036 0.017 0.007 117 T 0.093 0.155 0.060 0.220 0.190 0.121 0.087 0.039 0.023 0.010 0.004 118 P 0.466 0.151 0.045 0.112 0.080 0.056 0.044 0.019 0.014 0.008 0.004 119 E 0.451 0.195 0.063 0.126 0.068 0.041 0.028 0.012 0.009 0.004 0.002 120 M 0.140 0.084 0.043 0.090 0.078 0.093 0.143 0.108 0.103 0.072 0.046 121 K 0.315 0.230 0.085 0.153 0.089 0.056 0.036 0.015 0.011 0.006 0.003 122 N 0.394 0.201 0.111 0.117 0.065 0.043 0.031 0.015 0.012 0.007 0.004