# TARGET T0304 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.017 0.018 0.045 0.050 0.115 0.051 0.608 2 S 0.110 0.014 0.014 0.022 0.039 0.106 0.050 0.644 3 D 0.021 0.008 0.017 0.019 0.042 0.159 0.034 0.701 4 T 0.039 0.004 0.016 0.013 0.024 0.106 0.057 0.742 5 L 0.198 0.010 0.020 0.040 0.027 0.117 0.189 0.399 6 P 0.047 0.008 0.022 0.014 0.033 0.123 0.042 0.711 7 G 0.040 0.004 0.025 0.020 0.054 0.112 0.024 0.720 8 T 0.012 0.003 0.054 0.067 0.100 0.133 0.038 0.593 9 T 0.016 0.005 0.029 0.027 0.048 0.132 0.030 0.714 10 L 0.083 0.011 0.049 0.068 0.054 0.140 0.075 0.521 11 P 0.151 0.017 0.016 0.014 0.015 0.105 0.060 0.622 12 D 0.211 0.030 0.018 0.012 0.020 0.088 0.074 0.547 13 D 0.092 0.016 0.015 0.014 0.030 0.131 0.027 0.676 14 N 0.064 0.012 0.017 0.021 0.035 0.138 0.045 0.667 15 H 0.025 0.016 0.018 0.030 0.045 0.141 0.024 0.701 16 D 0.075 0.023 0.017 0.019 0.043 0.113 0.060 0.650 17 R 0.087 0.019 0.045 0.073 0.054 0.117 0.112 0.493 18 P 0.206 0.014 0.033 0.034 0.060 0.106 0.045 0.502 19 W 0.130 0.004 0.022 0.027 0.040 0.072 0.048 0.657 20 W 0.010 0.002 0.051 0.048 0.134 0.169 0.028 0.558 21 G 0.007 0.001 0.019 0.015 0.048 0.080 0.040 0.791 22 L 0.087 0.003 0.029 0.142 0.076 0.125 0.060 0.478 23 P 0.057 0.003 0.027 0.024 0.049 0.090 0.055 0.695 24 C 0.021 0.004 0.041 0.045 0.111 0.159 0.044 0.574 25 T 0.008 0.004 0.097 0.055 0.119 0.092 0.035 0.591 26 V 0.033 0.013 0.061 0.070 0.066 0.102 0.047 0.606 27 T 0.062 0.034 0.171 0.085 0.069 0.083 0.125 0.370 28 P 0.153 0.104 0.058 0.041 0.062 0.081 0.053 0.449 29 C 0.097 0.089 0.086 0.034 0.057 0.079 0.066 0.491 30 F 0.012 0.151 0.057 0.081 0.126 0.096 0.033 0.443 31 G 0.021 0.444 0.027 0.040 0.101 0.047 0.050 0.270 32 A 0.023 0.442 0.047 0.101 0.080 0.043 0.098 0.166 33 R 0.022 0.358 0.104 0.149 0.155 0.023 0.132 0.057 34 L 0.065 0.255 0.111 0.063 0.137 0.029 0.209 0.130 35 V 0.093 0.118 0.183 0.128 0.126 0.048 0.173 0.131 36 Q 0.069 0.079 0.069 0.071 0.073 0.060 0.119 0.460 37 E 0.037 0.142 0.014 0.014 0.034 0.080 0.031 0.647 38 G 0.044 0.132 0.031 0.025 0.045 0.110 0.062 0.552 39 N 0.046 0.323 0.026 0.066 0.066 0.086 0.052 0.334 40 R 0.037 0.414 0.034 0.029 0.052 0.053 0.063 0.316 41 L 0.041 0.478 0.057 0.053 0.052 0.046 0.075 0.198 42 H 0.047 0.330 0.121 0.105 0.091 0.043 0.142 0.121 43 Y 0.102 0.417 0.074 0.036 0.046 0.044 0.072 0.208 44 L 0.128 0.283 0.086 0.056 0.086 0.052 0.109 0.199 45 A 0.046 0.058 0.065 0.033 0.035 0.086 0.168 0.508 46 D 0.196 0.174 0.013 0.019 0.024 0.063 0.087 0.424 47 R 0.112 0.066 0.021 0.012 0.021 0.104 0.054 0.610 48 A 0.020 0.027 0.053 0.027 0.070 0.185 0.061 0.557 49 G 0.058 0.023 0.049 0.034 0.063 0.111 0.092 0.571 50 I 0.064 0.024 0.056 0.064 0.054 0.128 0.084 0.526 51 R 0.036 0.017 0.114 0.048 0.111 0.106 0.068 0.501 52 G 0.025 0.019 0.091 0.078 0.130 0.103 0.094 0.460 53 L 0.024 0.034 0.098 0.056 0.069 0.132 0.038 0.550 54 F 0.055 0.058 0.074 0.060 0.057 0.103 0.062 0.531 55 S 0.089 0.286 0.021 0.020 0.022 0.075 0.068 0.419 56 D 0.172 0.497 0.011 0.007 0.010 0.037 0.058 0.209 57 A 0.083 0.419 0.017 0.016 0.015 0.062 0.070 0.317 58 D 0.068 0.600 0.007 0.009 0.013 0.033 0.076 0.196 59 A 0.074 0.487 0.016 0.007 0.012 0.055 0.107 0.242 60 Y 0.040 0.424 0.022 0.022 0.022 0.073 0.146 0.252 61 H 0.072 0.579 0.015 0.005 0.007 0.031 0.121 0.170 62 L 0.118 0.530 0.007 0.003 0.004 0.023 0.207 0.108 63 D 0.083 0.407 0.015 0.005 0.005 0.027 0.295 0.163 64 Q 0.017 0.558 0.008 0.003 0.004 0.043 0.083 0.284 65 A 0.016 0.819 0.010 0.002 0.002 0.021 0.025 0.105 66 F 0.027 0.914 0.004 0.001 0.001 0.007 0.024 0.023 67 P 0.028 0.849 0.007 0.001 0.001 0.008 0.064 0.044 68 L 0.018 0.833 0.020 0.001 0.001 0.010 0.086 0.031 69 L 0.018 0.887 0.010 0.001 0.001 0.006 0.057 0.021 70 M 0.018 0.899 0.015 0.001 0.001 0.006 0.029 0.033 71 K 0.003 0.949 0.004 0.001 0.001 0.004 0.008 0.031 72 Q 0.007 0.941 0.008 0.001 0.001 0.004 0.020 0.019 73 L 0.020 0.895 0.005 0.001 0.001 0.005 0.055 0.016 74 E 0.042 0.194 0.026 0.005 0.005 0.020 0.636 0.072 75 L 0.017 0.159 0.031 0.007 0.007 0.035 0.602 0.140 76 M 0.057 0.157 0.123 0.017 0.030 0.100 0.208 0.307 77 L 0.189 0.024 0.061 0.023 0.031 0.125 0.098 0.449 78 T 0.112 0.012 0.013 0.011 0.014 0.084 0.040 0.713 79 S 0.021 0.004 0.013 0.008 0.027 0.114 0.019 0.793 80 G 0.025 0.007 0.035 0.032 0.056 0.202 0.055 0.588 81 E 0.009 0.006 0.034 0.080 0.076 0.164 0.034 0.596 82 L 0.008 0.004 0.029 0.018 0.017 0.077 0.020 0.828 83 N 0.535 0.073 0.023 0.036 0.020 0.038 0.131 0.144 84 P 0.259 0.053 0.017 0.010 0.018 0.072 0.052 0.518 85 R 0.095 0.021 0.023 0.012 0.029 0.101 0.065 0.654 86 H 0.115 0.039 0.021 0.042 0.086 0.100 0.096 0.501 87 Q 0.014 0.015 0.015 0.039 0.101 0.114 0.049 0.654 88 H 0.005 0.021 0.061 0.120 0.393 0.076 0.041 0.283 89 T 0.006 0.024 0.061 0.207 0.373 0.051 0.046 0.232 90 V 0.007 0.028 0.115 0.412 0.264 0.023 0.019 0.133 91 T 0.015 0.049 0.150 0.241 0.395 0.017 0.050 0.083 92 L 0.009 0.012 0.247 0.278 0.235 0.023 0.087 0.108 93 Y 0.173 0.017 0.123 0.185 0.173 0.041 0.074 0.213 94 A 0.279 0.006 0.028 0.047 0.040 0.045 0.080 0.475 95 K 0.010 0.006 0.025 0.025 0.078 0.130 0.019 0.707 96 G 0.006 0.006 0.027 0.020 0.089 0.070 0.022 0.761 97 L 0.015 0.017 0.048 0.234 0.139 0.111 0.041 0.395 98 T 0.022 0.028 0.144 0.111 0.128 0.070 0.107 0.390 99 C 0.068 0.058 0.075 0.130 0.106 0.074 0.182 0.306 100 K 0.098 0.071 0.124 0.052 0.069 0.089 0.176 0.321 101 A 0.066 0.051 0.065 0.034 0.052 0.114 0.095 0.523 102 D 0.062 0.044 0.077 0.048 0.075 0.102 0.134 0.458 103 T 0.068 0.073 0.060 0.029 0.053 0.103 0.238 0.377 104 L 0.032 0.067 0.077 0.041 0.069 0.174 0.094 0.445 105 S 0.093 0.088 0.042 0.036 0.056 0.122 0.105 0.458 106 S 0.091 0.295 0.014 0.023 0.045 0.099 0.135 0.299 107 C 0.025 0.271 0.035 0.026 0.110 0.152 0.093 0.287 108 D 0.015 0.163 0.057 0.126 0.360 0.060 0.103 0.116 109 Y 0.007 0.069 0.091 0.174 0.399 0.041 0.135 0.084 110 V 0.004 0.020 0.107 0.246 0.483 0.019 0.064 0.057 111 Y 0.006 0.003 0.046 0.399 0.487 0.009 0.033 0.017 112 L 0.009 0.001 0.054 0.334 0.444 0.024 0.022 0.112 113 A 0.001 0.001 0.033 0.262 0.656 0.010 0.006 0.031 114 V 0.003 0.001 0.024 0.213 0.547 0.035 0.012 0.166 115 Y 0.006 0.001 0.026 0.364 0.376 0.067 0.013 0.146 116 P 0.021 0.004 0.008 0.059 0.077 0.078 0.012 0.742 117 T 0.504 0.039 0.008 0.023 0.023 0.071 0.061 0.272 118 P 0.145 0.021 0.013 0.020 0.021 0.098 0.063 0.618 119 E 0.120 0.014 0.009 0.015 0.024 0.097 0.056 0.666 120 M 0.148 0.010 0.008 0.019 0.026 0.094 0.054 0.641 121 K 0.051 0.007 0.005 0.017 0.034 0.115 0.030 0.740 122 N 0.037 0.007 0.007 0.016 0.042 0.084 0.029 0.776