# TARGET T0304 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.251 0.232 0.307 0.101 0.024 0.033 0.011 0.002 0.037 0.002 0.001 2 S 0.446 0.107 0.245 0.093 0.037 0.023 0.013 0.009 0.010 0.015 0.001 3 D 0.294 0.078 0.148 0.302 0.025 0.054 0.069 0.010 0.016 0.003 0.001 4 T 0.264 0.190 0.275 0.201 0.024 0.020 0.007 0.002 0.016 0.001 0.001 5 L 0.032 0.239 0.486 0.003 0.013 0.019 0.007 0.001 0.199 0.001 0.001 6 P 0.094 0.002 0.859 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 7 G 0.084 0.020 0.095 0.059 0.062 0.009 0.093 0.541 0.005 0.033 0.001 8 T 0.176 0.235 0.412 0.108 0.029 0.024 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 9 T 0.056 0.427 0.363 0.064 0.032 0.034 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 10 L 0.017 0.311 0.489 0.002 0.018 0.020 0.003 0.001 0.139 0.001 0.001 11 P 0.177 0.006 0.742 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 12 D 0.313 0.146 0.188 0.156 0.051 0.058 0.028 0.020 0.033 0.007 0.001 13 D 0.242 0.123 0.156 0.315 0.044 0.036 0.046 0.011 0.022 0.004 0.001 14 N 0.166 0.111 0.136 0.380 0.032 0.052 0.070 0.016 0.036 0.002 0.001 15 H 0.209 0.219 0.295 0.146 0.042 0.041 0.021 0.006 0.016 0.004 0.001 16 D 0.202 0.110 0.198 0.309 0.019 0.082 0.034 0.008 0.034 0.003 0.001 17 R 0.040 0.322 0.356 0.005 0.034 0.024 0.013 0.001 0.203 0.002 0.001 18 P 0.270 0.010 0.663 0.011 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 19 W 0.332 0.255 0.192 0.105 0.041 0.030 0.008 0.006 0.028 0.002 0.001 20 W 0.160 0.134 0.284 0.311 0.045 0.012 0.032 0.006 0.009 0.008 0.001 21 G 0.034 0.005 0.033 0.036 0.029 0.003 0.154 0.488 0.003 0.215 0.001 22 L 0.016 0.285 0.617 0.002 0.020 0.021 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 23 P 0.035 0.011 0.845 0.006 0.001 0.064 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 24 C 0.121 0.321 0.349 0.050 0.093 0.017 0.022 0.012 0.012 0.003 0.001 25 T 0.211 0.220 0.296 0.070 0.033 0.095 0.039 0.008 0.025 0.002 0.001 26 V 0.047 0.572 0.247 0.049 0.039 0.023 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 27 T 0.029 0.295 0.326 0.001 0.039 0.024 0.009 0.001 0.273 0.003 0.001 28 P 0.282 0.003 0.577 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 29 C 0.326 0.168 0.193 0.110 0.065 0.056 0.022 0.015 0.040 0.004 0.001 30 F 0.242 0.199 0.207 0.249 0.052 0.018 0.014 0.005 0.012 0.003 0.001 31 G 0.260 0.057 0.133 0.057 0.105 0.007 0.075 0.167 0.007 0.131 0.001 32 A 0.233 0.237 0.340 0.024 0.126 0.015 0.003 0.006 0.005 0.010 0.001 33 R 0.440 0.274 0.179 0.024 0.019 0.038 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 34 L 0.572 0.197 0.166 0.010 0.009 0.032 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 35 V 0.598 0.279 0.030 0.040 0.017 0.020 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 36 Q 0.445 0.264 0.144 0.032 0.037 0.040 0.012 0.001 0.023 0.001 0.001 37 E 0.325 0.138 0.152 0.311 0.017 0.024 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 38 G 0.157 0.009 0.067 0.017 0.056 0.006 0.117 0.346 0.004 0.221 0.001 39 N 0.675 0.018 0.044 0.195 0.010 0.027 0.017 0.004 0.005 0.003 0.001 40 R 0.631 0.121 0.060 0.120 0.026 0.018 0.010 0.003 0.010 0.001 0.001 41 L 0.696 0.088 0.095 0.061 0.006 0.034 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 42 H 0.757 0.093 0.044 0.048 0.013 0.020 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 43 Y 0.758 0.082 0.048 0.050 0.019 0.022 0.007 0.002 0.010 0.001 0.001 44 L 0.790 0.032 0.048 0.092 0.003 0.022 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 45 A 0.774 0.042 0.054 0.077 0.014 0.012 0.012 0.005 0.007 0.004 0.001 46 D 0.747 0.026 0.043 0.106 0.011 0.029 0.027 0.002 0.008 0.001 0.001 47 R 0.635 0.054 0.050 0.211 0.012 0.012 0.015 0.003 0.006 0.001 0.001 48 A 0.374 0.093 0.198 0.263 0.039 0.006 0.014 0.006 0.003 0.004 0.001 49 G 0.198 0.056 0.072 0.167 0.096 0.015 0.173 0.188 0.013 0.022 0.001 50 I 0.037 0.564 0.268 0.020 0.042 0.043 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 51 R 0.134 0.439 0.146 0.194 0.024 0.029 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 52 G 0.037 0.155 0.089 0.019 0.573 0.006 0.035 0.040 0.008 0.039 0.001 53 L 0.080 0.580 0.185 0.047 0.042 0.036 0.004 0.001 0.023 0.001 0.002 54 F 0.035 0.424 0.270 0.059 0.101 0.055 0.013 0.002 0.038 0.004 0.001 55 S 0.036 0.242 0.469 0.018 0.140 0.036 0.007 0.002 0.030 0.020 0.001 56 D 0.605 0.034 0.114 0.128 0.028 0.042 0.016 0.009 0.014 0.008 0.002 57 A 0.864 0.009 0.024 0.082 0.005 0.003 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 58 D 0.736 0.015 0.039 0.175 0.005 0.011 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 59 A 0.807 0.024 0.039 0.101 0.006 0.008 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 60 Y 0.790 0.033 0.056 0.090 0.011 0.005 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 61 H 0.722 0.042 0.072 0.070 0.010 0.037 0.016 0.003 0.021 0.005 0.001 62 L 0.986 0.002 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 D 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.975 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.956 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 F 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 P 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.988 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 L 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 M 0.912 0.001 0.002 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.800 0.014 0.073 0.076 0.002 0.018 0.005 0.002 0.009 0.001 0.001 78 T 0.786 0.022 0.032 0.144 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 79 S 0.331 0.055 0.064 0.481 0.042 0.003 0.012 0.005 0.007 0.002 0.001 80 G 0.088 0.018 0.070 0.022 0.121 0.002 0.035 0.439 0.005 0.200 0.001 81 E 0.194 0.190 0.403 0.082 0.044 0.056 0.010 0.002 0.014 0.002 0.005 82 L 0.093 0.295 0.429 0.071 0.020 0.072 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 83 N 0.011 0.149 0.417 0.004 0.034 0.074 0.007 0.001 0.301 0.002 0.001 84 P 0.877 0.002 0.075 0.025 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 85 R 0.609 0.019 0.046 0.289 0.006 0.007 0.010 0.005 0.006 0.001 0.001 86 H 0.291 0.091 0.164 0.310 0.029 0.029 0.046 0.009 0.027 0.004 0.001 87 Q 0.225 0.160 0.264 0.180 0.034 0.034 0.071 0.010 0.015 0.004 0.001 88 H 0.067 0.371 0.227 0.104 0.110 0.029 0.047 0.007 0.035 0.003 0.001 89 T 0.038 0.495 0.354 0.019 0.056 0.025 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 90 V 0.012 0.830 0.088 0.006 0.035 0.013 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 91 T 0.010 0.735 0.148 0.004 0.037 0.036 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 92 L 0.030 0.690 0.167 0.008 0.027 0.048 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 93 Y 0.044 0.585 0.164 0.016 0.116 0.038 0.006 0.001 0.027 0.003 0.001 94 A 0.163 0.386 0.230 0.052 0.087 0.034 0.019 0.004 0.019 0.004 0.001 95 K 0.099 0.198 0.332 0.179 0.076 0.017 0.069 0.006 0.018 0.005 0.001 96 G 0.016 0.008 0.023 0.024 0.050 0.002 0.165 0.627 0.003 0.081 0.001 97 L 0.032 0.325 0.488 0.039 0.040 0.052 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 98 T 0.036 0.569 0.221 0.039 0.076 0.030 0.007 0.002 0.016 0.004 0.001 99 C 0.082 0.448 0.189 0.037 0.168 0.024 0.011 0.004 0.030 0.007 0.001 100 K 0.147 0.216 0.421 0.066 0.023 0.076 0.011 0.004 0.033 0.002 0.002 101 A 0.269 0.174 0.302 0.045 0.093 0.048 0.025 0.008 0.025 0.012 0.001 102 D 0.467 0.029 0.099 0.289 0.016 0.058 0.022 0.004 0.011 0.002 0.002 103 T 0.215 0.274 0.174 0.188 0.085 0.024 0.008 0.002 0.029 0.002 0.001 104 L 0.472 0.083 0.183 0.193 0.013 0.029 0.010 0.004 0.010 0.002 0.001 105 S 0.224 0.086 0.140 0.230 0.111 0.016 0.082 0.057 0.026 0.029 0.001 106 S 0.213 0.091 0.252 0.137 0.138 0.038 0.037 0.031 0.017 0.042 0.002 107 C 0.303 0.109 0.155 0.314 0.059 0.015 0.015 0.012 0.007 0.009 0.001 108 D 0.197 0.101 0.173 0.227 0.137 0.011 0.089 0.037 0.009 0.018 0.001 109 Y 0.030 0.532 0.250 0.038 0.114 0.021 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 110 V 0.011 0.788 0.151 0.005 0.017 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 111 Y 0.004 0.836 0.105 0.001 0.021 0.011 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 112 L 0.007 0.616 0.314 0.001 0.004 0.043 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 113 A 0.009 0.754 0.137 0.003 0.060 0.020 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 114 V 0.014 0.777 0.135 0.012 0.023 0.018 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 115 Y 0.002 0.383 0.327 0.001 0.021 0.050 0.005 0.001 0.212 0.001 0.001 116 P 0.379 0.002 0.443 0.054 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 117 T 0.017 0.325 0.362 0.003 0.222 0.008 0.005 0.001 0.053 0.003 0.001 118 P 0.543 0.010 0.359 0.016 0.001 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.051 119 E 0.408 0.088 0.180 0.222 0.035 0.017 0.011 0.009 0.027 0.002 0.001 120 M 0.213 0.153 0.379 0.144 0.028 0.051 0.008 0.003 0.017 0.003 0.001 121 K 0.204 0.135 0.313 0.218 0.020 0.047 0.021 0.009 0.027 0.005 0.001 122 N 0.155 0.135 0.244 0.134 0.100 0.027 0.104 0.044 0.022 0.035 0.001