# TARGET T0304 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0304.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.63225 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.121 0.168 0.063 0.016 0.186 0.013 0.025 0.175 0.094 0.085 0.055 2 S 0.054 0.195 0.083 0.029 0.150 0.028 0.052 0.198 0.134 0.052 0.025 3 D 0.072 0.100 0.036 0.008 0.132 0.012 0.048 0.273 0.184 0.100 0.036 4 T 0.103 0.128 0.060 0.010 0.150 0.014 0.044 0.131 0.112 0.189 0.060 5 L 0.087 0.268 0.283 0.032 0.187 0.011 0.011 0.047 0.024 0.026 0.025 6 P 0.014 0.114 0.081 0.072 0.038 0.113 0.250 0.199 0.080 0.028 0.011 7 G 0.036 0.044 0.047 0.039 0.043 0.018 0.017 0.053 0.119 0.484 0.101 8 T 0.096 0.253 0.083 0.006 0.310 0.008 0.024 0.064 0.069 0.059 0.029 9 T 0.126 0.275 0.111 0.006 0.299 0.005 0.019 0.035 0.030 0.052 0.044 10 L 0.066 0.388 0.267 0.012 0.195 0.004 0.013 0.020 0.010 0.010 0.016 11 P 0.050 0.376 0.194 0.024 0.150 0.018 0.021 0.064 0.044 0.035 0.024 12 D 0.046 0.133 0.079 0.025 0.096 0.041 0.062 0.176 0.196 0.110 0.036 13 D 0.067 0.107 0.064 0.021 0.103 0.022 0.071 0.182 0.153 0.153 0.058 14 N 0.059 0.068 0.034 0.018 0.082 0.013 0.038 0.145 0.187 0.302 0.052 15 H 0.053 0.142 0.052 0.024 0.123 0.023 0.058 0.181 0.157 0.148 0.039 16 D 0.055 0.062 0.049 0.023 0.060 0.019 0.037 0.095 0.160 0.340 0.100 17 R 0.063 0.330 0.192 0.018 0.221 0.009 0.016 0.062 0.039 0.030 0.021 18 P 0.144 0.170 0.065 0.007 0.219 0.008 0.029 0.126 0.119 0.060 0.052 19 W 0.110 0.096 0.048 0.023 0.130 0.043 0.102 0.184 0.121 0.095 0.048 20 W 0.053 0.259 0.119 0.071 0.143 0.033 0.077 0.078 0.058 0.074 0.035 21 G 0.087 0.047 0.078 0.081 0.054 0.039 0.015 0.030 0.050 0.392 0.127 22 L 0.025 0.533 0.213 0.007 0.168 0.002 0.006 0.025 0.011 0.006 0.004 23 P 0.247 0.175 0.049 0.007 0.312 0.007 0.018 0.049 0.028 0.028 0.080 24 C 0.072 0.272 0.071 0.016 0.275 0.029 0.050 0.099 0.077 0.018 0.020 25 T 0.206 0.083 0.024 0.005 0.293 0.007 0.026 0.086 0.064 0.104 0.101 26 V 0.150 0.306 0.093 0.009 0.278 0.004 0.009 0.032 0.028 0.047 0.043 27 T 0.061 0.419 0.153 0.018 0.236 0.010 0.017 0.040 0.018 0.012 0.016 28 P 0.079 0.191 0.096 0.023 0.143 0.035 0.071 0.179 0.108 0.037 0.040 29 C 0.116 0.082 0.061 0.033 0.156 0.042 0.073 0.203 0.098 0.078 0.058 30 F 0.037 0.133 0.089 0.070 0.064 0.088 0.125 0.221 0.076 0.067 0.028 31 G 0.088 0.086 0.089 0.123 0.086 0.027 0.015 0.092 0.048 0.244 0.102 32 A 0.185 0.164 0.029 0.005 0.332 0.005 0.008 0.133 0.059 0.041 0.038 33 R 0.096 0.210 0.031 0.003 0.377 0.004 0.016 0.196 0.041 0.011 0.014 34 L 0.308 0.043 0.010 0.003 0.243 0.006 0.028 0.259 0.038 0.019 0.044 35 V 0.077 0.100 0.024 0.022 0.164 0.053 0.101 0.328 0.071 0.036 0.024 36 Q 0.132 0.145 0.099 0.027 0.150 0.021 0.041 0.246 0.051 0.045 0.043 37 E 0.017 0.083 0.067 0.122 0.027 0.130 0.167 0.250 0.070 0.050 0.016 38 G 0.013 0.087 0.077 0.303 0.025 0.082 0.038 0.130 0.080 0.136 0.029 39 N 0.036 0.158 0.054 0.026 0.069 0.033 0.062 0.246 0.121 0.157 0.038 40 R 0.086 0.133 0.022 0.008 0.195 0.008 0.028 0.258 0.100 0.111 0.051 41 L 0.231 0.067 0.014 0.008 0.236 0.017 0.023 0.213 0.083 0.039 0.069 42 H 0.070 0.060 0.023 0.025 0.127 0.021 0.055 0.423 0.120 0.043 0.033 43 Y 0.116 0.103 0.027 0.006 0.159 0.004 0.013 0.399 0.079 0.061 0.033 44 L 0.054 0.078 0.020 0.007 0.082 0.014 0.045 0.465 0.143 0.062 0.029 45 A 0.039 0.134 0.061 0.014 0.119 0.018 0.052 0.383 0.105 0.053 0.023 46 D 0.055 0.081 0.052 0.009 0.048 0.009 0.053 0.411 0.174 0.073 0.036 47 R 0.034 0.050 0.016 0.007 0.042 0.009 0.043 0.360 0.241 0.172 0.026 48 A 0.022 0.657 0.094 0.007 0.152 0.006 0.007 0.026 0.016 0.008 0.006 49 G 0.215 0.038 0.022 0.014 0.118 0.015 0.030 0.056 0.035 0.184 0.274 50 I 0.326 0.088 0.022 0.009 0.347 0.011 0.015 0.040 0.018 0.045 0.079 51 R 0.053 0.058 0.027 0.103 0.092 0.089 0.192 0.139 0.101 0.110 0.038 52 G 0.042 0.171 0.214 0.177 0.117 0.055 0.016 0.050 0.044 0.088 0.025 53 L 0.159 0.184 0.037 0.005 0.369 0.005 0.020 0.074 0.039 0.052 0.056 54 F 0.124 0.253 0.093 0.017 0.280 0.009 0.010 0.050 0.030 0.064 0.070 55 S 0.028 0.448 0.231 0.025 0.107 0.013 0.020 0.071 0.021 0.025 0.010 56 D 0.034 0.034 0.022 0.004 0.043 0.002 0.007 0.386 0.336 0.104 0.028 57 A 0.006 0.019 0.006 0.001 0.012 0.003 0.012 0.644 0.263 0.027 0.005 58 D 0.008 0.018 0.005 0.002 0.013 0.003 0.018 0.604 0.192 0.130 0.007 59 A 0.017 0.011 0.003 0.001 0.022 0.003 0.012 0.719 0.157 0.043 0.011 60 Y 0.008 0.084 0.023 0.007 0.038 0.021 0.047 0.597 0.117 0.047 0.010 61 H 0.052 0.087 0.041 0.003 0.061 0.002 0.012 0.521 0.086 0.107 0.028 62 L 0.010 0.008 0.003 0.002 0.007 0.002 0.003 0.734 0.187 0.036 0.006 63 D 0.001 0.005 0.002 0.004 0.002 0.031 0.051 0.776 0.122 0.005 0.001 64 Q 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.016 0.862 0.092 0.018 0.003 65 A 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.011 0.701 0.194 0.079 0.001 66 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.084 0.004 0.001 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 70 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.031 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.011 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.011 0.002 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.036 0.003 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.927 0.065 0.003 0.001 75 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.947 0.036 0.002 0.001 76 M 0.002 0.003 0.002 0.001 0.005 0.002 0.030 0.872 0.058 0.023 0.001 77 L 0.026 0.041 0.014 0.002 0.024 0.003 0.030 0.692 0.107 0.047 0.014 78 T 0.012 0.028 0.020 0.012 0.014 0.024 0.090 0.587 0.128 0.073 0.011 79 S 0.009 0.493 0.195 0.036 0.080 0.014 0.033 0.058 0.035 0.040 0.007 80 G 0.026 0.034 0.041 0.053 0.024 0.021 0.015 0.091 0.145 0.445 0.105 81 E 0.099 0.130 0.024 0.004 0.242 0.008 0.055 0.212 0.088 0.106 0.032 82 L 0.052 0.283 0.148 0.026 0.228 0.028 0.038 0.047 0.044 0.074 0.033 83 N 0.369 0.049 0.013 0.001 0.514 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.048 84 P 0.006 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.163 0.769 0.041 0.004 85 R 0.006 0.012 0.005 0.003 0.008 0.013 0.132 0.365 0.312 0.139 0.005 86 H 0.085 0.175 0.023 0.009 0.180 0.005 0.028 0.087 0.109 0.267 0.032 87 Q 0.191 0.057 0.021 0.010 0.174 0.020 0.039 0.068 0.088 0.157 0.176 88 H 0.103 0.203 0.084 0.021 0.269 0.024 0.042 0.060 0.061 0.077 0.057 89 T 0.369 0.085 0.021 0.003 0.433 0.002 0.004 0.006 0.007 0.015 0.056 90 V 0.166 0.180 0.015 0.002 0.613 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.016 91 T 0.203 0.138 0.012 0.001 0.608 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.026 92 L 0.326 0.110 0.012 0.003 0.471 0.005 0.005 0.011 0.005 0.009 0.042 93 Y 0.308 0.081 0.026 0.018 0.317 0.016 0.024 0.020 0.015 0.053 0.120 94 A 0.151 0.129 0.152 0.133 0.217 0.040 0.016 0.038 0.024 0.041 0.058 95 K 0.002 0.022 0.028 0.163 0.006 0.218 0.392 0.114 0.038 0.013 0.003 96 G 0.054 0.036 0.053 0.069 0.042 0.023 0.007 0.016 0.037 0.461 0.201 97 L 0.138 0.277 0.030 0.002 0.460 0.002 0.003 0.012 0.018 0.022 0.036 98 T 0.187 0.180 0.042 0.005 0.430 0.005 0.012 0.025 0.022 0.037 0.057 99 C 0.219 0.170 0.054 0.017 0.293 0.011 0.018 0.059 0.066 0.047 0.046 100 K 0.141 0.134 0.052 0.028 0.219 0.027 0.042 0.106 0.081 0.103 0.068 101 A 0.119 0.191 0.058 0.021 0.262 0.016 0.029 0.091 0.069 0.080 0.066 102 D 0.150 0.138 0.064 0.018 0.195 0.022 0.054 0.122 0.079 0.086 0.072 103 T 0.095 0.185 0.061 0.017 0.185 0.015 0.032 0.105 0.112 0.144 0.048 104 L 0.133 0.222 0.051 0.036 0.209 0.045 0.039 0.052 0.058 0.086 0.069 105 S 0.131 0.058 0.063 0.087 0.098 0.035 0.054 0.057 0.075 0.178 0.164 106 S 0.084 0.116 0.101 0.063 0.133 0.049 0.053 0.135 0.118 0.104 0.044 107 C 0.053 0.089 0.043 0.045 0.085 0.034 0.099 0.181 0.206 0.132 0.033 108 D 0.083 0.074 0.067 0.089 0.097 0.070 0.065 0.098 0.096 0.195 0.065 109 Y 0.164 0.206 0.035 0.007 0.536 0.004 0.006 0.013 0.007 0.007 0.014 110 V 0.286 0.054 0.003 0.001 0.632 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.015 111 Y 0.355 0.040 0.004 0.003 0.561 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.022 112 L 0.281 0.056 0.003 0.005 0.585 0.011 0.011 0.011 0.002 0.005 0.029 113 A 0.236 0.096 0.007 0.001 0.620 0.002 0.003 0.005 0.002 0.005 0.024 114 V 0.251 0.118 0.012 0.004 0.445 0.005 0.008 0.015 0.008 0.040 0.093 115 Y 0.073 0.387 0.193 0.007 0.299 0.002 0.003 0.008 0.003 0.008 0.015 116 P 0.081 0.366 0.082 0.010 0.252 0.012 0.038 0.056 0.031 0.040 0.031 117 T 0.061 0.413 0.183 0.008 0.241 0.004 0.009 0.027 0.023 0.015 0.017 118 P 0.019 0.038 0.027 0.006 0.038 0.011 0.029 0.411 0.362 0.047 0.013 119 E 0.034 0.079 0.033 0.007 0.065 0.012 0.073 0.393 0.181 0.104 0.018 120 M 0.084 0.103 0.029 0.011 0.114 0.011 0.036 0.256 0.138 0.172 0.046 121 K 0.031 0.103 0.060 0.025 0.070 0.044 0.069 0.307 0.155 0.107 0.029 122 N 0.089 0.141 0.078 0.020 0.154 0.017 0.037 0.168 0.106 0.136 0.055