# TARGET T0303 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2283 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.005 0.004 0.006 0.137 0.830 2 T 0.070 0.033 0.015 0.012 0.214 0.657 3 Q 0.099 0.015 0.017 0.006 0.231 0.632 4 F 0.253 0.007 0.016 0.005 0.272 0.448 5 K 0.618 0.004 0.006 0.002 0.106 0.264 6 L 0.959 0.004 0.001 0.001 0.009 0.027 7 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 8 G 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 9 F 0.944 0.005 0.001 0.001 0.013 0.037 10 D 0.605 0.014 0.002 0.002 0.297 0.080 11 L 0.083 0.004 0.009 0.007 0.805 0.092 12 D 0.025 0.005 0.009 0.005 0.883 0.073 13 G 0.051 0.009 0.010 0.012 0.817 0.100 14 T 0.250 0.029 0.008 0.034 0.227 0.452 15 L 0.492 0.081 0.015 0.067 0.118 0.228 16 V 0.380 0.018 0.035 0.107 0.192 0.268 17 N 0.128 0.016 0.047 0.126 0.283 0.400 18 S 0.022 0.010 0.049 0.271 0.246 0.403 19 L 0.007 0.003 0.065 0.481 0.170 0.274 20 P 0.003 0.001 0.095 0.765 0.088 0.048 21 D 0.004 0.002 0.077 0.795 0.081 0.041 22 L 0.003 0.002 0.048 0.840 0.069 0.038 23 A 0.002 0.001 0.020 0.886 0.052 0.040 24 L 0.001 0.001 0.024 0.924 0.035 0.015 25 S 0.001 0.002 0.023 0.932 0.028 0.014 26 I 0.001 0.001 0.013 0.939 0.025 0.021 27 N 0.001 0.001 0.009 0.940 0.027 0.023 28 S 0.001 0.001 0.005 0.951 0.023 0.020 29 A 0.001 0.001 0.005 0.953 0.023 0.016 30 L 0.003 0.002 0.018 0.907 0.048 0.023 31 K 0.002 0.001 0.035 0.871 0.063 0.029 32 D 0.002 0.001 0.031 0.862 0.059 0.046 33 V 0.002 0.001 0.013 0.824 0.049 0.112 34 N 0.003 0.002 0.007 0.097 0.132 0.760 35 L 0.010 0.005 0.014 0.104 0.204 0.664 36 P 0.024 0.009 0.016 0.113 0.216 0.622 37 Q 0.025 0.011 0.018 0.165 0.235 0.546 38 A 0.027 0.006 0.017 0.191 0.164 0.596 39 S 0.025 0.004 0.033 0.560 0.141 0.237 40 E 0.019 0.002 0.031 0.788 0.082 0.078 41 N 0.024 0.003 0.030 0.773 0.096 0.074 42 L 0.021 0.002 0.023 0.827 0.071 0.055 43 V 0.020 0.002 0.023 0.830 0.068 0.056 44 M 0.016 0.002 0.025 0.827 0.072 0.059 45 T 0.015 0.002 0.022 0.809 0.075 0.078 46 W 0.020 0.004 0.022 0.716 0.113 0.126 47 I 0.021 0.004 0.021 0.639 0.141 0.173 48 G 0.023 0.004 0.020 0.495 0.194 0.264 49 N 0.020 0.005 0.022 0.447 0.220 0.286 50 G 0.024 0.007 0.023 0.459 0.195 0.292 51 A 0.022 0.004 0.030 0.662 0.142 0.140 52 D 0.030 0.003 0.037 0.735 0.106 0.088 53 V 0.045 0.003 0.040 0.758 0.089 0.066 54 L 0.040 0.003 0.036 0.799 0.068 0.054 55 S 0.041 0.003 0.036 0.800 0.063 0.056 56 Q 0.033 0.002 0.030 0.805 0.068 0.062 57 R 0.026 0.003 0.020 0.800 0.065 0.086 58 A 0.026 0.005 0.017 0.718 0.081 0.153 59 V 0.022 0.004 0.018 0.624 0.109 0.223 60 D 0.015 0.003 0.024 0.623 0.128 0.207 61 W 0.015 0.004 0.035 0.629 0.144 0.174 62 A 0.020 0.004 0.041 0.651 0.141 0.143 63 C 0.021 0.004 0.037 0.667 0.135 0.135 64 T 0.016 0.003 0.031 0.703 0.129 0.118 65 Q 0.011 0.003 0.029 0.748 0.112 0.098 66 A 0.008 0.003 0.027 0.742 0.105 0.115 67 E 0.006 0.003 0.033 0.702 0.121 0.134 68 K 0.005 0.002 0.037 0.724 0.116 0.117 69 E 0.004 0.002 0.028 0.714 0.116 0.138 70 L 0.003 0.002 0.024 0.710 0.104 0.158 71 T 0.003 0.002 0.022 0.638 0.123 0.212 72 E 0.002 0.001 0.024 0.743 0.114 0.116 73 D 0.002 0.001 0.020 0.762 0.101 0.113 74 E 0.003 0.002 0.018 0.734 0.105 0.140 75 F 0.003 0.002 0.012 0.794 0.077 0.113 76 K 0.003 0.002 0.010 0.807 0.081 0.097 77 Y 0.003 0.002 0.012 0.829 0.075 0.079 78 F 0.003 0.002 0.012 0.812 0.073 0.098 79 K 0.003 0.001 0.010 0.830 0.067 0.089 80 R 0.003 0.001 0.007 0.857 0.061 0.072 81 Q 0.003 0.001 0.006 0.870 0.049 0.071 82 F 0.003 0.002 0.007 0.853 0.045 0.090 83 G 0.004 0.001 0.006 0.873 0.041 0.075 84 F 0.004 0.001 0.004 0.908 0.033 0.051 85 Y 0.004 0.001 0.004 0.909 0.034 0.049 86 Y 0.006 0.001 0.005 0.901 0.033 0.054 87 G 0.005 0.001 0.007 0.892 0.037 0.057 88 E 0.006 0.001 0.010 0.883 0.045 0.054 89 N 0.006 0.001 0.014 0.862 0.055 0.062 90 L 0.010 0.004 0.024 0.723 0.091 0.148 91 C 0.009 0.004 0.089 0.622 0.140 0.135 92 N 0.011 0.002 0.125 0.502 0.173 0.187 93 I 0.017 0.004 0.086 0.289 0.228 0.375 94 S 0.035 0.017 0.029 0.126 0.245 0.547 95 R 0.031 0.014 0.012 0.058 0.203 0.682 96 L 0.023 0.019 0.010 0.056 0.160 0.732 97 Y 0.014 0.024 0.014 0.073 0.459 0.415 98 P 0.007 0.005 0.035 0.271 0.460 0.222 99 N 0.008 0.009 0.041 0.312 0.393 0.236 100 V 0.001 0.001 0.008 0.941 0.038 0.011 101 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.007 0.003 102 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 103 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 105 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 106 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 107 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.006 0.002 108 K 0.001 0.001 0.013 0.968 0.014 0.004 109 A 0.001 0.001 0.025 0.917 0.042 0.015 110 Q 0.002 0.001 0.022 0.701 0.113 0.161 111 G 0.002 0.001 0.001 0.003 0.086 0.908 112 Y 0.036 0.001 0.001 0.001 0.106 0.856 113 I 0.365 0.004 0.001 0.001 0.088 0.541 114 L 0.977 0.003 0.001 0.001 0.004 0.015 115 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 116 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 117 V 0.936 0.001 0.001 0.001 0.017 0.044 118 T 0.646 0.006 0.002 0.002 0.103 0.241 119 N 0.077 0.007 0.004 0.007 0.345 0.559 120 K 0.017 0.019 0.003 0.013 0.339 0.610 121 P 0.011 0.009 0.008 0.095 0.289 0.588 122 T 0.001 0.001 0.034 0.870 0.061 0.033 123 K 0.002 0.001 0.022 0.911 0.042 0.024 124 H 0.002 0.001 0.017 0.949 0.017 0.014 125 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.004 126 Q 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 127 P 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.001 128 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 129 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.006 0.001 130 T 0.001 0.001 0.006 0.982 0.008 0.003 131 A 0.001 0.001 0.005 0.965 0.016 0.014 132 F 0.001 0.001 0.005 0.887 0.027 0.081 133 G 0.001 0.001 0.001 0.030 0.072 0.894 134 I 0.011 0.006 0.023 0.087 0.241 0.632 135 D 0.061 0.011 0.108 0.127 0.357 0.336 136 H 0.128 0.009 0.258 0.180 0.296 0.129 137 L 0.291 0.015 0.211 0.194 0.168 0.121 138 F 0.296 0.011 0.169 0.259 0.167 0.099 139 S 0.358 0.005 0.120 0.275 0.139 0.102 140 E 0.564 0.005 0.050 0.207 0.086 0.090 141 M 0.742 0.012 0.012 0.119 0.053 0.061 142 L 0.697 0.025 0.006 0.108 0.052 0.111 143 G 0.337 0.015 0.020 0.137 0.150 0.341 144 G 0.063 0.006 0.258 0.192 0.267 0.214 145 Q 0.023 0.004 0.459 0.143 0.279 0.092 146 S 0.023 0.007 0.444 0.141 0.306 0.079 147 L 0.030 0.021 0.242 0.167 0.414 0.127 148 P 0.022 0.009 0.141 0.128 0.445 0.255 149 E 0.030 0.006 0.066 0.080 0.465 0.353 150 I 0.029 0.015 0.034 0.046 0.424 0.451 151 K 0.030 0.033 0.011 0.029 0.360 0.537 152 P 0.027 0.021 0.029 0.048 0.378 0.497 153 H 0.008 0.008 0.012 0.041 0.245 0.686 154 P 0.003 0.002 0.059 0.638 0.133 0.165 155 A 0.002 0.001 0.024 0.831 0.068 0.074 156 P 0.001 0.001 0.016 0.962 0.012 0.009 157 F 0.001 0.001 0.007 0.984 0.006 0.002 158 Y 0.001 0.001 0.003 0.988 0.007 0.002 159 Y 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 160 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 161 C 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 162 G 0.001 0.001 0.008 0.981 0.008 0.003 163 K 0.001 0.001 0.010 0.963 0.015 0.012 164 F 0.003 0.001 0.009 0.823 0.035 0.129 165 G 0.004 0.001 0.001 0.006 0.042 0.947 166 L 0.023 0.012 0.001 0.002 0.058 0.906 167 Y 0.046 0.011 0.003 0.005 0.199 0.736 168 P 0.026 0.006 0.502 0.046 0.328 0.092 169 K 0.070 0.001 0.531 0.032 0.288 0.078 170 Q 0.350 0.003 0.373 0.028 0.191 0.054 171 I 0.879 0.005 0.006 0.011 0.018 0.081 172 L 0.968 0.006 0.001 0.004 0.006 0.016 173 F 0.959 0.003 0.001 0.004 0.008 0.025 174 V 0.764 0.002 0.008 0.011 0.071 0.144 175 G 0.174 0.011 0.013 0.016 0.297 0.489 176 D 0.034 0.016 0.006 0.012 0.368 0.564 177 S 0.012 0.030 0.007 0.025 0.480 0.447 178 Q 0.003 0.002 0.080 0.482 0.376 0.058 179 N 0.002 0.002 0.075 0.626 0.257 0.038 180 D 0.002 0.001 0.031 0.878 0.077 0.012 181 I 0.001 0.001 0.009 0.944 0.035 0.010 182 F 0.002 0.001 0.006 0.963 0.021 0.007 183 A 0.002 0.002 0.009 0.971 0.014 0.002 184 A 0.002 0.001 0.014 0.964 0.017 0.002 185 H 0.002 0.001 0.022 0.955 0.016 0.005 186 S 0.002 0.001 0.023 0.946 0.020 0.009 187 A 0.003 0.001 0.015 0.838 0.051 0.092 188 G 0.004 0.001 0.001 0.006 0.065 0.924 189 C 0.042 0.001 0.001 0.002 0.098 0.856 190 A 0.442 0.004 0.003 0.002 0.084 0.465 191 V 0.956 0.005 0.001 0.001 0.009 0.028 192 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 193 G 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 194 L 0.897 0.003 0.002 0.004 0.028 0.065 195 T 0.584 0.015 0.005 0.009 0.171 0.215 196 Y 0.106 0.015 0.015 0.018 0.479 0.367 197 G 0.035 0.007 0.016 0.017 0.568 0.357 198 Y 0.038 0.015 0.025 0.034 0.526 0.361 199 N 0.038 0.028 0.020 0.065 0.374 0.474 200 Y 0.036 0.014 0.036 0.220 0.288 0.406 201 N 0.011 0.003 0.077 0.491 0.250 0.169 202 I 0.011 0.004 0.074 0.609 0.200 0.103 203 P 0.006 0.002 0.085 0.704 0.153 0.049 204 I 0.009 0.003 0.097 0.676 0.153 0.062 205 A 0.008 0.002 0.139 0.635 0.161 0.054 206 Q 0.007 0.003 0.110 0.641 0.166 0.072 207 S 0.011 0.004 0.053 0.437 0.242 0.253 208 K 0.010 0.003 0.029 0.049 0.305 0.604 209 P 0.060 0.004 0.048 0.053 0.342 0.494 210 D 0.395 0.006 0.063 0.033 0.276 0.228 211 W 0.833 0.012 0.026 0.012 0.060 0.056 212 I 0.913 0.008 0.008 0.006 0.024 0.041 213 F 0.816 0.010 0.024 0.021 0.073 0.055 214 D 0.210 0.011 0.049 0.086 0.331 0.312 215 D 0.062 0.013 0.017 0.069 0.396 0.443 216 F 0.002 0.001 0.294 0.515 0.155 0.033 217 A 0.002 0.001 0.242 0.624 0.090 0.042 218 D 0.001 0.001 0.357 0.605 0.034 0.003 219 I 0.002 0.001 0.118 0.809 0.054 0.017 220 L 0.003 0.001 0.151 0.772 0.064 0.010 221 K 0.002 0.001 0.182 0.685 0.102 0.027 222 I 0.002 0.001 0.131 0.554 0.172 0.140 223 T 0.003 0.018 0.041 0.319 0.138 0.482 224 Q 0.001 0.002 0.004 0.033 0.053 0.908