# TARGET T0303 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2283 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.007 0.024 0.036 0.066 0.106 0.056 0.670 2 T 0.024 0.010 0.057 0.074 0.115 0.173 0.069 0.477 3 Q 0.019 0.007 0.066 0.034 0.073 0.161 0.076 0.565 4 F 0.005 0.004 0.111 0.092 0.094 0.152 0.106 0.436 5 K 0.002 0.002 0.476 0.096 0.145 0.054 0.112 0.114 6 L 0.002 0.001 0.544 0.069 0.125 0.027 0.106 0.125 7 I 0.002 0.001 0.793 0.079 0.065 0.009 0.021 0.031 8 G 0.003 0.001 0.678 0.071 0.112 0.024 0.042 0.069 9 F 0.005 0.001 0.630 0.053 0.081 0.074 0.049 0.107 10 D 0.106 0.005 0.255 0.025 0.035 0.207 0.137 0.231 11 L 0.077 0.010 0.060 0.010 0.013 0.275 0.106 0.448 12 D 0.014 0.008 0.066 0.004 0.018 0.240 0.052 0.598 13 G 0.028 0.013 0.197 0.024 0.070 0.132 0.214 0.323 14 T 0.023 0.019 0.281 0.095 0.101 0.076 0.203 0.202 15 L 0.030 0.025 0.245 0.058 0.100 0.078 0.087 0.376 16 V 0.063 0.019 0.210 0.099 0.107 0.115 0.090 0.298 17 N 0.030 0.045 0.072 0.025 0.040 0.160 0.089 0.539 18 S 0.061 0.354 0.016 0.006 0.009 0.088 0.034 0.432 19 L 0.057 0.726 0.011 0.005 0.005 0.033 0.037 0.127 20 P 0.033 0.828 0.005 0.002 0.003 0.018 0.032 0.080 21 D 0.022 0.552 0.003 0.002 0.002 0.010 0.378 0.031 22 L 0.007 0.859 0.001 0.001 0.001 0.004 0.116 0.012 23 A 0.014 0.594 0.002 0.001 0.002 0.007 0.356 0.025 24 L 0.002 0.117 0.003 0.001 0.001 0.006 0.853 0.015 25 S 0.011 0.679 0.005 0.001 0.002 0.011 0.270 0.021 26 I 0.015 0.950 0.002 0.001 0.001 0.004 0.013 0.015 27 N 0.025 0.854 0.006 0.002 0.002 0.012 0.040 0.059 28 S 0.032 0.763 0.025 0.002 0.002 0.025 0.068 0.082 29 A 0.143 0.651 0.032 0.002 0.002 0.028 0.061 0.082 30 L 0.191 0.043 0.329 0.004 0.002 0.036 0.282 0.113 31 K 0.330 0.049 0.033 0.002 0.002 0.064 0.046 0.473 32 D 0.127 0.007 0.037 0.001 0.001 0.044 0.020 0.764 33 V 0.007 0.005 0.060 0.004 0.006 0.171 0.020 0.726 34 N 0.022 0.008 0.017 0.002 0.006 0.085 0.015 0.845 35 L 0.061 0.022 0.023 0.012 0.007 0.128 0.046 0.701 36 P 0.060 0.098 0.049 0.007 0.008 0.134 0.076 0.568 37 Q 0.096 0.159 0.020 0.006 0.007 0.105 0.111 0.496 38 A 0.061 0.510 0.015 0.004 0.003 0.057 0.045 0.306 39 S 0.048 0.877 0.003 0.001 0.001 0.008 0.019 0.044 40 E 0.031 0.823 0.004 0.002 0.003 0.021 0.028 0.087 41 N 0.013 0.179 0.010 0.006 0.009 0.026 0.682 0.075 42 L 0.013 0.479 0.009 0.008 0.010 0.032 0.385 0.064 43 V 0.037 0.744 0.009 0.008 0.020 0.025 0.072 0.086 44 M 0.053 0.380 0.033 0.039 0.071 0.061 0.117 0.248 45 T 0.059 0.132 0.047 0.042 0.069 0.089 0.284 0.278 46 W 0.067 0.095 0.055 0.051 0.051 0.122 0.185 0.374 47 I 0.114 0.087 0.035 0.020 0.032 0.140 0.050 0.522 48 G 0.086 0.081 0.018 0.012 0.014 0.121 0.038 0.630 49 N 0.033 0.195 0.014 0.007 0.012 0.091 0.031 0.618 50 G 0.073 0.574 0.010 0.004 0.008 0.044 0.054 0.233 51 A 0.045 0.308 0.018 0.012 0.011 0.055 0.355 0.196 52 D 0.023 0.501 0.019 0.012 0.014 0.037 0.263 0.131 53 V 0.050 0.682 0.016 0.009 0.015 0.032 0.075 0.121 54 L 0.058 0.626 0.025 0.018 0.029 0.037 0.068 0.140 55 S 0.066 0.480 0.017 0.013 0.026 0.038 0.151 0.208 56 Q 0.045 0.467 0.022 0.015 0.016 0.055 0.123 0.256 57 R 0.049 0.505 0.027 0.016 0.017 0.075 0.057 0.254 58 A 0.086 0.498 0.028 0.009 0.013 0.062 0.058 0.246 59 V 0.142 0.474 0.016 0.005 0.009 0.050 0.066 0.237 60 D 0.048 0.134 0.018 0.005 0.006 0.044 0.513 0.232 61 W 0.026 0.380 0.016 0.006 0.007 0.059 0.260 0.245 62 A 0.050 0.604 0.015 0.005 0.008 0.049 0.042 0.227 63 C 0.042 0.636 0.022 0.006 0.006 0.043 0.035 0.209 64 T 0.053 0.782 0.010 0.003 0.003 0.021 0.030 0.099 65 Q 0.068 0.720 0.017 0.004 0.003 0.024 0.048 0.117 66 A 0.131 0.628 0.010 0.003 0.003 0.029 0.048 0.148 67 E 0.118 0.117 0.020 0.003 0.003 0.036 0.552 0.153 68 K 0.046 0.325 0.012 0.003 0.004 0.061 0.210 0.338 69 E 0.062 0.282 0.016 0.003 0.005 0.067 0.051 0.515 70 L 0.036 0.246 0.012 0.005 0.004 0.098 0.052 0.549 71 T 0.081 0.660 0.005 0.001 0.002 0.029 0.070 0.151 72 E 0.078 0.748 0.003 0.001 0.001 0.022 0.033 0.115 73 D 0.028 0.815 0.005 0.001 0.001 0.020 0.037 0.092 74 E 0.019 0.882 0.003 0.001 0.001 0.010 0.032 0.052 75 F 0.012 0.937 0.003 0.001 0.001 0.006 0.019 0.023 76 K 0.016 0.893 0.008 0.001 0.001 0.007 0.041 0.033 77 Y 0.022 0.801 0.012 0.002 0.002 0.014 0.096 0.052 78 F 0.035 0.826 0.008 0.001 0.001 0.010 0.078 0.040 79 K 0.052 0.719 0.013 0.002 0.002 0.018 0.097 0.095 80 R 0.040 0.716 0.007 0.002 0.002 0.023 0.061 0.150 81 Q 0.033 0.713 0.008 0.002 0.002 0.025 0.067 0.151 82 F 0.023 0.787 0.006 0.002 0.003 0.025 0.052 0.102 83 G 0.025 0.756 0.010 0.003 0.004 0.020 0.094 0.089 84 F 0.035 0.781 0.009 0.003 0.004 0.023 0.059 0.086 85 Y 0.035 0.378 0.041 0.009 0.009 0.038 0.370 0.119 86 Y 0.033 0.633 0.025 0.007 0.008 0.035 0.138 0.122 87 G 0.118 0.605 0.017 0.005 0.007 0.029 0.064 0.155 88 E 0.051 0.222 0.039 0.019 0.018 0.077 0.199 0.373 89 N 0.070 0.257 0.026 0.011 0.019 0.090 0.148 0.378 90 L 0.125 0.119 0.031 0.015 0.018 0.088 0.209 0.394 91 C 0.077 0.063 0.032 0.021 0.028 0.119 0.125 0.535 92 N 0.125 0.053 0.020 0.012 0.017 0.088 0.053 0.632 93 I 0.062 0.040 0.021 0.015 0.025 0.099 0.056 0.682 94 S 0.128 0.051 0.029 0.010 0.016 0.103 0.051 0.613 95 R 0.014 0.024 0.047 0.030 0.024 0.164 0.063 0.633 96 L 0.045 0.127 0.015 0.004 0.005 0.075 0.021 0.709 97 Y 0.399 0.413 0.009 0.002 0.002 0.019 0.089 0.067 98 P 0.036 0.329 0.014 0.003 0.003 0.065 0.087 0.464 99 N 0.019 0.319 0.006 0.001 0.001 0.015 0.544 0.096 100 V 0.007 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.007 101 K 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.009 102 E 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.015 103 T 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 104 L 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 105 E 0.004 0.980 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 106 A 0.072 0.775 0.057 0.001 0.001 0.007 0.051 0.037 107 L 0.102 0.007 0.371 0.002 0.001 0.005 0.498 0.015 108 K 0.928 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.014 0.050 109 A 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.932 110 Q 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.137 0.003 0.844 111 G 0.004 0.001 0.012 0.001 0.003 0.065 0.012 0.903 112 Y 0.008 0.001 0.083 0.028 0.008 0.195 0.038 0.640 113 I 0.001 0.001 0.855 0.010 0.015 0.025 0.034 0.060 114 L 0.001 0.001 0.667 0.037 0.052 0.018 0.125 0.099 115 A 0.001 0.001 0.955 0.012 0.011 0.001 0.016 0.005 116 V 0.001 0.001 0.863 0.041 0.046 0.006 0.014 0.029 117 V 0.008 0.001 0.683 0.100 0.084 0.029 0.025 0.070 118 T 0.008 0.002 0.248 0.031 0.076 0.130 0.092 0.413 119 N 0.038 0.008 0.045 0.010 0.027 0.238 0.039 0.595 120 K 0.118 0.022 0.016 0.008 0.009 0.179 0.068 0.580 121 P 0.144 0.189 0.008 0.006 0.007 0.078 0.150 0.419 122 T 0.105 0.519 0.007 0.004 0.007 0.046 0.062 0.249 123 K 0.029 0.370 0.010 0.022 0.021 0.086 0.061 0.402 124 H 0.010 0.722 0.010 0.009 0.014 0.031 0.046 0.158 125 V 0.027 0.844 0.003 0.002 0.005 0.015 0.060 0.044 126 Q 0.006 0.080 0.007 0.003 0.003 0.005 0.887 0.009 127 P 0.009 0.864 0.008 0.003 0.005 0.006 0.082 0.022 128 I 0.130 0.678 0.033 0.004 0.011 0.021 0.048 0.073 129 L 0.067 0.207 0.155 0.049 0.026 0.059 0.218 0.219 130 T 0.227 0.164 0.015 0.004 0.008 0.052 0.094 0.437 131 A 0.162 0.071 0.018 0.003 0.003 0.094 0.106 0.544 132 F 0.014 0.074 0.045 0.010 0.009 0.205 0.060 0.584 133 G 0.051 0.267 0.015 0.003 0.005 0.066 0.036 0.557 134 I 0.119 0.500 0.014 0.003 0.003 0.050 0.087 0.223 135 D 0.074 0.331 0.054 0.006 0.007 0.045 0.328 0.156 136 H 0.035 0.341 0.035 0.006 0.009 0.071 0.271 0.231 137 L 0.049 0.343 0.137 0.010 0.015 0.077 0.128 0.242 138 F 0.122 0.239 0.105 0.019 0.027 0.098 0.111 0.278 139 S 0.033 0.096 0.073 0.013 0.025 0.095 0.121 0.544 140 E 0.028 0.083 0.255 0.029 0.055 0.124 0.114 0.311 141 M 0.040 0.037 0.196 0.048 0.071 0.138 0.106 0.365 142 L 0.045 0.014 0.288 0.063 0.062 0.104 0.090 0.333 143 G 0.098 0.035 0.110 0.031 0.065 0.106 0.122 0.433 144 G 0.112 0.024 0.044 0.021 0.033 0.127 0.063 0.578 145 Q 0.023 0.009 0.035 0.027 0.038 0.153 0.035 0.680 146 S 0.029 0.014 0.024 0.014 0.023 0.101 0.045 0.750 147 L 0.255 0.028 0.027 0.030 0.036 0.107 0.075 0.441 148 P 0.109 0.010 0.024 0.029 0.034 0.096 0.059 0.639 149 E 0.043 0.005 0.015 0.026 0.051 0.090 0.036 0.734 150 I 0.043 0.002 0.018 0.021 0.039 0.097 0.045 0.735 151 K 0.029 0.002 0.016 0.034 0.040 0.174 0.022 0.683 152 P 0.011 0.002 0.005 0.004 0.005 0.090 0.015 0.867 153 H 0.080 0.104 0.004 0.005 0.004 0.119 0.033 0.650 154 P 0.102 0.523 0.002 0.001 0.001 0.045 0.021 0.306 155 A 0.038 0.860 0.001 0.001 0.001 0.012 0.038 0.049 156 P 0.009 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.008 157 F 0.009 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.005 158 Y 0.005 0.880 0.007 0.003 0.004 0.004 0.087 0.011 159 Y 0.009 0.945 0.009 0.003 0.004 0.004 0.011 0.015 160 L 0.124 0.604 0.102 0.007 0.009 0.019 0.090 0.045 161 C 0.071 0.041 0.418 0.022 0.011 0.023 0.338 0.075 162 G 0.750 0.009 0.007 0.002 0.002 0.013 0.008 0.208 163 K 0.225 0.001 0.007 0.001 0.002 0.034 0.009 0.722 164 F 0.004 0.001 0.007 0.003 0.005 0.122 0.005 0.854 165 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.072 0.003 0.910 166 L 0.002 0.001 0.007 0.005 0.002 0.085 0.006 0.894 167 Y 0.576 0.021 0.035 0.010 0.004 0.063 0.101 0.190 168 P 0.424 0.023 0.012 0.002 0.003 0.088 0.048 0.400 169 K 0.009 0.007 0.079 0.004 0.013 0.120 0.038 0.730 170 Q 0.007 0.006 0.432 0.037 0.112 0.078 0.125 0.202 171 I 0.006 0.005 0.234 0.065 0.126 0.094 0.139 0.331 172 L 0.004 0.002 0.672 0.080 0.102 0.032 0.030 0.078 173 F 0.015 0.005 0.416 0.091 0.159 0.066 0.077 0.172 174 V 0.036 0.012 0.292 0.066 0.091 0.128 0.110 0.264 175 G 0.052 0.016 0.083 0.020 0.043 0.185 0.072 0.529 176 D 0.073 0.049 0.043 0.012 0.017 0.166 0.111 0.530 177 S 0.167 0.312 0.017 0.006 0.009 0.082 0.066 0.341 178 Q 0.098 0.450 0.016 0.006 0.008 0.066 0.060 0.297 179 N 0.023 0.587 0.009 0.010 0.015 0.048 0.049 0.259 180 D 0.017 0.922 0.003 0.001 0.003 0.008 0.017 0.029 181 I 0.017 0.926 0.003 0.002 0.002 0.006 0.022 0.021 182 F 0.026 0.541 0.070 0.019 0.013 0.014 0.263 0.054 183 A 0.078 0.560 0.030 0.007 0.009 0.019 0.237 0.059 184 A 0.265 0.058 0.140 0.006 0.006 0.023 0.423 0.079 185 H 0.591 0.041 0.008 0.007 0.005 0.027 0.054 0.269 186 S 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.026 0.016 0.932 187 A 0.006 0.008 0.031 0.005 0.009 0.233 0.023 0.685 188 G 0.066 0.022 0.058 0.012 0.028 0.186 0.106 0.522 189 C 0.027 0.011 0.066 0.016 0.011 0.147 0.070 0.651 190 A 0.010 0.011 0.605 0.019 0.054 0.071 0.083 0.146 191 V 0.010 0.006 0.419 0.028 0.049 0.045 0.205 0.238 192 V 0.001 0.001 0.855 0.030 0.026 0.014 0.033 0.038 193 G 0.004 0.003 0.719 0.030 0.066 0.026 0.043 0.109 194 L 0.026 0.005 0.454 0.092 0.088 0.078 0.052 0.206 195 T 0.038 0.007 0.298 0.047 0.078 0.105 0.100 0.327 196 Y 0.067 0.008 0.056 0.024 0.056 0.182 0.057 0.550 197 G 0.040 0.006 0.067 0.031 0.062 0.138 0.089 0.566 198 Y 0.051 0.007 0.028 0.026 0.039 0.117 0.040 0.692 199 N 0.113 0.019 0.027 0.040 0.046 0.118 0.065 0.572 200 Y 0.018 0.023 0.012 0.016 0.023 0.118 0.014 0.776 201 N 0.050 0.092 0.019 0.014 0.024 0.090 0.031 0.680 202 I 0.157 0.186 0.025 0.040 0.025 0.084 0.091 0.393 203 P 0.150 0.132 0.033 0.024 0.027 0.065 0.291 0.279 204 I 0.303 0.084 0.028 0.023 0.025 0.059 0.172 0.307 205 A 0.234 0.036 0.014 0.018 0.028 0.088 0.073 0.509 206 Q 0.016 0.008 0.009 0.006 0.012 0.082 0.028 0.839 207 S 0.040 0.016 0.015 0.010 0.020 0.158 0.030 0.711 208 K 0.129 0.039 0.020 0.013 0.017 0.151 0.058 0.574 209 P 0.034 0.043 0.039 0.017 0.037 0.151 0.075 0.603 210 D 0.022 0.037 0.172 0.035 0.096 0.095 0.139 0.405 211 W 0.009 0.032 0.302 0.112 0.105 0.060 0.102 0.278 212 I 0.020 0.105 0.375 0.052 0.065 0.049 0.082 0.252 213 F 0.076 0.151 0.247 0.044 0.039 0.058 0.118 0.267 214 D 0.027 0.124 0.116 0.025 0.018 0.081 0.209 0.400 215 D 0.037 0.826 0.008 0.001 0.002 0.013 0.032 0.082 216 F 0.072 0.868 0.003 0.001 0.001 0.007 0.014 0.035 217 A 0.036 0.790 0.016 0.004 0.002 0.014 0.043 0.095 218 D 0.051 0.827 0.003 0.001 0.001 0.010 0.028 0.078 219 I 0.106 0.221 0.017 0.002 0.002 0.027 0.558 0.068 220 L 0.065 0.360 0.018 0.007 0.006 0.038 0.330 0.176 221 K 0.082 0.178 0.015 0.004 0.009 0.046 0.069 0.597 222 I 0.059 0.066 0.051 0.011 0.015 0.128 0.141 0.528 223 T 0.104 0.052 0.066 0.023 0.029 0.127 0.162 0.438 224 Q 0.076 0.016 0.013 0.006 0.010 0.081 0.034 0.764