# TARGET T0303 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2283 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 T 0.031 0.029 0.008 0.034 0.007 0.036 0.855 3 Q 0.056 0.021 0.028 0.041 0.157 0.092 0.605 4 F 0.136 0.009 0.010 0.011 0.087 0.023 0.725 5 K 0.451 0.002 0.004 0.007 0.329 0.006 0.200 6 L 0.961 0.004 0.001 0.004 0.004 0.001 0.023 7 I 0.988 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 8 G 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 9 F 0.940 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.045 10 D 0.310 0.005 0.002 0.002 0.031 0.007 0.643 11 L 0.082 0.006 0.036 0.006 0.219 0.398 0.252 12 D 0.028 0.010 0.036 0.007 0.240 0.577 0.102 13 G 0.092 0.010 0.050 0.016 0.301 0.237 0.295 14 T 0.234 0.032 0.027 0.028 0.235 0.076 0.368 15 L 0.408 0.082 0.026 0.029 0.113 0.053 0.290 16 V 0.372 0.061 0.025 0.034 0.101 0.044 0.364 17 N 0.141 0.028 0.016 0.031 0.203 0.060 0.521 18 S 0.038 0.011 0.022 0.113 0.204 0.087 0.524 19 L 0.004 0.002 0.054 0.701 0.080 0.075 0.084 20 P 0.001 0.001 0.041 0.877 0.023 0.041 0.016 21 D 0.001 0.001 0.022 0.932 0.010 0.021 0.014 22 L 0.001 0.001 0.004 0.974 0.005 0.008 0.008 23 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.006 0.005 24 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.005 0.003 25 S 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.005 0.003 26 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.002 27 N 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 28 S 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.013 0.003 29 A 0.001 0.001 0.001 0.975 0.005 0.012 0.007 30 L 0.001 0.001 0.003 0.960 0.008 0.018 0.010 31 K 0.001 0.001 0.009 0.924 0.007 0.051 0.008 32 D 0.001 0.001 0.011 0.823 0.013 0.138 0.014 33 V 0.001 0.002 0.011 0.441 0.048 0.447 0.051 34 N 0.003 0.004 0.014 0.083 0.103 0.550 0.243 35 L 0.010 0.014 0.022 0.043 0.186 0.053 0.673 36 P 0.028 0.022 0.033 0.070 0.158 0.050 0.637 37 Q 0.024 0.014 0.052 0.179 0.142 0.069 0.518 38 A 0.020 0.010 0.039 0.267 0.090 0.066 0.509 39 S 0.012 0.004 0.042 0.640 0.051 0.063 0.189 40 E 0.007 0.002 0.024 0.849 0.023 0.036 0.060 41 N 0.009 0.002 0.020 0.873 0.020 0.031 0.045 42 L 0.016 0.003 0.014 0.883 0.019 0.026 0.040 43 V 0.024 0.003 0.011 0.882 0.020 0.026 0.034 44 M 0.026 0.002 0.014 0.875 0.016 0.041 0.027 45 T 0.023 0.003 0.019 0.837 0.019 0.066 0.033 46 W 0.025 0.006 0.027 0.759 0.033 0.099 0.052 47 I 0.021 0.004 0.028 0.633 0.051 0.189 0.074 48 G 0.016 0.004 0.026 0.484 0.101 0.220 0.149 49 N 0.014 0.005 0.027 0.432 0.150 0.140 0.232 50 G 0.017 0.007 0.028 0.534 0.099 0.103 0.213 51 A 0.010 0.003 0.026 0.763 0.044 0.052 0.102 52 D 0.014 0.003 0.023 0.843 0.025 0.041 0.052 53 V 0.020 0.002 0.019 0.869 0.020 0.030 0.039 54 L 0.029 0.003 0.017 0.870 0.019 0.027 0.034 55 S 0.042 0.003 0.018 0.853 0.016 0.035 0.034 56 Q 0.055 0.003 0.021 0.800 0.020 0.062 0.039 57 R 0.057 0.005 0.024 0.735 0.033 0.080 0.066 58 A 0.050 0.007 0.023 0.677 0.054 0.070 0.118 59 V 0.032 0.005 0.023 0.649 0.058 0.079 0.154 60 D 0.014 0.003 0.023 0.693 0.056 0.085 0.126 61 W 0.010 0.003 0.022 0.727 0.055 0.085 0.099 62 A 0.011 0.004 0.022 0.735 0.052 0.086 0.090 63 C 0.009 0.004 0.018 0.740 0.055 0.069 0.105 64 T 0.010 0.003 0.016 0.765 0.054 0.064 0.088 65 Q 0.009 0.003 0.016 0.778 0.047 0.068 0.079 66 A 0.007 0.003 0.019 0.770 0.043 0.070 0.088 67 E 0.006 0.004 0.028 0.729 0.043 0.096 0.093 68 K 0.005 0.003 0.034 0.701 0.052 0.122 0.084 69 E 0.004 0.003 0.038 0.678 0.053 0.124 0.100 70 L 0.003 0.003 0.040 0.609 0.070 0.143 0.132 71 T 0.002 0.003 0.040 0.594 0.063 0.133 0.165 72 E 0.002 0.002 0.045 0.645 0.065 0.116 0.126 73 D 0.002 0.002 0.040 0.693 0.050 0.124 0.090 74 E 0.002 0.002 0.032 0.718 0.042 0.093 0.111 75 F 0.002 0.002 0.019 0.785 0.041 0.053 0.099 76 K 0.002 0.001 0.012 0.860 0.026 0.043 0.054 77 Y 0.002 0.001 0.009 0.890 0.020 0.037 0.041 78 F 0.001 0.001 0.006 0.912 0.014 0.032 0.034 79 K 0.001 0.001 0.003 0.933 0.012 0.028 0.022 80 R 0.001 0.001 0.002 0.946 0.009 0.026 0.015 81 Q 0.001 0.001 0.001 0.954 0.008 0.019 0.016 82 F 0.001 0.001 0.001 0.960 0.007 0.015 0.016 83 G 0.001 0.001 0.001 0.969 0.006 0.014 0.009 84 F 0.001 0.001 0.001 0.969 0.005 0.016 0.008 85 Y 0.001 0.001 0.001 0.968 0.005 0.014 0.010 86 Y 0.002 0.001 0.002 0.961 0.007 0.016 0.012 87 G 0.002 0.001 0.004 0.946 0.009 0.028 0.011 88 E 0.003 0.001 0.007 0.906 0.012 0.055 0.017 89 N 0.003 0.001 0.014 0.835 0.021 0.096 0.031 90 L 0.005 0.003 0.033 0.666 0.049 0.173 0.069 91 C 0.010 0.005 0.087 0.446 0.092 0.229 0.130 92 N 0.010 0.003 0.132 0.317 0.086 0.336 0.116 93 I 0.015 0.008 0.131 0.204 0.141 0.312 0.189 94 S 0.027 0.009 0.072 0.100 0.213 0.106 0.473 95 R 0.053 0.030 0.071 0.058 0.174 0.116 0.499 96 L 0.055 0.053 0.039 0.065 0.144 0.046 0.598 97 Y 0.017 0.005 0.018 0.019 0.055 0.024 0.862 98 P 0.004 0.003 0.104 0.127 0.096 0.608 0.059 99 N 0.006 0.013 0.070 0.167 0.132 0.460 0.152 100 V 0.002 0.003 0.032 0.851 0.038 0.014 0.060 101 K 0.001 0.001 0.004 0.982 0.003 0.004 0.007 102 E 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.007 0.002 103 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 105 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 106 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 108 K 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.012 0.002 109 A 0.001 0.001 0.009 0.915 0.004 0.068 0.003 110 Q 0.001 0.001 0.006 0.183 0.018 0.790 0.003 111 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.959 0.022 112 Y 0.021 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.940 113 I 0.462 0.001 0.001 0.001 0.227 0.001 0.310 114 L 0.991 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 115 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 116 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 117 V 0.949 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.046 118 T 0.250 0.002 0.001 0.001 0.199 0.021 0.526 119 N 0.018 0.001 0.006 0.006 0.668 0.092 0.208 120 K 0.007 0.014 0.018 0.019 0.541 0.094 0.306 121 P 0.014 0.020 0.048 0.175 0.212 0.077 0.455 122 T 0.002 0.001 0.082 0.785 0.037 0.051 0.042 123 K 0.002 0.001 0.043 0.884 0.013 0.045 0.013 124 H 0.001 0.001 0.020 0.940 0.005 0.024 0.009 125 V 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.006 0.004 126 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 0.002 127 P 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 128 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 129 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 0.001 130 T 0.001 0.001 0.008 0.956 0.001 0.033 0.002 131 A 0.001 0.001 0.016 0.836 0.005 0.139 0.004 132 F 0.001 0.001 0.023 0.319 0.036 0.600 0.021 133 G 0.001 0.009 0.013 0.040 0.077 0.656 0.202 134 I 0.006 0.017 0.066 0.053 0.085 0.053 0.721 135 D 0.023 0.013 0.288 0.118 0.103 0.080 0.376 136 H 0.047 0.007 0.391 0.164 0.075 0.170 0.146 137 L 0.093 0.021 0.218 0.277 0.101 0.143 0.147 138 F 0.241 0.015 0.056 0.227 0.096 0.072 0.293 139 S 0.321 0.003 0.050 0.205 0.170 0.091 0.160 140 E 0.503 0.006 0.045 0.262 0.061 0.064 0.059 141 M 0.657 0.024 0.027 0.172 0.016 0.031 0.073 142 L 0.659 0.030 0.009 0.115 0.036 0.033 0.117 143 G 0.324 0.010 0.009 0.084 0.085 0.058 0.431 144 G 0.046 0.004 0.101 0.255 0.147 0.211 0.234 145 Q 0.027 0.006 0.188 0.227 0.163 0.272 0.116 146 S 0.026 0.012 0.275 0.238 0.129 0.193 0.127 147 L 0.039 0.025 0.168 0.232 0.156 0.153 0.226 148 P 0.033 0.010 0.096 0.165 0.120 0.342 0.235 149 E 0.036 0.015 0.058 0.087 0.228 0.324 0.252 150 I 0.029 0.016 0.022 0.032 0.349 0.141 0.410 151 K 0.033 0.023 0.009 0.017 0.389 0.035 0.494 152 P 0.021 0.041 0.007 0.021 0.161 0.023 0.727 153 H 0.010 0.008 0.005 0.036 0.050 0.015 0.876 154 P 0.002 0.001 0.028 0.630 0.034 0.048 0.257 155 A 0.001 0.001 0.014 0.931 0.008 0.027 0.018 156 P 0.001 0.001 0.008 0.961 0.007 0.011 0.011 157 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.002 0.003 158 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 159 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 160 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 161 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 162 G 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 163 K 0.001 0.001 0.001 0.929 0.002 0.066 0.001 164 F 0.001 0.001 0.003 0.378 0.023 0.585 0.010 165 G 0.001 0.002 0.003 0.011 0.061 0.805 0.118 166 L 0.006 0.016 0.001 0.001 0.154 0.008 0.814 167 Y 0.015 0.011 0.001 0.001 0.031 0.002 0.941 168 P 0.012 0.004 0.568 0.022 0.134 0.176 0.084 169 K 0.009 0.003 0.555 0.017 0.068 0.323 0.024 170 Q 0.109 0.005 0.497 0.020 0.091 0.143 0.134 171 I 0.794 0.020 0.011 0.007 0.010 0.008 0.151 172 L 0.911 0.012 0.004 0.004 0.008 0.009 0.052 173 F 0.939 0.013 0.003 0.002 0.008 0.010 0.025 174 V 0.877 0.006 0.003 0.003 0.022 0.012 0.078 175 G 0.410 0.014 0.003 0.003 0.161 0.054 0.354 176 D 0.042 0.006 0.005 0.005 0.310 0.048 0.584 177 S 0.015 0.007 0.006 0.014 0.283 0.054 0.621 178 Q 0.002 0.001 0.090 0.592 0.091 0.199 0.025 179 N 0.002 0.003 0.088 0.689 0.037 0.146 0.035 180 D 0.001 0.002 0.022 0.851 0.031 0.035 0.057 181 I 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.004 0.005 182 F 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.006 0.004 183 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.007 0.002 184 A 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.005 0.003 185 H 0.001 0.001 0.011 0.968 0.002 0.015 0.002 186 S 0.002 0.001 0.017 0.861 0.006 0.107 0.006 187 A 0.001 0.002 0.016 0.307 0.045 0.606 0.022 188 G 0.004 0.002 0.004 0.005 0.021 0.872 0.092 189 C 0.038 0.001 0.001 0.001 0.042 0.003 0.915 190 A 0.425 0.002 0.001 0.001 0.379 0.003 0.189 191 V 0.977 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 192 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 193 G 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 194 L 0.940 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.052 195 T 0.564 0.007 0.002 0.004 0.078 0.011 0.333 196 Y 0.108 0.006 0.012 0.011 0.280 0.109 0.473 197 G 0.023 0.015 0.028 0.014 0.379 0.210 0.331 198 Y 0.020 0.016 0.053 0.039 0.357 0.225 0.291 199 N 0.016 0.019 0.061 0.064 0.304 0.166 0.370 200 Y 0.012 0.016 0.057 0.115 0.196 0.135 0.469 201 N 0.009 0.008 0.112 0.386 0.119 0.134 0.232 202 I 0.010 0.006 0.140 0.525 0.065 0.101 0.154 203 P 0.008 0.006 0.161 0.581 0.044 0.083 0.116 204 I 0.008 0.004 0.190 0.597 0.039 0.081 0.082 205 A 0.012 0.004 0.267 0.511 0.028 0.122 0.057 206 Q 0.020 0.003 0.204 0.479 0.047 0.172 0.075 207 S 0.024 0.014 0.092 0.414 0.133 0.191 0.132 208 K 0.067 0.022 0.030 0.104 0.156 0.186 0.433 209 P 0.094 0.006 0.008 0.022 0.077 0.029 0.764 210 D 0.390 0.007 0.013 0.031 0.306 0.031 0.223 211 W 0.854 0.034 0.009 0.017 0.016 0.008 0.062 212 I 0.882 0.012 0.008 0.017 0.006 0.009 0.065 213 F 0.692 0.013 0.005 0.017 0.035 0.021 0.218 214 D 0.161 0.020 0.007 0.008 0.340 0.049 0.416 215 D 0.028 0.012 0.002 0.005 0.568 0.012 0.373 216 F 0.001 0.002 0.181 0.680 0.037 0.062 0.038 217 A 0.001 0.002 0.298 0.618 0.015 0.059 0.008 218 D 0.001 0.002 0.416 0.512 0.009 0.052 0.008 219 I 0.001 0.003 0.139 0.790 0.014 0.039 0.015 220 L 0.002 0.002 0.156 0.715 0.012 0.090 0.024 221 K 0.007 0.001 0.172 0.557 0.023 0.203 0.037 222 I 0.009 0.004 0.180 0.490 0.032 0.206 0.079 223 T 0.021 0.079 0.091 0.303 0.016 0.206 0.284 224 Q 0.001 0.001 0.004 0.019 0.004 0.007 0.965