# TARGET T0303 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4702 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.006 0.013 0.055 0.169 0.728 2 T 0.055 0.004 0.011 0.028 0.159 0.742 3 Q 0.101 0.010 0.013 0.011 0.197 0.668 4 F 0.321 0.004 0.003 0.001 0.199 0.472 5 K 0.633 0.001 0.001 0.001 0.060 0.305 6 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 7 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 8 G 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 9 F 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 10 D 0.717 0.006 0.001 0.001 0.113 0.162 11 L 0.174 0.006 0.015 0.006 0.605 0.194 12 D 0.052 0.006 0.035 0.009 0.768 0.130 13 G 0.044 0.005 0.059 0.024 0.805 0.064 14 T 0.195 0.036 0.060 0.065 0.498 0.146 15 L 0.434 0.060 0.052 0.083 0.222 0.149 16 V 0.500 0.055 0.048 0.098 0.155 0.144 17 N 0.264 0.026 0.030 0.108 0.277 0.295 18 S 0.087 0.014 0.015 0.159 0.256 0.468 19 L 0.028 0.013 0.013 0.354 0.182 0.410 20 P 0.006 0.005 0.018 0.724 0.118 0.129 21 D 0.001 0.001 0.018 0.925 0.035 0.019 22 L 0.001 0.001 0.009 0.979 0.008 0.004 23 A 0.001 0.001 0.005 0.986 0.006 0.003 24 L 0.001 0.001 0.006 0.983 0.007 0.003 25 S 0.001 0.001 0.006 0.983 0.007 0.003 26 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 27 N 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 28 S 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 29 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.004 30 L 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.003 31 K 0.001 0.001 0.014 0.968 0.012 0.006 32 D 0.001 0.001 0.019 0.921 0.029 0.030 33 V 0.001 0.001 0.023 0.810 0.047 0.119 34 N 0.001 0.001 0.002 0.016 0.071 0.909 35 L 0.003 0.005 0.004 0.009 0.152 0.827 36 P 0.010 0.008 0.013 0.022 0.268 0.679 37 Q 0.019 0.015 0.066 0.168 0.329 0.403 38 A 0.028 0.011 0.059 0.322 0.264 0.318 39 S 0.028 0.006 0.043 0.485 0.140 0.299 40 E 0.007 0.001 0.052 0.862 0.038 0.039 41 N 0.015 0.001 0.057 0.840 0.052 0.035 42 L 0.032 0.003 0.050 0.847 0.046 0.023 43 V 0.056 0.005 0.024 0.842 0.041 0.033 44 M 0.059 0.003 0.028 0.837 0.044 0.029 45 T 0.044 0.003 0.024 0.838 0.053 0.037 46 W 0.023 0.008 0.019 0.840 0.068 0.042 47 I 0.013 0.007 0.020 0.739 0.128 0.094 48 G 0.007 0.003 0.022 0.394 0.303 0.270 49 N 0.007 0.005 0.019 0.259 0.321 0.389 50 G 0.010 0.006 0.012 0.253 0.215 0.503 51 A 0.008 0.003 0.014 0.760 0.083 0.132 52 D 0.012 0.003 0.012 0.855 0.048 0.069 53 V 0.008 0.001 0.011 0.939 0.022 0.018 54 L 0.010 0.001 0.014 0.945 0.017 0.014 55 S 0.009 0.001 0.013 0.947 0.016 0.014 56 Q 0.007 0.001 0.016 0.948 0.016 0.012 57 R 0.006 0.001 0.013 0.944 0.019 0.017 58 A 0.010 0.001 0.012 0.929 0.023 0.025 59 V 0.012 0.001 0.014 0.923 0.023 0.027 60 D 0.014 0.001 0.022 0.902 0.030 0.031 61 W 0.012 0.001 0.016 0.920 0.024 0.027 62 A 0.008 0.001 0.012 0.927 0.021 0.031 63 C 0.008 0.002 0.014 0.915 0.025 0.036 64 T 0.011 0.002 0.026 0.852 0.047 0.062 65 Q 0.008 0.002 0.034 0.837 0.061 0.057 66 A 0.006 0.002 0.037 0.816 0.068 0.072 67 E 0.010 0.002 0.104 0.649 0.133 0.102 68 K 0.019 0.003 0.121 0.560 0.146 0.151 69 E 0.035 0.012 0.093 0.239 0.226 0.395 70 L 0.026 0.019 0.012 0.116 0.181 0.647 71 T 0.007 0.003 0.001 0.032 0.053 0.903 72 E 0.001 0.001 0.010 0.979 0.006 0.004 73 D 0.001 0.001 0.015 0.974 0.009 0.002 74 E 0.001 0.001 0.015 0.975 0.007 0.001 75 F 0.002 0.001 0.004 0.983 0.005 0.006 76 K 0.001 0.001 0.004 0.984 0.005 0.006 77 Y 0.002 0.001 0.004 0.981 0.007 0.006 78 F 0.001 0.001 0.004 0.980 0.008 0.007 79 K 0.002 0.001 0.005 0.980 0.008 0.004 80 R 0.002 0.001 0.010 0.960 0.017 0.011 81 Q 0.004 0.001 0.009 0.921 0.028 0.038 82 F 0.007 0.002 0.013 0.876 0.041 0.061 83 G 0.025 0.003 0.035 0.650 0.123 0.164 84 F 0.030 0.004 0.054 0.602 0.148 0.161 85 Y 0.029 0.007 0.050 0.662 0.140 0.112 86 Y 0.024 0.005 0.034 0.692 0.141 0.104 87 G 0.021 0.003 0.072 0.624 0.168 0.112 88 E 0.025 0.003 0.129 0.602 0.158 0.083 89 N 0.057 0.013 0.146 0.521 0.170 0.093 90 L 0.057 0.014 0.124 0.536 0.168 0.101 91 C 0.043 0.006 0.087 0.565 0.175 0.124 92 N 0.037 0.008 0.086 0.533 0.182 0.155 93 I 0.060 0.011 0.115 0.395 0.226 0.194 94 S 0.092 0.013 0.111 0.310 0.234 0.239 95 R 0.107 0.051 0.089 0.159 0.251 0.344 96 L 0.053 0.048 0.029 0.085 0.221 0.565 97 Y 0.019 0.011 0.009 0.028 0.487 0.446 98 P 0.001 0.002 0.125 0.378 0.424 0.071 99 N 0.002 0.002 0.105 0.458 0.359 0.074 100 V 0.001 0.001 0.025 0.949 0.023 0.003 101 K 0.001 0.001 0.005 0.981 0.007 0.006 102 E 0.001 0.001 0.005 0.984 0.006 0.004 103 T 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.002 104 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 105 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 106 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 107 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 108 K 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 109 A 0.001 0.001 0.010 0.986 0.003 0.001 110 Q 0.001 0.001 0.024 0.894 0.013 0.069 111 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.990 112 Y 0.059 0.001 0.001 0.001 0.042 0.897 113 I 0.807 0.001 0.001 0.001 0.018 0.174 114 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 115 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 117 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 118 T 0.574 0.003 0.001 0.001 0.086 0.337 119 N 0.091 0.005 0.005 0.004 0.293 0.603 120 K 0.025 0.014 0.010 0.009 0.397 0.545 121 P 0.020 0.016 0.026 0.048 0.423 0.467 122 T 0.019 0.015 0.108 0.157 0.440 0.261 123 K 0.012 0.006 0.239 0.280 0.317 0.146 124 H 0.007 0.009 0.209 0.469 0.192 0.113 125 V 0.006 0.006 0.048 0.833 0.052 0.055 126 Q 0.002 0.003 0.018 0.921 0.019 0.037 127 P 0.001 0.001 0.017 0.945 0.021 0.015 128 I 0.001 0.001 0.018 0.968 0.009 0.005 129 L 0.001 0.001 0.016 0.968 0.014 0.002 130 T 0.001 0.001 0.029 0.943 0.020 0.007 131 A 0.001 0.001 0.015 0.946 0.023 0.014 132 F 0.001 0.001 0.008 0.919 0.016 0.057 133 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.985 134 I 0.004 0.005 0.008 0.032 0.069 0.882 135 D 0.017 0.006 0.090 0.109 0.255 0.523 136 H 0.026 0.006 0.307 0.243 0.277 0.142 137 L 0.056 0.005 0.397 0.252 0.208 0.082 138 F 0.123 0.005 0.208 0.290 0.298 0.076 139 S 0.159 0.003 0.111 0.362 0.258 0.107 140 E 0.323 0.005 0.046 0.381 0.151 0.094 141 M 0.462 0.016 0.012 0.351 0.079 0.080 142 L 0.420 0.028 0.008 0.318 0.072 0.155 143 G 0.301 0.016 0.008 0.130 0.184 0.362 144 G 0.112 0.010 0.020 0.046 0.345 0.468 145 Q 0.068 0.012 0.036 0.027 0.411 0.446 146 S 0.048 0.036 0.047 0.029 0.478 0.363 147 L 0.032 0.030 0.034 0.026 0.482 0.396 148 P 0.028 0.027 0.054 0.034 0.445 0.412 149 E 0.026 0.029 0.073 0.050 0.424 0.398 150 I 0.033 0.039 0.047 0.039 0.445 0.398 151 K 0.031 0.036 0.020 0.036 0.350 0.528 152 P 0.020 0.038 0.009 0.045 0.232 0.656 153 H 0.008 0.012 0.004 0.080 0.139 0.758 154 P 0.004 0.003 0.006 0.761 0.059 0.167 155 A 0.002 0.001 0.003 0.950 0.019 0.025 156 P 0.001 0.001 0.004 0.984 0.006 0.005 157 F 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.002 158 Y 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 159 Y 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.001 160 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 161 C 0.001 0.001 0.005 0.991 0.004 0.001 162 G 0.001 0.001 0.009 0.984 0.004 0.001 163 K 0.001 0.001 0.009 0.981 0.007 0.003 164 F 0.001 0.001 0.013 0.960 0.006 0.021 165 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.990 166 L 0.005 0.009 0.001 0.001 0.032 0.953 167 Y 0.032 0.018 0.004 0.001 0.235 0.710 168 P 0.006 0.002 0.746 0.010 0.196 0.039 169 K 0.011 0.001 0.692 0.009 0.246 0.041 170 Q 0.111 0.001 0.667 0.010 0.189 0.023 171 I 0.765 0.016 0.012 0.015 0.073 0.119 172 L 0.922 0.010 0.001 0.004 0.013 0.050 173 F 0.934 0.004 0.001 0.004 0.024 0.033 174 V 0.841 0.008 0.001 0.003 0.037 0.110 175 G 0.345 0.017 0.003 0.004 0.217 0.415 176 D 0.110 0.020 0.004 0.006 0.268 0.591 177 S 0.028 0.011 0.012 0.026 0.341 0.581 178 Q 0.004 0.003 0.232 0.446 0.255 0.060 179 N 0.002 0.001 0.157 0.609 0.192 0.038 180 D 0.003 0.004 0.076 0.800 0.083 0.035 181 I 0.001 0.001 0.006 0.978 0.006 0.009 182 F 0.002 0.001 0.005 0.977 0.010 0.006 183 A 0.001 0.001 0.009 0.973 0.011 0.004 184 A 0.002 0.001 0.010 0.974 0.011 0.002 185 H 0.001 0.001 0.026 0.961 0.009 0.002 186 S 0.001 0.001 0.037 0.943 0.013 0.005 187 A 0.002 0.001 0.036 0.857 0.025 0.080 188 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.973 189 C 0.069 0.003 0.001 0.001 0.073 0.853 190 A 0.541 0.002 0.001 0.001 0.061 0.394 191 V 0.971 0.003 0.001 0.001 0.004 0.021 192 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 193 G 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 194 L 0.920 0.003 0.001 0.003 0.013 0.059 195 T 0.547 0.008 0.005 0.004 0.138 0.299 196 Y 0.163 0.011 0.012 0.010 0.310 0.495 197 G 0.039 0.019 0.015 0.008 0.449 0.471 198 Y 0.048 0.023 0.032 0.031 0.485 0.380 199 N 0.034 0.019 0.030 0.029 0.541 0.348 200 Y 0.039 0.028 0.036 0.090 0.459 0.348 201 N 0.035 0.026 0.025 0.120 0.314 0.480 202 I 0.085 0.035 0.042 0.145 0.271 0.421 203 P 0.093 0.051 0.059 0.152 0.198 0.449 204 I 0.069 0.062 0.193 0.211 0.234 0.230 205 A 0.068 0.016 0.207 0.219 0.285 0.205 206 Q 0.047 0.012 0.143 0.206 0.329 0.263 207 S 0.032 0.023 0.041 0.135 0.305 0.463 208 K 0.018 0.005 0.007 0.008 0.328 0.634 209 P 0.043 0.004 0.032 0.018 0.489 0.414 210 D 0.115 0.012 0.071 0.043 0.411 0.349 211 W 0.687 0.031 0.048 0.029 0.116 0.089 212 I 0.847 0.022 0.010 0.015 0.037 0.069 213 F 0.735 0.017 0.014 0.023 0.067 0.144 214 D 0.313 0.013 0.014 0.032 0.194 0.433 215 D 0.081 0.013 0.045 0.050 0.323 0.488 216 F 0.003 0.001 0.481 0.379 0.111 0.025 217 A 0.003 0.001 0.544 0.367 0.076 0.010 218 D 0.004 0.002 0.449 0.454 0.081 0.010 219 I 0.006 0.008 0.114 0.731 0.081 0.061 220 L 0.011 0.002 0.099 0.711 0.110 0.067 221 K 0.027 0.005 0.077 0.593 0.121 0.178 222 I 0.044 0.009 0.025 0.456 0.075 0.391 223 T 0.027 0.016 0.005 0.308 0.041 0.603 224 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993