# TARGET T0303 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4702 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.019 0.043 0.034 0.064 0.091 0.016 0.643 2 T 0.108 0.014 0.045 0.074 0.077 0.173 0.022 0.488 3 Q 0.069 0.005 0.051 0.046 0.061 0.104 0.015 0.650 4 F 0.080 0.003 0.120 0.094 0.139 0.166 0.010 0.387 5 K 0.024 0.001 0.404 0.223 0.180 0.069 0.006 0.092 6 L 0.004 0.001 0.521 0.114 0.159 0.023 0.002 0.175 7 I 0.001 0.001 0.846 0.078 0.068 0.002 0.001 0.005 8 G 0.001 0.001 0.807 0.076 0.076 0.003 0.001 0.037 9 F 0.001 0.001 0.855 0.046 0.074 0.004 0.001 0.021 10 D 0.001 0.001 0.597 0.103 0.162 0.026 0.001 0.110 11 L 0.002 0.001 0.359 0.045 0.155 0.116 0.002 0.321 12 D 0.003 0.001 0.028 0.007 0.023 0.700 0.004 0.235 13 G 0.205 0.003 0.042 0.030 0.017 0.159 0.056 0.486 14 T 0.307 0.002 0.031 0.008 0.016 0.527 0.008 0.100 15 L 0.068 0.015 0.140 0.137 0.170 0.184 0.009 0.278 16 V 0.039 0.046 0.060 0.173 0.364 0.101 0.005 0.212 17 N 0.026 0.029 0.053 0.112 0.256 0.108 0.010 0.406 18 S 0.074 0.043 0.036 0.036 0.082 0.128 0.014 0.586 19 L 0.062 0.020 0.011 0.012 0.036 0.442 0.009 0.408 20 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.986 21 D 0.010 0.078 0.004 0.005 0.011 0.314 0.003 0.576 22 L 0.073 0.501 0.011 0.005 0.011 0.080 0.006 0.313 23 A 0.024 0.805 0.004 0.002 0.007 0.037 0.002 0.120 24 L 0.017 0.906 0.002 0.001 0.002 0.019 0.002 0.052 25 S 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 26 I 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 27 N 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 28 S 0.005 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 29 A 0.011 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 30 L 0.012 0.953 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.025 31 K 0.020 0.921 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.043 32 D 0.099 0.807 0.005 0.001 0.001 0.002 0.036 0.050 33 V 0.257 0.599 0.018 0.004 0.002 0.002 0.083 0.036 34 N 0.343 0.102 0.055 0.007 0.005 0.014 0.224 0.250 35 L 0.097 0.032 0.577 0.026 0.024 0.031 0.013 0.200 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 37 Q 0.005 0.003 0.020 0.005 0.010 0.048 0.002 0.907 38 A 0.186 0.010 0.044 0.005 0.006 0.125 0.006 0.619 39 S 0.095 0.018 0.022 0.006 0.010 0.133 0.004 0.711 40 E 0.037 0.023 0.011 0.003 0.012 0.042 0.002 0.870 41 N 0.020 0.073 0.006 0.004 0.007 0.289 0.003 0.598 42 L 0.101 0.326 0.004 0.004 0.008 0.215 0.008 0.333 43 V 0.033 0.892 0.003 0.003 0.006 0.008 0.002 0.053 44 M 0.012 0.920 0.005 0.006 0.010 0.006 0.003 0.039 45 T 0.032 0.867 0.007 0.009 0.009 0.004 0.011 0.062 46 W 0.123 0.721 0.015 0.010 0.017 0.009 0.028 0.078 47 I 0.088 0.677 0.028 0.023 0.025 0.017 0.026 0.116 48 G 0.104 0.417 0.054 0.023 0.023 0.036 0.054 0.289 49 N 0.182 0.183 0.068 0.016 0.016 0.073 0.037 0.425 50 G 0.075 0.074 0.029 0.008 0.008 0.060 0.020 0.727 51 A 0.120 0.057 0.052 0.010 0.019 0.119 0.010 0.613 52 D 0.022 0.078 0.031 0.010 0.016 0.148 0.005 0.690 53 V 0.055 0.201 0.018 0.012 0.024 0.192 0.006 0.493 54 L 0.040 0.696 0.014 0.010 0.016 0.072 0.004 0.149 55 S 0.036 0.806 0.009 0.007 0.014 0.026 0.006 0.096 56 Q 0.031 0.844 0.007 0.004 0.008 0.016 0.006 0.084 57 R 0.049 0.815 0.004 0.003 0.003 0.020 0.010 0.095 58 A 0.045 0.877 0.004 0.002 0.003 0.009 0.008 0.053 59 V 0.020 0.901 0.005 0.002 0.004 0.006 0.005 0.056 60 D 0.014 0.862 0.005 0.002 0.003 0.008 0.005 0.101 61 W 0.025 0.870 0.008 0.002 0.003 0.010 0.008 0.073 62 A 0.031 0.908 0.004 0.002 0.002 0.007 0.008 0.036 63 C 0.053 0.811 0.021 0.005 0.006 0.013 0.015 0.075 64 T 0.050 0.783 0.021 0.007 0.007 0.027 0.012 0.094 65 Q 0.075 0.677 0.022 0.005 0.009 0.022 0.016 0.173 66 A 0.080 0.686 0.018 0.005 0.010 0.033 0.017 0.149 67 E 0.130 0.535 0.027 0.006 0.010 0.060 0.028 0.204 68 K 0.277 0.414 0.026 0.006 0.007 0.047 0.040 0.182 69 E 0.470 0.159 0.017 0.006 0.004 0.049 0.061 0.235 70 L 0.337 0.149 0.136 0.010 0.010 0.056 0.022 0.279 71 T 0.051 0.063 0.040 0.008 0.018 0.292 0.011 0.518 72 E 0.012 0.028 0.011 0.002 0.009 0.024 0.002 0.913 73 D 0.009 0.046 0.004 0.001 0.003 0.231 0.002 0.704 74 E 0.026 0.069 0.001 0.001 0.001 0.733 0.003 0.167 75 F 0.017 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 76 K 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.030 77 Y 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 78 F 0.023 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 79 K 0.011 0.967 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.013 80 R 0.006 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 81 Q 0.024 0.936 0.005 0.001 0.001 0.003 0.009 0.021 82 F 0.036 0.909 0.007 0.003 0.003 0.003 0.010 0.030 83 G 0.047 0.789 0.026 0.007 0.008 0.013 0.018 0.092 84 F 0.107 0.629 0.034 0.010 0.010 0.024 0.029 0.157 85 Y 0.138 0.529 0.032 0.010 0.012 0.034 0.030 0.214 86 Y 0.106 0.461 0.054 0.017 0.023 0.051 0.027 0.262 87 G 0.088 0.295 0.057 0.019 0.025 0.065 0.031 0.421 88 E 0.125 0.206 0.055 0.019 0.024 0.102 0.023 0.447 89 N 0.094 0.241 0.038 0.019 0.025 0.100 0.020 0.462 90 L 0.122 0.314 0.075 0.036 0.058 0.071 0.018 0.308 91 C 0.068 0.272 0.087 0.042 0.065 0.112 0.018 0.336 92 N 0.100 0.224 0.047 0.029 0.045 0.091 0.023 0.442 93 I 0.152 0.191 0.064 0.022 0.036 0.071 0.019 0.445 94 S 0.155 0.228 0.045 0.024 0.028 0.103 0.034 0.383 95 R 0.205 0.091 0.111 0.031 0.032 0.079 0.054 0.397 96 L 0.127 0.097 0.080 0.014 0.022 0.098 0.025 0.538 97 Y 0.174 0.089 0.100 0.028 0.073 0.186 0.012 0.338 98 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 99 N 0.008 0.013 0.004 0.003 0.008 0.335 0.002 0.628 100 V 0.451 0.046 0.007 0.001 0.002 0.056 0.010 0.427 101 K 0.033 0.507 0.011 0.002 0.004 0.041 0.003 0.400 102 E 0.020 0.434 0.003 0.001 0.002 0.121 0.002 0.417 103 T 0.015 0.846 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.111 104 L 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 105 E 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 106 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 108 K 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 109 A 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 110 Q 0.203 0.564 0.005 0.002 0.001 0.001 0.216 0.010 111 G 0.831 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.156 0.005 112 Y 0.005 0.001 0.978 0.003 0.001 0.003 0.002 0.007 113 I 0.001 0.001 0.689 0.068 0.065 0.027 0.002 0.147 114 L 0.001 0.001 0.667 0.031 0.065 0.013 0.001 0.221 115 A 0.001 0.001 0.970 0.017 0.010 0.001 0.001 0.002 116 V 0.001 0.001 0.940 0.021 0.013 0.002 0.001 0.023 117 V 0.001 0.001 0.872 0.047 0.062 0.004 0.001 0.015 118 T 0.001 0.001 0.514 0.101 0.164 0.045 0.001 0.173 119 N 0.007 0.001 0.231 0.036 0.135 0.075 0.009 0.505 120 K 0.023 0.001 0.024 0.006 0.016 0.569 0.003 0.359 121 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.997 122 T 0.021 0.004 0.008 0.011 0.029 0.240 0.003 0.683 123 K 0.074 0.013 0.010 0.008 0.012 0.099 0.006 0.779 124 H 0.094 0.051 0.006 0.009 0.018 0.168 0.006 0.648 125 V 0.258 0.173 0.019 0.016 0.037 0.130 0.013 0.355 126 Q 0.050 0.368 0.014 0.013 0.022 0.060 0.004 0.469 127 P 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.973 128 I 0.013 0.724 0.004 0.008 0.018 0.031 0.003 0.199 129 L 0.011 0.940 0.002 0.002 0.005 0.002 0.002 0.035 130 T 0.010 0.957 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.021 131 A 0.043 0.925 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 132 F 0.125 0.809 0.007 0.004 0.001 0.001 0.036 0.017 133 G 0.632 0.081 0.039 0.005 0.003 0.007 0.145 0.088 134 I 0.081 0.083 0.640 0.014 0.017 0.026 0.013 0.126 135 D 0.016 0.074 0.078 0.014 0.034 0.110 0.007 0.666 136 H 0.056 0.077 0.056 0.010 0.017 0.179 0.012 0.594 137 L 0.139 0.186 0.093 0.011 0.013 0.242 0.016 0.299 138 F 0.124 0.249 0.174 0.020 0.032 0.130 0.021 0.251 139 S 0.078 0.332 0.063 0.031 0.046 0.098 0.019 0.333 140 E 0.141 0.249 0.077 0.028 0.047 0.094 0.039 0.324 141 M 0.282 0.261 0.120 0.039 0.049 0.054 0.044 0.151 142 L 0.090 0.178 0.359 0.089 0.086 0.044 0.034 0.120 143 G 0.056 0.089 0.190 0.071 0.100 0.054 0.024 0.416 144 G 0.057 0.042 0.195 0.047 0.090 0.061 0.016 0.492 145 Q 0.052 0.021 0.070 0.034 0.054 0.133 0.018 0.618 146 S 0.055 0.013 0.043 0.020 0.029 0.082 0.023 0.735 147 L 0.121 0.012 0.066 0.038 0.056 0.096 0.010 0.602 148 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 149 E 0.023 0.006 0.031 0.056 0.112 0.133 0.007 0.632 150 I 0.298 0.022 0.027 0.019 0.036 0.079 0.024 0.495 151 K 0.390 0.023 0.098 0.083 0.091 0.058 0.010 0.248 152 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 153 H 0.015 0.005 0.028 0.033 0.105 0.164 0.002 0.648 154 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 155 A 0.011 0.005 0.002 0.004 0.010 0.082 0.001 0.885 156 P 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.944 157 F 0.060 0.304 0.012 0.007 0.021 0.155 0.003 0.439 158 Y 0.011 0.889 0.005 0.003 0.006 0.012 0.001 0.073 159 Y 0.006 0.937 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.048 160 L 0.029 0.906 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.053 161 C 0.013 0.966 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.014 162 G 0.028 0.931 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.024 163 K 0.083 0.831 0.011 0.002 0.002 0.002 0.029 0.041 164 F 0.098 0.748 0.011 0.009 0.004 0.002 0.059 0.068 165 G 0.506 0.044 0.036 0.010 0.007 0.012 0.146 0.240 166 L 0.076 0.025 0.699 0.027 0.019 0.020 0.022 0.112 167 Y 0.019 0.010 0.077 0.047 0.059 0.134 0.005 0.649 168 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 169 K 0.005 0.002 0.067 0.028 0.054 0.441 0.003 0.400 170 Q 0.635 0.002 0.071 0.013 0.010 0.142 0.017 0.109 171 I 0.369 0.018 0.273 0.051 0.068 0.045 0.008 0.169 172 L 0.006 0.003 0.817 0.066 0.058 0.010 0.001 0.038 173 F 0.005 0.006 0.492 0.099 0.129 0.037 0.002 0.230 174 V 0.003 0.004 0.675 0.063 0.170 0.015 0.002 0.068 175 G 0.004 0.010 0.350 0.060 0.117 0.081 0.004 0.375 176 D 0.029 0.006 0.185 0.023 0.053 0.144 0.010 0.551 177 S 0.044 0.008 0.043 0.009 0.016 0.239 0.006 0.635 178 Q 0.066 0.011 0.025 0.004 0.012 0.414 0.008 0.460 179 N 0.057 0.023 0.009 0.002 0.004 0.590 0.007 0.308 180 D 0.119 0.110 0.009 0.003 0.005 0.436 0.010 0.309 181 I 0.034 0.673 0.017 0.005 0.009 0.054 0.003 0.205 182 F 0.014 0.568 0.008 0.003 0.012 0.197 0.004 0.193 183 A 0.021 0.866 0.002 0.002 0.006 0.056 0.002 0.045 184 A 0.011 0.977 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 185 H 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 186 S 0.018 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 187 A 0.145 0.782 0.006 0.004 0.002 0.001 0.055 0.006 188 G 0.784 0.029 0.009 0.004 0.003 0.002 0.150 0.019 189 C 0.027 0.018 0.874 0.016 0.012 0.010 0.009 0.034 190 A 0.009 0.022 0.497 0.102 0.105 0.052 0.009 0.203 191 V 0.006 0.004 0.347 0.021 0.041 0.034 0.003 0.545 192 V 0.001 0.001 0.902 0.051 0.029 0.005 0.001 0.010 193 G 0.003 0.003 0.787 0.050 0.043 0.011 0.001 0.102 194 L 0.002 0.002 0.789 0.060 0.105 0.006 0.002 0.034 195 T 0.005 0.006 0.416 0.104 0.154 0.071 0.002 0.241 196 Y 0.012 0.004 0.205 0.048 0.134 0.078 0.008 0.512 197 G 0.047 0.005 0.083 0.025 0.051 0.163 0.013 0.613 198 Y 0.182 0.007 0.079 0.027 0.037 0.160 0.021 0.487 199 N 0.058 0.011 0.026 0.023 0.028 0.134 0.011 0.710 200 Y 0.108 0.017 0.042 0.022 0.055 0.099 0.012 0.644 201 N 0.068 0.022 0.033 0.019 0.035 0.255 0.017 0.551 202 I 0.147 0.026 0.038 0.029 0.039 0.171 0.011 0.538 203 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 204 I 0.029 0.045 0.024 0.032 0.123 0.147 0.004 0.595 205 A 0.100 0.110 0.019 0.028 0.043 0.110 0.012 0.578 206 Q 0.264 0.142 0.012 0.019 0.043 0.070 0.027 0.422 207 S 0.400 0.167 0.031 0.018 0.026 0.054 0.048 0.256 208 K 0.288 0.066 0.040 0.031 0.027 0.058 0.029 0.461 209 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 210 D 0.067 0.010 0.116 0.066 0.134 0.136 0.012 0.459 211 W 0.155 0.024 0.427 0.066 0.063 0.039 0.008 0.219 212 I 0.041 0.023 0.291 0.059 0.124 0.096 0.006 0.360 213 F 0.047 0.021 0.505 0.069 0.094 0.051 0.004 0.208 214 D 0.029 0.020 0.165 0.033 0.055 0.206 0.005 0.488 215 D 0.057 0.016 0.038 0.011 0.033 0.302 0.009 0.534 216 F 0.071 0.049 0.037 0.007 0.056 0.116 0.008 0.656 217 A 0.023 0.030 0.006 0.003 0.009 0.444 0.006 0.480 218 D 0.064 0.060 0.001 0.001 0.003 0.679 0.009 0.184 219 I 0.205 0.679 0.002 0.002 0.003 0.008 0.005 0.096 220 L 0.029 0.806 0.006 0.005 0.009 0.018 0.009 0.118 221 K 0.181 0.453 0.016 0.014 0.013 0.019 0.057 0.246 222 I 0.361 0.362 0.053 0.016 0.031 0.018 0.038 0.122 223 T 0.088 0.301 0.046 0.055 0.074 0.064 0.024 0.348 224 Q 0.027 0.083 0.053 0.023 0.029 0.044 0.014 0.727