# TARGET T0303 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4702 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.555 0.249 0.116 0.058 0.019 0.004 0.001 2 T 0.520 0.308 0.121 0.042 0.009 0.001 0.001 3 Q 0.257 0.450 0.215 0.067 0.011 0.001 0.001 4 F 0.002 0.019 0.080 0.305 0.433 0.157 0.005 5 K 0.008 0.052 0.174 0.369 0.303 0.084 0.010 6 L 0.001 0.001 0.005 0.020 0.104 0.601 0.268 7 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.336 0.629 8 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.173 0.805 9 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.148 0.837 10 D 0.001 0.001 0.003 0.015 0.077 0.333 0.572 11 L 0.001 0.001 0.004 0.021 0.101 0.408 0.464 12 D 0.002 0.018 0.053 0.121 0.225 0.354 0.228 13 G 0.006 0.024 0.061 0.130 0.214 0.358 0.205 14 T 0.005 0.012 0.028 0.066 0.161 0.397 0.330 15 L 0.009 0.013 0.023 0.058 0.150 0.389 0.359 16 V 0.019 0.033 0.047 0.085 0.175 0.362 0.279 17 N 0.041 0.076 0.110 0.188 0.238 0.229 0.118 18 S 0.043 0.077 0.105 0.188 0.244 0.246 0.097 19 L 0.076 0.153 0.199 0.235 0.180 0.121 0.036 20 P 0.140 0.223 0.207 0.193 0.132 0.081 0.025 21 D 0.094 0.154 0.178 0.203 0.190 0.144 0.038 22 L 0.023 0.034 0.053 0.111 0.223 0.394 0.162 23 A 0.014 0.044 0.089 0.176 0.266 0.309 0.102 24 L 0.026 0.100 0.205 0.257 0.229 0.139 0.045 25 S 0.006 0.010 0.019 0.060 0.198 0.462 0.245 26 I 0.004 0.007 0.009 0.019 0.083 0.425 0.452 27 N 0.014 0.044 0.151 0.310 0.279 0.173 0.029 28 S 0.017 0.132 0.300 0.317 0.167 0.060 0.006 29 A 0.003 0.009 0.026 0.126 0.355 0.429 0.052 30 L 0.004 0.013 0.045 0.197 0.457 0.271 0.013 31 K 0.208 0.445 0.248 0.085 0.013 0.001 0.001 32 D 0.259 0.444 0.215 0.070 0.011 0.001 0.001 33 V 0.034 0.121 0.280 0.365 0.171 0.029 0.001 34 N 0.462 0.357 0.127 0.043 0.010 0.001 0.001 35 L 0.124 0.153 0.226 0.291 0.166 0.038 0.001 36 P 0.434 0.336 0.140 0.060 0.022 0.007 0.001 37 Q 0.375 0.285 0.174 0.107 0.044 0.013 0.001 38 A 0.248 0.211 0.200 0.186 0.109 0.041 0.004 39 S 0.248 0.285 0.210 0.151 0.076 0.027 0.004 40 E 0.231 0.252 0.237 0.171 0.079 0.028 0.004 41 N 0.228 0.300 0.213 0.145 0.078 0.031 0.005 42 L 0.056 0.112 0.177 0.253 0.234 0.144 0.024 43 V 0.031 0.053 0.081 0.178 0.288 0.311 0.057 44 M 0.065 0.159 0.200 0.239 0.192 0.117 0.028 45 T 0.143 0.205 0.196 0.190 0.133 0.103 0.030 46 W 0.042 0.065 0.113 0.196 0.256 0.257 0.071 47 I 0.075 0.113 0.157 0.199 0.198 0.191 0.065 48 G 0.214 0.213 0.161 0.151 0.126 0.101 0.034 49 N 0.235 0.233 0.191 0.160 0.100 0.060 0.021 50 G 0.200 0.207 0.180 0.165 0.129 0.090 0.028 51 A 0.120 0.129 0.145 0.179 0.183 0.181 0.063 52 D 0.235 0.237 0.186 0.155 0.102 0.062 0.023 53 V 0.131 0.214 0.210 0.195 0.140 0.086 0.024 54 L 0.054 0.076 0.099 0.169 0.243 0.270 0.088 55 S 0.060 0.093 0.123 0.188 0.227 0.232 0.077 56 Q 0.127 0.217 0.229 0.212 0.130 0.067 0.018 57 R 0.078 0.183 0.236 0.236 0.156 0.087 0.023 58 A 0.028 0.037 0.051 0.109 0.238 0.393 0.143 59 V 0.046 0.079 0.126 0.198 0.247 0.239 0.066 60 D 0.152 0.248 0.219 0.177 0.114 0.070 0.020 61 W 0.133 0.181 0.213 0.204 0.153 0.094 0.022 62 A 0.101 0.125 0.162 0.202 0.212 0.162 0.036 63 C 0.224 0.228 0.216 0.168 0.106 0.050 0.008 64 T 0.492 0.294 0.129 0.060 0.020 0.005 0.001 65 Q 0.351 0.306 0.199 0.106 0.032 0.006 0.001 66 A 0.285 0.219 0.204 0.184 0.087 0.019 0.001 67 E 0.599 0.253 0.092 0.040 0.013 0.003 0.001 68 K 0.603 0.229 0.112 0.045 0.010 0.001 0.001 69 E 0.579 0.299 0.085 0.029 0.007 0.001 0.001 70 L 0.035 0.090 0.271 0.386 0.182 0.035 0.001 71 T 0.515 0.310 0.118 0.043 0.011 0.002 0.001 72 E 0.593 0.300 0.082 0.020 0.004 0.001 0.001 73 D 0.724 0.176 0.056 0.028 0.012 0.003 0.001 74 E 0.160 0.314 0.266 0.181 0.068 0.010 0.001 75 F 0.036 0.090 0.246 0.393 0.196 0.036 0.002 76 K 0.247 0.470 0.210 0.061 0.010 0.001 0.001 77 Y 0.073 0.261 0.339 0.225 0.081 0.020 0.001 78 F 0.010 0.021 0.047 0.169 0.390 0.339 0.024 79 K 0.017 0.075 0.173 0.301 0.279 0.139 0.016 80 R 0.140 0.286 0.253 0.183 0.088 0.043 0.007 81 Q 0.067 0.148 0.203 0.242 0.194 0.127 0.019 82 F 0.053 0.077 0.122 0.197 0.244 0.240 0.067 83 G 0.158 0.227 0.189 0.157 0.130 0.105 0.035 84 F 0.240 0.214 0.170 0.158 0.114 0.075 0.028 85 Y 0.165 0.162 0.175 0.193 0.164 0.113 0.029 86 Y 0.191 0.173 0.184 0.180 0.148 0.101 0.023 87 G 0.335 0.226 0.167 0.132 0.083 0.046 0.012 88 E 0.420 0.264 0.147 0.094 0.048 0.021 0.006 89 N 0.247 0.246 0.210 0.162 0.087 0.039 0.008 90 L 0.174 0.152 0.145 0.191 0.186 0.130 0.023 91 C 0.174 0.184 0.187 0.194 0.145 0.092 0.024 92 N 0.341 0.257 0.166 0.121 0.070 0.036 0.009 93 I 0.174 0.216 0.197 0.198 0.138 0.068 0.009 94 S 0.070 0.126 0.170 0.250 0.224 0.138 0.022 95 R 0.088 0.223 0.261 0.224 0.131 0.061 0.012 96 L 0.016 0.042 0.095 0.237 0.345 0.247 0.019 97 Y 0.020 0.107 0.217 0.298 0.236 0.114 0.009 98 P 0.183 0.338 0.227 0.130 0.076 0.037 0.009 99 N 0.042 0.221 0.314 0.271 0.116 0.034 0.004 100 V 0.001 0.004 0.015 0.103 0.388 0.439 0.050 101 K 0.016 0.145 0.372 0.343 0.105 0.018 0.001 102 E 0.049 0.407 0.344 0.146 0.043 0.011 0.001 103 T 0.001 0.007 0.031 0.147 0.407 0.380 0.027 104 L 0.001 0.002 0.012 0.075 0.345 0.526 0.039 105 E 0.042 0.387 0.388 0.148 0.030 0.005 0.001 106 A 0.016 0.183 0.373 0.330 0.085 0.011 0.001 107 L 0.001 0.007 0.028 0.188 0.493 0.278 0.006 108 K 0.046 0.295 0.378 0.229 0.048 0.004 0.001 109 A 0.550 0.377 0.061 0.011 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.118 0.444 0.319 0.105 0.013 0.001 0.001 111 G 0.051 0.396 0.359 0.157 0.033 0.003 0.001 112 Y 0.001 0.006 0.048 0.268 0.513 0.161 0.004 113 I 0.001 0.002 0.020 0.130 0.403 0.387 0.059 114 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.050 0.559 0.386 115 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.233 0.755 116 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.124 0.869 117 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.179 0.807 118 T 0.001 0.001 0.002 0.013 0.088 0.458 0.439 119 N 0.001 0.008 0.035 0.146 0.356 0.378 0.076 120 K 0.014 0.138 0.280 0.303 0.185 0.068 0.012 121 P 0.079 0.199 0.228 0.239 0.166 0.077 0.011 122 T 0.139 0.258 0.243 0.201 0.108 0.045 0.006 123 K 0.317 0.307 0.184 0.108 0.057 0.022 0.004 124 H 0.056 0.186 0.261 0.250 0.165 0.075 0.007 125 V 0.008 0.020 0.060 0.193 0.367 0.313 0.039 126 Q 0.065 0.264 0.340 0.227 0.080 0.022 0.002 127 P 0.102 0.390 0.289 0.147 0.053 0.018 0.002 128 I 0.015 0.047 0.106 0.266 0.355 0.200 0.010 129 L 0.011 0.025 0.071 0.243 0.418 0.220 0.011 130 T 0.279 0.427 0.207 0.071 0.014 0.002 0.001 131 A 0.184 0.382 0.259 0.126 0.038 0.010 0.001 132 F 0.023 0.069 0.150 0.287 0.309 0.152 0.009 133 G 0.081 0.244 0.285 0.228 0.120 0.040 0.004 134 I 0.017 0.034 0.086 0.249 0.360 0.233 0.021 135 D 0.111 0.293 0.276 0.183 0.091 0.040 0.006 136 H 0.081 0.234 0.284 0.227 0.118 0.047 0.007 137 L 0.022 0.039 0.073 0.183 0.328 0.311 0.045 138 F 0.017 0.045 0.085 0.184 0.313 0.297 0.059 139 S 0.085 0.193 0.229 0.219 0.145 0.099 0.030 140 E 0.032 0.088 0.175 0.262 0.244 0.163 0.036 141 M 0.015 0.022 0.039 0.094 0.219 0.427 0.184 142 L 0.026 0.040 0.060 0.108 0.206 0.381 0.179 143 G 0.043 0.061 0.090 0.154 0.218 0.281 0.152 144 G 0.051 0.074 0.105 0.208 0.271 0.222 0.068 145 Q 0.133 0.225 0.236 0.209 0.119 0.061 0.017 146 S 0.283 0.274 0.191 0.140 0.071 0.033 0.008 147 L 0.157 0.183 0.186 0.209 0.158 0.090 0.017 148 P 0.374 0.237 0.150 0.112 0.070 0.043 0.013 149 E 0.217 0.217 0.190 0.176 0.121 0.066 0.012 150 I 0.130 0.181 0.184 0.201 0.165 0.113 0.026 151 K 0.052 0.093 0.127 0.187 0.218 0.230 0.093 152 P 0.047 0.095 0.139 0.194 0.211 0.208 0.106 153 H 0.052 0.126 0.169 0.209 0.189 0.179 0.076 154 P 0.053 0.092 0.132 0.207 0.244 0.205 0.068 155 A 0.096 0.250 0.250 0.190 0.124 0.070 0.020 156 P 0.014 0.037 0.071 0.160 0.281 0.336 0.100 157 F 0.003 0.007 0.014 0.047 0.193 0.497 0.239 158 Y 0.011 0.078 0.245 0.343 0.222 0.090 0.011 159 Y 0.012 0.068 0.219 0.360 0.243 0.091 0.007 160 L 0.003 0.005 0.007 0.036 0.213 0.603 0.133 161 C 0.003 0.015 0.072 0.274 0.411 0.213 0.010 162 G 0.095 0.366 0.310 0.166 0.051 0.011 0.001 163 K 0.069 0.220 0.313 0.276 0.100 0.020 0.001 164 F 0.005 0.026 0.097 0.285 0.372 0.202 0.014 165 G 0.176 0.434 0.247 0.101 0.033 0.009 0.001 166 L 0.027 0.061 0.144 0.333 0.326 0.105 0.005 167 Y 0.204 0.424 0.225 0.105 0.034 0.008 0.001 168 P 0.057 0.202 0.287 0.296 0.131 0.025 0.002 169 K 0.132 0.356 0.247 0.163 0.075 0.024 0.004 170 Q 0.004 0.043 0.165 0.394 0.305 0.082 0.006 171 I 0.001 0.002 0.012 0.051 0.206 0.583 0.146 172 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.034 0.390 0.568 173 F 0.001 0.001 0.001 0.007 0.037 0.223 0.731 174 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.168 0.816 175 G 0.001 0.001 0.005 0.022 0.090 0.312 0.569 176 D 0.001 0.004 0.015 0.056 0.169 0.456 0.300 177 S 0.003 0.020 0.054 0.143 0.285 0.348 0.147 178 Q 0.015 0.087 0.178 0.258 0.236 0.174 0.052 179 N 0.010 0.056 0.119 0.196 0.263 0.266 0.090 180 D 0.010 0.032 0.061 0.117 0.221 0.367 0.193 181 I 0.009 0.019 0.039 0.094 0.235 0.426 0.179 182 F 0.018 0.087 0.158 0.202 0.214 0.222 0.098 183 A 0.010 0.014 0.031 0.089 0.209 0.384 0.263 184 A 0.007 0.009 0.011 0.031 0.119 0.458 0.364 185 H 0.015 0.058 0.121 0.214 0.271 0.225 0.096 186 S 0.023 0.081 0.151 0.214 0.248 0.208 0.076 187 A 0.007 0.029 0.052 0.121 0.245 0.353 0.193 188 G 0.010 0.060 0.162 0.263 0.220 0.177 0.107 189 C 0.001 0.004 0.013 0.050 0.191 0.489 0.253 190 A 0.001 0.003 0.022 0.118 0.256 0.358 0.243 191 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.034 0.312 0.643 192 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.166 0.815 193 G 0.001 0.001 0.003 0.010 0.050 0.253 0.683 194 L 0.001 0.001 0.003 0.016 0.086 0.357 0.536 195 T 0.002 0.009 0.027 0.097 0.258 0.449 0.158 196 Y 0.007 0.038 0.115 0.248 0.308 0.243 0.041 197 G 0.038 0.120 0.181 0.240 0.237 0.153 0.030 198 Y 0.128 0.174 0.207 0.228 0.168 0.082 0.012 199 N 0.226 0.244 0.199 0.157 0.106 0.058 0.011 200 Y 0.239 0.204 0.195 0.172 0.120 0.060 0.009 201 N 0.394 0.284 0.164 0.092 0.044 0.018 0.003 202 I 0.346 0.262 0.187 0.124 0.059 0.019 0.003 203 P 0.384 0.302 0.165 0.095 0.040 0.013 0.001 204 I 0.140 0.156 0.214 0.273 0.170 0.045 0.002 205 A 0.435 0.297 0.153 0.079 0.027 0.007 0.001 206 Q 0.520 0.279 0.115 0.058 0.021 0.006 0.001 207 S 0.261 0.225 0.217 0.188 0.085 0.022 0.001 208 K 0.308 0.331 0.197 0.111 0.041 0.011 0.001 209 P 0.056 0.095 0.167 0.293 0.262 0.118 0.010 210 D 0.150 0.298 0.261 0.184 0.080 0.026 0.002 211 W 0.025 0.055 0.115 0.245 0.315 0.219 0.026 212 I 0.020 0.060 0.118 0.226 0.292 0.260 0.024 213 F 0.029 0.073 0.144 0.250 0.298 0.189 0.017 214 D 0.128 0.295 0.275 0.191 0.081 0.025 0.004 215 D 0.052 0.175 0.246 0.256 0.176 0.086 0.008 216 F 0.016 0.034 0.076 0.208 0.360 0.284 0.023 217 A 0.171 0.388 0.266 0.126 0.039 0.009 0.001 218 D 0.077 0.256 0.335 0.229 0.081 0.021 0.001 219 I 0.026 0.029 0.053 0.187 0.393 0.296 0.016 220 L 0.080 0.191 0.300 0.293 0.113 0.021 0.001 221 K 0.433 0.398 0.126 0.035 0.007 0.001 0.001 222 I 0.181 0.203 0.250 0.253 0.095 0.018 0.001 223 T 0.485 0.236 0.145 0.090 0.033 0.010 0.001 224 Q 0.827 0.127 0.031 0.010 0.003 0.001 0.001