# TARGET T0303 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2274 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.006 0.004 0.002 0.103 0.870 2 T 0.037 0.008 0.008 0.005 0.162 0.780 3 Q 0.052 0.012 0.018 0.004 0.211 0.702 4 F 0.244 0.012 0.008 0.002 0.245 0.489 5 K 0.644 0.002 0.002 0.001 0.088 0.263 6 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 7 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 8 G 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 9 F 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 10 D 0.771 0.003 0.001 0.001 0.089 0.135 11 L 0.248 0.007 0.009 0.003 0.474 0.259 12 D 0.060 0.008 0.031 0.005 0.723 0.173 13 G 0.093 0.009 0.051 0.017 0.732 0.098 14 T 0.261 0.023 0.059 0.035 0.436 0.186 15 L 0.525 0.028 0.053 0.053 0.224 0.117 16 V 0.444 0.058 0.044 0.098 0.187 0.169 17 N 0.190 0.035 0.017 0.110 0.272 0.376 18 S 0.030 0.009 0.005 0.190 0.165 0.601 19 L 0.009 0.004 0.007 0.729 0.074 0.178 20 P 0.001 0.001 0.004 0.983 0.008 0.004 21 D 0.001 0.001 0.006 0.980 0.008 0.005 22 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 23 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 24 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 25 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 27 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 28 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 31 K 0.001 0.001 0.008 0.985 0.003 0.003 32 D 0.001 0.001 0.011 0.974 0.006 0.009 33 V 0.001 0.001 0.011 0.936 0.009 0.043 34 N 0.001 0.001 0.002 0.020 0.030 0.947 35 L 0.002 0.005 0.002 0.004 0.081 0.906 36 P 0.010 0.008 0.008 0.007 0.176 0.791 37 Q 0.013 0.014 0.061 0.035 0.343 0.533 38 A 0.012 0.017 0.033 0.041 0.317 0.579 39 S 0.013 0.010 0.033 0.212 0.176 0.557 40 E 0.001 0.001 0.018 0.949 0.014 0.017 41 N 0.001 0.001 0.009 0.978 0.008 0.004 42 L 0.003 0.001 0.008 0.978 0.008 0.003 43 V 0.006 0.001 0.005 0.975 0.007 0.005 44 M 0.006 0.001 0.009 0.972 0.008 0.004 45 T 0.006 0.001 0.008 0.970 0.010 0.006 46 W 0.005 0.001 0.007 0.958 0.017 0.012 47 I 0.005 0.003 0.006 0.916 0.033 0.038 48 G 0.005 0.004 0.008 0.498 0.182 0.303 49 N 0.003 0.004 0.006 0.247 0.241 0.499 50 G 0.005 0.006 0.005 0.216 0.164 0.603 51 A 0.003 0.003 0.008 0.861 0.049 0.076 52 D 0.002 0.001 0.007 0.952 0.020 0.017 53 V 0.003 0.001 0.007 0.968 0.014 0.007 54 L 0.007 0.001 0.010 0.956 0.017 0.009 55 S 0.008 0.001 0.011 0.954 0.016 0.010 56 Q 0.008 0.001 0.016 0.933 0.023 0.019 57 R 0.007 0.001 0.013 0.926 0.025 0.029 58 A 0.009 0.003 0.014 0.878 0.038 0.059 59 V 0.014 0.005 0.014 0.718 0.072 0.177 60 D 0.012 0.002 0.011 0.679 0.072 0.224 61 W 0.006 0.001 0.008 0.930 0.023 0.033 62 A 0.008 0.001 0.007 0.936 0.022 0.026 63 C 0.011 0.001 0.010 0.921 0.029 0.028 64 T 0.017 0.002 0.018 0.896 0.036 0.031 65 Q 0.017 0.003 0.030 0.850 0.057 0.045 66 A 0.010 0.002 0.039 0.817 0.066 0.067 67 E 0.010 0.003 0.094 0.666 0.119 0.108 68 K 0.014 0.005 0.137 0.525 0.160 0.159 69 E 0.019 0.008 0.092 0.246 0.227 0.409 70 L 0.015 0.018 0.013 0.106 0.197 0.651 71 T 0.008 0.006 0.004 0.060 0.103 0.819 72 E 0.001 0.001 0.047 0.921 0.019 0.012 73 D 0.001 0.001 0.055 0.922 0.017 0.005 74 E 0.001 0.001 0.059 0.919 0.016 0.004 75 F 0.004 0.001 0.013 0.956 0.011 0.016 76 K 0.002 0.001 0.010 0.967 0.009 0.011 77 Y 0.002 0.001 0.008 0.977 0.007 0.006 78 F 0.002 0.001 0.006 0.974 0.008 0.009 79 K 0.002 0.001 0.008 0.972 0.009 0.010 80 R 0.001 0.001 0.010 0.963 0.014 0.011 81 Q 0.002 0.001 0.008 0.952 0.015 0.023 82 F 0.001 0.001 0.007 0.963 0.011 0.018 83 G 0.003 0.001 0.019 0.866 0.038 0.072 84 F 0.004 0.001 0.025 0.885 0.042 0.043 85 Y 0.008 0.002 0.019 0.911 0.031 0.029 86 Y 0.005 0.002 0.012 0.936 0.021 0.025 87 G 0.006 0.001 0.029 0.889 0.037 0.037 88 E 0.005 0.001 0.051 0.854 0.055 0.034 89 N 0.006 0.002 0.080 0.785 0.082 0.044 90 L 0.004 0.002 0.088 0.777 0.084 0.045 91 C 0.010 0.004 0.125 0.612 0.155 0.095 92 N 0.016 0.004 0.135 0.448 0.202 0.194 93 I 0.051 0.015 0.131 0.229 0.253 0.321 94 S 0.119 0.051 0.051 0.091 0.225 0.463 95 R 0.152 0.040 0.044 0.036 0.242 0.487 96 L 0.080 0.062 0.016 0.018 0.199 0.624 97 Y 0.020 0.023 0.009 0.013 0.835 0.099 98 P 0.002 0.003 0.047 0.072 0.813 0.062 99 N 0.001 0.001 0.046 0.277 0.598 0.076 100 V 0.002 0.006 0.017 0.856 0.109 0.011 101 K 0.002 0.003 0.004 0.951 0.014 0.026 102 E 0.002 0.003 0.005 0.974 0.009 0.008 103 T 0.003 0.001 0.007 0.975 0.006 0.008 104 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 105 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 106 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 108 K 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 110 Q 0.001 0.001 0.012 0.777 0.044 0.165 111 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.976 112 Y 0.020 0.002 0.001 0.001 0.045 0.934 113 I 0.690 0.002 0.001 0.001 0.037 0.271 114 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 115 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 118 T 0.484 0.002 0.001 0.002 0.116 0.394 119 N 0.033 0.004 0.006 0.006 0.353 0.598 120 K 0.012 0.016 0.014 0.011 0.466 0.482 121 P 0.012 0.022 0.076 0.078 0.465 0.347 122 T 0.007 0.009 0.316 0.135 0.414 0.119 123 K 0.007 0.005 0.364 0.158 0.343 0.123 124 H 0.005 0.004 0.234 0.511 0.145 0.101 125 V 0.014 0.007 0.042 0.811 0.053 0.073 126 Q 0.008 0.003 0.011 0.905 0.024 0.049 127 P 0.005 0.001 0.013 0.941 0.024 0.016 128 I 0.002 0.001 0.013 0.970 0.010 0.003 129 L 0.001 0.001 0.008 0.978 0.010 0.002 130 T 0.001 0.001 0.012 0.969 0.010 0.009 131 A 0.001 0.001 0.011 0.957 0.010 0.020 132 F 0.002 0.003 0.009 0.882 0.018 0.086 133 G 0.001 0.001 0.001 0.010 0.019 0.967 134 I 0.007 0.005 0.024 0.032 0.058 0.873 135 D 0.029 0.008 0.148 0.043 0.185 0.587 136 H 0.025 0.005 0.456 0.055 0.233 0.226 137 L 0.045 0.011 0.500 0.083 0.234 0.128 138 F 0.164 0.014 0.219 0.097 0.363 0.143 139 S 0.169 0.003 0.105 0.081 0.396 0.246 140 E 0.663 0.007 0.032 0.072 0.126 0.100 141 M 0.810 0.020 0.007 0.079 0.042 0.041 142 L 0.763 0.024 0.005 0.103 0.032 0.073 143 G 0.378 0.011 0.008 0.096 0.137 0.368 144 G 0.083 0.004 0.126 0.087 0.362 0.337 145 Q 0.081 0.013 0.181 0.041 0.429 0.255 146 S 0.067 0.033 0.260 0.047 0.430 0.162 147 L 0.035 0.028 0.101 0.039 0.445 0.351 148 P 0.051 0.028 0.147 0.040 0.352 0.382 149 E 0.058 0.038 0.164 0.040 0.351 0.348 150 I 0.062 0.066 0.038 0.028 0.282 0.525 151 K 0.028 0.036 0.007 0.010 0.246 0.674 152 P 0.023 0.050 0.002 0.023 0.173 0.729 153 H 0.007 0.012 0.001 0.028 0.090 0.862 154 P 0.004 0.004 0.002 0.815 0.049 0.125 155 A 0.004 0.002 0.004 0.918 0.032 0.040 156 P 0.001 0.001 0.004 0.980 0.007 0.006 157 F 0.003 0.002 0.006 0.979 0.005 0.005 158 Y 0.001 0.001 0.005 0.989 0.002 0.003 159 Y 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.002 160 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 161 C 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 162 G 0.001 0.001 0.008 0.987 0.003 0.002 163 K 0.001 0.001 0.012 0.980 0.004 0.004 164 F 0.001 0.001 0.012 0.958 0.005 0.024 165 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.985 166 L 0.002 0.005 0.001 0.001 0.031 0.960 167 Y 0.026 0.009 0.005 0.001 0.149 0.810 168 P 0.014 0.003 0.705 0.012 0.181 0.084 169 K 0.033 0.001 0.658 0.009 0.227 0.072 170 Q 0.185 0.002 0.548 0.010 0.199 0.056 171 I 0.835 0.009 0.013 0.014 0.038 0.092 172 L 0.952 0.006 0.002 0.006 0.009 0.025 173 F 0.970 0.003 0.001 0.004 0.009 0.014 174 V 0.915 0.006 0.001 0.005 0.027 0.046 175 G 0.381 0.012 0.004 0.006 0.239 0.358 176 D 0.073 0.011 0.002 0.006 0.348 0.560 177 S 0.017 0.008 0.004 0.027 0.265 0.678 178 Q 0.004 0.003 0.025 0.844 0.084 0.040 179 N 0.002 0.001 0.016 0.933 0.035 0.013 180 D 0.003 0.001 0.013 0.954 0.016 0.014 181 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 182 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 183 A 0.002 0.001 0.003 0.991 0.003 0.001 184 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.001 185 H 0.001 0.001 0.008 0.983 0.006 0.002 186 S 0.004 0.001 0.027 0.933 0.021 0.015 187 A 0.008 0.002 0.031 0.727 0.065 0.168 188 G 0.007 0.002 0.004 0.010 0.052 0.927 189 C 0.057 0.002 0.002 0.001 0.064 0.875 190 A 0.597 0.002 0.001 0.001 0.053 0.346 191 V 0.947 0.002 0.001 0.001 0.007 0.043 192 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 193 G 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 194 L 0.944 0.001 0.001 0.001 0.008 0.045 195 T 0.672 0.005 0.001 0.001 0.095 0.225 196 Y 0.196 0.016 0.004 0.003 0.278 0.503 197 G 0.047 0.012 0.015 0.003 0.466 0.457 198 Y 0.061 0.028 0.041 0.009 0.492 0.369 199 N 0.047 0.018 0.053 0.012 0.531 0.338 200 Y 0.037 0.020 0.065 0.049 0.476 0.352 201 N 0.034 0.015 0.031 0.064 0.339 0.517 202 I 0.039 0.021 0.035 0.101 0.329 0.475 203 P 0.043 0.041 0.076 0.150 0.268 0.422 204 I 0.034 0.047 0.193 0.283 0.243 0.199 205 A 0.056 0.016 0.244 0.255 0.281 0.147 206 Q 0.046 0.012 0.129 0.173 0.366 0.274 207 S 0.034 0.013 0.045 0.126 0.321 0.462 208 K 0.035 0.010 0.007 0.005 0.411 0.532 209 P 0.049 0.004 0.018 0.006 0.439 0.485 210 D 0.123 0.008 0.046 0.014 0.399 0.410 211 W 0.717 0.053 0.028 0.008 0.102 0.092 212 I 0.848 0.018 0.006 0.007 0.033 0.088 213 F 0.825 0.009 0.014 0.008 0.052 0.092 214 D 0.422 0.013 0.015 0.021 0.197 0.333 215 D 0.064 0.006 0.040 0.076 0.235 0.579 216 F 0.004 0.001 0.170 0.755 0.048 0.022 217 A 0.004 0.001 0.207 0.737 0.038 0.013 218 D 0.002 0.001 0.065 0.906 0.021 0.005 219 I 0.001 0.001 0.021 0.969 0.006 0.003 220 L 0.001 0.001 0.029 0.951 0.014 0.006 221 K 0.001 0.001 0.036 0.896 0.038 0.029 222 I 0.001 0.002 0.011 0.843 0.033 0.110 223 T 0.002 0.007 0.003 0.441 0.048 0.500 224 Q 0.001 0.001 0.001 0.011 0.022 0.966