# TARGET T0303 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2274 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.002 0.015 0.024 0.038 0.086 0.030 0.777 2 T 0.038 0.006 0.050 0.052 0.075 0.170 0.059 0.549 3 Q 0.021 0.005 0.063 0.028 0.058 0.169 0.066 0.590 4 F 0.004 0.002 0.112 0.069 0.078 0.154 0.090 0.490 5 K 0.001 0.001 0.501 0.087 0.139 0.050 0.105 0.116 6 L 0.002 0.001 0.525 0.076 0.134 0.026 0.107 0.130 7 I 0.001 0.001 0.810 0.071 0.059 0.009 0.018 0.031 8 G 0.002 0.001 0.701 0.067 0.106 0.021 0.038 0.064 9 F 0.004 0.001 0.665 0.050 0.072 0.066 0.045 0.097 10 D 0.118 0.004 0.273 0.022 0.031 0.198 0.144 0.211 11 L 0.091 0.010 0.062 0.009 0.012 0.273 0.112 0.431 12 D 0.012 0.007 0.066 0.004 0.017 0.245 0.046 0.603 13 G 0.023 0.011 0.201 0.021 0.068 0.135 0.202 0.339 14 T 0.019 0.018 0.304 0.099 0.100 0.072 0.204 0.183 15 L 0.028 0.029 0.263 0.056 0.096 0.075 0.083 0.370 16 V 0.057 0.022 0.247 0.102 0.104 0.107 0.093 0.268 17 N 0.029 0.057 0.090 0.027 0.040 0.159 0.103 0.497 18 S 0.059 0.470 0.015 0.005 0.008 0.070 0.036 0.337 19 L 0.045 0.806 0.007 0.003 0.003 0.021 0.031 0.082 20 P 0.024 0.867 0.004 0.002 0.002 0.013 0.030 0.059 21 D 0.015 0.619 0.002 0.001 0.002 0.007 0.331 0.023 22 L 0.004 0.894 0.001 0.001 0.001 0.003 0.092 0.007 23 A 0.008 0.682 0.001 0.001 0.001 0.004 0.290 0.014 24 L 0.001 0.123 0.002 0.001 0.001 0.004 0.860 0.009 25 S 0.007 0.716 0.004 0.001 0.001 0.007 0.253 0.011 26 I 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 27 N 0.018 0.898 0.005 0.001 0.002 0.007 0.028 0.041 28 S 0.025 0.820 0.025 0.002 0.002 0.018 0.050 0.058 29 A 0.158 0.675 0.035 0.002 0.001 0.021 0.047 0.061 30 L 0.193 0.022 0.428 0.003 0.002 0.025 0.248 0.080 31 K 0.390 0.030 0.026 0.001 0.001 0.051 0.030 0.471 32 D 0.128 0.003 0.030 0.001 0.001 0.034 0.014 0.790 33 V 0.005 0.002 0.056 0.004 0.005 0.171 0.019 0.739 34 N 0.018 0.003 0.011 0.001 0.004 0.067 0.009 0.886 35 L 0.053 0.008 0.018 0.010 0.005 0.119 0.031 0.755 36 P 0.060 0.057 0.055 0.007 0.009 0.154 0.068 0.589 37 Q 0.068 0.079 0.018 0.004 0.006 0.129 0.063 0.632 38 A 0.042 0.322 0.021 0.004 0.002 0.076 0.040 0.492 39 S 0.044 0.922 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.018 40 E 0.035 0.885 0.003 0.001 0.001 0.011 0.018 0.047 41 N 0.012 0.208 0.012 0.004 0.006 0.022 0.666 0.071 42 L 0.013 0.631 0.007 0.004 0.005 0.023 0.268 0.048 43 V 0.042 0.804 0.007 0.003 0.009 0.020 0.052 0.062 44 M 0.060 0.398 0.038 0.031 0.048 0.051 0.148 0.226 45 T 0.109 0.150 0.031 0.025 0.043 0.081 0.235 0.327 46 W 0.116 0.068 0.048 0.031 0.029 0.127 0.157 0.426 47 I 0.076 0.058 0.029 0.015 0.025 0.150 0.041 0.607 48 G 0.055 0.050 0.011 0.005 0.007 0.102 0.020 0.750 49 N 0.031 0.153 0.012 0.006 0.008 0.098 0.027 0.666 50 G 0.066 0.649 0.008 0.003 0.005 0.036 0.046 0.187 51 A 0.055 0.425 0.009 0.005 0.005 0.035 0.324 0.141 52 D 0.016 0.584 0.017 0.008 0.007 0.024 0.256 0.088 53 V 0.028 0.791 0.010 0.005 0.008 0.021 0.053 0.084 54 L 0.040 0.752 0.020 0.009 0.014 0.022 0.066 0.077 55 S 0.058 0.667 0.010 0.006 0.012 0.021 0.129 0.096 56 Q 0.048 0.577 0.016 0.008 0.008 0.033 0.123 0.187 57 R 0.024 0.693 0.015 0.008 0.008 0.044 0.043 0.165 58 A 0.058 0.698 0.020 0.004 0.006 0.035 0.045 0.133 59 V 0.108 0.585 0.017 0.005 0.007 0.042 0.067 0.169 60 D 0.036 0.149 0.018 0.004 0.006 0.036 0.548 0.204 61 W 0.026 0.414 0.015 0.004 0.005 0.044 0.334 0.157 62 A 0.043 0.695 0.013 0.005 0.007 0.036 0.040 0.161 63 C 0.041 0.517 0.041 0.009 0.010 0.051 0.040 0.292 64 T 0.068 0.623 0.021 0.006 0.007 0.043 0.040 0.192 65 Q 0.171 0.385 0.052 0.010 0.008 0.050 0.117 0.207 66 A 0.248 0.287 0.014 0.006 0.007 0.057 0.053 0.328 67 E 0.140 0.045 0.022 0.005 0.006 0.063 0.306 0.413 68 K 0.032 0.135 0.014 0.006 0.008 0.108 0.100 0.596 69 E 0.036 0.114 0.015 0.005 0.009 0.100 0.029 0.692 70 L 0.027 0.123 0.013 0.007 0.005 0.111 0.037 0.676 71 T 0.099 0.755 0.003 0.001 0.001 0.015 0.055 0.071 72 E 0.103 0.779 0.003 0.001 0.001 0.014 0.030 0.071 73 D 0.018 0.814 0.006 0.002 0.002 0.020 0.034 0.104 74 E 0.017 0.919 0.002 0.001 0.001 0.006 0.023 0.032 75 F 0.014 0.951 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 0.012 76 K 0.012 0.915 0.005 0.001 0.001 0.004 0.039 0.024 77 Y 0.014 0.864 0.007 0.001 0.001 0.008 0.070 0.036 78 F 0.024 0.895 0.004 0.001 0.001 0.005 0.053 0.019 79 K 0.040 0.803 0.009 0.001 0.001 0.008 0.094 0.045 80 R 0.021 0.840 0.004 0.001 0.001 0.010 0.042 0.082 81 Q 0.021 0.801 0.007 0.001 0.001 0.015 0.070 0.086 82 F 0.014 0.882 0.004 0.001 0.001 0.011 0.045 0.042 83 G 0.017 0.868 0.005 0.001 0.001 0.008 0.057 0.042 84 F 0.021 0.878 0.005 0.001 0.001 0.011 0.036 0.046 85 Y 0.024 0.437 0.037 0.004 0.003 0.025 0.403 0.067 86 Y 0.026 0.779 0.014 0.002 0.002 0.017 0.102 0.058 87 G 0.109 0.681 0.016 0.002 0.003 0.019 0.066 0.105 88 E 0.045 0.280 0.039 0.011 0.009 0.065 0.215 0.336 89 N 0.076 0.255 0.029 0.006 0.010 0.086 0.168 0.370 90 L 0.160 0.117 0.030 0.009 0.009 0.082 0.211 0.382 91 C 0.114 0.056 0.027 0.012 0.017 0.110 0.118 0.547 92 N 0.091 0.035 0.016 0.007 0.010 0.089 0.037 0.716 93 I 0.042 0.026 0.026 0.012 0.022 0.110 0.049 0.714 94 S 0.115 0.038 0.037 0.010 0.015 0.111 0.050 0.623 95 R 0.013 0.020 0.061 0.030 0.022 0.168 0.058 0.629 96 L 0.043 0.118 0.020 0.004 0.005 0.072 0.020 0.720 97 Y 0.385 0.414 0.011 0.002 0.002 0.020 0.096 0.069 98 P 0.036 0.337 0.017 0.003 0.003 0.063 0.093 0.448 99 N 0.021 0.370 0.007 0.001 0.001 0.015 0.489 0.096 100 V 0.008 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.007 101 K 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.010 102 E 0.004 0.952 0.002 0.001 0.001 0.003 0.021 0.017 103 T 0.006 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.003 104 L 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 105 E 0.005 0.975 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 106 A 0.071 0.780 0.054 0.001 0.001 0.007 0.045 0.041 107 L 0.110 0.006 0.420 0.001 0.001 0.005 0.443 0.015 108 K 0.938 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 0.044 109 A 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.931 110 Q 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.141 0.003 0.840 111 G 0.003 0.001 0.011 0.001 0.003 0.058 0.010 0.914 112 Y 0.011 0.001 0.077 0.026 0.006 0.192 0.036 0.651 113 I 0.001 0.001 0.849 0.008 0.011 0.029 0.034 0.068 114 L 0.002 0.001 0.663 0.027 0.044 0.022 0.128 0.113 115 A 0.001 0.001 0.959 0.009 0.009 0.001 0.017 0.005 116 V 0.001 0.001 0.877 0.032 0.036 0.007 0.015 0.030 117 V 0.007 0.001 0.729 0.079 0.067 0.027 0.025 0.064 118 T 0.008 0.003 0.296 0.028 0.069 0.125 0.104 0.368 119 N 0.042 0.011 0.054 0.011 0.029 0.246 0.047 0.560 120 K 0.112 0.024 0.019 0.008 0.009 0.188 0.072 0.568 121 P 0.152 0.198 0.008 0.005 0.006 0.079 0.149 0.403 122 T 0.121 0.522 0.007 0.003 0.006 0.045 0.066 0.230 123 K 0.033 0.378 0.009 0.018 0.019 0.087 0.054 0.402 124 H 0.012 0.677 0.011 0.009 0.016 0.037 0.050 0.188 125 V 0.028 0.819 0.003 0.003 0.006 0.019 0.065 0.056 126 Q 0.009 0.102 0.009 0.005 0.004 0.007 0.850 0.014 127 P 0.010 0.850 0.009 0.005 0.007 0.008 0.082 0.029 128 I 0.127 0.659 0.037 0.006 0.015 0.023 0.049 0.083 129 L 0.069 0.182 0.161 0.058 0.032 0.062 0.208 0.228 130 T 0.221 0.158 0.017 0.006 0.011 0.055 0.085 0.447 131 A 0.167 0.060 0.018 0.003 0.004 0.090 0.095 0.564 132 F 0.014 0.053 0.042 0.012 0.011 0.201 0.060 0.606 133 G 0.057 0.167 0.018 0.004 0.007 0.076 0.044 0.628 134 I 0.167 0.313 0.017 0.005 0.005 0.065 0.104 0.323 135 D 0.110 0.223 0.052 0.008 0.009 0.063 0.285 0.250 136 H 0.037 0.188 0.037 0.007 0.012 0.107 0.248 0.363 137 L 0.040 0.173 0.137 0.012 0.018 0.116 0.139 0.365 138 F 0.094 0.131 0.112 0.024 0.032 0.134 0.128 0.344 139 S 0.021 0.063 0.095 0.016 0.034 0.106 0.131 0.535 140 E 0.015 0.049 0.416 0.033 0.070 0.095 0.110 0.213 141 M 0.022 0.027 0.317 0.061 0.088 0.102 0.106 0.278 142 L 0.025 0.010 0.479 0.076 0.070 0.067 0.075 0.197 143 G 0.090 0.032 0.190 0.043 0.092 0.101 0.142 0.309 144 G 0.109 0.022 0.063 0.027 0.043 0.138 0.070 0.529 145 Q 0.022 0.008 0.040 0.026 0.040 0.159 0.035 0.669 146 S 0.027 0.013 0.028 0.015 0.024 0.109 0.050 0.735 147 L 0.257 0.026 0.026 0.030 0.038 0.111 0.082 0.429 148 P 0.133 0.009 0.020 0.026 0.032 0.094 0.057 0.629 149 E 0.044 0.004 0.015 0.028 0.057 0.092 0.037 0.724 150 I 0.034 0.002 0.016 0.019 0.038 0.097 0.039 0.756 151 K 0.020 0.002 0.016 0.037 0.043 0.190 0.019 0.673 152 P 0.008 0.002 0.005 0.003 0.005 0.087 0.015 0.875 153 H 0.120 0.163 0.004 0.005 0.004 0.110 0.045 0.549 154 P 0.106 0.588 0.002 0.001 0.001 0.039 0.019 0.246 155 A 0.038 0.868 0.001 0.001 0.001 0.010 0.038 0.043 156 P 0.010 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.008 157 F 0.009 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.005 158 Y 0.005 0.878 0.007 0.003 0.004 0.004 0.087 0.011 159 Y 0.011 0.936 0.010 0.003 0.005 0.005 0.013 0.018 160 L 0.134 0.569 0.106 0.007 0.010 0.022 0.103 0.050 161 C 0.073 0.041 0.401 0.021 0.011 0.024 0.343 0.084 162 G 0.722 0.010 0.007 0.002 0.003 0.015 0.009 0.231 163 K 0.214 0.001 0.007 0.001 0.002 0.037 0.009 0.729 164 F 0.005 0.001 0.008 0.003 0.005 0.125 0.006 0.848 165 G 0.002 0.001 0.004 0.002 0.007 0.071 0.004 0.910 166 L 0.002 0.001 0.008 0.005 0.002 0.090 0.007 0.886 167 Y 0.533 0.020 0.041 0.011 0.004 0.070 0.105 0.216 168 P 0.423 0.020 0.013 0.002 0.003 0.089 0.049 0.400 169 K 0.009 0.007 0.078 0.004 0.013 0.119 0.036 0.734 170 Q 0.007 0.006 0.442 0.034 0.109 0.079 0.116 0.207 171 I 0.005 0.005 0.243 0.061 0.120 0.093 0.135 0.338 172 L 0.003 0.002 0.688 0.081 0.097 0.028 0.030 0.070 173 F 0.015 0.004 0.426 0.088 0.154 0.063 0.082 0.168 174 V 0.041 0.011 0.288 0.073 0.092 0.121 0.119 0.254 175 G 0.044 0.013 0.082 0.021 0.045 0.188 0.064 0.542 176 D 0.058 0.035 0.042 0.012 0.017 0.170 0.102 0.564 177 S 0.179 0.281 0.017 0.007 0.010 0.087 0.063 0.355 178 Q 0.111 0.405 0.016 0.006 0.009 0.074 0.060 0.319 179 N 0.025 0.517 0.012 0.014 0.023 0.059 0.051 0.298 180 D 0.023 0.877 0.006 0.003 0.007 0.014 0.024 0.047 181 I 0.021 0.886 0.006 0.005 0.005 0.012 0.027 0.038 182 F 0.024 0.501 0.094 0.035 0.026 0.018 0.234 0.069 183 A 0.059 0.546 0.037 0.012 0.017 0.022 0.237 0.069 184 A 0.222 0.077 0.166 0.010 0.011 0.025 0.409 0.079 185 H 0.616 0.050 0.010 0.011 0.008 0.027 0.057 0.221 186 S 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 0.029 0.021 0.919 187 A 0.006 0.009 0.036 0.007 0.014 0.224 0.026 0.678 188 G 0.069 0.021 0.058 0.015 0.036 0.182 0.118 0.500 189 C 0.024 0.010 0.064 0.021 0.014 0.144 0.073 0.651 190 A 0.012 0.009 0.546 0.026 0.076 0.077 0.086 0.167 191 V 0.011 0.005 0.349 0.037 0.065 0.048 0.206 0.279 192 V 0.002 0.001 0.812 0.043 0.036 0.018 0.037 0.051 193 G 0.005 0.003 0.645 0.039 0.085 0.032 0.044 0.148 194 L 0.027 0.005 0.380 0.100 0.093 0.088 0.049 0.258 195 T 0.040 0.008 0.258 0.045 0.071 0.110 0.099 0.369 196 Y 0.082 0.010 0.047 0.021 0.045 0.176 0.052 0.567 197 G 0.052 0.008 0.055 0.027 0.048 0.130 0.096 0.585 198 Y 0.065 0.009 0.024 0.022 0.031 0.114 0.042 0.692 199 N 0.120 0.017 0.024 0.035 0.041 0.115 0.065 0.583 200 Y 0.017 0.019 0.011 0.015 0.021 0.117 0.015 0.785 201 N 0.053 0.073 0.018 0.013 0.026 0.097 0.032 0.686 202 I 0.147 0.117 0.023 0.040 0.027 0.099 0.084 0.462 203 P 0.118 0.089 0.032 0.024 0.029 0.075 0.302 0.331 204 I 0.275 0.072 0.027 0.023 0.026 0.069 0.167 0.341 205 A 0.255 0.034 0.014 0.019 0.029 0.092 0.068 0.489 206 Q 0.013 0.007 0.009 0.006 0.013 0.081 0.025 0.844 207 S 0.044 0.014 0.017 0.010 0.023 0.151 0.029 0.711 208 K 0.176 0.035 0.020 0.018 0.020 0.145 0.061 0.524 209 P 0.031 0.032 0.037 0.018 0.038 0.147 0.056 0.642 210 D 0.020 0.030 0.143 0.034 0.105 0.098 0.108 0.461 211 W 0.008 0.027 0.261 0.145 0.123 0.062 0.093 0.281 212 I 0.020 0.102 0.339 0.061 0.078 0.052 0.071 0.277 213 F 0.092 0.150 0.226 0.057 0.050 0.058 0.093 0.274 214 D 0.031 0.124 0.127 0.033 0.025 0.084 0.142 0.436 215 D 0.041 0.808 0.010 0.002 0.002 0.015 0.026 0.097 216 F 0.103 0.821 0.005 0.001 0.001 0.009 0.013 0.047 217 A 0.067 0.660 0.032 0.008 0.005 0.023 0.055 0.149 218 D 0.150 0.579 0.006 0.002 0.003 0.021 0.050 0.189 219 I 0.198 0.073 0.028 0.004 0.004 0.047 0.499 0.147 220 L 0.067 0.109 0.017 0.013 0.013 0.075 0.246 0.459 221 K 0.056 0.027 0.008 0.003 0.008 0.049 0.028 0.822 222 I 0.051 0.016 0.019 0.012 0.013 0.145 0.054 0.689 223 T 0.105 0.020 0.027 0.013 0.019 0.125 0.084 0.608 224 Q 0.076 0.010 0.010 0.006 0.011 0.101 0.030 0.755