# TARGET T0303 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2274 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.019 0.045 0.035 0.063 0.101 0.019 0.629 2 T 0.131 0.012 0.048 0.072 0.067 0.164 0.023 0.483 3 Q 0.041 0.003 0.052 0.038 0.046 0.082 0.011 0.728 4 F 0.075 0.002 0.114 0.087 0.147 0.199 0.009 0.369 5 K 0.016 0.001 0.537 0.201 0.139 0.046 0.004 0.057 6 L 0.003 0.001 0.564 0.099 0.143 0.021 0.001 0.168 7 I 0.001 0.001 0.919 0.040 0.037 0.001 0.001 0.003 8 G 0.001 0.001 0.875 0.052 0.047 0.002 0.001 0.023 9 F 0.001 0.001 0.907 0.028 0.047 0.002 0.001 0.015 10 D 0.001 0.001 0.715 0.068 0.113 0.021 0.001 0.083 11 L 0.001 0.001 0.425 0.039 0.130 0.117 0.001 0.286 12 D 0.003 0.001 0.032 0.006 0.022 0.703 0.003 0.232 13 G 0.185 0.003 0.047 0.025 0.015 0.164 0.053 0.507 14 T 0.311 0.002 0.030 0.006 0.013 0.530 0.008 0.100 15 L 0.073 0.017 0.160 0.122 0.143 0.189 0.009 0.287 16 V 0.039 0.058 0.064 0.154 0.337 0.106 0.005 0.238 17 N 0.025 0.035 0.057 0.107 0.239 0.117 0.010 0.409 18 S 0.080 0.062 0.039 0.035 0.074 0.148 0.014 0.549 19 L 0.056 0.021 0.007 0.008 0.028 0.565 0.007 0.306 20 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.991 21 D 0.007 0.126 0.002 0.004 0.008 0.358 0.002 0.494 22 L 0.047 0.662 0.006 0.002 0.005 0.053 0.005 0.220 23 A 0.010 0.923 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.052 24 L 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 25 S 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 26 I 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 27 N 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 28 S 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 29 A 0.012 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 30 L 0.014 0.941 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.032 31 K 0.028 0.886 0.003 0.001 0.002 0.006 0.010 0.065 32 D 0.131 0.730 0.007 0.001 0.001 0.003 0.050 0.076 33 V 0.286 0.533 0.026 0.004 0.002 0.003 0.096 0.051 34 N 0.284 0.097 0.082 0.008 0.006 0.019 0.200 0.305 35 L 0.083 0.025 0.580 0.027 0.024 0.034 0.011 0.216 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 37 Q 0.006 0.003 0.030 0.006 0.012 0.054 0.002 0.888 38 A 0.146 0.012 0.066 0.006 0.007 0.155 0.006 0.602 39 S 0.092 0.020 0.028 0.007 0.014 0.160 0.005 0.674 40 E 0.028 0.020 0.008 0.002 0.010 0.038 0.001 0.892 41 N 0.014 0.039 0.003 0.001 0.003 0.299 0.002 0.639 42 L 0.065 0.257 0.002 0.002 0.003 0.377 0.005 0.289 43 V 0.016 0.941 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.035 44 M 0.003 0.965 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.022 45 T 0.016 0.941 0.003 0.003 0.003 0.002 0.006 0.028 46 W 0.083 0.857 0.005 0.003 0.005 0.003 0.017 0.027 47 I 0.055 0.845 0.016 0.011 0.012 0.006 0.015 0.040 48 G 0.108 0.558 0.037 0.014 0.013 0.022 0.055 0.193 49 N 0.170 0.267 0.075 0.011 0.010 0.047 0.041 0.379 50 G 0.059 0.103 0.028 0.006 0.006 0.055 0.019 0.723 51 A 0.080 0.066 0.048 0.007 0.014 0.120 0.010 0.653 52 D 0.021 0.090 0.025 0.007 0.011 0.140 0.005 0.701 53 V 0.061 0.243 0.015 0.008 0.016 0.225 0.006 0.425 54 L 0.034 0.780 0.010 0.006 0.009 0.053 0.003 0.105 55 S 0.030 0.859 0.007 0.005 0.011 0.016 0.005 0.067 56 Q 0.032 0.874 0.006 0.004 0.007 0.010 0.006 0.061 57 R 0.071 0.807 0.005 0.003 0.004 0.015 0.016 0.079 58 A 0.077 0.816 0.007 0.003 0.006 0.010 0.014 0.067 59 V 0.040 0.798 0.012 0.005 0.009 0.011 0.011 0.114 60 D 0.033 0.589 0.011 0.004 0.006 0.023 0.014 0.320 61 W 0.075 0.624 0.023 0.005 0.007 0.027 0.017 0.223 62 A 0.061 0.752 0.012 0.006 0.006 0.035 0.014 0.114 63 C 0.070 0.603 0.043 0.012 0.013 0.049 0.021 0.190 64 T 0.047 0.723 0.028 0.013 0.010 0.030 0.009 0.140 65 Q 0.055 0.649 0.034 0.010 0.018 0.033 0.011 0.189 66 A 0.054 0.653 0.025 0.009 0.020 0.044 0.013 0.181 67 E 0.083 0.617 0.023 0.007 0.014 0.057 0.018 0.182 68 K 0.217 0.503 0.016 0.005 0.007 0.047 0.034 0.171 69 E 0.426 0.272 0.014 0.005 0.004 0.037 0.058 0.184 70 L 0.363 0.231 0.104 0.009 0.010 0.049 0.027 0.206 71 T 0.095 0.116 0.042 0.009 0.020 0.232 0.017 0.468 72 E 0.027 0.054 0.017 0.002 0.012 0.033 0.003 0.851 73 D 0.016 0.068 0.006 0.002 0.004 0.239 0.003 0.662 74 E 0.046 0.073 0.002 0.001 0.001 0.692 0.005 0.180 75 F 0.052 0.865 0.003 0.001 0.002 0.010 0.002 0.065 76 K 0.010 0.853 0.003 0.001 0.002 0.021 0.003 0.107 77 Y 0.018 0.871 0.003 0.001 0.001 0.013 0.003 0.089 78 F 0.037 0.907 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.043 79 K 0.014 0.944 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.032 80 R 0.009 0.944 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.036 81 Q 0.019 0.945 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.024 82 F 0.021 0.947 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 83 G 0.026 0.892 0.008 0.002 0.002 0.007 0.009 0.052 84 F 0.034 0.869 0.012 0.002 0.002 0.008 0.009 0.063 85 Y 0.034 0.875 0.008 0.002 0.003 0.008 0.008 0.061 86 Y 0.028 0.853 0.014 0.004 0.007 0.012 0.008 0.074 87 G 0.031 0.776 0.015 0.006 0.011 0.018 0.010 0.132 88 E 0.043 0.733 0.017 0.006 0.009 0.022 0.012 0.159 89 N 0.050 0.750 0.008 0.006 0.006 0.020 0.017 0.143 90 L 0.094 0.692 0.020 0.009 0.013 0.017 0.020 0.133 91 C 0.076 0.617 0.035 0.016 0.023 0.036 0.022 0.176 92 N 0.118 0.409 0.034 0.016 0.019 0.041 0.036 0.328 93 I 0.188 0.247 0.064 0.014 0.018 0.045 0.031 0.393 94 S 0.158 0.320 0.059 0.020 0.020 0.064 0.034 0.326 95 R 0.133 0.097 0.172 0.037 0.033 0.075 0.050 0.403 96 L 0.066 0.070 0.081 0.012 0.017 0.076 0.017 0.662 97 Y 0.143 0.084 0.129 0.028 0.073 0.181 0.011 0.353 98 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 99 N 0.009 0.014 0.005 0.003 0.008 0.313 0.002 0.646 100 V 0.468 0.046 0.008 0.001 0.003 0.052 0.010 0.412 101 K 0.037 0.467 0.015 0.002 0.005 0.045 0.003 0.425 102 E 0.024 0.375 0.003 0.001 0.003 0.138 0.002 0.454 103 T 0.019 0.817 0.001 0.001 0.001 0.033 0.002 0.126 104 L 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 105 E 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 106 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 107 L 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 108 K 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 109 A 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 110 Q 0.217 0.570 0.005 0.002 0.001 0.001 0.195 0.011 111 G 0.850 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.137 0.006 112 Y 0.005 0.001 0.978 0.003 0.001 0.003 0.002 0.007 113 I 0.001 0.001 0.666 0.053 0.055 0.034 0.002 0.187 114 L 0.001 0.001 0.678 0.027 0.056 0.017 0.001 0.220 115 A 0.001 0.001 0.963 0.019 0.012 0.002 0.001 0.003 116 V 0.001 0.001 0.930 0.021 0.015 0.004 0.001 0.029 117 V 0.001 0.001 0.849 0.057 0.069 0.005 0.001 0.020 118 T 0.002 0.002 0.477 0.113 0.168 0.048 0.001 0.188 119 N 0.009 0.002 0.227 0.043 0.148 0.070 0.010 0.491 120 K 0.023 0.001 0.026 0.008 0.020 0.534 0.003 0.384 121 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.996 122 T 0.019 0.005 0.008 0.011 0.030 0.255 0.004 0.669 123 K 0.083 0.017 0.010 0.007 0.012 0.107 0.006 0.759 124 H 0.106 0.063 0.006 0.008 0.016 0.161 0.007 0.634 125 V 0.284 0.187 0.018 0.014 0.029 0.113 0.015 0.341 126 Q 0.055 0.397 0.017 0.013 0.022 0.053 0.004 0.438 127 P 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.978 128 I 0.017 0.688 0.005 0.010 0.021 0.037 0.004 0.219 129 L 0.016 0.928 0.003 0.002 0.005 0.003 0.003 0.040 130 T 0.014 0.945 0.002 0.002 0.005 0.003 0.004 0.025 131 A 0.061 0.888 0.007 0.002 0.002 0.002 0.010 0.027 132 F 0.149 0.766 0.011 0.005 0.002 0.002 0.035 0.028 133 G 0.518 0.144 0.049 0.008 0.005 0.013 0.128 0.136 134 I 0.117 0.146 0.464 0.017 0.024 0.039 0.018 0.175 135 D 0.024 0.115 0.065 0.013 0.032 0.127 0.009 0.613 136 H 0.071 0.125 0.037 0.009 0.014 0.183 0.014 0.548 137 L 0.157 0.274 0.057 0.009 0.010 0.193 0.018 0.282 138 F 0.111 0.392 0.121 0.018 0.029 0.090 0.021 0.219 139 S 0.063 0.465 0.055 0.029 0.040 0.068 0.019 0.262 140 E 0.115 0.348 0.086 0.028 0.045 0.071 0.037 0.269 141 M 0.186 0.399 0.138 0.045 0.048 0.035 0.040 0.111 142 L 0.061 0.214 0.402 0.087 0.079 0.029 0.030 0.098 143 G 0.047 0.105 0.232 0.074 0.099 0.049 0.024 0.370 144 G 0.057 0.050 0.224 0.049 0.096 0.059 0.016 0.449 145 Q 0.054 0.027 0.074 0.041 0.060 0.143 0.021 0.581 146 S 0.091 0.018 0.051 0.023 0.035 0.095 0.035 0.653 147 L 0.169 0.015 0.077 0.048 0.066 0.085 0.011 0.529 148 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 149 E 0.016 0.005 0.024 0.052 0.117 0.119 0.006 0.660 150 I 0.323 0.018 0.024 0.014 0.027 0.062 0.026 0.504 151 K 0.439 0.022 0.093 0.072 0.079 0.056 0.009 0.230 152 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 153 H 0.014 0.005 0.033 0.032 0.092 0.149 0.002 0.673 154 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 155 A 0.014 0.005 0.003 0.005 0.011 0.108 0.001 0.853 156 P 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.946 157 F 0.047 0.348 0.011 0.006 0.017 0.156 0.003 0.412 158 Y 0.008 0.918 0.004 0.002 0.004 0.008 0.001 0.054 159 Y 0.006 0.943 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.044 160 L 0.029 0.917 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.044 161 C 0.014 0.967 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.013 162 G 0.028 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.021 163 K 0.077 0.836 0.011 0.002 0.001 0.002 0.029 0.041 164 F 0.102 0.746 0.012 0.009 0.004 0.002 0.061 0.063 165 G 0.524 0.042 0.036 0.009 0.006 0.012 0.149 0.223 166 L 0.062 0.024 0.739 0.024 0.017 0.017 0.019 0.098 167 Y 0.019 0.011 0.086 0.047 0.059 0.141 0.004 0.631 168 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 169 K 0.004 0.002 0.068 0.028 0.057 0.449 0.003 0.389 170 Q 0.648 0.002 0.061 0.011 0.008 0.144 0.017 0.108 171 I 0.425 0.020 0.254 0.044 0.056 0.041 0.008 0.151 172 L 0.008 0.004 0.807 0.067 0.057 0.011 0.002 0.044 173 F 0.006 0.006 0.480 0.089 0.126 0.037 0.002 0.253 174 V 0.004 0.005 0.664 0.062 0.172 0.018 0.002 0.074 175 G 0.004 0.010 0.297 0.056 0.111 0.092 0.004 0.427 176 D 0.026 0.006 0.139 0.019 0.045 0.151 0.009 0.606 177 S 0.059 0.010 0.038 0.008 0.015 0.262 0.006 0.601 178 Q 0.053 0.013 0.022 0.004 0.010 0.426 0.008 0.464 179 N 0.046 0.022 0.006 0.002 0.003 0.590 0.005 0.326 180 D 0.083 0.172 0.007 0.002 0.004 0.432 0.008 0.293 181 I 0.021 0.830 0.008 0.003 0.005 0.037 0.002 0.094 182 F 0.011 0.807 0.005 0.002 0.008 0.081 0.003 0.082 183 A 0.012 0.946 0.001 0.002 0.003 0.011 0.001 0.024 184 A 0.012 0.970 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 185 H 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 186 S 0.010 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 187 A 0.100 0.828 0.005 0.004 0.002 0.001 0.054 0.006 188 G 0.780 0.028 0.008 0.004 0.002 0.002 0.158 0.018 189 C 0.025 0.017 0.885 0.017 0.011 0.010 0.008 0.027 190 A 0.008 0.021 0.483 0.122 0.117 0.047 0.009 0.193 191 V 0.004 0.003 0.330 0.021 0.041 0.028 0.002 0.571 192 V 0.001 0.001 0.903 0.054 0.029 0.004 0.001 0.008 193 G 0.002 0.002 0.800 0.047 0.039 0.009 0.001 0.100 194 L 0.001 0.001 0.812 0.055 0.095 0.005 0.001 0.029 195 T 0.004 0.004 0.419 0.097 0.148 0.068 0.002 0.259 196 Y 0.010 0.003 0.238 0.049 0.146 0.083 0.006 0.464 197 G 0.039 0.004 0.074 0.022 0.044 0.197 0.010 0.610 198 Y 0.153 0.007 0.071 0.023 0.033 0.154 0.019 0.539 199 N 0.064 0.011 0.025 0.020 0.026 0.162 0.011 0.682 200 Y 0.088 0.017 0.032 0.016 0.039 0.094 0.012 0.702 201 N 0.090 0.025 0.030 0.016 0.034 0.256 0.020 0.529 202 I 0.171 0.029 0.038 0.027 0.036 0.189 0.012 0.498 203 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 204 I 0.035 0.059 0.026 0.033 0.127 0.146 0.005 0.568 205 A 0.108 0.118 0.020 0.026 0.043 0.099 0.013 0.573 206 Q 0.245 0.142 0.012 0.018 0.041 0.070 0.027 0.445 207 S 0.381 0.183 0.033 0.018 0.024 0.053 0.052 0.256 208 K 0.329 0.070 0.039 0.030 0.025 0.057 0.033 0.417 209 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 210 D 0.069 0.011 0.132 0.068 0.137 0.149 0.012 0.422 211 W 0.153 0.023 0.477 0.063 0.059 0.034 0.008 0.183 212 I 0.039 0.021 0.312 0.054 0.115 0.093 0.006 0.361 213 F 0.047 0.018 0.542 0.064 0.089 0.050 0.004 0.187 214 D 0.028 0.017 0.186 0.031 0.053 0.217 0.005 0.464 215 D 0.054 0.011 0.037 0.009 0.028 0.359 0.008 0.495 216 F 0.061 0.037 0.035 0.005 0.047 0.123 0.007 0.686 217 A 0.020 0.022 0.006 0.001 0.006 0.377 0.004 0.565 218 D 0.027 0.026 0.001 0.001 0.001 0.803 0.003 0.139 219 I 0.122 0.737 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.129 220 L 0.008 0.902 0.002 0.001 0.003 0.007 0.003 0.075 221 K 0.091 0.734 0.005 0.004 0.003 0.007 0.026 0.131 222 I 0.226 0.641 0.017 0.003 0.005 0.006 0.035 0.067 223 T 0.152 0.618 0.023 0.014 0.020 0.014 0.030 0.129 224 Q 0.058 0.323 0.100 0.017 0.021 0.049 0.028 0.404