# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 342 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.021 0.002 0.001 0.019 0.015 0.017 0.115 0.001 0.001 0.020 0.789 2 M 0.006 0.001 0.001 0.010 0.036 0.030 0.184 0.003 0.001 0.022 0.708 3 V 0.008 0.009 0.001 0.009 0.006 0.007 0.145 0.002 0.001 0.015 0.798 4 S 0.104 0.462 0.003 0.009 0.005 0.006 0.064 0.022 0.001 0.021 0.304 5 P 0.096 0.780 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.006 0.001 0.013 0.089 6 E 0.051 0.816 0.003 0.002 0.001 0.002 0.012 0.005 0.001 0.016 0.089 7 E 0.075 0.723 0.003 0.003 0.004 0.005 0.022 0.007 0.001 0.045 0.111 8 A 0.180 0.407 0.016 0.006 0.008 0.009 0.045 0.020 0.007 0.128 0.173 9 V 0.246 0.313 0.004 0.008 0.005 0.008 0.061 0.012 0.002 0.080 0.261 10 K 0.074 0.112 0.004 0.013 0.006 0.014 0.090 0.005 0.002 0.172 0.508 11 W 0.017 0.270 0.005 0.012 0.004 0.010 0.080 0.004 0.001 0.092 0.505 12 G 0.046 0.566 0.006 0.006 0.005 0.009 0.035 0.007 0.001 0.075 0.245 13 E 0.014 0.711 0.004 0.006 0.002 0.003 0.023 0.005 0.001 0.047 0.184 14 S 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.017 15 F 0.036 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.003 0.016 16 D 0.067 0.503 0.006 0.005 0.001 0.002 0.024 0.010 0.003 0.258 0.122 17 K 0.045 0.488 0.020 0.006 0.001 0.002 0.058 0.010 0.009 0.208 0.153 18 L 0.227 0.183 0.031 0.012 0.002 0.003 0.084 0.027 0.011 0.112 0.307 19 L 0.104 0.132 0.014 0.021 0.005 0.008 0.118 0.006 0.009 0.072 0.510 20 S 0.013 0.109 0.002 0.004 0.001 0.004 0.078 0.001 0.001 0.016 0.771 21 H 0.036 0.818 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.001 0.017 0.103 22 R 0.054 0.856 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.017 0.058 23 D 0.005 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 0.052 24 G 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.020 25 L 0.008 0.187 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.785 0.012 26 E 0.003 0.875 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.095 0.018 27 A 0.003 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.013 28 F 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 29 T 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 30 R 0.015 0.191 0.005 0.002 0.001 0.001 0.009 0.004 0.002 0.723 0.049 31 F 0.034 0.292 0.064 0.002 0.001 0.001 0.032 0.009 0.031 0.458 0.076 32 L 0.260 0.198 0.062 0.008 0.001 0.002 0.072 0.027 0.025 0.110 0.235 33 K 0.192 0.083 0.009 0.015 0.002 0.003 0.081 0.010 0.007 0.064 0.534 34 T 0.061 0.021 0.001 0.005 0.001 0.004 0.120 0.002 0.001 0.027 0.757 35 E 0.013 0.028 0.003 0.013 0.002 0.008 0.109 0.005 0.001 0.041 0.776 36 F 0.109 0.195 0.008 0.007 0.002 0.004 0.104 0.007 0.003 0.081 0.481 37 S 0.100 0.600 0.002 0.005 0.001 0.003 0.033 0.004 0.001 0.056 0.194 38 E 0.047 0.749 0.002 0.004 0.001 0.003 0.023 0.002 0.001 0.030 0.140 39 E 0.010 0.822 0.001 0.008 0.005 0.010 0.021 0.001 0.001 0.047 0.075 40 N 0.003 0.940 0.001 0.003 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.019 0.020 41 I 0.004 0.952 0.001 0.004 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.015 0.011 42 E 0.002 0.936 0.001 0.005 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.028 0.012 43 F 0.002 0.973 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.006 44 W 0.007 0.922 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.046 0.010 45 I 0.007 0.876 0.005 0.003 0.004 0.004 0.006 0.001 0.002 0.073 0.020 46 A 0.005 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.017 47 C 0.030 0.913 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.012 0.001 0.004 0.025 48 E 0.043 0.743 0.002 0.004 0.003 0.006 0.017 0.005 0.001 0.064 0.111 49 D 0.036 0.227 0.062 0.007 0.003 0.007 0.045 0.006 0.032 0.288 0.286 50 F 0.272 0.105 0.069 0.011 0.004 0.007 0.068 0.023 0.019 0.227 0.194 51 K 0.231 0.037 0.010 0.018 0.006 0.017 0.075 0.011 0.011 0.071 0.514 52 K 0.075 0.006 0.001 0.007 0.002 0.003 0.059 0.001 0.001 0.013 0.833 53 S 0.008 0.004 0.001 0.007 0.007 0.013 0.105 0.001 0.001 0.023 0.831 54 K 0.012 0.013 0.001 0.004 0.003 0.006 0.123 0.005 0.001 0.017 0.816 55 G 0.156 0.460 0.002 0.005 0.003 0.003 0.048 0.017 0.001 0.044 0.260 56 P 0.062 0.856 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.008 0.062 57 Q 0.020 0.909 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.006 0.051 58 Q 0.005 0.932 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.020 0.028 59 I 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 60 H 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 61 L 0.003 0.851 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.124 0.012 62 K 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 63 A 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.005 64 K 0.005 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.065 0.016 65 A 0.009 0.885 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.057 0.037 66 I 0.029 0.789 0.038 0.002 0.001 0.001 0.012 0.015 0.011 0.063 0.040 67 Y 0.146 0.694 0.010 0.003 0.001 0.001 0.016 0.022 0.004 0.034 0.069 68 E 0.103 0.375 0.002 0.006 0.002 0.004 0.049 0.005 0.001 0.063 0.388 69 K 0.052 0.098 0.011 0.018 0.004 0.008 0.112 0.004 0.003 0.127 0.564 70 F 0.059 0.046 0.033 0.047 0.007 0.017 0.177 0.008 0.011 0.167 0.427 71 I 0.153 0.030 0.009 0.038 0.008 0.017 0.106 0.011 0.006 0.071 0.552 72 Q 0.312 0.011 0.001 0.013 0.004 0.006 0.083 0.003 0.001 0.046 0.519 73 T 0.020 0.002 0.001 0.012 0.004 0.013 0.122 0.002 0.001 0.031 0.792 74 D 0.023 0.004 0.002 0.016 0.004 0.010 0.116 0.001 0.001 0.023 0.802 75 A 0.131 0.007 0.002 0.026 0.028 0.031 0.140 0.022 0.001 0.090 0.524 76 P 0.147 0.010 0.001 0.018 0.004 0.007 0.110 0.004 0.001 0.051 0.647 77 K 0.047 0.005 0.001 0.057 0.036 0.058 0.114 0.007 0.001 0.052 0.622 78 E 0.022 0.007 0.001 0.055 0.021 0.045 0.147 0.001 0.001 0.032 0.670 79 V 0.006 0.002 0.001 0.080 0.089 0.106 0.135 0.002 0.001 0.027 0.553 80 N 0.064 0.022 0.002 0.097 0.040 0.057 0.134 0.002 0.001 0.049 0.532 81 L 0.021 0.015 0.001 0.030 0.019 0.022 0.118 0.005 0.001 0.101 0.668 82 D 0.058 0.639 0.001 0.010 0.003 0.006 0.038 0.005 0.001 0.034 0.204 83 F 0.051 0.727 0.004 0.007 0.002 0.003 0.026 0.004 0.001 0.026 0.150 84 H 0.005 0.913 0.001 0.003 0.004 0.004 0.009 0.002 0.001 0.007 0.052 85 T 0.021 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.002 0.020 86 K 0.016 0.119 0.001 0.003 0.004 0.003 0.006 0.002 0.001 0.822 0.024 87 E 0.009 0.556 0.019 0.005 0.003 0.005 0.026 0.004 0.006 0.276 0.092 88 V 0.175 0.329 0.065 0.006 0.006 0.010 0.040 0.031 0.011 0.142 0.184 89 I 0.085 0.265 0.070 0.021 0.006 0.010 0.047 0.029 0.036 0.152 0.280 90 T 0.169 0.039 0.003 0.005 0.004 0.008 0.093 0.004 0.003 0.056 0.618 91 N 0.034 0.020 0.008 0.021 0.004 0.020 0.079 0.019 0.004 0.098 0.694 92 S 0.115 0.005 0.003 0.010 0.003 0.007 0.127 0.003 0.002 0.053 0.671 93 I 0.022 0.001 0.001 0.035 0.007 0.014 0.118 0.002 0.001 0.043 0.755 94 T 0.026 0.004 0.001 0.013 0.004 0.005 0.123 0.001 0.001 0.023 0.801 95 Q 0.049 0.002 0.001 0.021 0.013 0.016 0.208 0.021 0.001 0.059 0.609 96 P 0.046 0.014 0.001 0.027 0.005 0.007 0.169 0.005 0.001 0.039 0.688 97 T 0.083 0.239 0.001 0.015 0.005 0.010 0.094 0.007 0.001 0.036 0.510 98 L 0.063 0.426 0.002 0.019 0.006 0.010 0.066 0.008 0.001 0.038 0.362 99 H 0.014 0.739 0.002 0.013 0.006 0.010 0.036 0.003 0.001 0.025 0.151 100 S 0.009 0.921 0.001 0.002 0.003 0.003 0.008 0.002 0.001 0.017 0.033 101 F 0.010 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.015 0.022 102 D 0.011 0.488 0.001 0.003 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.456 0.027 103 A 0.004 0.802 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.157 0.023 104 A 0.006 0.932 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.032 0.019 105 Q 0.005 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.052 0.013 106 S 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 0.018 107 R 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.010 108 V 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 109 Y 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 110 Q 0.012 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.034 0.023 111 L 0.027 0.580 0.039 0.004 0.001 0.001 0.019 0.013 0.018 0.254 0.046 112 M 0.190 0.274 0.108 0.006 0.001 0.002 0.040 0.027 0.057 0.189 0.107 113 E 0.223 0.213 0.012 0.006 0.001 0.002 0.061 0.012 0.010 0.050 0.409 114 Q 0.084 0.019 0.002 0.005 0.002 0.004 0.077 0.002 0.002 0.102 0.701 115 D 0.024 0.109 0.003 0.014 0.002 0.008 0.093 0.004 0.001 0.067 0.673 116 S 0.099 0.215 0.008 0.007 0.003 0.009 0.080 0.009 0.002 0.037 0.531 117 Y 0.050 0.523 0.005 0.010 0.005 0.007 0.044 0.010 0.002 0.023 0.321 118 T 0.098 0.722 0.001 0.002 0.001 0.003 0.019 0.010 0.001 0.006 0.138 119 R 0.128 0.418 0.003 0.017 0.004 0.007 0.040 0.017 0.001 0.101 0.263 120 F 0.052 0.287 0.019 0.023 0.005 0.007 0.089 0.004 0.007 0.227 0.280 121 L 0.037 0.431 0.008 0.017 0.007 0.007 0.077 0.006 0.002 0.100 0.308 122 K 0.018 0.858 0.002 0.003 0.001 0.002 0.012 0.008 0.001 0.009 0.087 123 S 0.029 0.853 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.005 0.001 0.017 0.079 124 D 0.006 0.900 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.032 0.041 125 I 0.023 0.928 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.011 0.022 126 Y 0.036 0.884 0.004 0.002 0.001 0.002 0.005 0.012 0.001 0.016 0.037 127 L 0.072 0.593 0.004 0.005 0.002 0.004 0.029 0.003 0.002 0.115 0.172 128 D 0.034 0.253 0.106 0.011 0.004 0.008 0.068 0.006 0.050 0.208 0.252 129 L 0.262 0.072 0.059 0.006 0.003 0.007 0.073 0.028 0.026 0.086 0.377 130 M 0.460 0.026 0.004 0.004 0.002 0.005 0.039 0.008 0.004 0.042 0.407 131 E 0.039 0.008 0.001 0.004 0.001 0.003 0.053 0.001 0.001 0.013 0.878 132 G 0.013 0.007 0.002 0.006 0.002 0.008 0.069 0.002 0.001 0.018 0.873