# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 342 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.238 0.100 0.073 0.114 0.104 0.098 0.105 0.061 0.056 0.032 0.018 2 M 0.273 0.137 0.080 0.166 0.120 0.080 0.069 0.036 0.022 0.011 0.006 3 V 0.096 0.085 0.059 0.085 0.080 0.102 0.149 0.135 0.101 0.064 0.043 4 S 0.064 0.229 0.071 0.141 0.111 0.103 0.102 0.085 0.048 0.026 0.020 5 P 0.165 0.141 0.062 0.157 0.146 0.123 0.098 0.050 0.034 0.016 0.008 6 E 0.638 0.111 0.087 0.093 0.043 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 7 E 0.135 0.139 0.051 0.209 0.168 0.136 0.103 0.037 0.016 0.005 0.001 8 A 0.004 0.005 0.013 0.012 0.014 0.026 0.098 0.132 0.229 0.248 0.220 9 V 0.026 0.040 0.170 0.172 0.180 0.162 0.155 0.050 0.024 0.015 0.006 10 K 0.039 0.072 0.613 0.168 0.060 0.029 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 11 W 0.007 0.014 0.028 0.032 0.047 0.118 0.287 0.208 0.132 0.083 0.044 12 G 0.100 0.077 0.057 0.099 0.105 0.136 0.176 0.116 0.078 0.039 0.018 13 E 0.230 0.104 0.295 0.177 0.082 0.049 0.031 0.015 0.010 0.005 0.002 14 S 0.041 0.119 0.124 0.181 0.174 0.138 0.124 0.058 0.025 0.012 0.005 15 F 0.003 0.005 0.005 0.010 0.013 0.032 0.116 0.151 0.238 0.221 0.206 16 D 0.074 0.074 0.147 0.223 0.208 0.136 0.081 0.027 0.018 0.009 0.004 17 K 0.044 0.058 0.252 0.289 0.155 0.095 0.069 0.023 0.010 0.005 0.001 18 L 0.003 0.003 0.012 0.016 0.018 0.029 0.124 0.161 0.220 0.236 0.178 19 L 0.006 0.004 0.010 0.010 0.018 0.046 0.148 0.229 0.230 0.180 0.119 20 S 0.026 0.136 0.401 0.213 0.115 0.058 0.026 0.012 0.007 0.003 0.002 21 H 0.034 0.050 0.072 0.099 0.123 0.180 0.245 0.097 0.053 0.031 0.016 22 R 0.595 0.128 0.054 0.100 0.049 0.027 0.022 0.012 0.008 0.004 0.002 23 D 0.358 0.197 0.061 0.142 0.084 0.072 0.051 0.020 0.010 0.003 0.001 24 G 0.039 0.132 0.083 0.081 0.084 0.099 0.120 0.127 0.118 0.072 0.045 25 L 0.013 0.019 0.022 0.081 0.127 0.202 0.283 0.115 0.074 0.040 0.025 26 E 0.183 0.077 0.452 0.186 0.063 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 27 A 0.002 0.008 0.023 0.080 0.097 0.149 0.322 0.168 0.081 0.048 0.023 28 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.022 0.070 0.246 0.333 0.321 29 T 0.002 0.008 0.082 0.125 0.234 0.252 0.200 0.055 0.025 0.014 0.004 30 R 0.014 0.028 0.660 0.146 0.070 0.047 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 31 F 0.001 0.002 0.010 0.015 0.018 0.049 0.242 0.212 0.207 0.148 0.096 32 L 0.002 0.003 0.010 0.006 0.009 0.025 0.116 0.176 0.241 0.241 0.170 33 K 0.010 0.040 0.338 0.200 0.161 0.114 0.083 0.024 0.016 0.010 0.004 34 T 0.060 0.065 0.466 0.172 0.099 0.076 0.045 0.010 0.005 0.002 0.001 35 E 0.123 0.065 0.085 0.142 0.082 0.105 0.207 0.092 0.055 0.031 0.014 36 F 0.053 0.079 0.050 0.076 0.064 0.098 0.220 0.148 0.101 0.067 0.044 37 S 0.061 0.097 0.127 0.129 0.114 0.122 0.144 0.086 0.061 0.037 0.022 38 E 0.253 0.143 0.278 0.185 0.086 0.036 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 39 E 0.111 0.108 0.091 0.163 0.149 0.142 0.129 0.058 0.031 0.014 0.004 40 N 0.009 0.022 0.020 0.052 0.057 0.083 0.180 0.175 0.182 0.129 0.091 41 I 0.003 0.004 0.014 0.019 0.033 0.079 0.189 0.190 0.205 0.162 0.101 42 E 0.015 0.040 0.304 0.278 0.189 0.099 0.046 0.018 0.007 0.003 0.001 43 F 0.001 0.001 0.007 0.007 0.010 0.026 0.111 0.149 0.229 0.260 0.200 44 W 0.001 0.001 0.008 0.010 0.018 0.035 0.131 0.168 0.244 0.226 0.158 45 I 0.011 0.014 0.166 0.103 0.096 0.118 0.185 0.119 0.090 0.067 0.030 46 A 0.006 0.049 0.147 0.192 0.182 0.187 0.146 0.060 0.021 0.007 0.002 47 C 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.014 0.084 0.113 0.241 0.278 0.256 48 E 0.089 0.064 0.133 0.183 0.171 0.128 0.138 0.046 0.026 0.017 0.007 49 D 0.061 0.112 0.319 0.275 0.124 0.061 0.031 0.010 0.004 0.002 0.001 50 F 0.006 0.005 0.018 0.014 0.023 0.058 0.205 0.176 0.198 0.167 0.130 51 K 0.111 0.108 0.135 0.190 0.127 0.107 0.126 0.043 0.028 0.016 0.008 52 K 0.087 0.099 0.387 0.211 0.098 0.053 0.040 0.013 0.007 0.004 0.001 53 S 0.130 0.071 0.114 0.097 0.095 0.114 0.184 0.099 0.049 0.030 0.017 54 K 0.410 0.219 0.071 0.109 0.062 0.050 0.040 0.022 0.012 0.004 0.002 55 G 0.330 0.299 0.124 0.096 0.061 0.038 0.023 0.015 0.009 0.004 0.002 56 P 0.283 0.176 0.061 0.137 0.128 0.091 0.070 0.029 0.014 0.006 0.004 57 Q 0.660 0.127 0.073 0.073 0.034 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 58 Q 0.187 0.145 0.145 0.231 0.130 0.083 0.049 0.018 0.009 0.003 0.001 59 I 0.007 0.030 0.049 0.033 0.039 0.084 0.179 0.186 0.188 0.129 0.075 60 H 0.008 0.027 0.072 0.174 0.208 0.219 0.191 0.059 0.025 0.013 0.004 61 L 0.094 0.043 0.626 0.126 0.042 0.030 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 62 K 0.011 0.053 0.084 0.190 0.178 0.206 0.178 0.068 0.022 0.007 0.002 63 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.013 0.068 0.123 0.271 0.289 0.227 64 K 0.015 0.036 0.156 0.253 0.262 0.161 0.089 0.017 0.007 0.004 0.001 65 A 0.048 0.055 0.584 0.189 0.065 0.036 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 66 I 0.001 0.001 0.007 0.007 0.009 0.023 0.126 0.166 0.236 0.231 0.194 67 Y 0.003 0.008 0.016 0.015 0.031 0.088 0.227 0.210 0.192 0.138 0.074 68 E 0.007 0.027 0.457 0.217 0.137 0.076 0.045 0.012 0.011 0.008 0.003 69 K 0.034 0.039 0.302 0.229 0.140 0.125 0.103 0.020 0.006 0.002 0.001 70 F 0.004 0.004 0.011 0.017 0.014 0.027 0.138 0.173 0.221 0.236 0.155 71 I 0.006 0.009 0.014 0.016 0.026 0.058 0.187 0.220 0.191 0.154 0.118 72 Q 0.045 0.101 0.316 0.193 0.133 0.078 0.057 0.030 0.022 0.015 0.010 73 T 0.186 0.143 0.167 0.176 0.131 0.093 0.063 0.020 0.012 0.006 0.003 74 D 0.469 0.191 0.053 0.115 0.068 0.039 0.031 0.017 0.011 0.005 0.002 75 A 0.090 0.058 0.009 0.043 0.055 0.090 0.185 0.182 0.138 0.088 0.063 76 P 0.238 0.222 0.109 0.162 0.111 0.063 0.037 0.024 0.018 0.009 0.006 77 K 0.104 0.102 0.117 0.196 0.143 0.108 0.107 0.047 0.037 0.025 0.013 78 E 0.116 0.096 0.089 0.192 0.176 0.122 0.095 0.051 0.034 0.020 0.010 79 V 0.010 0.009 0.010 0.024 0.029 0.056 0.165 0.164 0.208 0.185 0.140 80 N 0.080 0.128 0.110 0.231 0.156 0.100 0.079 0.058 0.030 0.018 0.010 81 L 0.005 0.008 0.010 0.012 0.020 0.043 0.103 0.164 0.222 0.222 0.189 82 D 0.195 0.232 0.079 0.194 0.144 0.081 0.040 0.019 0.010 0.004 0.002 83 F 0.237 0.090 0.053 0.117 0.089 0.082 0.108 0.071 0.072 0.052 0.030 84 H 0.316 0.202 0.056 0.156 0.106 0.068 0.050 0.023 0.014 0.006 0.003 85 T 0.057 0.131 0.051 0.100 0.080 0.097 0.145 0.119 0.118 0.067 0.037 86 K 0.041 0.057 0.059 0.141 0.177 0.186 0.178 0.074 0.045 0.028 0.015 87 E 0.267 0.105 0.300 0.185 0.073 0.036 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 88 V 0.025 0.042 0.073 0.176 0.153 0.163 0.212 0.090 0.039 0.020 0.008 89 I 0.002 0.004 0.012 0.007 0.009 0.021 0.087 0.141 0.238 0.261 0.218 90 T 0.019 0.042 0.111 0.192 0.230 0.181 0.140 0.045 0.022 0.013 0.005 91 N 0.101 0.073 0.572 0.141 0.058 0.030 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 92 S 0.064 0.057 0.062 0.144 0.128 0.147 0.218 0.102 0.047 0.022 0.009 93 I 0.018 0.013 0.010 0.011 0.018 0.045 0.142 0.202 0.224 0.180 0.136 94 T 0.119 0.159 0.178 0.247 0.137 0.072 0.048 0.020 0.011 0.006 0.004 95 Q 0.285 0.168 0.246 0.148 0.079 0.039 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 96 P 0.111 0.085 0.029 0.080 0.090 0.110 0.162 0.124 0.101 0.064 0.045 97 T 0.225 0.245 0.049 0.132 0.103 0.090 0.069 0.043 0.028 0.010 0.005 98 L 0.105 0.058 0.062 0.139 0.134 0.131 0.137 0.084 0.072 0.048 0.029 99 H 0.271 0.140 0.165 0.195 0.102 0.061 0.037 0.016 0.008 0.003 0.001 100 S 0.004 0.022 0.017 0.045 0.050 0.073 0.169 0.190 0.192 0.145 0.093 101 F 0.003 0.006 0.010 0.016 0.029 0.066 0.156 0.191 0.210 0.167 0.145 102 D 0.100 0.076 0.267 0.244 0.158 0.083 0.042 0.017 0.009 0.004 0.001 103 A 0.053 0.061 0.165 0.291 0.178 0.135 0.081 0.026 0.008 0.003 0.001 104 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.007 0.038 0.085 0.275 0.322 0.264 105 Q 0.001 0.007 0.018 0.044 0.098 0.225 0.352 0.134 0.068 0.038 0.015 106 S 0.012 0.024 0.754 0.123 0.046 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 107 R 0.006 0.016 0.075 0.144 0.141 0.239 0.286 0.073 0.013 0.005 0.001 108 V 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.005 0.033 0.078 0.262 0.334 0.280 109 Y 0.004 0.008 0.056 0.060 0.123 0.215 0.308 0.108 0.062 0.041 0.016 110 Q 0.011 0.035 0.651 0.168 0.073 0.035 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 111 L 0.004 0.007 0.039 0.043 0.050 0.122 0.334 0.184 0.114 0.070 0.034 112 M 0.009 0.012 0.039 0.027 0.023 0.042 0.145 0.144 0.203 0.206 0.150 113 E 0.021 0.042 0.212 0.164 0.148 0.146 0.159 0.046 0.031 0.022 0.009 114 Q 0.055 0.079 0.405 0.196 0.106 0.073 0.052 0.017 0.009 0.005 0.002 115 D 0.078 0.062 0.082 0.111 0.089 0.132 0.223 0.108 0.064 0.035 0.016 116 S 0.105 0.125 0.082 0.111 0.086 0.095 0.138 0.107 0.075 0.049 0.029 117 Y 0.066 0.068 0.067 0.100 0.106 0.131 0.166 0.107 0.089 0.059 0.042 118 T 0.199 0.141 0.182 0.188 0.121 0.073 0.047 0.020 0.016 0.008 0.004 119 R 0.068 0.063 0.059 0.175 0.154 0.138 0.171 0.077 0.052 0.029 0.014 120 F 0.026 0.017 0.031 0.041 0.037 0.048 0.119 0.125 0.193 0.193 0.170 121 L 0.025 0.041 0.062 0.104 0.094 0.119 0.199 0.129 0.102 0.073 0.051 122 K 0.021 0.109 0.165 0.161 0.141 0.127 0.114 0.073 0.047 0.028 0.013 123 S 0.029 0.030 0.035 0.080 0.095 0.148 0.228 0.142 0.107 0.066 0.041 124 D 0.465 0.129 0.112 0.136 0.073 0.040 0.022 0.011 0.007 0.003 0.001 125 I 0.021 0.044 0.034 0.102 0.111 0.139 0.218 0.140 0.102 0.059 0.030 126 Y 0.004 0.010 0.021 0.022 0.027 0.047 0.128 0.143 0.219 0.200 0.179 127 L 0.014 0.020 0.102 0.151 0.190 0.185 0.200 0.061 0.040 0.026 0.010 128 D 0.045 0.050 0.519 0.221 0.088 0.044 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 129 L 0.002 0.003 0.013 0.018 0.020 0.047 0.225 0.195 0.195 0.170 0.112 130 M 0.008 0.012 0.023 0.018 0.030 0.063 0.194 0.220 0.186 0.152 0.094 131 E 0.071 0.119 0.396 0.226 0.108 0.047 0.021 0.007 0.003 0.002 0.001 132 G 0.284 0.148 0.281 0.119 0.082 0.051 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001