# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 342 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.077 0.024 0.004 0.011 0.014 0.014 0.033 0.005 0.001 0.001 0.818 2 M 0.143 0.024 0.007 0.016 0.006 0.014 0.055 0.005 0.001 0.005 0.725 3 V 0.201 0.019 0.016 0.038 0.018 0.031 0.149 0.008 0.001 0.012 0.507 4 S 0.194 0.015 0.005 0.009 0.005 0.006 0.270 0.002 0.001 0.004 0.490 5 P 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.983 6 E 0.004 0.006 0.001 0.005 0.003 0.006 0.395 0.001 0.001 0.006 0.576 7 E 0.092 0.015 0.001 0.005 0.005 0.014 0.727 0.002 0.001 0.034 0.105 8 A 0.151 0.683 0.001 0.016 0.006 0.009 0.011 0.003 0.001 0.001 0.119 9 V 0.037 0.885 0.001 0.006 0.004 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.054 10 K 0.079 0.687 0.002 0.003 0.005 0.009 0.009 0.009 0.001 0.001 0.196 11 W 0.176 0.639 0.008 0.005 0.004 0.007 0.006 0.032 0.001 0.001 0.123 12 G 0.227 0.530 0.027 0.009 0.003 0.006 0.019 0.054 0.001 0.003 0.122 13 E 0.170 0.265 0.067 0.013 0.006 0.012 0.075 0.017 0.001 0.006 0.370 14 S 0.085 0.127 0.010 0.006 0.003 0.003 0.144 0.012 0.001 0.001 0.608 15 F 0.039 0.196 0.007 0.007 0.001 0.002 0.041 0.003 0.001 0.002 0.702 16 D 0.010 0.303 0.002 0.004 0.004 0.007 0.216 0.002 0.001 0.005 0.447 17 K 0.053 0.364 0.001 0.002 0.005 0.012 0.414 0.008 0.001 0.010 0.130 18 L 0.095 0.859 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.037 19 L 0.047 0.925 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.018 20 S 0.099 0.759 0.009 0.001 0.002 0.003 0.005 0.035 0.001 0.001 0.086 21 H 0.298 0.465 0.015 0.002 0.001 0.001 0.006 0.066 0.001 0.001 0.146 22 R 0.073 0.222 0.038 0.003 0.001 0.001 0.010 0.017 0.001 0.001 0.636 23 D 0.027 0.062 0.006 0.004 0.001 0.002 0.305 0.008 0.001 0.003 0.583 24 G 0.184 0.145 0.015 0.006 0.001 0.002 0.245 0.010 0.001 0.008 0.386 25 L 0.045 0.768 0.002 0.003 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.002 0.125 26 E 0.010 0.732 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.001 0.001 0.223 27 A 0.022 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.063 28 F 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 29 T 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 30 R 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 31 F 0.028 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 32 L 0.027 0.946 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.012 33 K 0.029 0.908 0.012 0.001 0.001 0.003 0.002 0.020 0.001 0.001 0.025 34 T 0.114 0.682 0.013 0.002 0.001 0.001 0.004 0.046 0.001 0.001 0.138 35 E 0.248 0.451 0.015 0.005 0.002 0.001 0.007 0.062 0.001 0.001 0.209 36 F 0.230 0.278 0.099 0.011 0.006 0.007 0.103 0.030 0.001 0.008 0.228 37 S 0.065 0.240 0.063 0.013 0.004 0.007 0.197 0.010 0.001 0.002 0.398 38 E 0.017 0.182 0.004 0.010 0.002 0.003 0.035 0.002 0.001 0.001 0.744 39 E 0.037 0.137 0.002 0.002 0.003 0.004 0.439 0.003 0.001 0.014 0.359 40 N 0.110 0.287 0.003 0.007 0.006 0.011 0.412 0.025 0.001 0.025 0.114 41 I 0.026 0.922 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.036 42 E 0.004 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.065 43 F 0.016 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.001 0.001 0.038 44 W 0.009 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 45 I 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 46 A 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 47 C 0.012 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 48 E 0.012 0.971 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 49 D 0.015 0.891 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 0.060 50 F 0.091 0.863 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.031 51 K 0.048 0.835 0.014 0.002 0.002 0.002 0.006 0.026 0.001 0.001 0.065 52 K 0.082 0.684 0.033 0.003 0.002 0.004 0.008 0.029 0.001 0.001 0.155 53 S 0.274 0.447 0.009 0.006 0.002 0.003 0.006 0.052 0.001 0.001 0.201 54 K 0.246 0.212 0.039 0.017 0.005 0.006 0.023 0.040 0.001 0.002 0.410 55 G 0.106 0.032 0.042 0.011 0.004 0.006 0.116 0.009 0.001 0.002 0.672 56 P 0.006 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.967 57 Q 0.010 0.008 0.001 0.009 0.001 0.003 0.189 0.001 0.001 0.002 0.777 58 Q 0.157 0.042 0.001 0.007 0.002 0.003 0.291 0.001 0.001 0.009 0.489 59 I 0.101 0.590 0.001 0.006 0.002 0.002 0.049 0.001 0.001 0.001 0.247 60 H 0.051 0.813 0.001 0.003 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.107 61 L 0.021 0.826 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.136 62 K 0.021 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.089 63 A 0.010 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 64 K 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 65 A 0.019 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 66 I 0.016 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 67 Y 0.006 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 68 E 0.007 0.957 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.019 69 K 0.041 0.886 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.033 0.001 0.001 0.030 70 F 0.102 0.796 0.008 0.003 0.004 0.004 0.003 0.042 0.001 0.001 0.038 71 I 0.055 0.771 0.030 0.031 0.015 0.018 0.004 0.033 0.001 0.001 0.042 72 Q 0.074 0.466 0.024 0.040 0.044 0.064 0.042 0.052 0.001 0.002 0.191 73 T 0.087 0.058 0.019 0.017 0.008 0.016 0.023 0.016 0.001 0.001 0.755 74 D 0.177 0.030 0.020 0.046 0.018 0.026 0.141 0.025 0.001 0.009 0.509 75 A 0.371 0.008 0.059 0.022 0.011 0.011 0.177 0.003 0.001 0.024 0.313 76 P 0.006 0.001 0.009 0.011 0.003 0.005 0.027 0.001 0.001 0.001 0.937 77 K 0.028 0.002 0.002 0.108 0.059 0.087 0.165 0.001 0.001 0.005 0.544 78 E 0.234 0.007 0.002 0.066 0.030 0.048 0.089 0.001 0.001 0.012 0.510 79 V 0.038 0.021 0.003 0.164 0.099 0.161 0.073 0.001 0.001 0.004 0.437 80 N 0.035 0.009 0.002 0.130 0.096 0.173 0.137 0.001 0.001 0.005 0.412 81 L 0.047 0.010 0.004 0.155 0.059 0.096 0.086 0.001 0.001 0.008 0.534 82 D 0.026 0.011 0.003 0.070 0.027 0.062 0.317 0.002 0.001 0.006 0.476 83 F 0.028 0.007 0.004 0.027 0.007 0.010 0.092 0.001 0.001 0.007 0.817 84 H 0.031 0.020 0.002 0.014 0.005 0.010 0.501 0.001 0.001 0.014 0.403 85 T 0.079 0.071 0.004 0.011 0.008 0.016 0.440 0.002 0.001 0.018 0.352 86 K 0.032 0.588 0.001 0.011 0.006 0.010 0.059 0.001 0.001 0.003 0.288 87 E 0.024 0.601 0.001 0.001 0.003 0.007 0.087 0.002 0.001 0.005 0.268 88 V 0.053 0.834 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.003 0.001 0.001 0.089 89 I 0.030 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.025 90 T 0.012 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.024 91 N 0.029 0.883 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.070 92 S 0.140 0.768 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.057 93 I 0.165 0.670 0.033 0.003 0.003 0.005 0.011 0.035 0.001 0.002 0.074 94 T 0.140 0.457 0.066 0.013 0.009 0.014 0.026 0.061 0.001 0.002 0.212 95 Q 0.246 0.227 0.054 0.018 0.006 0.018 0.030 0.020 0.001 0.002 0.377 96 P 0.009 0.009 0.007 0.007 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.959 97 T 0.071 0.015 0.006 0.036 0.009 0.019 0.138 0.005 0.001 0.003 0.698 98 L 0.051 0.009 0.006 0.009 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 0.002 0.888 99 H 0.032 0.037 0.001 0.019 0.003 0.005 0.217 0.001 0.001 0.002 0.683 100 S 0.204 0.064 0.003 0.008 0.001 0.004 0.241 0.001 0.001 0.008 0.466 101 F 0.073 0.525 0.001 0.020 0.005 0.009 0.123 0.002 0.001 0.003 0.237 102 D 0.020 0.653 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.001 0.001 0.001 0.255 103 A 0.017 0.768 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 0.001 0.001 0.180 104 A 0.025 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.029 105 Q 0.021 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.011 106 S 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 107 R 0.011 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.028 108 V 0.010 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 109 Y 0.005 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.008 110 Q 0.012 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 111 L 0.034 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.020 112 M 0.040 0.901 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.043 113 E 0.050 0.776 0.012 0.003 0.003 0.005 0.006 0.032 0.001 0.001 0.113 114 Q 0.133 0.662 0.013 0.003 0.002 0.005 0.009 0.027 0.001 0.001 0.146 115 D 0.159 0.535 0.010 0.005 0.003 0.002 0.013 0.037 0.001 0.001 0.236 116 S 0.184 0.342 0.038 0.010 0.007 0.008 0.058 0.018 0.001 0.004 0.331 117 Y 0.085 0.267 0.042 0.026 0.019 0.032 0.124 0.016 0.001 0.005 0.384 118 T 0.064 0.269 0.018 0.029 0.015 0.031 0.063 0.005 0.001 0.004 0.502 119 R 0.048 0.251 0.004 0.019 0.018 0.020 0.087 0.005 0.001 0.003 0.545 120 F 0.208 0.345 0.006 0.020 0.012 0.021 0.091 0.010 0.001 0.007 0.281 121 L 0.165 0.480 0.018 0.042 0.017 0.035 0.053 0.013 0.001 0.004 0.172 122 K 0.113 0.364 0.011 0.028 0.022 0.038 0.075 0.016 0.001 0.006 0.327 123 S 0.201 0.258 0.015 0.008 0.003 0.007 0.069 0.011 0.001 0.004 0.424 124 D 0.040 0.192 0.008 0.006 0.003 0.002 0.051 0.009 0.001 0.002 0.687 125 I 0.035 0.213 0.006 0.003 0.003 0.004 0.426 0.005 0.001 0.015 0.290 126 Y 0.018 0.529 0.004 0.005 0.007 0.019 0.293 0.009 0.001 0.010 0.105 127 L 0.007 0.954 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.028 128 D 0.013 0.940 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.006 0.001 0.001 0.029 129 L 0.033 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.012 130 M 0.023 0.951 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.009 131 E 0.021 0.892 0.006 0.002 0.003 0.004 0.003 0.034 0.001 0.001 0.035 132 G 0.213 0.468 0.013 0.003 0.003 0.004 0.011 0.116 0.001 0.003 0.166