# TARGET T0302 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 342 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.037 0.018 0.016 0.023 0.123 0.048 0.735 2 M 0.042 0.026 0.009 0.041 0.199 0.041 0.642 3 V 0.025 0.018 0.007 0.059 0.122 0.044 0.725 4 S 0.016 0.020 0.008 0.109 0.088 0.041 0.718 5 P 0.009 0.004 0.030 0.583 0.086 0.095 0.193 6 E 0.008 0.003 0.041 0.710 0.041 0.081 0.115 7 E 0.004 0.004 0.040 0.766 0.033 0.046 0.107 8 A 0.005 0.004 0.022 0.866 0.021 0.035 0.047 9 V 0.004 0.002 0.016 0.852 0.027 0.062 0.036 10 K 0.005 0.003 0.023 0.743 0.027 0.169 0.031 11 W 0.008 0.003 0.036 0.582 0.036 0.236 0.099 12 G 0.015 0.011 0.058 0.497 0.085 0.172 0.162 13 E 0.032 0.017 0.050 0.442 0.175 0.083 0.201 14 S 0.018 0.017 0.009 0.510 0.113 0.040 0.294 15 F 0.001 0.001 0.008 0.984 0.002 0.004 0.001 16 D 0.001 0.001 0.016 0.979 0.001 0.004 0.001 17 K 0.001 0.001 0.024 0.965 0.001 0.010 0.001 18 L 0.001 0.001 0.025 0.953 0.001 0.020 0.001 19 L 0.001 0.001 0.027 0.719 0.010 0.236 0.006 20 S 0.001 0.002 0.023 0.438 0.048 0.464 0.024 21 H 0.001 0.001 0.003 0.126 0.404 0.021 0.445 22 R 0.001 0.001 0.025 0.894 0.016 0.048 0.017 23 D 0.001 0.001 0.020 0.894 0.008 0.070 0.007 24 G 0.001 0.001 0.022 0.921 0.004 0.046 0.007 25 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.003 0.006 0.004 26 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.003 0.003 27 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 29 T 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 30 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 31 F 0.001 0.001 0.002 0.966 0.001 0.030 0.001 32 L 0.001 0.002 0.004 0.935 0.006 0.045 0.006 33 K 0.002 0.002 0.022 0.855 0.012 0.092 0.016 34 T 0.002 0.001 0.022 0.742 0.061 0.137 0.035 35 E 0.002 0.003 0.032 0.571 0.078 0.248 0.066 36 F 0.002 0.008 0.023 0.312 0.191 0.250 0.213 37 S 0.004 0.004 0.039 0.367 0.115 0.117 0.355 38 E 0.001 0.001 0.062 0.722 0.044 0.130 0.039 39 E 0.001 0.001 0.056 0.761 0.024 0.130 0.028 40 N 0.001 0.001 0.011 0.900 0.018 0.043 0.027 41 I 0.002 0.001 0.002 0.957 0.007 0.010 0.022 42 E 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.004 0.006 43 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 44 W 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 45 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 47 C 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 48 E 0.001 0.001 0.004 0.976 0.002 0.017 0.001 49 D 0.001 0.001 0.006 0.934 0.004 0.051 0.004 50 F 0.001 0.002 0.013 0.896 0.010 0.060 0.018 51 K 0.006 0.006 0.029 0.772 0.032 0.120 0.036 52 K 0.013 0.005 0.045 0.616 0.059 0.189 0.073 53 S 0.011 0.005 0.038 0.436 0.155 0.171 0.184 54 K 0.013 0.012 0.028 0.272 0.226 0.164 0.285 55 G 0.004 0.004 0.018 0.141 0.176 0.083 0.574 56 P 0.001 0.002 0.047 0.582 0.085 0.111 0.172 57 Q 0.001 0.001 0.046 0.764 0.033 0.110 0.045 58 Q 0.001 0.003 0.054 0.820 0.020 0.064 0.038 59 I 0.001 0.001 0.023 0.892 0.013 0.032 0.039 60 H 0.001 0.001 0.007 0.955 0.011 0.014 0.011 61 L 0.001 0.001 0.004 0.969 0.006 0.012 0.008 62 K 0.001 0.001 0.003 0.975 0.002 0.015 0.005 63 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.010 0.003 64 K 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.009 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.010 0.002 66 I 0.001 0.001 0.002 0.981 0.002 0.011 0.003 67 Y 0.002 0.001 0.006 0.970 0.004 0.014 0.004 68 E 0.004 0.001 0.021 0.931 0.005 0.035 0.004 69 K 0.004 0.001 0.028 0.886 0.004 0.070 0.007 70 F 0.008 0.006 0.047 0.811 0.012 0.095 0.021 71 I 0.028 0.013 0.041 0.658 0.061 0.128 0.071 72 Q 0.028 0.010 0.109 0.330 0.114 0.187 0.223 73 T 0.003 0.004 0.041 0.091 0.150 0.660 0.052 74 D 0.002 0.002 0.016 0.010 0.091 0.830 0.050 75 A 0.017 0.022 0.008 0.011 0.269 0.043 0.629 76 P 0.043 0.020 0.012 0.009 0.142 0.092 0.682 77 K 0.130 0.017 0.051 0.025 0.307 0.133 0.336 78 E 0.264 0.096 0.061 0.023 0.110 0.057 0.389 79 V 0.267 0.029 0.029 0.018 0.100 0.032 0.525 80 N 0.258 0.030 0.019 0.011 0.131 0.038 0.512 81 L 0.095 0.072 0.014 0.023 0.189 0.021 0.586 82 D 0.025 0.004 0.003 0.023 0.069 0.011 0.865 83 F 0.001 0.001 0.065 0.843 0.017 0.063 0.010 84 H 0.001 0.001 0.029 0.919 0.011 0.035 0.006 85 T 0.001 0.001 0.016 0.958 0.004 0.015 0.007 86 K 0.001 0.001 0.002 0.984 0.003 0.005 0.005 87 E 0.001 0.001 0.002 0.982 0.003 0.008 0.004 88 V 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.006 0.003 89 I 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.007 0.003 90 T 0.001 0.001 0.007 0.962 0.002 0.023 0.004 91 N 0.001 0.001 0.008 0.856 0.008 0.122 0.006 92 S 0.001 0.002 0.016 0.714 0.013 0.233 0.021 93 I 0.003 0.007 0.032 0.481 0.098 0.215 0.163 94 T 0.005 0.008 0.062 0.333 0.175 0.236 0.181 95 Q 0.005 0.004 0.019 0.129 0.474 0.106 0.264 96 P 0.005 0.009 0.013 0.074 0.262 0.064 0.574 97 T 0.009 0.023 0.011 0.076 0.103 0.033 0.746 98 L 0.003 0.002 0.162 0.514 0.056 0.187 0.076 99 H 0.006 0.003 0.233 0.412 0.050 0.238 0.059 100 S 0.005 0.006 0.225 0.527 0.073 0.083 0.082 101 F 0.006 0.005 0.030 0.779 0.055 0.025 0.099 102 D 0.001 0.001 0.012 0.933 0.014 0.020 0.019 103 A 0.001 0.001 0.005 0.957 0.007 0.022 0.008 104 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.010 0.004 105 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 106 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 107 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 108 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 110 Q 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.014 0.001 111 L 0.001 0.001 0.002 0.966 0.002 0.028 0.002 112 M 0.001 0.001 0.007 0.934 0.007 0.044 0.006 113 E 0.001 0.001 0.038 0.850 0.016 0.079 0.015 114 Q 0.001 0.001 0.056 0.708 0.038 0.174 0.023 115 D 0.001 0.001 0.045 0.461 0.059 0.380 0.053 116 S 0.002 0.013 0.032 0.303 0.107 0.389 0.154 117 Y 0.004 0.013 0.029 0.173 0.177 0.066 0.539 118 T 0.004 0.003 0.169 0.427 0.074 0.193 0.130 119 R 0.006 0.004 0.249 0.370 0.066 0.235 0.071 120 F 0.014 0.014 0.275 0.380 0.052 0.176 0.089 121 L 0.040 0.028 0.162 0.264 0.073 0.260 0.173 122 K 0.027 0.014 0.060 0.189 0.195 0.266 0.249 123 S 0.010 0.005 0.012 0.219 0.214 0.027 0.512 124 D 0.001 0.001 0.036 0.921 0.007 0.024 0.011 125 I 0.001 0.001 0.029 0.932 0.005 0.026 0.007 126 Y 0.001 0.001 0.035 0.928 0.006 0.019 0.011 127 L 0.003 0.001 0.019 0.940 0.010 0.018 0.009 128 D 0.011 0.001 0.019 0.920 0.008 0.027 0.015 129 L 0.007 0.003 0.037 0.849 0.020 0.060 0.025 130 M 0.020 0.006 0.021 0.678 0.057 0.154 0.065 131 E 0.013 0.008 0.020 0.358 0.004 0.378 0.220 132 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.991