# TARGET T0302 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 342 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.084 0.184 0.121 0.031 0.206 0.016 0.031 0.083 0.075 0.128 0.042 2 M 0.095 0.260 0.189 0.026 0.190 0.011 0.023 0.058 0.041 0.066 0.040 3 V 0.067 0.360 0.177 0.026 0.179 0.019 0.032 0.067 0.024 0.026 0.023 4 S 0.055 0.462 0.174 0.011 0.164 0.005 0.008 0.057 0.025 0.023 0.016 5 P 0.054 0.084 0.069 0.020 0.083 0.017 0.021 0.350 0.206 0.067 0.027 6 E 0.035 0.117 0.071 0.012 0.067 0.009 0.019 0.499 0.122 0.027 0.020 7 E 0.030 0.127 0.037 0.005 0.079 0.007 0.024 0.494 0.136 0.049 0.012 8 A 0.048 0.076 0.032 0.009 0.090 0.011 0.023 0.471 0.160 0.063 0.017 9 V 0.022 0.052 0.022 0.021 0.039 0.034 0.086 0.479 0.181 0.046 0.019 10 K 0.038 0.110 0.028 0.011 0.085 0.011 0.025 0.331 0.191 0.143 0.027 11 W 0.037 0.053 0.036 0.013 0.071 0.009 0.018 0.364 0.250 0.117 0.031 12 G 0.061 0.055 0.026 0.006 0.075 0.006 0.031 0.355 0.206 0.145 0.032 13 E 0.017 0.154 0.043 0.015 0.092 0.027 0.092 0.400 0.104 0.046 0.010 14 S 0.061 0.544 0.133 0.003 0.129 0.001 0.005 0.082 0.013 0.016 0.012 15 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.654 0.300 0.032 0.002 16 D 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.837 0.143 0.003 0.001 17 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.030 0.777 0.148 0.033 0.001 18 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.037 0.696 0.214 0.041 0.001 19 L 0.014 0.018 0.002 0.004 0.022 0.005 0.037 0.463 0.269 0.150 0.017 20 S 0.008 0.032 0.012 0.008 0.025 0.035 0.056 0.113 0.128 0.563 0.020 21 H 0.230 0.244 0.072 0.002 0.330 0.001 0.001 0.016 0.009 0.022 0.074 22 R 0.008 0.011 0.005 0.004 0.012 0.020 0.054 0.430 0.361 0.080 0.015 23 D 0.004 0.042 0.019 0.005 0.016 0.004 0.024 0.616 0.198 0.066 0.006 24 G 0.004 0.036 0.034 0.007 0.007 0.001 0.002 0.592 0.169 0.142 0.007 25 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.905 0.083 0.002 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.949 0.044 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.955 0.035 0.004 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.056 0.004 0.001 29 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.928 0.066 0.001 0.001 30 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.938 0.042 0.002 0.001 31 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.867 0.097 0.013 0.001 32 L 0.010 0.009 0.001 0.001 0.013 0.001 0.014 0.719 0.171 0.053 0.010 33 K 0.003 0.009 0.003 0.004 0.005 0.014 0.053 0.628 0.196 0.083 0.004 34 T 0.016 0.072 0.025 0.007 0.048 0.011 0.103 0.547 0.094 0.065 0.012 35 E 0.034 0.073 0.026 0.016 0.065 0.043 0.120 0.381 0.139 0.080 0.023 36 F 0.079 0.041 0.030 0.024 0.066 0.022 0.047 0.211 0.092 0.252 0.136 37 S 0.061 0.207 0.089 0.017 0.113 0.010 0.014 0.286 0.115 0.065 0.024 38 E 0.003 0.009 0.004 0.004 0.008 0.008 0.017 0.631 0.271 0.040 0.004 39 E 0.005 0.021 0.009 0.002 0.012 0.004 0.033 0.751 0.139 0.021 0.003 40 N 0.008 0.007 0.004 0.003 0.008 0.003 0.012 0.733 0.139 0.078 0.006 41 I 0.009 0.014 0.003 0.001 0.019 0.001 0.007 0.794 0.136 0.013 0.004 42 E 0.006 0.005 0.002 0.001 0.008 0.001 0.006 0.876 0.088 0.005 0.004 43 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.913 0.069 0.005 0.001 44 W 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.897 0.087 0.002 0.001 45 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.901 0.078 0.002 0.001 46 A 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.898 0.054 0.020 0.002 47 C 0.004 0.008 0.002 0.001 0.008 0.003 0.009 0.787 0.151 0.023 0.003 48 E 0.003 0.012 0.005 0.003 0.007 0.006 0.023 0.837 0.096 0.005 0.002 49 D 0.004 0.007 0.004 0.003 0.008 0.007 0.027 0.735 0.124 0.075 0.006 50 F 0.021 0.015 0.005 0.004 0.027 0.010 0.028 0.620 0.185 0.069 0.017 51 K 0.014 0.026 0.004 0.003 0.025 0.007 0.037 0.634 0.208 0.030 0.010 52 K 0.010 0.020 0.005 0.004 0.026 0.011 0.065 0.546 0.176 0.124 0.011 53 S 0.040 0.092 0.032 0.013 0.095 0.018 0.082 0.329 0.129 0.147 0.023 54 K 0.041 0.160 0.067 0.020 0.094 0.032 0.078 0.215 0.112 0.141 0.040 55 G 0.129 0.217 0.108 0.014 0.187 0.005 0.006 0.060 0.042 0.150 0.082 56 P 0.024 0.067 0.019 0.005 0.074 0.008 0.015 0.458 0.260 0.056 0.014 57 Q 0.004 0.016 0.006 0.003 0.010 0.009 0.030 0.737 0.162 0.020 0.004 58 Q 0.007 0.017 0.005 0.001 0.013 0.002 0.017 0.706 0.123 0.103 0.006 59 I 0.007 0.023 0.008 0.001 0.009 0.001 0.003 0.822 0.089 0.034 0.004 60 H 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.919 0.062 0.004 0.001 61 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.952 0.033 0.001 0.001 62 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.049 0.009 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.066 0.004 0.001 64 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.047 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.967 0.025 0.001 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.938 0.045 0.005 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.829 0.158 0.006 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.846 0.126 0.004 0.001 69 K 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.008 0.093 0.733 0.134 0.020 0.001 70 F 0.018 0.003 0.001 0.001 0.013 0.002 0.074 0.500 0.183 0.188 0.017 71 I 0.040 0.098 0.018 0.005 0.118 0.006 0.037 0.254 0.208 0.186 0.029 72 Q 0.062 0.309 0.214 0.054 0.164 0.009 0.010 0.096 0.025 0.041 0.017 73 T 0.004 0.090 0.033 0.010 0.022 0.050 0.362 0.301 0.116 0.010 0.002 74 D 0.035 0.006 0.006 0.007 0.010 0.002 0.003 0.011 0.024 0.697 0.199 75 A 0.028 0.498 0.193 0.026 0.160 0.012 0.013 0.013 0.012 0.032 0.013 76 P 0.213 0.156 0.047 0.016 0.308 0.018 0.026 0.051 0.034 0.048 0.082 77 K 0.045 0.389 0.164 0.022 0.226 0.015 0.028 0.043 0.031 0.023 0.014 78 E 0.206 0.192 0.048 0.005 0.426 0.009 0.014 0.041 0.016 0.011 0.033 79 V 0.120 0.211 0.035 0.010 0.373 0.028 0.038 0.059 0.039 0.031 0.054 80 N 0.290 0.070 0.024 0.004 0.294 0.003 0.009 0.022 0.025 0.094 0.164 81 L 0.042 0.367 0.218 0.026 0.171 0.010 0.007 0.033 0.031 0.070 0.023 82 D 0.088 0.365 0.115 0.013 0.289 0.005 0.005 0.054 0.028 0.016 0.022 83 F 0.003 0.004 0.003 0.002 0.007 0.003 0.010 0.591 0.350 0.024 0.003 84 H 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.020 0.839 0.110 0.019 0.001 85 T 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.861 0.101 0.024 0.001 86 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.929 0.064 0.002 0.001 87 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.042 0.002 0.001 88 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.945 0.037 0.005 0.001 89 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.891 0.093 0.008 0.001 90 T 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.816 0.154 0.009 0.001 91 N 0.001 0.010 0.004 0.003 0.004 0.007 0.062 0.770 0.115 0.020 0.002 92 S 0.010 0.009 0.006 0.004 0.014 0.012 0.105 0.548 0.158 0.121 0.014 93 I 0.058 0.050 0.009 0.004 0.086 0.007 0.039 0.373 0.198 0.133 0.042 94 T 0.014 0.056 0.025 0.018 0.048 0.060 0.121 0.345 0.217 0.087 0.010 95 Q 0.065 0.168 0.151 0.027 0.126 0.012 0.023 0.112 0.093 0.178 0.044 96 P 0.040 0.281 0.196 0.026 0.106 0.017 0.045 0.107 0.074 0.080 0.028 97 T 0.040 0.479 0.185 0.011 0.179 0.003 0.004 0.037 0.024 0.024 0.014 98 L 0.010 0.024 0.008 0.004 0.035 0.009 0.022 0.583 0.276 0.023 0.006 99 H 0.007 0.009 0.003 0.001 0.011 0.003 0.024 0.742 0.140 0.053 0.007 100 S 0.003 0.015 0.004 0.001 0.006 0.001 0.008 0.799 0.116 0.046 0.002 101 F 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.911 0.065 0.008 0.001 102 D 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.931 0.046 0.004 0.002 103 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.930 0.051 0.010 0.001 104 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.058 0.007 0.001 105 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.941 0.046 0.004 0.001 106 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.948 0.032 0.004 0.001 107 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.958 0.030 0.005 0.001 108 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.055 0.004 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.946 0.048 0.001 0.001 110 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.963 0.026 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.892 0.078 0.015 0.001 112 M 0.004 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.808 0.149 0.014 0.004 113 E 0.001 0.010 0.002 0.001 0.003 0.004 0.032 0.696 0.207 0.043 0.001 114 Q 0.006 0.115 0.023 0.004 0.038 0.019 0.189 0.420 0.110 0.071 0.005 115 D 0.098 0.041 0.008 0.005 0.082 0.010 0.060 0.225 0.162 0.205 0.105 116 S 0.036 0.043 0.018 0.009 0.051 0.017 0.098 0.275 0.178 0.236 0.039 117 Y 0.054 0.179 0.061 0.010 0.127 0.007 0.007 0.267 0.113 0.132 0.043 118 T 0.010 0.014 0.003 0.002 0.024 0.004 0.017 0.615 0.286 0.017 0.006 119 R 0.002 0.006 0.004 0.002 0.006 0.004 0.029 0.746 0.191 0.010 0.001 120 F 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.010 0.042 0.595 0.255 0.086 0.002 121 L 0.028 0.064 0.008 0.002 0.053 0.005 0.029 0.528 0.208 0.061 0.012 122 K 0.017 0.017 0.010 0.006 0.015 0.006 0.007 0.067 0.103 0.701 0.051 123 S 0.018 0.552 0.172 0.006 0.164 0.001 0.002 0.051 0.022 0.008 0.006 124 D 0.003 0.004 0.002 0.002 0.006 0.006 0.036 0.731 0.190 0.017 0.004 125 I 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.028 0.801 0.120 0.036 0.002 126 Y 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.851 0.109 0.026 0.003 127 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.865 0.117 0.004 0.001 128 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.028 0.865 0.087 0.008 0.002 129 L 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.043 0.774 0.118 0.049 0.002 130 M 0.013 0.033 0.008 0.004 0.025 0.005 0.029 0.577 0.193 0.102 0.011 131 E 0.015 0.069 0.023 0.018 0.031 0.028 0.092 0.458 0.165 0.090 0.012 132 G 0.037 0.123 0.073 0.023 0.088 0.020 0.067 0.229 0.087 0.202 0.052