# TARGET T0302 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 342 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.682 0.214 0.071 0.028 0.005 0.001 0.001 2 M 0.584 0.274 0.096 0.036 0.009 0.001 0.001 3 V 0.484 0.215 0.155 0.101 0.038 0.007 0.001 4 S 0.621 0.238 0.077 0.042 0.018 0.004 0.001 5 P 0.657 0.220 0.090 0.029 0.004 0.001 0.001 6 E 0.808 0.157 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 7 E 0.503 0.325 0.121 0.042 0.008 0.001 0.001 8 A 0.228 0.251 0.252 0.203 0.059 0.007 0.001 9 V 0.531 0.312 0.112 0.035 0.008 0.001 0.001 10 K 0.486 0.338 0.125 0.042 0.007 0.001 0.001 11 W 0.100 0.146 0.181 0.304 0.217 0.050 0.002 12 G 0.083 0.247 0.356 0.225 0.078 0.011 0.001 13 E 0.278 0.435 0.196 0.072 0.016 0.002 0.001 14 S 0.054 0.165 0.248 0.276 0.199 0.054 0.003 15 F 0.010 0.019 0.046 0.186 0.430 0.288 0.022 16 D 0.064 0.298 0.328 0.226 0.069 0.013 0.001 17 K 0.111 0.299 0.298 0.198 0.074 0.020 0.001 18 L 0.017 0.035 0.061 0.183 0.366 0.318 0.021 19 L 0.024 0.046 0.102 0.243 0.357 0.215 0.012 20 S 0.198 0.401 0.252 0.113 0.030 0.006 0.001 21 H 0.068 0.229 0.341 0.258 0.085 0.017 0.001 22 R 0.366 0.370 0.159 0.073 0.024 0.006 0.001 23 D 0.193 0.394 0.262 0.109 0.035 0.006 0.001 24 G 0.017 0.055 0.127 0.314 0.356 0.125 0.006 25 L 0.013 0.109 0.229 0.317 0.256 0.073 0.003 26 E 0.106 0.447 0.316 0.104 0.023 0.004 0.001 27 A 0.012 0.075 0.255 0.412 0.202 0.041 0.002 28 F 0.005 0.006 0.007 0.035 0.228 0.620 0.099 29 T 0.006 0.064 0.244 0.406 0.235 0.043 0.002 30 R 0.059 0.473 0.350 0.098 0.018 0.002 0.001 31 F 0.005 0.024 0.122 0.417 0.344 0.086 0.003 32 L 0.008 0.018 0.041 0.176 0.449 0.294 0.014 33 K 0.209 0.495 0.202 0.075 0.016 0.003 0.001 34 T 0.299 0.428 0.182 0.070 0.016 0.004 0.001 35 E 0.062 0.168 0.268 0.268 0.179 0.051 0.004 36 F 0.165 0.291 0.258 0.191 0.081 0.013 0.001 37 S 0.204 0.271 0.227 0.199 0.079 0.018 0.001 38 E 0.391 0.347 0.164 0.069 0.024 0.005 0.001 39 E 0.225 0.308 0.235 0.155 0.061 0.014 0.002 40 N 0.053 0.078 0.119 0.218 0.321 0.195 0.016 41 I 0.064 0.154 0.221 0.288 0.198 0.069 0.006 42 E 0.065 0.238 0.283 0.259 0.116 0.036 0.003 43 F 0.010 0.022 0.051 0.146 0.354 0.385 0.031 44 W 0.013 0.022 0.035 0.106 0.277 0.463 0.085 45 I 0.021 0.113 0.269 0.340 0.183 0.068 0.006 46 A 0.023 0.082 0.214 0.350 0.251 0.077 0.004 47 C 0.012 0.023 0.038 0.129 0.391 0.374 0.033 48 E 0.080 0.189 0.284 0.272 0.132 0.040 0.003 49 D 0.146 0.389 0.307 0.121 0.033 0.004 0.001 50 F 0.037 0.088 0.176 0.397 0.265 0.036 0.001 51 K 0.144 0.277 0.295 0.195 0.074 0.014 0.001 52 K 0.625 0.273 0.074 0.022 0.005 0.001 0.001 53 S 0.411 0.321 0.169 0.078 0.019 0.003 0.001 54 K 0.574 0.198 0.126 0.074 0.025 0.004 0.001 55 G 0.757 0.173 0.049 0.017 0.004 0.001 0.001 56 P 0.707 0.205 0.061 0.022 0.004 0.001 0.001 57 Q 0.783 0.170 0.034 0.010 0.002 0.001 0.001 58 Q 0.446 0.359 0.134 0.047 0.011 0.002 0.001 59 I 0.088 0.180 0.261 0.315 0.137 0.019 0.001 60 H 0.052 0.255 0.351 0.245 0.086 0.010 0.001 61 L 0.225 0.438 0.213 0.092 0.027 0.005 0.001 62 K 0.016 0.108 0.271 0.358 0.199 0.046 0.002 63 A 0.002 0.006 0.020 0.112 0.403 0.424 0.032 64 K 0.020 0.187 0.336 0.298 0.131 0.027 0.002 65 A 0.042 0.264 0.366 0.235 0.074 0.018 0.001 66 I 0.002 0.008 0.022 0.097 0.333 0.483 0.054 67 Y 0.003 0.008 0.030 0.149 0.383 0.382 0.045 68 E 0.048 0.285 0.328 0.230 0.084 0.022 0.002 69 K 0.031 0.177 0.337 0.307 0.123 0.024 0.001 70 F 0.007 0.024 0.055 0.174 0.358 0.342 0.039 71 I 0.027 0.066 0.138 0.281 0.336 0.143 0.009 72 Q 0.209 0.378 0.224 0.135 0.044 0.009 0.001 73 T 0.327 0.352 0.203 0.091 0.023 0.004 0.001 74 D 0.383 0.337 0.169 0.077 0.026 0.006 0.001 75 A 0.251 0.206 0.198 0.202 0.114 0.028 0.002 76 P 0.340 0.268 0.179 0.134 0.061 0.016 0.002 77 K 0.294 0.284 0.201 0.135 0.065 0.020 0.002 78 E 0.263 0.271 0.217 0.151 0.072 0.024 0.002 79 V 0.109 0.127 0.159 0.252 0.238 0.107 0.009 80 N 0.177 0.256 0.231 0.186 0.108 0.039 0.003 81 L 0.089 0.117 0.178 0.276 0.236 0.095 0.009 82 D 0.251 0.329 0.217 0.132 0.051 0.017 0.002 83 F 0.447 0.286 0.145 0.077 0.033 0.010 0.001 84 H 0.384 0.350 0.164 0.065 0.025 0.010 0.002 85 T 0.045 0.114 0.184 0.293 0.265 0.092 0.007 86 K 0.051 0.164 0.305 0.296 0.147 0.034 0.002 87 E 0.455 0.427 0.092 0.020 0.004 0.001 0.001 88 V 0.085 0.303 0.380 0.191 0.037 0.004 0.001 89 I 0.016 0.028 0.068 0.251 0.458 0.174 0.005 90 T 0.100 0.271 0.333 0.223 0.063 0.010 0.001 91 N 0.464 0.416 0.093 0.021 0.005 0.001 0.001 92 S 0.110 0.243 0.302 0.239 0.088 0.017 0.001 93 I 0.060 0.082 0.174 0.327 0.275 0.078 0.003 94 T 0.426 0.363 0.135 0.056 0.017 0.003 0.001 95 Q 0.398 0.356 0.163 0.063 0.017 0.003 0.001 96 P 0.170 0.202 0.226 0.243 0.130 0.028 0.002 97 T 0.208 0.298 0.230 0.156 0.082 0.026 0.002 98 L 0.125 0.218 0.231 0.263 0.131 0.030 0.002 99 H 0.166 0.317 0.252 0.168 0.076 0.019 0.001 100 S 0.017 0.058 0.117 0.278 0.331 0.180 0.018 101 F 0.012 0.028 0.045 0.115 0.295 0.432 0.072 102 D 0.030 0.168 0.304 0.316 0.146 0.033 0.002 103 A 0.022 0.182 0.354 0.314 0.103 0.022 0.002 104 A 0.002 0.004 0.011 0.061 0.312 0.547 0.064 105 Q 0.001 0.008 0.035 0.166 0.385 0.368 0.039 106 S 0.020 0.316 0.398 0.196 0.057 0.012 0.001 107 R 0.004 0.040 0.209 0.435 0.256 0.054 0.003 108 V 0.001 0.003 0.004 0.027 0.207 0.671 0.086 109 Y 0.012 0.084 0.247 0.400 0.216 0.039 0.002 110 Q 0.137 0.492 0.256 0.089 0.022 0.004 0.001 111 L 0.019 0.074 0.218 0.408 0.234 0.046 0.001 112 M 0.033 0.055 0.107 0.281 0.380 0.138 0.006 113 E 0.348 0.393 0.159 0.075 0.020 0.004 0.001 114 Q 0.302 0.435 0.179 0.065 0.016 0.003 0.001 115 D 0.210 0.280 0.258 0.168 0.064 0.018 0.002 116 S 0.203 0.262 0.225 0.169 0.104 0.035 0.002 117 Y 0.172 0.143 0.160 0.240 0.215 0.066 0.004 118 T 0.281 0.302 0.206 0.139 0.056 0.015 0.001 119 R 0.255 0.281 0.203 0.153 0.078 0.027 0.002 120 F 0.150 0.146 0.161 0.214 0.205 0.111 0.013 121 L 0.099 0.138 0.188 0.272 0.210 0.085 0.009 122 K 0.214 0.305 0.216 0.157 0.076 0.029 0.004 123 S 0.312 0.292 0.200 0.125 0.055 0.014 0.001 124 D 0.593 0.298 0.086 0.019 0.003 0.001 0.001 125 I 0.176 0.210 0.261 0.242 0.096 0.015 0.001 126 Y 0.122 0.131 0.180 0.289 0.237 0.039 0.001 127 L 0.383 0.396 0.164 0.048 0.009 0.001 0.001 128 D 0.574 0.328 0.082 0.014 0.001 0.001 0.001 129 L 0.191 0.241 0.249 0.223 0.087 0.009 0.001 130 M 0.188 0.224 0.289 0.227 0.066 0.005 0.001 131 E 0.766 0.189 0.037 0.007 0.001 0.001 0.001 132 G 0.851 0.123 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001