# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.017 0.002 0.001 0.008 0.010 0.016 0.092 0.001 0.001 0.018 0.836 2 M 0.006 0.002 0.001 0.009 0.032 0.029 0.131 0.001 0.001 0.017 0.774 3 V 0.007 0.005 0.001 0.006 0.017 0.015 0.126 0.003 0.001 0.013 0.808 4 S 0.308 0.185 0.002 0.007 0.012 0.010 0.078 0.025 0.001 0.038 0.333 5 P 0.220 0.361 0.003 0.005 0.002 0.004 0.049 0.010 0.001 0.033 0.311 6 E 0.129 0.370 0.005 0.006 0.006 0.016 0.051 0.007 0.002 0.021 0.387 7 E 0.126 0.354 0.005 0.011 0.025 0.038 0.059 0.008 0.002 0.035 0.338 8 A 0.127 0.206 0.009 0.013 0.032 0.041 0.079 0.014 0.004 0.045 0.430 9 V 0.293 0.120 0.003 0.013 0.020 0.025 0.067 0.010 0.001 0.039 0.408 10 K 0.078 0.038 0.001 0.017 0.024 0.037 0.110 0.004 0.001 0.067 0.622 11 W 0.012 0.066 0.001 0.016 0.009 0.020 0.096 0.002 0.001 0.029 0.748 12 G 0.060 0.238 0.005 0.019 0.029 0.029 0.084 0.005 0.001 0.080 0.449 13 E 0.012 0.402 0.003 0.015 0.016 0.014 0.069 0.007 0.001 0.050 0.411 14 S 0.019 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.020 15 F 0.047 0.911 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.004 0.018 16 D 0.085 0.504 0.003 0.006 0.003 0.005 0.031 0.010 0.002 0.196 0.156 17 K 0.048 0.483 0.019 0.011 0.003 0.006 0.053 0.012 0.007 0.210 0.147 18 L 0.286 0.153 0.025 0.017 0.005 0.007 0.083 0.026 0.010 0.099 0.289 19 L 0.098 0.115 0.013 0.028 0.011 0.018 0.109 0.005 0.009 0.055 0.540 20 S 0.011 0.095 0.001 0.005 0.003 0.007 0.077 0.001 0.001 0.013 0.787 21 H 0.034 0.813 0.002 0.002 0.001 0.001 0.014 0.009 0.001 0.019 0.104 22 R 0.050 0.860 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.016 0.057 23 D 0.006 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 0.055 24 G 0.011 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.012 0.022 25 L 0.008 0.179 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.791 0.013 26 E 0.003 0.871 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.096 0.020 27 A 0.003 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.014 28 F 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 29 T 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 30 R 0.012 0.157 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.773 0.040 31 F 0.029 0.334 0.058 0.002 0.001 0.001 0.029 0.009 0.027 0.439 0.071 32 L 0.242 0.246 0.064 0.006 0.001 0.001 0.062 0.029 0.024 0.099 0.226 33 K 0.166 0.128 0.010 0.012 0.001 0.002 0.073 0.010 0.007 0.066 0.525 34 T 0.068 0.050 0.001 0.004 0.001 0.004 0.111 0.002 0.001 0.026 0.733 35 E 0.021 0.072 0.004 0.012 0.001 0.007 0.091 0.009 0.002 0.052 0.728 36 F 0.133 0.243 0.014 0.006 0.002 0.003 0.089 0.007 0.006 0.109 0.388 37 S 0.108 0.563 0.003 0.005 0.001 0.003 0.037 0.004 0.001 0.058 0.216 38 E 0.053 0.698 0.002 0.005 0.001 0.004 0.028 0.002 0.001 0.033 0.173 39 E 0.011 0.778 0.001 0.011 0.006 0.012 0.029 0.002 0.001 0.052 0.098 40 N 0.003 0.920 0.001 0.004 0.004 0.008 0.008 0.001 0.001 0.023 0.029 41 I 0.005 0.934 0.001 0.005 0.006 0.008 0.005 0.001 0.001 0.020 0.016 42 E 0.002 0.928 0.001 0.008 0.008 0.010 0.003 0.001 0.001 0.026 0.015 43 F 0.002 0.967 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.008 44 W 0.013 0.883 0.002 0.005 0.008 0.007 0.003 0.002 0.001 0.059 0.016 45 I 0.011 0.792 0.011 0.005 0.008 0.009 0.010 0.002 0.004 0.111 0.035 46 A 0.028 0.854 0.011 0.003 0.004 0.004 0.014 0.007 0.006 0.018 0.052 47 C 0.170 0.618 0.021 0.003 0.007 0.010 0.016 0.031 0.009 0.016 0.100 48 E 0.095 0.356 0.003 0.007 0.012 0.025 0.051 0.006 0.002 0.053 0.389 49 D 0.029 0.097 0.042 0.014 0.006 0.023 0.069 0.003 0.018 0.109 0.590 50 F 0.199 0.045 0.039 0.017 0.010 0.019 0.089 0.014 0.009 0.146 0.414 51 K 0.213 0.020 0.003 0.013 0.010 0.021 0.071 0.008 0.003 0.059 0.580 52 K 0.054 0.004 0.001 0.005 0.002 0.003 0.051 0.001 0.001 0.011 0.871 53 S 0.005 0.003 0.001 0.005 0.008 0.010 0.103 0.001 0.001 0.018 0.846 54 K 0.009 0.015 0.001 0.003 0.004 0.006 0.119 0.006 0.001 0.017 0.820 55 G 0.124 0.607 0.002 0.004 0.002 0.002 0.035 0.014 0.001 0.047 0.161 56 P 0.038 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.035 57 Q 0.016 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 0.037 58 Q 0.005 0.939 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.022 0.021 59 I 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 60 H 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 61 L 0.003 0.823 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.151 0.013 62 K 0.001 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.006 63 A 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.006 64 K 0.006 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.069 0.020 65 A 0.010 0.879 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.055 0.044 66 I 0.038 0.724 0.053 0.002 0.001 0.001 0.015 0.019 0.016 0.082 0.050 67 Y 0.203 0.599 0.013 0.003 0.001 0.001 0.020 0.028 0.007 0.044 0.081 68 E 0.125 0.303 0.002 0.006 0.001 0.004 0.055 0.006 0.002 0.056 0.439 69 K 0.050 0.066 0.007 0.018 0.003 0.008 0.120 0.003 0.003 0.096 0.625 70 F 0.043 0.036 0.021 0.052 0.008 0.019 0.190 0.006 0.007 0.136 0.482 71 I 0.108 0.027 0.007 0.040 0.008 0.018 0.118 0.010 0.004 0.067 0.593 72 Q 0.363 0.013 0.001 0.015 0.004 0.007 0.085 0.004 0.001 0.057 0.450 73 T 0.025 0.003 0.001 0.015 0.004 0.013 0.124 0.002 0.001 0.039 0.773 74 D 0.022 0.004 0.002 0.016 0.004 0.011 0.118 0.001 0.001 0.023 0.797 75 A 0.170 0.009 0.003 0.024 0.028 0.031 0.129 0.027 0.001 0.099 0.480 76 P 0.193 0.010 0.001 0.015 0.004 0.006 0.102 0.004 0.001 0.054 0.609 77 K 0.043 0.004 0.001 0.046 0.033 0.061 0.110 0.007 0.001 0.049 0.646 78 E 0.020 0.005 0.001 0.042 0.018 0.041 0.145 0.001 0.001 0.028 0.700 79 V 0.005 0.001 0.001 0.062 0.093 0.100 0.137 0.002 0.001 0.026 0.574 80 N 0.054 0.016 0.001 0.077 0.037 0.050 0.139 0.002 0.001 0.044 0.580 81 L 0.016 0.011 0.001 0.021 0.017 0.019 0.120 0.005 0.001 0.084 0.705 82 D 0.066 0.684 0.001 0.007 0.002 0.004 0.032 0.005 0.001 0.028 0.171 83 F 0.051 0.738 0.004 0.006 0.002 0.003 0.024 0.003 0.001 0.025 0.144 84 H 0.004 0.919 0.001 0.002 0.003 0.003 0.008 0.002 0.001 0.006 0.050 85 T 0.020 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.002 0.019 86 K 0.019 0.132 0.001 0.003 0.004 0.003 0.006 0.002 0.001 0.803 0.025 87 E 0.011 0.511 0.026 0.006 0.003 0.005 0.027 0.004 0.008 0.306 0.093 88 V 0.211 0.222 0.085 0.007 0.007 0.011 0.048 0.030 0.017 0.159 0.202 89 I 0.110 0.145 0.085 0.027 0.008 0.014 0.056 0.030 0.049 0.155 0.322 90 T 0.169 0.019 0.002 0.004 0.003 0.007 0.086 0.002 0.002 0.027 0.679 91 N 0.023 0.004 0.003 0.015 0.004 0.016 0.081 0.015 0.002 0.058 0.778 92 S 0.115 0.003 0.002 0.007 0.002 0.004 0.124 0.002 0.001 0.036 0.705 93 I 0.020 0.001 0.001 0.026 0.006 0.012 0.121 0.002 0.001 0.035 0.775 94 T 0.025 0.003 0.001 0.011 0.003 0.004 0.120 0.001 0.001 0.020 0.814 95 Q 0.033 0.001 0.001 0.023 0.017 0.020 0.208 0.014 0.001 0.049 0.633 96 P 0.033 0.011 0.001 0.029 0.006 0.008 0.167 0.003 0.001 0.034 0.709 97 T 0.095 0.212 0.001 0.020 0.007 0.013 0.106 0.009 0.001 0.042 0.494 98 L 0.073 0.416 0.001 0.018 0.005 0.009 0.066 0.007 0.001 0.036 0.367 99 H 0.017 0.694 0.002 0.013 0.007 0.011 0.045 0.004 0.001 0.026 0.181 100 S 0.012 0.901 0.001 0.003 0.003 0.004 0.010 0.002 0.001 0.021 0.042 101 F 0.011 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.015 0.026 102 D 0.012 0.469 0.001 0.003 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.468 0.030 103 A 0.004 0.805 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.152 0.025 104 A 0.006 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.030 0.019 105 Q 0.005 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.055 0.013 106 S 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 0.017 107 R 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.009 108 V 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 109 Y 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 110 Q 0.015 0.899 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.044 0.028 111 L 0.032 0.515 0.055 0.004 0.001 0.001 0.023 0.016 0.026 0.275 0.052 112 M 0.245 0.247 0.087 0.006 0.001 0.002 0.046 0.028 0.049 0.166 0.124 113 E 0.187 0.176 0.011 0.006 0.001 0.003 0.068 0.010 0.010 0.044 0.485 114 Q 0.078 0.018 0.002 0.005 0.002 0.004 0.080 0.002 0.001 0.079 0.729 115 D 0.027 0.095 0.003 0.016 0.003 0.010 0.099 0.004 0.001 0.071 0.671 116 S 0.101 0.177 0.007 0.008 0.004 0.009 0.087 0.008 0.002 0.034 0.563 117 Y 0.051 0.487 0.005 0.011 0.005 0.008 0.046 0.010 0.002 0.020 0.354 118 T 0.117 0.687 0.001 0.002 0.001 0.003 0.020 0.012 0.001 0.006 0.150 119 R 0.133 0.371 0.003 0.020 0.005 0.008 0.044 0.020 0.001 0.103 0.293 120 F 0.059 0.256 0.022 0.024 0.005 0.009 0.094 0.004 0.008 0.204 0.314 121 L 0.054 0.346 0.010 0.020 0.010 0.009 0.090 0.006 0.002 0.099 0.353 122 K 0.028 0.778 0.003 0.004 0.002 0.003 0.020 0.011 0.001 0.011 0.140 123 S 0.043 0.783 0.001 0.003 0.001 0.002 0.018 0.007 0.001 0.016 0.125 124 D 0.010 0.857 0.005 0.004 0.001 0.003 0.011 0.004 0.002 0.037 0.066 125 I 0.043 0.874 0.005 0.001 0.001 0.002 0.009 0.007 0.001 0.019 0.038 126 Y 0.060 0.815 0.007 0.003 0.002 0.003 0.009 0.014 0.003 0.024 0.061 127 L 0.113 0.491 0.007 0.007 0.003 0.006 0.041 0.006 0.004 0.086 0.235 128 D 0.067 0.199 0.056 0.017 0.007 0.016 0.083 0.009 0.026 0.149 0.371 129 L 0.186 0.049 0.030 0.010 0.005 0.012 0.088 0.016 0.013 0.076 0.514 130 M 0.332 0.022 0.004 0.008 0.004 0.009 0.054 0.006 0.003 0.047 0.511 131 E 0.037 0.008 0.001 0.006 0.002 0.006 0.061 0.001 0.001 0.017 0.862 132 G 0.015 0.005 0.001 0.005 0.005 0.011 0.080 0.003 0.001 0.020 0.854