# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.025 0.008 0.012 0.017 0.035 0.113 0.024 0.766 2 M 0.014 0.011 0.013 0.024 0.043 0.157 0.018 0.720 3 V 0.018 0.016 0.011 0.018 0.017 0.112 0.015 0.793 4 S 0.305 0.322 0.007 0.013 0.011 0.049 0.053 0.239 5 P 0.169 0.437 0.009 0.008 0.011 0.049 0.045 0.273 6 E 0.084 0.345 0.018 0.014 0.021 0.062 0.055 0.401 7 E 0.100 0.314 0.021 0.027 0.031 0.076 0.082 0.349 8 A 0.081 0.209 0.020 0.025 0.048 0.104 0.117 0.395 9 V 0.180 0.179 0.015 0.020 0.039 0.076 0.067 0.425 10 K 0.059 0.069 0.012 0.031 0.036 0.094 0.194 0.505 11 W 0.027 0.206 0.007 0.009 0.015 0.091 0.096 0.550 12 G 0.059 0.443 0.008 0.013 0.019 0.084 0.037 0.337 13 E 0.027 0.385 0.013 0.021 0.014 0.079 0.029 0.432 14 S 0.026 0.937 0.002 0.001 0.002 0.004 0.009 0.019 15 F 0.074 0.862 0.005 0.001 0.002 0.007 0.026 0.023 16 D 0.065 0.479 0.040 0.016 0.012 0.032 0.192 0.164 17 K 0.093 0.281 0.038 0.012 0.015 0.057 0.274 0.231 18 L 0.293 0.183 0.046 0.007 0.014 0.100 0.118 0.239 19 L 0.074 0.083 0.047 0.016 0.023 0.119 0.077 0.562 20 S 0.009 0.051 0.007 0.003 0.005 0.058 0.041 0.827 21 H 0.085 0.686 0.003 0.002 0.002 0.034 0.047 0.141 22 R 0.050 0.779 0.005 0.002 0.002 0.035 0.021 0.107 23 D 0.010 0.835 0.006 0.001 0.002 0.018 0.031 0.098 24 G 0.012 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.007 25 L 0.009 0.277 0.004 0.001 0.001 0.004 0.695 0.009 26 E 0.002 0.614 0.005 0.001 0.001 0.005 0.356 0.015 27 A 0.003 0.972 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 0.010 28 F 0.005 0.968 0.005 0.001 0.001 0.002 0.011 0.007 29 T 0.035 0.895 0.006 0.001 0.002 0.006 0.032 0.024 30 R 0.029 0.197 0.014 0.003 0.002 0.022 0.643 0.091 31 F 0.027 0.329 0.026 0.004 0.003 0.035 0.507 0.070 32 L 0.176 0.413 0.022 0.003 0.005 0.055 0.088 0.239 33 K 0.095 0.142 0.015 0.004 0.006 0.066 0.078 0.594 34 T 0.043 0.246 0.017 0.004 0.006 0.058 0.117 0.509 35 E 0.048 0.239 0.020 0.007 0.009 0.167 0.053 0.458 36 F 0.035 0.072 0.059 0.011 0.009 0.105 0.202 0.507 37 S 0.346 0.333 0.010 0.004 0.003 0.036 0.094 0.174 38 E 0.179 0.426 0.014 0.002 0.003 0.040 0.054 0.283 39 E 0.010 0.403 0.023 0.011 0.022 0.081 0.027 0.423 40 N 0.012 0.676 0.012 0.005 0.018 0.032 0.060 0.186 41 I 0.006 0.854 0.006 0.014 0.010 0.014 0.049 0.046 42 E 0.005 0.790 0.033 0.021 0.032 0.010 0.085 0.026 43 F 0.005 0.912 0.006 0.009 0.011 0.003 0.043 0.010 44 W 0.019 0.846 0.035 0.014 0.018 0.005 0.044 0.019 45 I 0.019 0.550 0.071 0.102 0.054 0.016 0.119 0.069 46 A 0.017 0.844 0.009 0.006 0.008 0.013 0.023 0.079 47 C 0.102 0.720 0.019 0.008 0.008 0.014 0.053 0.077 48 E 0.060 0.593 0.015 0.020 0.013 0.035 0.053 0.210 49 D 0.114 0.221 0.016 0.007 0.012 0.039 0.204 0.386 50 F 0.211 0.109 0.032 0.023 0.015 0.071 0.240 0.300 51 K 0.180 0.037 0.017 0.020 0.020 0.069 0.073 0.583 52 K 0.047 0.010 0.003 0.002 0.003 0.060 0.012 0.864 53 S 0.016 0.014 0.007 0.005 0.006 0.135 0.017 0.801 54 K 0.024 0.032 0.004 0.003 0.003 0.096 0.012 0.827 55 G 0.190 0.527 0.002 0.002 0.002 0.032 0.038 0.207 56 P 0.048 0.813 0.003 0.001 0.001 0.017 0.032 0.085 57 Q 0.011 0.908 0.002 0.001 0.002 0.008 0.019 0.049 58 Q 0.008 0.924 0.004 0.002 0.002 0.007 0.023 0.031 59 I 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.010 60 H 0.007 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.007 61 L 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.008 62 K 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 63 A 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 64 K 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.004 65 A 0.005 0.948 0.003 0.001 0.001 0.003 0.029 0.010 66 I 0.024 0.875 0.012 0.002 0.002 0.006 0.065 0.014 67 Y 0.083 0.688 0.015 0.004 0.004 0.018 0.108 0.080 68 E 0.050 0.376 0.017 0.006 0.007 0.037 0.125 0.384 69 K 0.047 0.144 0.037 0.014 0.015 0.101 0.230 0.413 70 F 0.034 0.034 0.079 0.043 0.039 0.132 0.285 0.353 71 I 0.131 0.010 0.029 0.016 0.020 0.096 0.041 0.658 72 Q 0.510 0.005 0.011 0.008 0.008 0.055 0.047 0.356 73 T 0.010 0.002 0.005 0.003 0.006 0.119 0.012 0.844 74 D 0.006 0.001 0.005 0.002 0.004 0.089 0.006 0.887 75 A 0.177 0.010 0.011 0.016 0.012 0.126 0.066 0.581 76 P 0.098 0.011 0.023 0.015 0.017 0.123 0.081 0.633 77 K 0.039 0.010 0.072 0.032 0.077 0.105 0.052 0.611 78 E 0.011 0.003 0.063 0.041 0.080 0.079 0.038 0.684 79 V 0.010 0.007 0.158 0.093 0.104 0.116 0.035 0.478 80 N 0.027 0.022 0.116 0.049 0.093 0.116 0.051 0.527 81 L 0.063 0.040 0.074 0.040 0.035 0.095 0.202 0.449 82 D 0.089 0.407 0.027 0.013 0.015 0.059 0.103 0.287 83 F 0.044 0.582 0.016 0.009 0.013 0.055 0.021 0.260 84 H 0.013 0.739 0.017 0.014 0.017 0.028 0.024 0.149 85 T 0.033 0.886 0.004 0.002 0.005 0.007 0.035 0.028 86 K 0.012 0.114 0.008 0.005 0.005 0.011 0.816 0.028 87 E 0.005 0.164 0.010 0.010 0.013 0.018 0.733 0.047 88 V 0.064 0.279 0.036 0.016 0.030 0.049 0.379 0.146 89 I 0.162 0.202 0.038 0.040 0.059 0.083 0.173 0.243 90 T 0.057 0.026 0.023 0.016 0.032 0.059 0.264 0.524 91 N 0.045 0.019 0.013 0.015 0.024 0.140 0.095 0.650 92 S 0.124 0.009 0.015 0.013 0.019 0.170 0.040 0.611 93 I 0.029 0.004 0.010 0.010 0.012 0.168 0.028 0.740 94 T 0.033 0.011 0.019 0.005 0.016 0.126 0.044 0.748 95 Q 0.045 0.023 0.036 0.015 0.019 0.174 0.050 0.639 96 P 0.020 0.022 0.044 0.013 0.011 0.112 0.063 0.716 97 T 0.140 0.353 0.029 0.008 0.011 0.063 0.149 0.248 98 L 0.076 0.501 0.028 0.005 0.007 0.064 0.054 0.266 99 H 0.018 0.732 0.035 0.007 0.007 0.031 0.028 0.141 100 S 0.007 0.946 0.004 0.001 0.001 0.005 0.012 0.023 101 F 0.016 0.926 0.004 0.001 0.001 0.004 0.036 0.011 102 D 0.010 0.455 0.004 0.001 0.001 0.005 0.509 0.014 103 A 0.004 0.592 0.002 0.001 0.001 0.006 0.380 0.016 104 A 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 105 Q 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 106 S 0.004 0.908 0.002 0.001 0.002 0.005 0.061 0.017 107 R 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.005 108 V 0.013 0.940 0.005 0.001 0.001 0.004 0.028 0.009 109 Y 0.032 0.843 0.025 0.004 0.003 0.010 0.048 0.034 110 Q 0.040 0.604 0.066 0.008 0.009 0.024 0.120 0.129 111 L 0.131 0.276 0.136 0.008 0.008 0.054 0.152 0.234 112 M 0.202 0.094 0.061 0.016 0.012 0.081 0.229 0.305 113 E 0.062 0.041 0.007 0.003 0.004 0.059 0.050 0.775 114 Q 0.042 0.036 0.010 0.003 0.006 0.086 0.087 0.731 115 D 0.034 0.083 0.016 0.013 0.012 0.159 0.080 0.605 116 S 0.043 0.187 0.018 0.008 0.011 0.107 0.033 0.593 117 Y 0.093 0.456 0.016 0.009 0.009 0.062 0.031 0.324 118 T 0.208 0.465 0.021 0.006 0.008 0.039 0.062 0.192 119 R 0.090 0.189 0.038 0.012 0.013 0.068 0.336 0.255 120 F 0.038 0.156 0.053 0.008 0.012 0.091 0.340 0.300 121 L 0.052 0.315 0.031 0.011 0.013 0.104 0.089 0.385 122 K 0.035 0.616 0.010 0.004 0.007 0.034 0.033 0.262 123 S 0.025 0.875 0.002 0.001 0.002 0.013 0.021 0.061 124 D 0.016 0.878 0.006 0.004 0.004 0.014 0.028 0.051 125 I 0.011 0.903 0.006 0.005 0.007 0.010 0.022 0.036 126 Y 0.032 0.830 0.017 0.007 0.007 0.011 0.058 0.038 127 L 0.086 0.608 0.040 0.023 0.021 0.021 0.117 0.084 128 D 0.112 0.183 0.074 0.045 0.053 0.048 0.180 0.306 129 L 0.182 0.033 0.036 0.026 0.034 0.091 0.123 0.474 130 M 0.107 0.012 0.014 0.030 0.033 0.089 0.065 0.651 131 E 0.017 0.003 0.004 0.006 0.014 0.065 0.013 0.879 132 G 0.026 0.007 0.007 0.014 0.026 0.094 0.027 0.799